L'accord EEE comportait un chapitre consacré aux transports, distinct du traité sur le transit, qui visait essentiellement à garantir la libéralisation des prestations des transports et le libre accès au marché pour tous. Ceci aurait dû s'appliquer aux transports routiers et ferroviaires et à la navigation intérieure. Le principe de base était que, dans ces domaines, les pays de la CE et de l’AELE ne défavorisent pas les transporteurs des autres Etats membres par rapport aux leurs. Toute mesure discriminatoire aurait donc été interdite. Ainsi, seules les aides de l'Etat visant à coordonner le trafic, à indemniser des prestations de service public ou à aider au développement de régions défavorisées, ainsi que toute disposition n'ayant pas pour conséquence de désavantager les transporteurs de l'EEE auraient été admises. Cela signifie que la pratique suisse en la matière (offre de transport, soutien aux entreprises) aurait pu être maintenue.
Ces diverses mesures ne purent entrer en vigueur car, bien que le parlement ait adopté les réformes légales nécessaires, le refus en votation populaire le 6 décembre du traité EEE les a rendues caduques.