Der Abstimmungskampf zum Wirtschaftspartnerschaftsabkommen mit Indonesien wurde Anfang Dezember 2020 durch Wirtschaftsminister Parmelin ins Rollen gebracht, nahm aber – wohl aufgrund der alles überschattenden Covid-Pandemie – nur langsam an Fahrt auf. Die NZZ machte in ihrer Berichterstattung schon früh klar, dass der Ausgang der Volksabstimmung über das Freihandelsabkommen als Präjudiz für künftige Abkommen gewertet werden dürfte. Palmöl, welches als Stein des Anstosses die Debatte entzündet hatte, machte dabei aber nur einen kleinen Teil des Handelsvolumens der beiden Staaten aus. So importierte die Schweiz 2019 nur 35 Tonnen Palmöl aus Indonesien, was bei einer Gesamtimportmenge von 24'000 Tonnen knapp 0.1 Prozent aller Palmölimporte ausmachte. Eine Annahme des Abkommens hätte die Senkung der Importzölle auf indonesisches Palmöl, welches gewisse Nachhaltigkeitsstandards erfüllt, bis maximal 12'500 Tonnen von 20 bis 40 Prozent zur Folge gehabt. Den Gegnern und Gegnerinnen des Freihandelsabkommens gelang es trotz dieser marginalen Importe, die Diskussion im Vorfeld der Abstimmung ausschliesslich auf die Problematik des Palmöls zu fokussieren. Sie warnten nicht nur vor der grossflächigen Zerstörung von Regenwald und vor Menschenrechtsverletzungen, sondern befürchteten auch, dass das Palmöl das Schweizer Rapsöl konkurrenzieren könnte. Zudem gaben sie sich gegenüber den im Abkommen enthaltenen Nachhaltigkeitsstandards skeptisch und lehnten den Begriff «nachhaltiges Palmöl» kategorisch ab. Der Bundesrat versuchte die Gemüter der Palmölkritiker im Dezember 2020 etwas zu beruhigen, indem er in einem ersten Entwurf zur entsprechenden Umsetzungsverordnung vier Zertifizierungsstandards für nachhaltiges Palmöl vorschlug, welche in Studien gute Resultate erzielt hatten. Mithilfe dieser sollten nicht nur Anforderungen an eine nachhaltige Produktion, sondern auch die Rückverfolgbarkeit des Palmöls sichergestellt werden. Bei der Gegenseite stiess diese Argumentation nicht auf Anklang. Das Referendumskomitee kritisierte, dass die Nachhaltigkeit selbst mit diesen Regeln nicht sichergestellt werden könne, und auch Expertinnen und Experten warnten in der NZZ, dass derartige Standards zwar gut formuliert seien, die geplante Durchsetzung aber mangelhaft erscheine.

Dem Referendumskomittee wurde zu Beginn des Abstimmungskampfs in den Medien nur wenig Chancen eingeräumt. Zu gering war die Unterstützung durch die linken Parteien, zu zersplittert die NGOs untereinander. Zwar unterstützten die Grünen, die EVP, die Juso, die EDU, Pro Natura, Uniterre und die Kleinbauern-Vereinigung das Referendum, initiiert worden war es jedoch nicht von einer Partei oder einem Verband, sondern vom Genfer Bio-Winzer Willy Cretegny. Viele Interessensgruppen, welche sich anfänglich gegen das Freihandelsabkommen gewehrt hatten, beteiligten sich zudem nicht am Abstimmungskampf. So gaben NGOs wie Public Eye, Alliance Sud und Brot für alle bekannt, weder die Ja- noch die Nein-Parole ausgeben zu wollen. Die NZZ kritisierte das fehlende Engagement vieler NGOs denn auch. Diese hätten sich im Rahmen der Konzernverantwortungsinitiative noch als Globalisierungskritiker hervorgetan, im Abstimmungskampf zum FHA hätte aber beispielsweise der WWF seine grosse Expertise im Bereich Palmöl nicht in die Debatte eingebracht. Zum einen wolle man wohl die mühsam errungenen Nachhaltigkeitskriterien des Abkommens nicht durch eine Ablehnung riskieren, andererseits seien die Kontrollmechanismen nicht strikt genug, um sich intensiv für ein Ja einzusetzen, mutmasste die NZZ. Später empfahl der WWF Schweiz gegenüber der NZZ ein «zurückhaltendes Ja», da er nachhaltiges Palmöl für umweltfreundlicher befand als eine Substitution durch weniger ertragreiches Raps-, Sonnenblumen- oder Erdnussöl. Als Mitgründer des RSPO-Nachhaltigkeitslabels, welches in der Palmölindustrie verwendet wird, verteidigte der WWF das Abkommen aber wohl auch aus Gründen der Glaubwürdigkeit, mutmasste die NZZ. Auch von den linken Parteien erfuhren die Gegnerinnen und Gegner nur wenig Unterstützung. So entschied sich die SP, die im Parlament noch gegen das FHA gestimmt hatte, keine Abstimmungskampagne dazu zu führen, und liess sich auch mit der Parolenfassung viel Zeit. Für Co-Parteipräsidentin Mattea Meyer (sp, ZH) ging das Abkommen in die richtige Richtung, zudem stosse es in Indonesien und etwa auch bei Greenpeace auf breite Zustimmung. Ähnlich wie die fehlende Kampagne der SP wurde auch der geringe Ressourceneinsatz der Grünen im Abstimmungskampf von den Medien als Ursache für geringere Erfolgschancen des Referendums ausgemacht. Balthasar Glättli (gp, ZH) erklärte denn auch, dass er die Abstimmungen zur Pestizidinitiative und zum CO2-Gesetz höher gewichte als diejenige zum FHA.
Obwohl also der Vergleich mit den Befürwortenden der Konzernverantwortungsinitiative in den Medien oft bemüht wurde, war das Referendumskomitee in diesem Fall deutlich weniger geeint und potent. Diesen Eindruck bestätigten die APS-Inserateanalyse und der fög-Abstimmungsmonitor: Die in den Printmedien geschalteten Inserate stammten fast ausschliesslich von Befürwortenden, nur zwei Contra-Inserate wurden in der Analyse gezählt. Auch der fög-Abstimmungsmonitor stellte fest, dass die Medienresonanz generell gering ausfiel, was angesichts des von ähnlichen Kreisen intensiv geführten Abstimmungskampfes um die Konzernverantwortungsinitiative überrascht habe.

Die Befürworterinnen und Befürworter des Freihandelsabkommens argumentierten im Abstimmungskampf auf zwei sehr unterschiedlichen Ebenen. Umweltfreundliche Unterstützende wie SP-Nationalrat Molina (sp, ZH) erkannten im Abkommen eine Verbesserung der Handelsbedingungen, da es im Gegensatz zu den WTO-Standards auch Nachhaltigkeitsregeln umfasste. Wirtschaftsnahe Organisationen wie Economiesuisse sahen die Vorzüge des Abkommens insbesondere im Wettbewerbsvorteil, den Schweizer Firmen durch den erleichterten Zugang zum indonesischen Markt erhalten würden.

Bei der offiziellen Lancierung der Abstimmungskampagne im Januar 2021 wandte sich schliesslich der Initiator des Referendums, Willy Cretegny, an die Öffentlichkeit, um für ein Nein zum Freihandelsabkommen zu werben. Gegenüber Le Temps bezeichnete er sich zwar als Freihandels-Gegner, aber nicht grundsätzlich als Handels-Gegner. Er setze sich nach eigener Aussage für einen «fairen Handel» ein und lehne den Wunsch nach «immer mehr Wachstum des Handels, des Konsums und des Ressourcenverbrauchs» ab. Obwohl er mit seiner kritischen Haltung gegenüber dem Freihandel im ganzen Landwirtschaftssektor Zuspruch fand, teilten deshalb noch lange nicht alle seine ablehnende Haltung gegenüber dem FHA. Der Schweizer Bauernverband (SBV) unterstützte beispielsweise das Abkommen mit grosser Mehrheit, da die importierten Palmölmengen die einheimische Ölproduktion nach seiner Einschätzung nicht konkurrenzierten. Darüber hinaus stärkten die Exportmöglichkeiten die Schweizer Wirtschaft und damit indirekt die Kaufkraft der Schweizer Konsumenten, wovon auch die Schweizer Landwirtschaft profitieren würde. Auch Swiss Granum, der Interessensverband für Ölsaat (unter anderem der Rapsbauern), gab sich mit den Nachhaltigkeits- und Rückverfolgungskriterien im Abkommen zufrieden, nicht zuletzt weil man festgestellt habe, dass die Kundschaft sich sowieso allmählich von Produkten, die Palmöl enthalten, abwenden würden.

Etwas mehr als einen Monat vor der Volksabstimmung verschoben sich die Fronten zwischen den Pro- und Contra-Lagern noch einmal. So äusserte sich die SP-Fraktion im Bundeshaus positiv zur gegenwärtigen Form des Abkommens und Fabian Molina (sp, ZH) trat beim Auftakt des Ja-Komitees gar mit bürgerlichen Politikern vor die Presse, wie der SonntagsBlick berichtete. Dieser Meinungsumschwung führte innerhalb der SP zu einer Spaltung, da mehrere Kantonalsektionen und auch die Juso trotz abweichender Signale der Parteiführung die Nein-Parole beschlossen. Und selbst Maya Graf, eine Kritikerin des FHA der ersten Stunde, verkündete Anfang Februar in der AZ, sie sei «überhaupt nicht glücklich mit dem Referendum». Stattdessen zeigte sie sich zufrieden mit dem Erreichten der sogenannten «Palmöl-Koalition», die beispielsweise die Verknüpfung von Importmengen mit Nachhaltigkeitskriterien im Abkommen hatte unterbringen können. Anfang Februar meldete sich zudem Jean-Daniel Pasche, Präsident des Verbandes der Schweizerischen Uhrenindustrie, in Le Temps zu Wort und warnte vor dramatischen Auswirkungen auf die Uhrenindustrie durch Ablehnung des Freihandelsabkommens. Pasche erklärte, dass die Schweizer Uhrenindustrie 95 Prozent ihrer Waren in Länder exportiere, mit denen die Schweiz ein FHA unterhält. Zwar sei Indonesien 2020 noch ein kleiner Absatzmarkt, doch in einer derart schnell wachsenden Volkswirtschaft müsse man möglichst schnell Fuss fassen. Dabei helfe ein Abkommen beispielsweise durch den Schutz von geistigem Eigentum.

Die letzten Umfragen des Tagesanzeigers und des SRG-Abstimmungsmonitors Ende respektive Mitte Februar wiederspiegelten die in der Politik feststellbaren Verschiebungen zugunsten des Ja-Lagers. Gegenüber Januar stieg die Zustimmung für das Freihandelsabkommen laut Tagesanzeiger von 41 auf 52 Prozent an und auch die SRG meldete eine knappe Mehrheit von 52 Prozent für das FHA. Insbesondere Parteiungebundene hätten im Monat vor der Abstimmung in grösserem Ausmass vom Nein- ins Ja-Lager gewechselt.

In der Frühjahrssession 2021 beriet der Nationalrat über den Bericht zur Aussenwirtschaftspolitik 2020 und den Bericht über zolltarifliche Massnahmen 2020. Die APK-NR hatte empfohlen, von den beiden Berichte Kenntnis zu nehmen und die drei Bundesbeschlüsse anzunehmen, mit denen die Genehmigung der Änderung der Liste LIX-Schweiz-Liechtenstein, die Änderungsbeschlüsse der Pan-Europa-Mittelmeer-Präferenzursprungsregeln und die Genehmigung zolltarifarischer Massnahmen geplant waren. Kommissionssprecher Roland Fischer (glp, LU) hob vor allem die im Bericht beschriebenen verhältnismässig geringen negativen Effekte der Covid-Pandemie auf die Schweizer Wirtschaft hervor. Dies sei vor allem den umfangreichen Unterstützungsprogrammen von Bund und Kantonen zuzuschreiben. Er betonte aber auch, wie wichtig der diskriminierungsfreie, entwicklungsfähige Zugang zu ausländischen Märkten für die Schweiz sei. Die Kommission monierte freilich, dass dem Rahmenabkommen mit der EU im Bericht angesichts der grossen Bedeutung einer Unterzeichnung beziehungsweise Nichtunterzeichnung zu wenig Aufmerksamkeit gewidmet worden sei. Dennoch beantragte die Kommission einstimmig, von den beiden Berichten Kenntnis zu nehmen.
Fabian Molina (sp, ZH) bemängelte im Namen der SP, dass die Schweiz Themen wie Nachhaltigkeit im Handel aber auch Umweltstandards und den Schutz von Menschenrechten vernachlässige. Nationalrätin Elisabeth Schneider-Schneiter (mitte, BL) drängte vor allem auf die Erhaltung der bilateralen Beziehungen mit der EU und vermisste eine umfassende Strategie gegenüber China in Bezug auf den Balanceakt zwischen Wirtschaftsbeziehungen und Menschenrechten. Auch die Fraktionen der FDP und der GLP schlossen sich dem Ruf nach einer stabilen bilateralen Vertragsbasis mit der EU an. Trotz dieser Kritik nahm der Nationalrat Kenntnis von den beiden Berichten und nahm die drei Bundesbeschlüsse einstimmig an.

In der Herbstsession 2020 kam die Motion Cottier (fdp, NE) «Von der Mind-the-Gap-Strategie zur Build-the-Bridge-Strategie wechseln» im Nationalrat zur Debatte. Motionär Cottier wiederholte bei dieser Gelegenheit seine Forderung, die bilateralen Beziehungen zwischen der Schweiz und dem Vereinigten Königreich zu intensivieren. Welche Form das Abkommen schlussendlich erhalte, sei von den Verhandlungen zwischen dem Vereinigten Königreich und der EU abhängig. Für Cottier stand diese Forderung auch im Einklang mit der Legislaturplanung 2019-2023, die eine Vertiefung der bilateralen Wirtschaftsbeziehungen vorsieht. Fabian Molina (sp, ZH), welcher die Motion in der Sommersession 2020 bekämpft hatte, sprach sich zwar für die temporäre Fortführung der Personenfreizügigkeit Schweiz-UK und die Erarbeitung neuer politischer und wirtschaftlicher Beziehungen aus. Die SP wehre sich jedoch gegen einen Freihandelsvertrag, der «primär der Bankenindustrie am Zürcher Paradeplatz und der Londoner City» nütze, so Molina. Die Deregulierung des Finanzplatzes, was nach Ansicht von Molina das Ziel der Motion sei, würde die europäischen Standards der Bankenregulierung schwächen und die Beziehung der Schweiz zur EU belasten. Für Molina sei ein solches Freihandelsabkommen nur im Rahmen der EFTA annehmbar, daher forderte er die Ablehnung der Motion. Bundesrat Parmelin unterstützte die Forderungen der Motion hingegen, wies aber darauf hin, dass anstelle eines umfassenden Freihandelsabkommens auch mehrere sektorale Abkommen denkbar wären. Der Nationalrat folgte der Empfehlung des Bundesrats und nahm die Motion mit 122 zu 69 Stimmen deutlich an.

Im März 2020 reichte FDP-Nationalrat Damien Cottier (fdp, NE) eine Motion mit dem Titel «Von der Mind-the-Gap-Strategie zur Build-the-Bridge-Strategie wechseln» ein. Zwar habe der Bundesrat den Status quo, welcher vor den Brexit-Wirren herrschte, durch den Abschluss neuer Abkommen mit Grossbritannien erhalten können, doch diese «Mind-the-gap-Strategie» ginge gemäss Cottier nicht weit genug. Schliesslich habe der Bundesrat in seinem Bericht zur Aussenwirtschaftspolitik 2019 selber die Möglichkeit «explorativer Gespräche zur Weiterentwicklung der Handelsbeziehungen» erwähnt. Die Motion beauftragte den Bundesrat daher mit der Erarbeitung einer neuen Strategie hinsichtlich der Handelsbeziehungen mit dem Vereinigten Königreich. Gemeinsam mit anderen EFTA-Partnern oder gegebenenfalls alleine solle die Schweiz ein «Freihandelsabkommen der zweiten Generation» aushandeln, so die Forderung des Motionärs. Die wirtschaftlichen Beziehungen müssten in Zukunft noch vertieft werden, um Bereiche wie den Umweltschutz, Investitionserleichterungen, den Schutz des geistigen Eigentums und technische Handelshemmnisse zu regeln.
In seiner Stellungnahme hielt der Bundesrat fest, dass die Ziele der Motion denjenigen der «Mind the gap Plus»-Strategie des Bundes entsprächen, wobei auch eine vertiefte Zusammenarbeit im Polizei- und Justizbereich und den Finanzdienstleistungen vorgesehen sei. Beide Länder seien an einem modernen und umfassenden Handelsabkommen interessiert, jedoch hänge dessen Verhandlung vom Loslösungsprozess zwischen dem Vereinigten Königreich und der EU ab. Aufgrund der kohärenten Zielformulierung beantragte der Bundesrat die Annahme der Motion.
Der Nationalrat hätte die Motion eigentlich in der Sommersession 2020 behandeln sollen, jedoch wurde diese von Fabian Molina (sp, ZH) bekämpft und die Ratsdebatte aus diesem Grund verschoben.

Au mois de juin 2019, le Conseil national s'est à son tour penché sur le projet d'arrêté fédéral portant approbation de l'accord de libre-échange actualisé entre les Etats de l'AELE et la Turquie et de l'accord agricole révisé entre la Suisse et la Turquie. La chambre basse s'est dans un premier temps montrée favorable à l'entrée en matière (131 voix pour, 55 contre et 1 abstention), et ce aux dépens de la minorité Molina (ps, ZH), qui proposait aux conseillères et conseillers nationaux de renvoyer le projet au Conseil fédéral, afin que l'arrêté fédéral en question ne soit soumis une nouvelle fois à l'Assemblée fédérale uniquement lorsque le constat d'une amélioration de la situation des droits de l'homme en Turquie aurait été établi (la minorité s'en réfère alors au rapport de la Commissaire aux droits de l'homme du Conseil de l'Europe et/ou au rapport de la Haute-Commissaire des Nations Unies aux Droits de l'homme). Lors du vote sur l'ensemble, le Conseil national s'est prononcé de manière analogue à la majorité du Conseil des Etats et de la CPE-CN, en acceptant le projet d'arrêté fédéral par 129 voix contre 49 et 6 abstentions.
Les deux chambres ont confirmé l'adoption de la version définitive du texte à l'occasion du vote final du 21 juin 2019.