Le Tribunal administratif du canton de Berne confirme l'annulation du vote du 18 juin 2017. Les recours ont partiellement été admis et la décision contestée de la préfète a été en partie annulée. Selon l'instance judiciaire cantonale, la préfète aurait à tort «reproché à la commune de Moutier une absence de contrôle systématique des ayants droit au vote» et elle n'aurait pas dû entrer en matière sur le courrier du maire de la commune de Moutier adressé aux enseignants prévôtois. Pour le reste des recours – portant sur la lettre adressée aux parents concernés par l'école à journée continue, sur l'éditorial du maire de Moutier dans le journal local, sur le refus de la commune de fournir la liste électorale à la Chancellerie d'Etat du canton de Berne et à l'Office fédéral de la justice (OFJ), sur le container de la Sociét'halle et l'ouverture prolongée de l'urne de l'Hôtel de Ville – il admet que les irrégularités constatées ont exercé une influence sur le résultat du scrutin.
Le camp autonomiste n'a pas caché sa déception et sa colère après avoir reçu le verdict. Pierre-André Comte, secrétaire général du mouvement autonomiste jurassien, a même appelé à la «révolte». Pour une partie des militants séparatistes, la justice bernoise n'était pas «indépendante». Dans l'autre camp, le comité Moutier-Prévôté clamait la démission des autorités autonomistes de la commune de Moutier. Le vendredi suivant, 5'000 personnes en faveur du rattachement au canton du Jura ont à nouveau défilé dans les rues de Moutier, vêtues de noir.

Les juges de Mon-Repos ne seront toutefois pas sollicités. Les sympathisants autonomistes consultés avaient choisi, par 399 voix contre 18 et 3 blancs, de ne pas recourir au Tribunal fédéral contre la décision de l'instance judiciaire bernoise. La municipalité de Moutier a annoncé la date du 21 juin 2020 pour la nouvelle votation. Pour le gouvernement bernois, c'est la Tripartite qui doit régler le processus. Le canton exige l'abrogation des articles 138 (modifications territoriales) et 139 (processus pour un nouveau canton du Jura) de la constitution cantonale jurassienne avant la conclusion d'un éventuel concordat, pour qu'il n'y ait, à l'avenir, pas d'autres communes du Jura bernois qui rejoigne le canton du Jura. L'exécutif jurassien veut, quant à lui, d'abord régler la situation de Moutier.

Votation communale du 18 juin 2017 à Moutier sur l'appartenance cantonale et répétition du 28 mars 2021
Dossier: Moutier und der Jurakonflikt