Par 124 voix contre 52 et 3 abstentions, le Conseil national a décidé de ne pas donner suite à l'initiative parlementaire déposée par Lisa Mazzone (verts, GE). Elle demandait l'abrogation des jugements pénaux prononcés de 1968 à 1996 contre les objecteurs de conscience. Plus de 12'000 jeunes ont été condamnés et auraient par la suite subis des discriminations, alors que les Etats étaient tenus d'accorder le droit à l'objection de conscience, selon l'art. 9 CEDH, dès 1967.
Lors de l'examen préalable, la CPS-CN avait jugé la réhabilitation inopportune. Rappelant les différentes adaptations de l'infraction de refus de servir, la pénalisation du refus de servir traduisait la volonté populaire de l'époque. L'examen de conscience a posteriori aurait, en cas de réhabilitation, engendré une charge de travail disproportionnée pour la Confédération. C'est pourquoi, elle proposait par 17 voix contre 8, de ne pas donner suite à l'initiative. Au contraire, une minorité estimait nécessaire de reconnaître le tort moral subi par ces personnes.

Le Conseil national a décidé de ne pas donner suite à une initiative parlementaire Jeanprêtre (ps, VD) déposée en 1995 suite aux événements susmentionnés et demandant l'abolition de la justice militaire. La majorité des députés a en effet estimé que seuls des juges en gris-vert étaient à même de juger à bon escient les délits commis dans le cadre de l'armée, ceux-ci étant, depuis l'introduction du service civil, à plus de 90% de nature strictement militaire. Face à l'accusation souvent entendue de justice corporative peu encline à l'impartialité, la majorité bourgeoise de la grande chambre a également souligné le caractère à ses yeux particulièrement démocratique de la composition des cours militaires, ces dernières comprenant des officiers, des sous-officiers et des soldats.