Mit Bekanntwerden von Unzulänglichkeiten in der Informatikprojektführung des VBS ab 2009 vermochten sich jene Stimmen stärkeres politisches Gehör zu verschaffen, die eine effiziente und effektive, möglichst synergieschaffende Steuerung der Informations- und Kommunikationstechnologie (IKT) in und zwischen den Bundesämtern sowie verwaltungsnahen Organisationen forderten. Ende 2009 war eine Task Force Informatik VBS mit der Untersuchung der konkreten Schwierigkeiten im Verteidigungsdepartement beauftragt worden. Ihre Erkenntnis floss teilweise in den Armeebericht 2010, der eine strategische Neuausrichtung der VBS-IKT vorsah. Dabei war geplant, die militärische und zivile IKT zusammenzuführen und departementsintern zu zentralisieren. Dies hätte zum Schutz der militärischen Systeme die Abkoppelung der VBS-Informations- und Kommunikationstechnik vom Rest der Bundes-IKT bedeutet. Damit wurden jene Kräfte auf den Plan gerufen, die eine zentrale, verwaltungsumfassende IKT-Steuerung verlangt hatten und denen der Bundesrat mit der Überarbeitung der Bundesinformatikverordnung (BinfV) und der IKT-Strategie ebendiese versprochen hatte.

Le 12 mars 1990, la CEP II fut instituée à la suite de la découverte, par la CEP I, de fichiers au DMF et de certaines informations, parues dans la presse alémanique, ayant trait aux fichiers susmentionnés ainsi qu'à l'éventuelle existence d'une armée secrète de résistance. Les débats du Conseil national concernant la création de cet organe firent apparaître une scission entre, d'une part, les groupes socialiste, écologiste, indépendant-évangélique et le parti du travail et, d'autre part, les partis bourgeois. Les premiers voulurent non seulement que l'on crée une CEP II mais aussi qu'on lui attribue un mandat très étendu, portant sur l'ensemble de la gestion du DMF. Les seconds, plus réticents à l'idée de la mise sur pied d'une seconde commission d'enquête (à l'exception du PDC), obtinrent une nette limitation de la procuration: celle-ci, à l'issue des débats parlementaires des deux Chambres, fut limitée dans le temps (pas de rétroactivité) et dans l'espace (pas d'examen de la gestion du DMF mais des seules activités liées aux renseignements, à la sécurité et aux fichiers). Dans les deux Conseils, la question d'un mandat octroyé aux commissions de gestion plutôt qu'à un organe extraordinaire se posa, mais le souci de rétablir la confiance populaire ainsi que la plus vaste latitude d'action du second mentionné firent renoncer à cette possibilité. Composée de 10 membres (cinq députés de chaque chambre), la CEP II fut présidée par le sénateur Schmid (pdc, AI) et compta dans ses rangs un membre de la CEP I, la conseillère aux Etats Bührer (ps, SH).