In der Wintersession 2016 beriet der Nationalrat den Voranschlag 2017 als Erstrat. Dabei setzte er den Rotstift vor allem im Eigenbereich an. So beschloss er unter anderem Kürzungen beim Bundespersonal, bei externen Beratern und Dienstleistungen sowie bei der Informatik, sprach aber mehr Geld für die Landwirtschaft und die Bildung als es der Bundesrat vorgesehen hatte. Die Hauptdiskussion im Nationalrat drehte sich aber um die vom Bundesrat vorgesehene ausserordentliche Budgetierung von Asylausgaben in der Höhe von CHF 400 Mio. und die grundlegende Frage, ob ein solches Vorgehen eine Aufweichung der Schuldenbremse darstelle. Während die Mehrheit der FK-NR die Kriterien der Ausserordentlichkeit bei der Schuldenbremse, insbesondere die Einmaligkeit und Unvorhersehbarkeit, als nicht gegeben erachtete, wies Philipp Hadorn (sp, SO) im Namen der Kommissionsminderheit darauf hin, dass bei der Erarbeitung dieser Ausnahmeklausel das Asylwesen explizit als Anwendungsfall erwähnt worden war. Die Finanzkommission des Nationalrats beantragte diesbezüglich, die Asylausgaben aufgrund der neusten Schätzungen des SEM mithilfe von dessen ursprünglicher Schätzmethode zu kalkulieren und nicht – wie es der Bundesrat getan hatte – aufgrund der vom SEM neu entwickelten Schätzmethode vom Mai 2016. Dadurch konnte die Schätzung der Anzahl Asylgesuche von 45‘000, mit denen der Bundesrat im Sommer 2016 gerechnet hatte, auf etwa 30‘000 Asylgesuche reduziert werden. In Übereinstimmung mit diesen neuen Zahlen reduzierte die Finanzkommission die Betriebsausgaben bei den Empfangs- und Verfahrenszentren und die Ausgaben bei der Sozialhilfe für Asylsuchende, vorläufig Aufgenommene und Flüchtlinge um etwa CHF 340 Mio. Zusammen mit einer Kreditsperre im Umfang von 60 Mio., die auf alle Departemente verteilt werden sollte, würde dies einen Verzicht auf ausserordentliche Asylausgaben erlauben. Dieser Konzeptentscheid war in der Kommission mit 13 zu 12 Stimmen knapp angenommen worden, noch knapper fiel die Entscheidung im Nationalrat aus: Dieser stimmte dem Kommissionsvorschlag nur dank dem Stichentscheid von Ratspräsident Stahl (svp, ZH) mit 97 zu 96 Stimmen zu. Bundesrat Maurer kritisierte das Vorgehen, bei Bedarf plötzlich die Diskussionsgrundlage zu ändern und nicht wie üblich und bei allen anderen Budgetpositionen die Zahlen von Juni 2016 zu verwenden. Diese Praxis, „wenn es unangenehm wird, noch gewisse Änderungen [vorzunehmen]“, gefährde die Schuldenbremse stärker als die Ausserordentlichkeit gewisser Ausgaben.

Bei der Gesamtabstimmung sprachen sich die Fraktionen der SP und der Grünen mehrheitlich gegen den Voranschlag aus, weil ihnen die Sparanstrengungen deutlich zu weit gingen. Gleichzeitig beschloss aber auch die SVP-Fraktion, den Voranschlag abzulehnen und begründete dieses Vorgehen damit, dass in Zeiten ohne Rezession ein ausgeglichenes Budget angestrebt werden sollte. Damit lehnte der Nationalrat den Voranschlag 2017 mit 77 zu 113 Stimmen bei 3 Enthaltungen ab. Der Ständerat wird somit bei seiner Beratung am 5. Dezember 2016 nur den Bericht des Bundesrates, nicht aber die Beschlüsse des Nationalrates diskutieren. Anschliessend wird sich der Nationalrat noch einmal mit dem Voranschlag beschäftigen müssen, wobei er theoretisch mit der Diskussion nochmals von vorne beginnen müsste. Zum ersten Mal stellte sich beim Bund damit auch die Frage, was wäre, wenn die Räte bis zum 1. Januar 2017 kein Budget verabschieden könnten. Denn obwohl die meisten Kantone solche Regelungen kennen, sieht der Bund für diesen Fall keinen rechtlich vorgeschriebenen Ablauf vor. Gemäss Philipp Rohr, dem Sprecher der Finanzverwaltung, dürfte der Bund dann theoretisch keine Zahlungen mehr tätigen. Um dies zu verhindern, müsste das Parlament eine Art Notbudget beschliessen, bevor in der Frühlingssession ein neuer ordentlicher Voranschlag erarbeitet werden könnte. Olivier Feller (fdp, VD) reichte in der Folge eine Motion ein, welche diese rechtliche Lücke schliessen soll.

Le travail parlementaire sur le projet de restructuration du système de l’asile du Conseil fédéral a commencé en mai 2015 et s'est terminé en septembre de la même année. Quelques divergences entre les chambres ont fait que l'objet a effectué plusieurs allers-retours entre les deux conseils. Les modifications majeures du parlement face au message du Conseil fédéral sont les suivantes: un renforcement de la collaboration entre confédération et cantons lors du processus d’implémentation des centres fédéraux ainsi qu'un durcissement au niveau des sanctions pour non-collaboration de la part des requérants. Si ces derniers ne se tiennent pas à disposition des autorités pendant plus de 5 jours (le projet du Conseil fédéral était initialement de 20 jours), leur demande d'asile serait classée sans suite. De plus, les requérants troublant gravement l'ordre public seront placés dans des centres spéciaux. Lors des débats, plusieurs points ont été discutés, notamment la possibilité de déposer une demande d'asile dans une représentation suisse à l'étranger. Les socialistes et les verts, favorables à cette option, n'ont pas eu gain de cause, notamment parce que la suppression de cette possibilité avait été acceptée en chambre lors de la votation sur les mesures urgentes. Le camp rose-vert s'est également opposé, sans succès, à la mesure permettant à la Confédération d'exiger des cantons le remboursement des subventions forfaitaires en cas de non exécution des renvois de requérants déboutés. Le camp UDC, fortement opposé à l'objet du Conseil fédéral parce qu'il ne diminue selon eux aucunement l'attractivité de la Suisse pour les requérants d'asile, a tenté de s'opposer à l'octroi de conseil juridique gratuit dès le début de la procédure pour les requérants dont la demande sera traitée dans les centres fédéraux. Comme cette mesure est selon les autres parlementaire une contrepartie nécessaire à l'accélération des procédures tout en leur assurant une certaine équité, le conseil juridique tel que conçu par le Conseil fédéral n'a pas été modifié.
L'objet dans sa version finale a été accepté par 138 voix contre 55 et une abstention au Conseil national et à 35 voix contre 5 et 3 abstentions au Conseil des Etats. Les oppositions dans les deux chambres provenaient toutes du camp UDC. Si le camp rose-vert a majoritairement soutenu l'objet, quelques uns de ses membres ont toutefois préféré s'abstenir. Il s'agit des sénateurs Recordon, Maury Pasquier, et Cramer au Conseil des Etats et de la députée Marra pour le Conseil national. Le groupe UDC a annoncé avant le vote final sa volonté d'attaquer la modification de la loi sur l'asile par référendum.