Nach dem Eintretensentscheid des Ständerates befasste sich der Nationalrat in der Sommersession 2021 zum zweiten Mal mit einer Änderung des Ausländer- und Integrationsgesetzes, um Bestimmungen für asylsuchende, vorläufig aufgenommene und schutzbedürftige Personen zu revidieren. Die vorberatende SPK-NR hatte unterdessen Änderungsanträge vorbereitet, mit denen die besonders kritisierten Punkte des bundesrätlichen Entwurfs überarbeitet werden sollten. Mit der Aussicht darauf entpuppte sich Eintreten auf die Vorlage schliesslich auch in der grossen Kammer als unbestritten. Insbesondere wollte die Kommissionsmehrheit davon absehen, ein absolutes Reiseverbot im Gesetz zu verankern, indem sie auf gesetzlicher Ebene Ausnahmen für Reisen in den Schengen-Raum definieren wollte. Konkret sah sie vor, dass Reisen in Schengen-Länder zu Schul- und Ausbildungszwecken, zur Teilnahme an wichtigen Sport- oder Kulturanlässen sowie «zur Aufrechterhaltung der Beziehung zu nahen Familienangehörigen» zulässig sein sollten. Mit diesem Kompromissvorschlag sicherte sich die Kommission die Zustimmung der SP und der Grünen. Während sich die GLP und die FDP mit ihren Voten ebenfalls hinter den Mehrheitsantrag stellten, wurde dieser von einer Minderheit aus Mitte- und SVP-Ratsmitgliedern bekämpft. Gerhard Pfister (mitte, ZG), Urheber einer Motion, die Reisen ins Heimatland für vorläufig Aufgenommene verbieten wollte (Mo. 15.3953) – was der Entwurf im Grunde auch bezweckte –, sah im Mehrheitsantrag eine Umgehungsmöglichkeit dieser Regelung, da vorläufig Aufgenommene über einen anderen Schengen-Staat in ihr Heimatland reisen könnten. Andere Ratsmitglieder erachteten es jedoch nicht als legitim, aus diesem Grund grundsätzliche Reisebeschränkungen aufrechtzuerhalten. Ada Marra (sp, VD) und Samira Marti (sp, BL) erinnerten daran, dass 90 Prozent der vorläufig Aufgenommenen dauerhaft in der Schweiz bleiben würden, und Balthasar Glättli (gp, ZH) war der Ansicht, dass es nicht sein könne, dass «geschürte[s] Grundmisstrauen» dazu führe, Personen in der Schweiz einzusperren. Mit 105 zu 82 Stimmen folgte der Nationalrat schliesslich seiner Kommissionsmehrheit und schrieb die Ausnahmen ausdrücklich im Gesetz fest. Zu den ablehnenden Stimmen der SVP- und Mitte-Fraktion gesellte sich eine Minderheit der FDP.Liberalen.
Eine Minderheit Marti versuchte ferner, das im Entwurf enthaltene Verbot von Reisen in den Heimat- oder Herkunftsstaat für asylsuchende, vorläufig aufgenommene oder schutzbedürftige Personen zu streichen. Dieser Minderheitsantrag blieb wegen ausbleibender Unterstützung von bürgerlicher Seite jedoch klar erfolglos. Somit sollen Reisen in den Heimat- oder Herkunftsstaat nur dann erlaubt bleiben, «wenn dies zur Vorbereitung ihrer selbstständigen und definitiven Ausreise notwendig ist», womit die Motion Pfister erfüllt wäre.
Im Rat weit weniger umstritten war die Frage, ob es vorläufig Aufgenommenen zur Erleichterung der Arbeitsmarktintegration erlaubt sein soll, für eine unbefristete Stelle oder zu Ausbildungszwecken den Wohnkanton zu wechseln. Der Bundesrat knüpfte diese Möglichkeit an die Bedingung, dass das Arbeitsverhältnis mindestens seit einem Jahr bestehe oder das Pendeln als nicht zumutbar erachtet werde. Diese auch in den Reihen der SVP an sich unbestrittene Änderung spaltete den Rat schliesslich dennoch, da ein weiterer Minderheitsantrag Marti vorlag, der es Asylsuchenden bereits nach sechs Monaten im Arbeitsverhältnis erlauben wollte, den Wohnkanton zu wechseln. Mit 96 zu 92 Stimmen (1 Enthaltung) obsiegte der von der SP-, Grünen- und GLP-Fraktion befürwortete Minderheitsantrag schliesslich dank Unterstützung durch eine knappe Mehrheit der FDP.Liberalen.
In der Gesamtabstimmung verabschiedete der Nationalrat das Geschäft mit 132 zu 50 Stimmen; letztere resultierten aus geschlossener Ablehnung durch die SVP-Fraktion. Insgesamt sieben Vertreterinnen und Vertreter der SP- und der Grünen-Fraktion enthielten sich der Stimme.

Nachdem der Bundesrat im Januar 2021 den Entwurf der SPK-NR zur Änderung des Asylgesetzes (AsylG), gutgeheissen hatte, widmete sich der Nationalrat in der Sondersession 2021 als Erstrat dem Entwurf. Konkret schlug die SPK-NR vor, dem SEM das Recht zu erteilen, im Rahmen des Asyl- oder Wegweisungsverfahrens die mobilen Datenträger von Asylbewerbenden zu verwenden, deren Identität nicht anders festgestellt werden kann. Die Feststellung der Identität, der Staatsangehörigkeit und des Fluchtweges sei ein wichtiger Faktor für die Geschwindigkeit der Asylverfahren, insbesondere bei Personen, die keine Papiere mit sich tragen – was auf 70 bis 80 Prozent der Asylbewerbenden zutreffe. Die Möglichkeit zur Nutzung von Mobiltelefonen im Rahmen der Mitwirkungspflicht würde diesen Vorgang und somit das gesamte Verfahren beschleunigen, was wünschenswert sei, erklärte Marco Romano (mitte, TI) im Namen der Kommissionsmehrheit. Der zweite Kommissionssprecher, Damien Cottier (fdp, NE), erläuterte weiter, dass es das Ziel dieses Entwurfes sei, eine Brücke zu schlagen zwischen dem nötigen Zugang zu verlässlichen Informationen über die Identität der Antragstellenden und deren Privatsphäre. Letztere werde unter anderem dadurch sichergestellt, dass die Herausgabe der Datenträger nur als Ultima Ratio vorgesehen sei. Weiter solle die betroffene Person über die genauen Massnahmen und die Vorgehensweise informiert werden und in Begleitung eines Rechtsbeistandes bei der Auswertung persönlich anwesend sein. Ausserdem dürfe die Aushändigung nicht erzwungen werden und der Bundesrat solle nach drei Jahren eine Evaluation dieser Massnahmen vornehmen und einen entsprechenden Bericht veröffentlichen. Gregor Rutz (svp, ZH), auf dessen parlamentarische Initiative dieser Gesetzesentwurf zurückging, betonte im Namen der SVP-Fraktion, dass die Daten dabei helfen könnten, den Kampf gegen Schlepper-Netzwerke voranzubringen, und vielleicht sogar dabei, Kriegsverbrechen aufzudecken. Auch der Bundesrat sprach sich für die beantragte Gesetzesrevision aus, wobei er insbesondere die Regeln zur Wahrung der Verhältnismässigkeit und des Datenschutzes befürworte, wie Bundesrätin Karin Keller-Sutter ausführte.
Eine Minderheit um Balthasar Glättli (gp, ZH) wollte nicht auf die Vorlage eintreten, weil es das offensichtliche Ziel dieser Vorlage sei, dass Asylsuchende leichter abgewiesen und zurückgeführt werden können. Daten aus Deutschland zeigten, dass das Auswerten von mobilen Datenträgern fehleranfällig sei und oft nicht den gewünschten Effekt bringe. So habe nur in seltenen Fällen ein Widerspruch zu den Aussagen der betroffenen Personen aufgedeckt werden können. Für einen solch kleinen «materiellen Bonus» sei das Verfahren schlicht zu teuer und zu aufwendig, wie Glättli erklärte. Ada Marra (sp, VD) ergänzte, es sei höchst problematisch, dass mit dieser Gesetzesänderung den Asylsuchenden faktisch mehr Privatsphäre abgesprochen werde als Schwerverbrecherinnen und Schwerverbrechern; um die Daten der mobilen Datenträger in einem Strafverfahren durchsuchen zu dürfen, sei nämlich ein richterlicher Entscheid nötig, was hier nicht vorgesehen sei. Ähnlich schien es auch das UNHCR zu sehen, welcher sich in einer Stellungnahme kritisch zur vorgeschlagenen Gesetzesänderung geäussert hatte. Das Hochkommissariat hatte moniert, der starke Eingriff in die Privatsphäre der Schutzsuchenden, welche völkerrechtlich sowie durch die Bundesverfassung geschützt sei, werde zu wenig gut geregelt. Des Weiteren sei es – mit Blick auf die auch von Balthasar Glättli angesprochenen Evaluationen aus Deutschland – zu bezweifeln, dass die Massnahme wirklich das gewünschte Ziel erreiche. Gegen den Widerstand von Links-Grün trat der Nationalrat schliesslich mit 122 zu 65 Stimmen auf die Vorlage ein.
In der Detailberatung forderte Gregor Rutz, dass die mobilen Geräte bei Asylverfahren und Wegweisungsverfahren für fünf Tage zwangsweise entzogen werden dürfen, sollte eine betroffene Person diese nicht freiwillig abgeben. Rutz argumentierte, dieser Zwang könne auch präventiv wirken und die Gesuchstellenden dazu bewegen, von selbst aktiv mitzuwirken. Da dies lediglich die Klärung der Identität betreffe, gehe dieser Vorschlag zu weit, fand jedoch Kurt Fluri (fdp, SO), insbesondere da bereits die Verweigerung per se in den Asylentscheid mit einfliessen werde. Céline Widmer (sp, ZH) fügte an, dass auch der EDÖB klar vermerkt habe, dass die Durchsuchung der Daten nie unter Zwang geschehen dürfe. Und auch der Bundesrat habe in seiner Stellungnahme deutlich gemacht, dass ein Zwang die Verhältnismässigkeit verletzen würde, die nötig ist, um ein Grundrecht einzuschränken, führte Damien Cottier weiter aus. In der Folge lehnte der Nationalrat diese Forderung mit 117 zu 70 Stimmen bei einer Enthaltung ab, wobei sich neben der geschlossenen SVP-Fraktion auch die Hälfte der Mitte-Fraktion sowie einzelne Stimmen aus der FDP.Liberalen-Fraktion dafür aussprachen. Auf der anderen Seite versuchte Ada Marra ebenso erfolglos, die Regelung, dass Mobiltelefone beim Asylverfahren oder bei Rückweisungen genutzt werden dürfen, ganz zu streichen. Unterstützung erhielt sie aus der eigenen sowie der Grünen Fraktion. Ihre beiden Einzelanträge wurden somit mit 121 zu 65 Stimmen bei einer Enthaltung abgelehnt.
In einem zweiten Block wurde in insgesamt fünf Anträgen geklärt, welche Daten erhoben, wie lange sie gespeichert und wie sie verarbeitet werden dürfen. Auch hier lehnte der Nationalrat alle Minderheiten und Einzelanträge ab und stimmte somit dem Entwurf der SPK-NR unverändert zu. Gregor Rutz forderte etwa zum einen, dass die Notwendigkeit und die Verhältnismässigkeit des Verfahrens nicht in jedem Einzelfall neu geprüft werden müssen, und zum anderen, dass die betroffene Person nicht über das Verfahren aufgeklärt werden muss. Das Verfahren solle laut Rutz nicht zuletzt im Sinne der Betroffenen «fair, korrekt, aber auch effizient» sein, weshalb diese zeitintensiven Bedingungen zu streichen seien. Ausserhalb der Fraktionen der SVP und der Mitte erhielten die Anträge von Rutz allerdings keine Zustimmung. Es sei wichtig, dass die Menschen verstünden, worum es gehe und was mit ihren Daten passiere, verteidigte Kommissionssprecher Cottier die Auflagen. Céline Widmer (sp, ZH) übernahm zudem zwei Minderheitsanträge von Angelo Barrile (sp, ZH) für eine Verstärkung des Datenschutzes, die allerdings ebenfalls ausschliesslich von Mitgliedern der SP-, der Grünen- und der Grünliberalen-Fraktion unterstützt wurden und somit mit 111 zu 79 Stimmen abgelehnt wurden.
In der Gesamtabstimmung nahm der Nationalrat den Entwurf der SPK-NR mit 123 zu 65 Stimmen gegen den Willen der SP- und der Grünen-Fraktion sowie einem Mitglied der Grünliberalen an. Damit ging das Geschäft weiter an den Ständerat.

In der Frühjahrssession 2021 setzte der Nationalrat einer durch den Ständerat unterstützten parlamentarischen Initiative Müller (fdp, AG) zur Anpassung des Schutzbedürftigen-Status durch seinen wiederholten Entscheid auf Nichteintreten ein Ende. Somit bleibt es bei der Situation, dass Schutzbedürftige in der Schweiz ebenso wie anerkannte Flüchtlinge Anspruch auf eine sofortige Familienzusammenführung hätten – mit Betonung auf den Konjunktiv, da der Status der Schutzbedürftigen (S-Status) in der Schweiz seit seiner Einführung Ende der 1990er Jahre als Reaktion auf die Massenzuflucht während der Jugoslawienkriege noch gar nie zur Anwendung kam. Müller hatte argumentiert, dass die Angleichung der Regelung des Familiennachzugs an die für vorläufig aufgenommene Personen geltenden Bestimmungen (Familiennachzug erst nach drei Jahren) dazu beitragen könnte, dass der S-Status attraktiver würde, wovon er sich eine Entlastung des Asylsystems erhoffte. Der Nationalrat folgte mit 110 zu 81 Stimmen seiner knappen Kommissionsmehrheit, die argumentierte, dass diese Änderung der Idee des S-Status zuwiderlaufen würde, nämlich Familien, die sich in akuter Gefahr befinden – «qui vivaient sous les bombes» (Ada Marra; sp, VD) – sofort durch Vereinigung zu schützen. Für Nichteintreten votierten die geschlossenen Fraktionen der SP, der Grünen, der Mitte und der GLP, während die FDP.Liberale- und die SVP-Fraktion ebenso geeint für Eintreten einstanden.

Le travail parlementaire sur le projet de restructuration du système de l’asile du Conseil fédéral a commencé en mai 2015 et s'est terminé en septembre de la même année. Quelques divergences entre les chambres ont fait que l'objet a effectué plusieurs allers-retours entre les deux conseils. Les modifications majeures du parlement face au message du Conseil fédéral sont les suivantes: un renforcement de la collaboration entre confédération et cantons lors du processus d’implémentation des centres fédéraux ainsi qu'un durcissement au niveau des sanctions pour non-collaboration de la part des requérants. Si ces derniers ne se tiennent pas à disposition des autorités pendant plus de 5 jours (le projet du Conseil fédéral était initialement de 20 jours), leur demande d'asile serait classée sans suite. De plus, les requérants troublant gravement l'ordre public seront placés dans des centres spéciaux. Lors des débats, plusieurs points ont été discutés, notamment la possibilité de déposer une demande d'asile dans une représentation suisse à l'étranger. Les socialistes et les verts, favorables à cette option, n'ont pas eu gain de cause, notamment parce que la suppression de cette possibilité avait été acceptée en chambre lors de la votation sur les mesures urgentes. Le camp rose-vert s'est également opposé, sans succès, à la mesure permettant à la Confédération d'exiger des cantons le remboursement des subventions forfaitaires en cas de non exécution des renvois de requérants déboutés. Le camp UDC, fortement opposé à l'objet du Conseil fédéral parce qu'il ne diminue selon eux aucunement l'attractivité de la Suisse pour les requérants d'asile, a tenté de s'opposer à l'octroi de conseil juridique gratuit dès le début de la procédure pour les requérants dont la demande sera traitée dans les centres fédéraux. Comme cette mesure est selon les autres parlementaire une contrepartie nécessaire à l'accélération des procédures tout en leur assurant une certaine équité, le conseil juridique tel que conçu par le Conseil fédéral n'a pas été modifié.
L'objet dans sa version finale a été accepté par 138 voix contre 55 et une abstention au Conseil national et à 35 voix contre 5 et 3 abstentions au Conseil des Etats. Les oppositions dans les deux chambres provenaient toutes du camp UDC. Si le camp rose-vert a majoritairement soutenu l'objet, quelques uns de ses membres ont toutefois préféré s'abstenir. Il s'agit des sénateurs Recordon, Maury Pasquier, et Cramer au Conseil des Etats et de la députée Marra pour le Conseil national. Le groupe UDC a annoncé avant le vote final sa volonté d'attaquer la modification de la loi sur l'asile par référendum.