In der Wintersession 2019 befasste sich der Nationalrat mit der parlamentarischen Initiative Jans (sp, BS), welche verlangt, mittels Änderung des Gewässerschutzgesetzes den Einsatz von Pestiziden zu verbieten, falls diese die Wasserqualität stark beeinträchtigen.
In der nationalrätlichen Debatte argumentierte der Urheber der Initiative, dass zwar Messungen in Fliessgewässern gemacht würden und festgestellt werde, dass Pestizidwirkstoffe die Gewässerorganismen nachhaltig schädigen. Leider hätten diese Messungen aber zu wenig Folgen, so Jans. Die Pestizide würden nicht aus dem Verkehr gezogen, sondern die Trinkwasserquellen geschlossen. Die Mehrheit der UREK-NR wolle warten, bis die Agrarpolitik 22+ des Bundesrates wirksam würde; für Jans dauerte das aber zu lange, zudem sei auch noch nicht klar, ob überhaupt und welche Massnahmen im Rahmen der Agrarpolitik 22+ vorgeschlagen würden.
Bastian Girod (gp, ZH) erklärte in der Ratsdebatte die Trinkwasserqualität für akut gefährdet. Er verwies auf ein Faktenblatt der EAWAG, welches festhalte, dass die darin gesetzten Ziele (zum Beispiel im Aktionsplan Pflanzenschutzmittel) die gesetzlichen Anforderungen noch nicht erfüllen würden. Für Girod war der richtige Zeitpunkt zu handeln nun eingetroffen, zumal der Bundesrat den beiden Trinkwasser- resp. Pestizidinitiativen keinen Gegenvorschlag entgegenstellen wolle.
Für die SVP-Fraktion sprach Pierre-André Page (svp, FR) ein Loblied auf die Schweizer Landwirtschaft. Diese mache heute schon viel gegen den Missbrauch mit Pflanzenschutzmitteln. Zudem könne sie aufgrund der vielen Restriktionen bald nicht mehr genug produzieren und dann müssten Nahrungsmittel importiert werden, wobei der Konsument nicht wisse, unter welchen Bedingungen diese produziert würden.
Anders als zuvor in der UREK-NR fand die Initiative im neu zusammengesetzten Nationalrat mit 155 zu 88 Stimmen bei 3 Enthaltungen eine Mehrheit. Sämtliche Mitglieder der SVP, sowie einige Mitglieder der FDP und CVP stimmten gegen die Initiative.
In den Medien nahm Markus Ritter (cvp, SG), Nationalrat und Präsident des Schweizerischen Bauernverbandes, Stellung und argumentierte, dass das kürzlich erlassene Anwendungsverbot des Fungizids Chlorothalonil zeige, dass das Zulassungssystem für Pestizide funktioniere. Paul Sicher, Sprecher des Schweizerischen Vereins des Gas- und Wasserfachs, widersprach dieser Aussage, indem er eine sofortige generelle Verschärfung der Zulassungen für Pestizide, ein Verbot für besonders giftige Mittel und Einschränkungen bei deren Einsatz, zum Beispiel für Private, forderte.

Beat Jans (ps, BS) souhaite que la loi fédérale sur la protection des eaux (LEaux) soit complétée afin d'interdire l'utilisation des pesticides avérés nuisibles pour les espaces aquatiques. Actuellement, le dépassement des valeurs écotoxicologiques et la présence de produits de dégradation de pesticides dans les eaux souterraines ou potables n'engendrent généralement pas de conséquences. Lorsque des problèmes sont signalés, les cantons peinent à identifier les responsables des apports de pesticides.
Par 13 voix contre 9 et 3 abstentions, la CEATE-CN décide de ne pas donner suite à l'initiative. Les mesures existantes sont jugées suffisantes. Celles prévues dans le cadre de la politique agricole 2022+ permettront de limiter les effets nocifs des produits phytosanitaires. Une minorité soutient l'initiative.

Kurz vor der nationalrätlichen Beratung des Bundesgesetzes über Zweitwohnungen zeigten sich bürgerliche Parlamentarier vor dem Hintergrund der immer lauter werdenden Referendumsdrohung kompromissbereit: Nicht nur metaphorisch sondern tatsächlich in letzter Minute, nämlich am Vorabend der Nationalratsdebatte in der Frühjahrssession 2015, gelang es durch Einlenken der FDP-Fraktionschefin Huber (fdp, UR) und des SVP-Fraktionschefs Amstutz (svp, BE) tatsächlich, ausserhalb des Parlaments einen Kompromiss mit Vera Weber zu erzielen. Der CVP-Vertreter und Kommissionssprecher Yannick Buttet (cvp, VS), der dem Treffen ebenfalls beigewohnt hatte, verliess dieses frühzeitig und empört darüber, vor beschlossene Tatsachen gestellt worden zu sein, welche seiner Meinung nach nicht einer "pragmatischen Umsetzung" entsprachen. Die SVP hätte den Deal alleine mit Helvetia Nostra eingefädelt und die Mitteparteien aussen vorgelassen. Ferner unterstellte Buttet der SVP, rein aus Eigeninteresse gehandelt zu haben, um auch bei ihren eigenen Initiativen weiterhin einen harten Kurs legitimieren zu können. Gegenüber der NZZ beteuerte Nationalrat Killer (svp, AG), man hätte lediglich rasch möglichst die vorherrschende Rechtsunsicherheit beheben wollen. Der Kompromiss sieht drei Zugeständnisse an die Initianten vor: Erstens soll in Gemeinden, die ihr Kontingent ausgeschöpft haben, auch das Anbieten des Objekts auf einer Vertriebsplattform keinen Zweitwohnungsbau legitimieren. Zweitens sollen nicht mehr in Betrieb stehende Hotelanlagen, die ein Vierteljahrhundert oder länger bewirtschaftet wurden, nur zu 50% in nicht der Nutzungsbeschränkung unterstehende Zweitwohnungen umgewandelt werden dürfen. Schliesslich verlangte der Kompromiss den Verzicht auf den dehnbaren Begriff der "erhaltenswerten Bauten", wenn es darum geht, bestehende Bauten auch in Gemeinden mit ausgeschöpftem Kontingent in Zweitwohnungen umzuwandeln. Anstelle dessen soll die Umwandlung in nicht der Nutzungsbeschränkung unterstehende Wohnungen nur in geschützten und "ortsbildprägenden" Bauten möglich sein. Der Begriff "ortsbildprägend" gilt als deutlich klarer und enger umrissen als der Begriff "erhaltenswert". Im Gegenzug verpflichtete sich Vera Weber, auf das Ergreifen des Referendums zu verzichten.
In der sich über zwei Tage erstreckenden Sitzung im Nationalrat waren es in der Folge nur die CVP und die BDP, die eine harte Linie fuhren und die Interessen ihrer Stammwählerschaft vertraten. Hans Grunder (bdp, BE) kritisierte das Umschwenken der SVP-Fraktion, nachdem deren Kommissionsmitglieder in den Vorberatungen im Namen der Mehrheit noch für eine Beibehaltung oder gar Aufweichung des ständerätlichen Kurses plädiert hatten, worauf der SVP-Fraktionspräsident in ein Kreuzfeuer von diversen Fragen verschiedenster Seiten geriet. Zu Beginn der Beratungen hatte die grosse Kammer über zwei Anträge der Ratslinken zu bestimmen, welche die Rückweisung der Vorlage an den Bundesrat forderten, verbunden mit den Aufträgen, einen Entwurf auszuarbeiten, der den Volkswillen ernst nehme, und eine qualitativ hochstehendere und klarere Gesetzesgrundlage zu schaffen. In der Begründung seines Minderheitsantrages liess Roger Nordmann (sp, VD) verlauten, er habe während seiner ganzen parlamentarischen Karriere noch nie einen so geschraubten Gesetzestext gesehen wie der Vorliegende und mehr noch: "Il est difficile d'y reconnaître un texte légal". Über die geschlossen für die Rückweisung votierenden Fraktionen der SP und der Grünen hinaus fand das Anliegen jedoch bei keinem weiteren Ratsmitglied Zustimmung, womit dieses klar abgelehnt wurde. Im Anschluss stellte sich die Linke und ebenso die GLP hinter die gesetzesverschärfenden Anträge Huber/Amstutz, welche aus diesem Grund mit komfortablen Mehrheiten angenommen werden konnten. Lediglich die geschlossen auftretende Fraktion der BDP, eine beinahe geeinte CVP-Fraktion sowie vereinzelte Mitglieder der SVP stellten sich gegen den ausserparlamentarisch ausgehandelten Kompromiss. Auch Bundesrätin Leuthard zeigte sich im Grunde zufrieden mit der Kompromisslösung, jedoch nicht ohne zu betonen, dass sie es begrüsst hätte, wenn diese den Beratungen in der Kommission entsprungen wäre, da die Auslotung gangbarer Möglichkeiten eigentlich zur Aufgabe der Legislativkommissionen gehöre. Darüber hinaus zeigte sich die Bundesrätin irritiert ob dem verklausulierten Regelwerk: Der Kompromiss schränke die Umnutzung bestehender Wohnungen in Hotelbauten im Artikel 9 Absatz 2 nun zwar ein; in den Absätzen 1bis und 1ter erlaube ein ständerätlicher Zusatz Hotelbesitzern jedoch gar den Neubau von Zweitwohnungen in Gemeinden mit einem Zweitwohnungsanteil von über 20%. Da letztere Regelung nicht Teil des ausgehandelten Kompromisses war, unterlag ein links-grüner Minderheitsantrag zur Streichung dieser Absätze. Nur die GLP-Fraktion unterstützte diesen Antrag.
Ferner beschloss der Nationalrat weitere Abweichungen zur Fassung des Ständerates und schickte den von der ursprünglichen Mehrheit der UREK-NR gestellten Antrag auf Dringlichkeit mit 173 zu 22 Stimmen klar bachab, wobei der Rat der Minderheit Jans (sp, BS) folgte. Für die Dringlichkeitsklausel setzte sich die Hälfte der CVP-Fraktion sowie eine Minderheit der SVP-Fraktion ein. Zum Schluss der Beratung gab Roger Nordmann (sp, VD) im Namen der SP-Fraktion bekannt, die SP werde diesen Kompromiss in der Schlussabstimmung unterstützen, sofern der Ständerat auf den Kompromiss einschwenke. Mit 143 zu 6 Stimmen bei nicht weniger als 47 Enthaltungen verabschiedete der Nationalrat den so veränderten Entwurf nach der Gesamtabstimmung in die Differenzbereinigung. Neben einzelnen Vertretern der FDP und SVP sowie den grossmehrheitlichen Fraktionen der CVP und BDP enthielt sich die Grüne Fraktion komplett der Stimme.