In der Wintersession 2022 bereinigte das Parlament die fünfte Änderung des Covid-19-Gesetzes, bei der es darum ging zu entscheiden, welche Massnahmen nach der Rückkehr in die normale Lage gemäss Epidemiengesetz bis Juni 2024 weitergeführt werden sollen. Eintreten war im Ständerat unbestritten, umstritten war in der Folge nur die Frage, ob und wie lange die Covid-19-Teststrategie aufrechterhalten wird, wer dafür zuständig sein wird und wer diese bezahlen soll. Nach Testkosten von CHF 2.1 Mrd. im Jahr 2021 und laufenden CHF 1.6 Mrd. im Jahr 2022 würden für das kommende Jahr Testkosten in der Höhe von CHF 430 Mio. und für 2024 Kosten im Umfang von CHF 210 Mio. erwartet, erläuterte Kommissionssprecher Dittli (fdp, UR). Der Bundesrat hatte vorgeschlagen, dass die Kantone von Januar bis März 2023 für die vom Bund abgerechneten Testkosten aufkommen und ab April 2023 neben den Kosten auch für die Durchführung und Detailregelungen der Tests zuständig sein sollen. Der Nationalrat wollte jedoch als Erstrat die Verantwortung für Durchführung und Kosten der Tests bis Juni 2024 beim Bund belassen. Eine Minderheit II Stöckli (sp, BE) vertrat die nationalrätliche Position im Ständerat und argumentierte, dass man das bewährte Testregime so lange fortsetzen solle, wie es nötig sei. Eine Übertragung an die Kantone sei nicht sinnvoll, da man ansonsten 26 verschiedene Testregimes haben werde. Die Kommissionsmehrheit pflichtete zwar dem Nationalrat bei, Organisation und Kosten der Tests bis Ende März 2023 beim Bund zu belassen, wollte aber ab April 2023 zum «Normalzustand» (Dittli) zurückkehren, also vollständig auf eine staatliche Finanzierung der Tests verzichten. In der Folge müssten erneut die Krankenkassen und die Privatpersonen für die Kosten aufkommen. Das Testregime sei aufwändig und kostenintensiv und bringe nach dem Ende der Grippesaison nur noch wenig, argumentierte der Kommissionssprecher. Als Kompromiss zwischen den beiden Positionen bezeichnete Maya Graf ihre Minderheit I, welche die Verantwortung wie der Bundesrat ab April 2023 den Kantonen übertragen, im Gegensatz zur Regierung jedoch die Kosten bis Ende März 2023 noch dem Bund belasten wollte. Einen etwas anderen Ansatz verfolgte eine Minderheit III Hegglin (mitte, ZG), welche die Testkosten nur bei einer besonderen Lage gemäss Epidemiengesetz vom Bund abgelten lassen wollte – mit dieser Regelung würden die Tests somit Ende 2022 auslaufen. Seit der Rückkehr in die normale Lage habe man keine Massnahmen gegen die Pandemie mehr ergriffen, entsprechend sei es auch nicht mehr zentral, eine «Übersicht über die epidemiologische Entwicklung» zu haben – die man überdies durch Abwasserproben günstiger haben könne, begründete der Minderheitensprecher seinen Antrag. Gesundheitsminister Alain Berset fürchtete vor allem die Verbindung der Tests mit der Lage gemäss Epidemiengesetz, zumal dies den Druck – auch der Kantone – zur Rückkehr in die besondere Lage verstärken könne. Er beantragte dem Rat folglich, beim bundesrätlichen Vorschlag zu bleiben. In der Ausmehrung setzte sich jedoch der Antrag der Minderheit III Hegglin durch. Der Ständerat entschied sich somit für die Verknüpfung der Testkostenübernahme mit der Lage gemäss Epidemiengesetz und schuf eine erste Differenz zum Nationalrat.

Stillschweigend folgte der Ständerat seiner Kommission bei der Frage der Vorhalteleistungen: Der Nationalrat hatte vorgeschlagen, dass die Kantone Finanzierungsvereinbarungen für ausserkantonale Covid-19-Patientinnen und -Patienten abschliessen sollten. Die Kantone hatten sich aufgrund des grossen administrativen Aufwands dagegen gewehrt, zudem kritisierte die SGK-SR, dass ein solches Vorgehen gegen die Regeln der Spitalfinanzierung verstosse. Der Ständerat lehnte die Regelung folglich ab und schuf eine zweite Differenz zum Nationalrat. Hingegen stimmte er – wie vom Nationalrat vorgeschlagen – für die Aufrechterhaltung der Regelung, wonach Nationalrätinnen und Nationalräte bei Covid-19-Quarantäne oder -Isolation – sollten diese wieder nötig werden – in Abwesenheit abstimmen können. Einstimmig nahm der Ständerat den Entwurf in der Folge an (mit 43 zu 0 Stimmen).

Der Ständerat behandelte in der Wintersession ein Postulat der grünen Baselbieter Ständerätin Maya Graf. Sie wollte damit vom Bundesrat einen Bericht verlangen zur Frage, welche Optionen es für die «verbindliche Beteiligung der Kantone» an bestimmten aussenpolitischen Entscheidungen gibt. Namentlich sollte es um Entscheidungen gehen, die direkte Auswirkungen auf die Exportbranchen der Kantone, auf essenzielle Wirtschaftszweige der Schweiz, auf den Bildungs- und Forschungsstandort oder auf den täglichen grenzüberschreitenden Austausch haben. Die Postulantin begründete ihren Vorstoss damit, dass in vielen Themenfeldern der Bedarf nach grenzüberschreitenden Regelungen sowie nach einer dynamischen Rechtsübernahme wachse, wie etwa die – einige Monate vor der Einreichung des Postulats abgebrochenen – Verhandlungen über ein Rahmenabkommen mit der EU gezeigt hätten. Ein vermehrter Einbezug der Kantone dränge sich deshalb auf, denn eine verstärkte aussenpolitische Zusammenarbeit erfordere erstens eine breitere innenpolitische Legitimation und betreffe zweitens auch kantonale Kompetenzen und Aufgabenbereiche stark. Mit Graf und ihren sechs Mitunterzeichnenden standen Ständeratsmitglieder aus sieben verschiedenen Grenzkantonen und vier verschiedenen Fraktionen hinter dem Postulat.
Der Bundesrat beantragte die Ablehnung des Vorstosses, denn die Mitwirkungsrechte der Kantone seien in der Bundesverfassung und im Bundesgesetz über die Mitwirkung der Kantone an der Aussenpolitik des Bundes schon ausreichend geklärt: Grundsätzlich sei die Aussenpolitik Sache des Bundes, er müsse aber die Kantone bei der Vorbereitung von Entscheiden, die deren Zuständigkeiten oder wesentlichen Interessen betreffen, einbeziehen. Dies geschehe insbesondere mit dem Instrument der Anhörung. Die Stellungnahmen der Kantone seien für den Bund zwar nicht verbindlich, er müsse sie aber berücksichtigen und den Kantonen bei abweichenden Entscheiden seine Gründe darlegen. Was das Rahmenabkommen betreffe, habe der Bundesrat im Übrigen die Annahme der gleichlautenden Motionen 19.3167 und 19.3170 beantragt, die für den Fall einer Unterzeichnung des Abkommens eine gesetzliche Grundlage für ein Mitsprachrecht der Kantone bei der dynamischen Übernahme von EU-Recht gefordert hätten.
Bei den Verhandlungen im Ständerat in der Wintersession 2021 betonte die Postulantin Maya Graf, dass die Aussenpolitik in der heutigen hochgradig verflochtenen Welt und in einer föderalen Demokratie nicht einfach Sache des Bundes sein könne. Die Kantone seien nicht reine Umsetzungsinstanzen international verhandelter Themen, sondern bei zahlreichen Themen in ihren eigenen Kompetenzbereichen betroffen, so etwa in der Gesundheitspolitik, der Verkehrspolitik oder der Energiepolitik. Blosse Anhörungen seien vor diesem Hintergrund nicht ausreichend, zumal bereits die Bundesverfassung festhalte, dass der Bund bei der Aussenpolitik «Rücksicht auf die Zuständigkeiten der Kantone [nehmen] und ihre Interes­sen [wahren]» müsse und dass die Kantone dann, «wenn sie in ihren Zuständigkeiten betroffen sind, [...] in geeigneter Weise an internationalen Verhandlungen mit[wirken].» Eine solche besondere Betroffenheit liege insbesondere bei stark vernetzten Grenzkantonen oft vor. Letztlich verlange das Postulat bloss einen Bericht über die Möglichkeiten zur Umsetzung dessen, was bereits in der Verfassung stehe.
Unterstützung erhielt Graf von den Mitte-Vertretern Charles Juillard (mitte, JU) und Benedikt Würth (mitte, SG). Juillard fand, dass sich die Frage des angemessenen Einbezugs der Kantone keineswegs auf das Rahmenabkommen beschränkt habe, sondern sich auch in Zukunft bei vielen weiteren Abkommen stellen werde. Würth betonte, die Mitwirkung der Kantone sei eine Kompensation dafür, dass die Aussenpolitik dazu tendiere, Themen national zu steuern, die eigentlich auf kantonaler Ebene angesiedelt sind. Das Gesetz regle bisher aber nur den Einbezug der Kantone bei Verhandlungen klar. Aussenpolitik finde jedoch auch dann statt, wenn – wie derzeit nach der Beerdigung des Rahmenabkommens – keine Verhandlungen liefen. Der vom Postulat geforderte Bericht solle deshalb zeigen, wie die Kantone auch in einer solchen Situation besser einbezogen werden können. In der Vergangenheit habe es beispielsweise immer wieder Diskussionen dazu gegeben, wie der Bundesrat die Kantone bei Sondierungen einzubeziehen hat, die im Vorfeld von Verhandlungen stattfinden; hier seien durchaus noch Fragen offen.
Aussenminister Ignazio Cassis vertrat sodann den Ablehnungsantrag des Bundesrats. Er gab Würth Recht, dass die Mitwirkung der Kantone bei der generellen Aussenpolitik heute weniger klar geregelt sei als bei Verhandlungen. Allerdings gebe es Gefässe wie den föderalistischen Dialog oder den Europa-Dialog, über welche die Kantone mitwirken könnten und ein ständiger Austausch gepflegt werde. Bei den Beziehungen mit der EU kämen noch zwei weitere Mechanismen hinzu, in denen die Kantone und der Bund bereits kooperierten: erstens die sogenannte kleine Aussenpolitik, also die grenzüberschreitende Zusammenarbeit auf subnationaler Ebene; zweitens gebe es drei Mitarbeitende im EDA, die von der KdK delegiert und bezahlt werden, die aber vollwertig in die Arbeiten der EDA-Abteilung Europa in Bern sowie in Brüssel integriert seien. Ohnehin seien die Kantone auch in der Aussenpolitik die wichtigsten institutionellen Partner des Bundesrats, und dieser könne faktisch «kaum etwas tun, wenn die Kantone dagegen sind». Eine Auslegeordnung in einem Bericht könne man immer machen, aber der Bundesrat sehe beim Einbezug der Kantone keinen Handlungsbedarf – anders wäre dies bei einem Wechsel zu einer dynamischen Übernahme von EU-Recht gewesen, doch dies stehe nach dem Scheitern des Rahmenabkommens nun ja nicht mehr auf der Tagesordnung.
In der Abstimmung folgte schliesslich eine hauchdünne Mehrheit des Ständerats dem Bundesrat – mit 22 Nein- zu 21 Ja-Stimmen bei einer Enthaltung wurde das Postulat abgelehnt.