Zu Beginn der Wintersession 2021 machte sich der Ständerat an die Beratung der vierten Revision des Covid-19-Gesetzes. Kommissionssprecher Rechsteiner (sp, SG) verwies auf die in doppeltem Sinne spezielle Ausgangslage: Einerseits habe man ursprünglich erwartet, dass die Pandemie bis Ende 2021 vorüber sei – entsprechend habe man das Covid-19-Gesetz ursprünglich bis Ende 2021 begrenzt. Nun stiegen jedoch die Infektionszahlen «in einem Ausmass, das wir uns noch vor Kurzem so nicht hätten vorstellen können». Zudem hatten die Stimmbürgerinnen und Stimmbürger nur Tage zuvor nach dem Gesetz selbst auch dessen zweite Revision an der Urne mit über 60 Prozent Ja-Stimmen gutgeheissen. «Das Abstimmungsresultat kann so auch als eindrückliche Bestätigung der Politik und der Beschlüsse des Bundesrates [...] gelesen werden, aber auch – und das möchte ich hier unterstreichen – als eine Bestätigung der Politik und der Beschlüsse des Parlamentes», freute sich Rechsteiner. Da die Krise aber noch nicht zu Ende sei, müssten auch die «nötigen Massnahmen zur Krisenbewältigung» aufrechterhalten werden. Aus diesem Grund stimme die SGK-SR den Verlängerungsanträgen des Bundesrates zu und sei in einigen Punkten darüber hinausgegangen. Auch Gesundheitsminister Berset verwies auf den neuen Höchststand an täglichen Fallzahlen und betonte insbesondere die ungewisse Situation: Zwar habe man im Vergleich zum letzten ähnlich starken Anstieg eine Impfung und eine gewisse Immunität gegenüber dem Virus entwickelt, gleichzeitig sei diese Mutation jedoch viel ansteckender als frühere. Dennoch möchte der Bundesrat auf die zusätzlichen, durch die Kommission eingebrachten Verlängerungen verzichten, da es in den jeweiligen Bereichen auch ordentliche Instrumente gebe, die genutzt werden könnten. Eintreten wurde in der Folge ohne Gegenantrag beschlossen.
Den zentralen Aspekt dieser Gesetzesänderung stellte die Verlängerung der Geltungsdauer einzelner Artikel dar. Der Bundesrat plante, die verschiedenen Regelungen zu unterschiedlichen Zeitpunkten auslaufen zu lassen. Als erstes sollte Ende April 2022 die Übernahme der nicht gedeckten Kosten für Publikumsanlässe, der sogenannte Schutzschirm für Publikumsanlässe, fallen – wie es bereits in der geltenden Version des Covid-19-Gesetzes vorgesehen war. Bisher sei noch kein entsprechender Antrag auf Entschädigung eingegangen, betonte Gesundheitsminister Berset. Da die Massnahme also nicht zwingend nötig erscheine, solle man sie im Sinne einer Übergangslogik nach dem Winter auslaufen lassen. Dagegen wehrte sich jedoch die SGK-SR, welche den Schutzschirm bis Ende 2022 aufrechterhalten wollte. Er sei auch im Jahr 2022 nötig, betonte Kommissionssprecher Rechsteiner – wenn die Gelder nicht beansprucht würden, sei dies umso besser. Mit 37 zu 5 Stimmen (bei 1 Enthaltung) setzte sich die Kommissionsmehrheit gegen den Bundesrat durch.
Bei der Unterstützung der Sportvereine hingegen folgte der Ständerat stillschweigend dem Vorschlag des Bundesrates: Ende Juni 2022, nach der aktuellen Sportsaison, sollen die A-Fonds-perdu-Beiträge und Darlehen für die Sportklubs auslaufen.
Für die meisten Massnahmen beabsichtigte der Bundesrat eine Laufzeit bis Ende 2022, so etwa für die Kriterien und Richtwerte des Covid-19-Gesetzes, für die meisten Bestimmungen zu Massnahmen im Gesundheitsbereich, für alle Massnahmen zum Arbeitnehmendenschutz, im Asyl- und Ausländerbereich, zu Grenzschliessungen, zum Einsatz technischer Hilfsmittel bei Verhandlungen und Einvernahmen sowie bei den übrigen Massnahmen im Kulturbereich (mit Ausnahme des Schutzschirms). Im Unterschied zum Bundesrat beantragte die Mehrheit der SGK-SR überdies verschiedene Massnahmen der ALV, insbesondere diejenigen zur Kurzarbeitsentschädigung, aber etwa auch die längere Rahmenfrist für den Leistungsbezug oder eine Regelung zur Entlastung der Durchführungsstellen, bis Ende 2022 zu verlängern. Der Bundesrat wehrte sich erfolglos dagegen, während eine Minderheit Hegglin (mitte, ZG) zukünftig zumindest auf das vereinfachte Abrechnungsverfahren in der Arbeitslosenversicherung verzichten wollte. Sein Antrag blieb jedoch ebenfalls erfolglos.
Vergessen gegangen in der Liste der Verlängerungen seien die Massnahmen im Bereich der politischen Rechte, kritisierte Thomas Minder (parteilos, SH) und schlug in einem Einzelantrag auch deren Verlängerung bis Ende 2022 vor. Die Sammlung von Unterschriften sei Corona-bedingt noch immer erschwert, weshalb die administrative Erleichterung für die Referendums- und Initiativkomitees beibehalten werden solle. Mit 40 zu 4 Stimmen hiess der Ständerat die entsprechende Verlängerung gut.
Jakob Stark (svp, TG) beantragte schliesslich in einem Einzelantrag, die generelle Geltungsdauer des Covid-19-Gesetzes, welche Bundesrat und Kommission bis Ende 2022 verlängern wollten, auf Ende Juni 2022 zu beschränken. Er wollte damit dem Bundesrat sowie der Bevölkerung das Signal geben, dass man im Laufe des Jahres wieder zu der ordentlichen Gesetzgebung zurückkehren wolle. Entsprechende Anträge seien auch in der WBK und der SGK-NR diskutiert worden. Nachdem Hans Stöckli (sp, BE) korrigiert hatte, dass es sich auch beim Covid-19-Gesetz um ordentliche Gesetzgebung handle – wenn auch um dringliche –, lehnte der Ständerat den Antrag Stark mit 28 zu 10 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) ab.

Neben den Fristverlängerungen sah der Bundesrat nur wenige weitere Änderungen des Covid-19-Gesetzes vor. Eine davon betraf die Erwerbsausfallentschädigungen. Diese wollte die Regierung und mit ihr eine Minderheit Hegglin zukünftig nur noch im Falle von Unterbrüchen in der Erwerbstätigkeit aufgrund von Covid-19-Massnahmen des Bundes gewähren, nicht aber wie bisher auch bei massgeblichen Einschränkungen der Erwerbstätigkeit. Die Regelung dazu, was massgebliche Einschränkungen seien, sei zu unklar und berge daher Missbrauchspotenzial, kritisierte Hegglin. Die Mehrheit der SGK-SR wollte hingegen beim geltenden Recht bleiben – Kommissionssprecher Rechsteiner verwies auf zahlreiche Verbände betroffener Branchen, die um eine Beibehaltung der bisherigen Regelung gebeten hätten. Mit 34 zu 8 Stimmen sprach sich der Ständerat für den Mehrheitsantrag aus. Stillschweigend folgte der Ständerat der Regierung hingegen bei ihrem Vorschlag, neben den Kantonen neu auch dem SECO Kontrollmöglichkeiten bezüglich der Härtefallmassnahmen zu gewähren.
Ein Minderheitsantrag Germann (svp, SH) schlug schliesslich als Ergänzung zum geltenden Recht vor, dass angemessene Schutzkonzepte bei Veranstaltungen und privaten Zusammenkünften zukünftig nur möglich sein sollen, wenn sie zur «Sicherstellung der Kapazitäten im Gesundheitsbereich» erforderlich sind. Gemäss geltendem Recht mussten sie «verhältnismässig» sein. Er wolle damit verhindern, dass die Covid-19-Massnahmen «leichtfertig wieder auf alle möglichen Aktivitäten in den Bereichen Sport, Kultur und Freizeit ausgedehnt werden könnten», begründete Germann den Antrag. Mit 28 zu 14 Stimmen lehnte der Ständerat die Ergänzung ab.
Auch in anderen Gesetzen standen einzelne Regelungen zur Diskussion: Stillschweigend verlängert wurde dabei die Geltungsdauer einzelner Bestimmungen im Epidemiengesetz, etwa zum Proximity-Tracing-System, zur internationalen Zusammenarbeit und zu den Ordnungsbussen. Ein Einzelantrag Hegglin verlangte überdies, dass der Bund auch im Jahr 2022 einen ausserordentlichen Beitrag an den ALV-Ausgleichsfonds leisten und wie in den Jahren zuvor die Aufwendungen für die Kurzarbeitsentschädigung übernehmen solle. Mit 39 zu 0 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) sprach sich der Ständerat für diese Regelung aus.

In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat die vierte Revision des Covid-19-Gesetzes mit 34 zu 0 Stimmen (bei 6 Enthaltungen) an. Ratspräsident Hefti (fdp, GL) gab dabei bekannt, dass der Rat zwei Petitionen (Pt. 21.2007 «Corona-Massnahmen und Impfpass» von Regula Heinzelmann und Pt. 21.2020 «Für einen Strategiewechsel beim Corona-Gesundheitsschutz» von Peter Mattmann-Allamand) zur Kenntnis genommen habe.

In der Wintersession 2021 hiess das Parlament auch den Nachtrag II zum Voranschlag 2021 gut. Der Ständerat sprach sich, nachdem Peter Hegglin (mitte, ZG) als Sprecher der FK-SR und Finanzminister Maurer den Nachtrag präsentiert hatten, in der Gesamtabstimmung mit 41 zu 1 Stimmen für Annahme des Nachtrags II aus. Einzig Thomas Minder (parteilos, SH) stimmte für Ablehnung des Nachtrags.
Der Nationalrat behandelte den Nachtrag II zusammen mit dem Voranschlag 2022, wobei der Nachtrag II kaum Thema der Diskussionen war. Mit 129 zu 43 Stimmen (bei 7 Enthaltungen) sprach sich auch die grosse Kammer für die Annahme aus. Die ablehnenden Stimmen und die Enthaltungen stammten von Mitgliedern der SVP und einem Mitglied der Grünen.

In der Sommersession 2021 setzten sich Ständerat und Nationalrat mit dem ordentlichen Nachtrag I zum Voranschlag 2021 sowie mit den Nachmeldungen auseinander. Kurz zuvor, Mitte Mai 2021, hatte der Bundesrat eine weitere Nachmeldung eingereicht, mit der er CHF 600 Mio. zur Erhöhung des Verpflichtungskredits zur Beschaffung von Sanitätsmaterial verlangte. Damit wollte er sich «Handlungsspielraum zum Kauf von Impfstoff[en]» schaffen, wie Kommissionssprecher Hegglin (mitte, ZG) im Rahmen der Ständeratsdebatte erklärte. Hegglin störte sich jedoch an dem Vorgehen des Bundesrates, der Kommission auch weiterhin «immer noch fast über Nacht Anträge» zu unterbreiten. Im Krisenjahr 2020 sei dies verständlich gewesen, jetzt solle man aber «wieder zum ordentlichen Verfahren zurückkehren». Mit den beantragten Nachtragskrediten würden sich die für das Jahr 2021 bewilligten Mittel zur Bekämpfung der Covid-19-Pandemie auf CHF 24.6 Mrd. belaufen – also um CHF 3.2 Mrd. zunehmen. Dennoch sprach sich die FK-SR einstimmig für die entsprechenden Bundesbeschlüsse aus, verlangte aber vom Bundesrat einen haushälterischen Umgang mit den Finanzmitteln. Stillschweigend hiess der Ständerat sämtliche Ausgaben gut und nahm den Entwurf einstimmig (mit 43 zu 0 Stimmen) an.

Deutlich grössere Diskussionen folgten hingegen im Nationalrat, in dem auch mehrere Minderheitsanträge vorlagen. Eine Aufstockung der Kredite forderte lediglich eine Minderheit Friedl (sp, SG), die den Schweizer Beitrag an die globale Initiative «Access to Covid-19 Tools Accelerator» um CHF 600 Mio. auf CHF 826 Mio. erhöhen wollte. Claudia Friedl verwies auf die Bedrohung durch Virusmutationen, wie sie vor allem an menschenreichen Orten mit ungenügenden sanitären Anlagen und fehlenden Abständen entstünden. Darum setze ein erfolgreicher Kampf gegen Covid-19 die Unterstützung der ärmeren Staaten voraus, getreu dem Motto der WHO: «Niemand ist sicher, bis alle sicher sind.» Lars Guggisberg (svp, BE) sprach sich gegen eine Erhöhung des Kredits aus und beantragte zugleich, den vom Bundesrat verlangten Kredit im Budget des EDA zu kompensieren. So nähmen die Ausgaben bei der internationalen Zusammenarbeit jährlich deutlich zu, insbesondere auch Corona-bedingt, etwa bei der humanitären Hilfe. Der Nationalrat lehnte beide Minderheitsanträge ab.
Besonders umstritten war im Nationalrat die Frage der Covid-19-Tests. Einerseits lehnte eine weitere Minderheit Guggisberg die Anschubfinanzierung an die Kantone für eine repetitive Testung ab und wollte den entsprechenden Kredit über CHF 64 Mio. streichen. Guggisberg wehrte sich jedoch nicht gegen die repetitive Testung an sich, sondern dagegen, dass der Bund, der bisher bereits 90 Prozent der Covid-19-Sonderausgaben trage, die Kantone auch in diesem Bereich noch zusätzlich unterstütze. So hätten zahlreiche Kantone – anders als der Bund – im Jahr 2020 Ertragsüberschüsse verzeichnet und sollten nun die entsprechenden Kosten selbst tragen. Andererseits beantragte eine Minderheit Nicolet (svp, VD), den Kredit für die Bundesfinanzierung der Covid-19-Tests von CHF 2.4 Mrd. um CHF 112 Mio. zu reduzieren und dabei auf die Finanzierung der Selbsttests zu verzichten, da diese zu wenig zuverlässig seien. Auch diese beiden Minderheitsanträge fanden keine Mehrheit im Rat.
Zudem wollte eine Minderheit Sollberger (svp, BL) auf die Erhöhung des Verpflichtungskredits zur Beschaffung von Sanitätsmaterial und Impfstoffen über CHF 600 Mio., wie sie der Bundesrat in der dritten Nachmeldung beantragt hatte, verzichten. Es seien bereits 20 Mio. Impfdosen bestellt, das genüge für die Grundimmunisierung der Schweizer Bevölkerung. Folglich brauche es keinen Kredit für zusätzliche 15 Mio. Impfdosen, insbesondere da dieser Kredit in kürzester Zeit ohne seriöse Abklärungen gesprochen worden sei. Man müsse später diskutieren, wer für die Kosten der Auffrischimpfungen aufkommen solle. Auch in dieser Frage folgte der Nationalrat jedoch seiner Kommissionsmehrheit und damit dem Bundesrat.
Schliesslich legte Martina Munz (sp, SH) noch einen Minderheitsantrag ohne Corona-Bezug vor: Sie beantragte, den Finanzierungsbeitrag von CHF 5 Mio. für die Renovierung der Kaserne der Schweizer Garde an Auflagen zur Nachhaltigkeit und zur Nutzung von erneuerbaren Energien zu knüpfen. So könne als Rechtsgrundlage für diese Finanzierung nur mit viel Goodwill eine Verbindung zur Bundesverfassung gezogen werden, wie zahlreiche Sprechende kritisierten. Wenn der Kredit aber schon gesprochen werde, um die positive Wahrnehmung der Schweiz zu fördern, solle dabei vor allem die Nachhaltigkeit des Projekts unterstrichen werden. Auch diesen Minderheitsantrag lehnte die grosse Kammer jedoch ab und beliess dies Vorlage damit unverändert. Nach dem Ständerat hiess schliesslich auch der Nationalrat den Bundesbeschluss über den Nachtrag I zum Voranschlag 2021 mit 146 zu 44 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) gegen den Willen der Mehrheit der SVP-Fraktion gut.