Zur Bereinigung der verbliebenen Differenz zu den Krediten für die Beschaffung von Medikamenten für immunsupprimierte Personen waren nochmals drei Beratungen nötig. Die Mehrheit der FK-NR beantragte in der ersten Runde des Differenzbereinigungsverfahrens die Ablehnung der zwei Kredite – zumal die Kommission diese nicht vorberaten hatte. Mehrere Mitglieder der Kommission bezweifelten deren Dringlichkeit und rügten den Ständerat für deren Annahme, ohne genügend Informationen vorzulegen. Man fordere dafür wie üblich eine Botschaft des Bundesrates, betonte etwa Alois Gmür (mitte, SZ). Eine Minderheit Wyss (sp, BS) sprach sich für Annahme der Kredite aus, zumal diese Ausgabe inhaltlich unbestritten sei und man dem Bundesrat damit eine möglichst schnelle Beschaffung ermögliche. Nach langen Diskussionen lehnte der Nationalrat die zwei Kredite mit 105 zu 82 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) ab.

Die Kritik des Schwesterrates – und insbesondere der Schwesterkommission – beeindruckte die FK-SR nicht. Sie hatte das EDI in der Zwischenzeit um einen Bericht zur Präzisierung der Dringlichkeit des Bedarfs gebeten. Dieser Bericht zeigte auf, dass die Produktionskapazitäten der entsprechenden Medikamente begrenzt sind und deutlich unter der Nachfrage liegen dürften. Zudem werde die Wirksamkeit der bestehenden Medikamente heute in Frage gestellt, man suche noch nach Alternativen. Sollten solche gefunden werden, müsse der Bundesrat sofort – nicht erst im Juni nach Behandlung des zweiten Nachtrags – in der Lage sein, diese zu erwerben. Nach dem präzisierenden Bericht des EDI beantragte auch Finanzminister Maurer die Kredite neu zur Annahme. Eine Minderheit Stark (svp, TG) verlangte jedoch weiterhin, «in der Finanzpolitik und in verwaltungstechnischen Abläufen wieder zu bewährten Grundsätzen zurück[zu]finden», insbesondere da sie die Dringlichkeit der Kredite noch immer bezweifelte. Mit 29 zu 9 Stimmen sprach sich der Ständerat aber erneut für Annahme der Kredite aus.

Dieser Bericht des EDI überzeugte nun auch die Mehrheit der FK-NR. Nachdem Lars Guggisberg (svp, BE) erneut Ablehnung der Kredite beantragt hatte, begründete Felix Wettstein (gp, SO) die ambivalente Position der Grünen-Fraktion: Einerseits habe die Finanzkommission zwar zusätzliche Informationen erhalten, diese hätten aber zu mehr Verwirrung geführt – man habe zu diesem Zeitpunkt einfach nicht genug Informationen für einen fundierten Entscheid. Andererseits habe der Bundesrat die Kredite nun gutgeheissen; man könne sie also auch jetzt sprechen und müsse dadurch nicht riskieren, dass die FinDel die Kredite später bevorschussen müsse. Der Nationalrat, nahm die zusätzlichen Kredite in der Folge mit 100 zu 62 Stimmen (bei 16 Enthaltungen) an. Die ablehnenden Stimmen stammten von der fast geschlossen stimmenden SVP-Fraktion – einzig Verena Herzog (svp, TG) hiess die auf ihre Motion zurückgehenden Kredite gut und Lorenzo Quadri (lega, TI) enthielt sich der Stimme – sowie von Minderheiten der Grünen-, Mitte- und der FDP.Liberalen-Fraktionen.

Im Winter 2017 fand der Israelisch-Palästinensische Konflikt auf aussergewöhnliche Art und Weise seinen Einzug in die parlamentarische Debatte in Bundesbern. Mittels einer Motion wollte Nationalrat Quadri (lega, TI) den Bundesrat damit beauftragen, den Austritt der Schweiz aus der Unesco zu beschliessen. Der Motionär verwies auf diverse Initiativen, welche von der Sonderorganisation der UNO angestossen worden waren und mit der Neutralität der Schweiz schlichtweg nicht vereinbar seien; sei dies nun die Resolution «Besetztes Palästina», welche vorsieht, dass Ost-Jerusalem und das Gebiet der Al-Aksa-Moschee ausschliesslich als arabisch angesehen werden, oder die Bezeichnung der Patriarchengräber in Hebron als muslimisches Kulturerbe: Die Unesco versuche lediglich 3000 Jahre Geschichte auszulöschen, indem sie mit ihrem Vorgehen historische Fakten verleugne. Daher sei der Verbleib der Schweiz in der Unesco unter diesen Bedingungen nicht mit dem Neutralitätsgebot vereinbar, weshalb man dem Beispiel der USA und Israels folgen und aus der Organisation austreten solle.
In seiner Stellungnahme vom Februar 2018 beantragte der Bundesrat die Ablehnung der Motion. Der Auftrag der Unesco sei es, durch internationale Zusammenarbeit zu Frieden und nachhaltiger Entwicklung in den Bereichen Bildung, Wissenschaft, Kultur und Kommunikation beizutragen, wozu auch der Schutz und die Wahrung des Welterbes zählten. Besonders dort, wo Kulturgüter sich in Konfliktzonen befänden, spiele die Organisation eine bedeutende Rolle in der Dialogprofilierung zwischen den Konfliktparteien, womit der Schutz des Kulturerbes gefördert werden könne. Daher stelle der Bundesrat das Engagement der Schweiz für die UN-Organisation nicht infrage.
Der Austritt der USA und die jüngst ihrerseits erfolgte Anerkennung Jerusalems als Hauptstadt Israels beeinträchtigten gemäss dem Bundesrat den zuvor über den Verhandlungsweg erreichten Frieden der Zweistaatenlösung. Die Schweiz habe zur Kenntnis genommen, dass bezüglich der geweihten Stätten in Jerusalem der Status quo gewahrt werden soll. Schon seit geraumer Zeit unterstütze sie die Entsendung einer unabhängigen Mission zur faktenbasierten Lagebeurteilung und wie Bundesrat Cassis in der anschliessenden Nationalratsdebatte im Juni auch anführte, anerkenne die angesprochene Resolution die Bedeutung der Altstadt von Jerusalem und ihrer Mauern für sämtliche monotheistischen Religionen. Ebenso wurde bei der Aufnahme der Altstadt von Hebron in die Welterbeliste darauf verwiesen, dass es sich hierbei um eine Stätte handle, die allen drei Religionen zur Ausübung der jeweiligen Riten und Praktiken frei zugänglich sei. Mit ihrem Verbleib in der Unesco solle die Schweiz dafür Sorge tragen, dass diese auch effizient und richtig funktioniert.
Im Nationalrat schienen die bundesrätlichen Argumente auf Anklang zu stossen: Die Motion wurde mit 127 zu 54 Stimmen bei 11 Enthaltungen und ohne weitere Wortmeldungen abgelehnt.