Einen Tag nach dem Ständerat machte sich auch der Nationalrat an die Beratung des Voranschlags der Eidgenossenschaft 2022 mit integriertem Aufgaben- und Finanzplan 2023-2025. Sarah Wyss (sp, BS) und Daniel Brélaz (gp, VD) präsentierten dem Rat das Budget aus Sicht der Mehrheit der FK-NR: Der Bundesrat habe ordentliche Ausgaben in der Höhe von 77.7 Mrd. und ausserordentliche Ausgaben von CHF 3.0 Mrd. vorgesehen. Bei ordentlichen Einnahmen von CHF 77.1 Mrd. und ausserordentlichen Einnahmen von CHF 1.5 Mrd. bleibe damit aufgrund der Schuldenbremse ein struktureller Überschuss und somit ein Handlungsspielraum von CHF 44 Mio. Die Kommissionsmehrheit plane «kleinere Adjustierungen» mit Mehrausgaben von CHF 273 Mio. Bei 12 Mehrheitsanträgen zur Schaffung von Differenzen zum Ständerat lagen der grossen Kammer in der Folge auch etwa 40 Minderheitsanträge vor, grösstenteils von der SVP- oder der SP- und der Grünen-Fraktion. Differenzen zum Erstrat schuf der Nationalrat dabei jedoch nur wenige, zeigte sich dabei aber mehrheitlich grosszügiger als der Erstrat.

In der Eintretensdebatte hoben die Fraktionssprecherinnen und -sprecher erneut die spezielle Situation aufgrund der noch immer nicht ganz überstandenen Corona-Pandemie hervor, beurteilten diese aber sehr unterschiedlich. So sprach etwa Lars Guggisberg (svp, BE) von einer «düsteren» Situation aufgrund des grossen Anstiegs der Nettoschulden, während FDP-Sprecher Alex Farinelli (fdp, TI) zwar das Defizit beklagte, aber auch den langfristigen Nutzen der entsprechenden Ausgaben hervorhob. Optimistischer zeigten sich die übrigen Kommissionssprechenden. Michel Matter (glp, GE) schätzte etwa die Situation der Schweiz als «solide» ein, Alois Gmür (mitte, SZ) zeigte sich erfreut über die insgesamt gute Situation der Schweizer Wirtschaft, verwies jedoch auch auf die noch immer stark leidenden Branchen. Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) und Felix Wettstein (gp, SO) strichen schliesslich die im Vergleich zum Ausland «gute Schuldensituation» (Schneider Schüttel) heraus. Finanzminister Maurer bat den Rat im Hinblick auf den härter werdenden «internationale[n] Konkurrenz- und Verdrängungskampf» um Zurückhaltung bei zusätzlichen Ausgaben.

Mit den mahnenden Worten des Finanzministers in den Ohren startete der Nationalrat in die Detailberatung von Block 1 zu Beziehungen zum Ausland und zur Migration. Hier schuf er zwei Differenzen zum Ständerat: So wollte die Kommissionsmehrheit den Kredit zuhanden des SECO für Darlehen und Beteiligungen an Entwicklungsländer gegenüber dem bundesrätlichen Vorschlag um CHF 10 Mio. erhöhen und damit die Reduktion gegenüber dem Vorjahr rückgängig machen. Der Bundesrat habe bei der Sifem, der Entwicklungsfinanzierungsgesellschaft des Bundes, bereits 2020 CHF 10 Mio. zusätzlich zur Milderung der Corona-Probleme eingeschossen – diese sollen nun kompensiert werden, erklärte Minderheitensprecher Egger (svp, SG), der den Kürzungsantrag vertrat, die Differenz zum Vorjahr. Da dieser Nachtragskredit damals aber vollständig kompensiert worden sei, erachtete die Kommissionsmehrheit diese Kürzung nicht als angebracht und setzte sich im Rat mit 107 zu 74 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) durch. Ohne Minderheitsantrag erhöhte der Nationalrat zudem auf Antrag seiner Kommission den Sollwert für die Mindestanzahl Freihandelsabkommen für die Finanzplanjahre 2024 und 2025. Der Bundesrat hatte hier für die Finanzplanjahre jeweils 34 Freihandelsabkommen vorgesehen, die Kommission erhöhte diese Zahl auf 35 (2024) respektive 36 (2025).
Im Vorfeld der Budgetdebatte hatte der Vorschlag der APK-NR, dass die Schweiz eine dritte Kohäsionsmilliarde sprechen und sich damit quasi eine Beteiligung an verschiedenen Projekten, unter anderem an Horizon, erkaufen könne, für mediale Aufmerksamkeit gesorgt. Auf Antrag der APK-NR beantragte die Mehrheit der FK-NR nun dem Nationalrat, eine dritte Beteiligung der Schweiz an der Erweiterung der EU 2019-2024 in der Höhe von CHF 953.1 Mio. freizugeben, diese aber von einer bis Ende Juni 2022 unterzeichneten Assoziierungsvereinbarungen zwischen der Schweiz und der Europäischen Union zur Teilnahme an verschiedenen laufenden EU-Programmen abhängig zu machen. Eine Minderheit Guggisberg beantragte in Übereinstimmung mit dem Bundesrat die Streichung dieses zusätzlichen Kreditpostens. Finanzminister Maurer bat den Rat eindringlich darum, darauf zu verzichten, da man sich «mit einer solchen Aufstockung in Brüssel eher blamieren würde […]. Die Erwartungen in Brüssel sind völlig anderer Natur; sie bestehen nicht darin, dass wir hier einfach etwas bezahlen, und dann läuft alles.» Mit 93 zu 84 Stimmen (bei 6 Enthaltungen) folgte der Nationalrat der Minderheit. Die (fast) geschlossen stimmenden Fraktionen der SVP und der FDP.Liberalen sowie die Mehrheit der Mitte-Fraktion setzten sich in dieser Frage durch.
Ansonsten lagen in diesem Block verschiedene Minderheitenanträge von linker und rechter Ratsseite für Aufstockungen und Kürzungen vor, die jedoch allesamt erfolglos blieben, etwa eine Aufstockung des Budgets des EDA für humanitäre Aktionen zugunsten des Engagements in Afghanistan und den umliegenden Ländern (Minderheit Friedl: sp, SG), eine Erhöhung des Kredits für zivile Konfliktbearbeitung und Menschenrechte (Minderheit Badertscher: gp, BE) und einen erneuten Beitrag von CHF 300'000 an den Access to Tools Accelerator (Minderheit Friedl) sowie auf der anderen Seite eine Reduktion der Beiträge an multilaterale Organisationen, an die Entwicklungszusammenarbeit und an die Länder des Ostens (Minderheiten Grin: svp, VD).

Im zweiten Block zu den Themen «Kultur, Bildung, Forschung und Sport» schuf der Nationalrat keine Differenzen zum Erstrat. Er folgte dem Ständerat bei seiner Aufstockung des Kredits für Sportverbände und andere Organisationen um CHF 660'000, mit der – wie in den Planungsgrössen vermerkt wurde – eine unabhängige nationale Anlauf- und Meldestelle für Misshandlungen im Schweizer Sport geschaffen werden sollte. Eine Minderheit Sollberger (svp, BL) unterlag mit ihrem Antrag auf Streichung der Aufstockung mit 112 zu 69 Stimmen (bei 4 Enthaltungen). Auch die vom Ständerat vorgenommenen Aufstockungen beim Bundesamt für Meteorologie und Klimatologie hiess der Nationalrat entgegen zweier Minderheitsanträge Egger deutlich gut (129 zu 55 Stimmen bei 1 Enthaltung respektive 129 zu 56 Stimmen). Abgelehnt wurden in der Folge auch verschiedene Streichungsanträge Nicolet (svp, VD), Schilliger (fdp, LU) und Sollberger bei den Covid-19-Leistungsvereinbarungen zur Kultur, bei der Covid-19-Soforthilfe für Kulturschaffende und Kulturvereine im Laienbereich sowie bei den Covid-19-Finanzhilfen.

Verschiedene Differenzen zum Erstrat entstanden hingegen im dritten Block zur sozialen Wohlfahrt und Gesundheit. So erhöhte der Nationalrat auf Antrag der Kommissionsmehrheit die Gelder für die Familienorganisationen bei den Krediten des BSV, die Finanzhilfen unter anderem zur Elternbildung oder zur familienergänzenden Kinderbetreuung beinhalten, im Voranschlags- und den Finanzplanjahren um CHF 1 Mio. Der Bundesrat und eine Minderheit Guggisberg hatten die Ablehnung der Aufstockung beantragt, zumal für eine solche Unterstützung auch institutionelle Voraussetzungen geschaffen werden müssten. Auch den Kredit für den Kinderschutz und die Kinderrechte erhöhte die grosse Kammer um CHF 390'000, um damit die privatrechtliche Stiftung «Ombudsstelle Kinderrechte Schweiz» zu finanzieren, deren Schaffung eine angenommene Motion Noser (fdp, ZH; Mo. 19.3633) verlangt hatte. Der Bundesrat hatte sich gegen diese Aufstockung gestellt, zumal die rechtliche Grundlage für diesen Kredit noch nicht bestehe. «Wir können ja nicht Gelder einsetzen, wenn wir dafür keine legale Grundlage haben», betonte Finanzminister Maurer. Kommissionssprecher Brélaz argumentierte hingegen, man können nicht «tout contrôler pendant deux-trois ans», bevor man damit beginnt, die Gelder einzusetzen.
Abgelehnt wurden in diesem Block Anträge auf Kreditkürzungen bei der Gleichstellung von Frau und Mann, die eine Minderheit Sollberger beantragt hatte. Eine Plafonierung gegenüber dem Vorjahr hätte gemäss Sollberger «keinen Einfluss auf weniger oder mehr Gleichstellung». Ebenfalls erfolglos blieb ein Antrag Glarner (svp, AG) auf Streichung des Beitrags an ein spezifisches Projekt des Vereins Netzcourage sowie ein Minderheitsantrag Nicolet zur Änderung der Planungsgrössen zur Bundesfinanzierung der Covid-19-Tests: Diese sollte nur solange gewährt werden, wie die Covid-19-Zertifikatspflicht gilt. Auch ein Minderheitsantrag Schilliger, der die Leistungen des Erwerbsersatzes mit Verweis auf die vierte Revision des Covid-19-Gesetzes nur bis Ende Juni 2022 gewähren und die Covid-19-Situation anschliessend neu beurteilt wissen wollte, fand keine Mehrheit.

Auch im vierten Block zu Landwirtschaft, Tourismus und Steuern wich der Nationalrat in einem Punkt von den Entscheiden des Ständerates ab: Bei der Nachmeldung für ein Tourismus-Recovery-Programm von CHF 17 Mio. wollte die Kommission die Gelder zu je 50 Prozent für Marketingkampagnen von Schweiz Tourismus und für Entlastungszahlungen an touristische Partnerorganisationen verwenden. Der Bundesrat und der Ständerat hatten keine entsprechenden Einschränkungen vorgenommen, weshalb gemäss den beiden Kommissionssprechenden wie üblich zwei Drittel in die gesamtschweizerischen Marketingkampagnen fliessen würden. Jedoch sei eine Werbekampagne in Südafrika momentan – auch aus ökologischer Sicht – nicht «unbedingt gerade unser Hauptziel», betonte Kommissionssprecherin Wyss. Stillschweigend stimmte der Nationalrat diesem Antrag seiner Kommission zu.
Hingegen folgte der Nationalrat dem Ständerat in diesem Block bei der Erhöhung der Zulagen für die Milchwirtschaft und den Beihilfen für den Pflanzenbau. Eine Minderheit Munz (sp, SH) hatte beantragt, auf erstere Erhöhung zu verzichten und dem Bundesrat zu folgen. Der Bundesrat wolle die Verkehrsmilchzulage erhöhen, aber die Verkäsungszulage senken, da Letztere aufgrund von Fehlanreizen zu einer zu grossen Menge Käse von geringer Qualität führe. Die von der Kommission beantragte Erhöhung zugunsten der Verkäsungszulage würde folglich die bisherige Marktverzerrung noch zementieren. Finanzminister Maurer wies überdies darauf hin, dass man entsprechende Erhöhungen – falls nötig – lieber erst mit den Nachtragskrediten vorlegen würde, wenn man die dazugehörigen Zahlen kenne. Mit 105 zu 61 Stimmen (bei 20 Enthaltungen) sprach sich der Nationalrat jedoch für die Erhöhung aus. Die ablehnenden Stimmen stammten grösstenteils von der SP-, einer Mehrheit der GLP- und einer Minderheit der FDP.Liberalen-Fraktion, die Enthaltungen grösstenteils von der Grünen-Fraktion.
Auch in diesem Block blieben zwei Minderheitsanträge erfolglos: Eine Minderheit I Fischer (glp, LU) und eine Minderheit II Gysi (sp, SG) unterlagen mit Anträgen auf Erhöhungen bei der direkten Bundessteuer respektive bei der Mehrwertsteuer, beim Globalbudget der ESTV sowie in den Finanzplanjahren. Die zusätzlichen Mittel sollten zur Schaffung von je fünf zusätzlichen Steuerkontrollstellen und somit zur Erhöhung des Steuerertrags eingesetzt werden und sich so mittelfristig quasi selbst finanzieren.

Im fünften Block zu Verkehr, Umwelt, Energie und Raumplanung entschied sich der Nationalrat bezüglich zweier Punkte zum Bundesamt für Energie anders als der Ständerat. Letzterer hatte den Kredit für das Globalbudget des BFE sowie für das Programm EnergieSchweiz gegenüber dem bundesrätlichen Entwurf erhöht. Die Mehrheit der FK-NR beantragte nun bei beiden Kreditposten eine zusätzliche Erhöhung um CHF 2.9 respektive CHF 8.3 Mio., wobei die zusätzlichen Gelder beim Globalbudget zur Finanzierung des durch die Erhöhung beim Programm EnergieSchweiz begründeten Aufwands eingesetzt werden sollten. Damit wollte die Kommission gemäss ihrem Sprecher Brélaz in den wenigen Bereichen, in denen die Finanzierung entsprechender Projekte über das Bundesbudget läuft, nach der Ablehnung des CO2-Gesetzes erste Massnahmen zum Klimaschutz treffen. Eine Minderheit Egger sprach sich gegen die Erhöhung aus, zumal im Energiebereich zuerst die Problematik der Stromversorgungslücke gelöst werden müsse. Finanzminister Maurer wehrte sich vor allem dagegen, nach der Ablehnung des CO2-Gesetzes einzelne Punkte «quasi durch die Hintertüre einfach wieder aufs Tapet» zu bringen. Mit 115 zu 67 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) hiess der Nationalrat die Erhöhung jedoch gut, abgelehnt wurde sie von einer Mehrheit der SVP-, der Hälfte der Mitte- und einer Minderheit der FDP.Liberalen-Fraktion.
Erhöht gegenüber dem bundesrätlichen Antrag wurde auch der Kredit für das Globalbudget des ARE. Hier hatte der Ständerat zuvor entschieden, CHF 100'000 mehr für das Projekt Swiss Triple Impact, ein Förderprogramm zur Erreichung von nachhaltigen Entwicklungszielen, einzusetzen, und der Nationalrat folgte ihm mit 115 zu 69 Stimmen (bei 1 Enthaltung). Der Finanzminister hatte die Erhöhung bei einem Sach- und Betriebsaufwand des ARE von CHF 9 Mio. als unnötig erachtet. Auch bei der Aufstockung der Einlage des BIF folgte der Nationalrat seinem Schwesterrat: Hier soll der Maximalbetrag und somit zusätzlich CHF 233 Mio. eingestellt werden, um sicherzustellen, dass auch zukünftig genügend Geld für den Bahnverkehr vorhanden ist, betonte Kommissionssprecherin Wyss. Dies erachteten der Bundesrat und eine Minderheit Schilliger als nicht notwendig, da der Fonds genügend stark geäufnet sei. Mit 125 zu 59 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) folgte der Nationalrat jedoch der kleinen Kammer.
Abgelehnt wurden hingegen ein Kürzungsvorschlag einer Minderheit Egger bei den Umweltschutzmassnahmen des BAZL – Egger hatte argumentiert, die Erhöhung beruhe lediglich auf der Vermutung des BAZL, dass es zukünftig mehr Umweltschutzgesuche geben könne – sowie ein Einzelantrag Rüegger (svp, OW) zur Aufstockung des Kredits des BAFU um CHF 6 Mio., mit der nach der Ablehnung des revidierten Jagdgesetzes die durch Wölfe verursachten Schäden abgegolten und der zusätzliche Aufwand entschädigt werden sollten.

Im sechsten Block zum Themenbereichen Eigenaufwand und Schuldenbremse schlug eine Kommissionsmehrheit in Übereinstimmung mit dem Ständerat vor, verschiedene Kredite beim Bundesamt für Verkehr ausserordentlich zu verbuchen, um so die zuvor vorgenommene Erhöhung der BIF-Einlage finanzieren zu können. Anders als der Ständerat beabsichtigte die Mehrheit der FK-NR zudem, eine Nachmeldung des Bundesrates im Bereich Covid-19-Arzneimittel und -Impfleistungen in der Höhe von CHF 57 Mio. ausserordentlich zu verbuchen – da man noch zusätzliche Ausgaben beschlossen habe, könne nur so die Schuldenbremse eingehalten werden, begründete Kommissionssprecher Brélaz den Vorschlag. Eine Minderheit Schwander (svp, SZ) wehrte sich gegen diese Umbuchungen, da sie gegen die Schuldenbremse und das Finanzhaushaltsgesetz verstossen würden. Diese Meinung teilte auch der Finanzminister, ihm ging das Parlament «mit [seiner] Interpretation [des FHG] hier zu weit», auch wenn die Interpretation der Gesetze keine exakte Wissenschaft sei. Der Nationalrat stimmte den Umbuchungen jedoch mit 133 zu 50 Stimmen respektive 133 zu 49 Stimmen zu.
Eine weitere Differenz schuf der Nationalrat stillschweigend bezüglich der Planungsgrössen beim VBS: Dort soll eine neue Planungsgrösse dafür sorgen, dass die Bruttomietkosten ab 2025 um 2 Prozent gesenkt und damit gemäss Kommissionssprecherin Wyss CHF 400 Mio. jährlich «freigespielt» werden sollen.
Erfolglos blieben die Minderheitsanträge Sollberger und Strupler (svp, TG), welche die Kredite für das Bundespersonal gegenüber dem bundesrätlichen Vorschlag um CHF 1.8 Mio. (2022, Minderheit Sollberger) respektive um CHF 10.9 Mio. (2023), CHF 117 Mio. (2024) und CHF 265 Mio. (2025, alle Minderheit Strupler) reduzieren wollten. Damit hätte auf zusätzliche Stellen für die Strategie Social Media/Digitalisierung verzichtet (Sollberger) respektive «das ungebremste Personalwachstum beim Bund» gebremst werden (Strupler) sollen. Zuvor hatte bereits der Ständerat die Ausgaben im Voranschlags- und den Finanzplanjahren um CHF 21 Mio. reduziert. Mit 131 zu 52 Stimmen respektive 133 zu 50 Stimmen lehnte der Nationalrat die beiden Anträge ab, folgte damit dem Bundesrat und schuf eine weitere Differenz zum Erstrat. Erfolglos blieb auch ein Kürzungsantrag Egger beim Ressourcenpool des Generalsekretariats UVEK.

Mit der Bereinigung des Entwurfs, bei welcher der Nationalrat seiner Kommission in fast allen Punkten gefolgt war, hatte der Nationalrat den Ausgabenüberschuss von CHF 2.08 Mrd. (Bundesrat) respektive CHF 2.32 Mrd. (Ständerat) auf CHF 2.36 Mrd. erhöht – durch die Umbuchung einzelner zusätzlicher Ausgaben auf das Amortisationskonto (ausserordentliche Ausgaben Bundesrat: CHF 3.03 Mrd., Ständerat: CHF 3.25 Mrd., Nationalrat: CHF 3.30 Mrd.) konnte die Schuldenbremse jedoch eingehalten werden. Mit 130 zu 44 Stimmen (bei 7 Enthaltungen) nahm der Nationalrat den Voranschlag 2022 an. Die ablehnenden Stimmen stammten von Mitgliedern der SVP-Fraktion und von Stefania Prezioso (egsols, GE), die Enthaltungen ausschliesslich von Mitgliedern der SVP-Fraktion. Letztere sprachen sich teilweise auch gegen die übrigen Bundesbeschlüsse aus, dennoch nahm der Nationalrat den Bundesbeschluss Ib über die Planungsgrössen im Voranschlag für das Jahr 2022, den Bundesbeschluss III über die Entnahmen aus dem Bahninfrastrukturfonds für das Jahr 2022 und den Bundesbeschluss IV über die Entnahmen aus dem Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds für das Jahr 2022 jeweils deutlich an.

Am 10. März 2021 startete der Ständerat in die Differenzbereinigung der zweiten Revision des Covid-19-Gesetzes. Zum Einstieg betonte Kommissionssprecher Christian Levrat (sp, FR) einerseits die Absicht der WAK-SR, dem Schwesterrat in so vielen Punkten wie möglich zuzustimmen, um möglichst viele Differenzen zu bereinigen. Entsprechend habe die Kommission trotz fehlender Ästhetik der Regelungen zu einigen Änderungen Zustimmung beantragt. Andererseits unterscheide man sich jedoch vom Nationalrat noch in der Anschauung zum Ziel der Gelder für die Unternehmen: Während der Ständerat Härtefälle ausgleichen wolle, ziele der Nationalrat auf den Ersatz von durch die Pandemie entstandenen Schäden. Entsprechend grösser seien auch die Kosten des nationalrätlichen Entwurfs: Der Ständerat habe die Kosten gegenüber der bundesrätlichen Version, welche ihrerseits bereits CHF 10 Mrd. kostete, um CHF 3 Mrd. erhöht, der Nationalrat um weitere CHF 8 Mrd.
In der Folge zeigte der Ständerat die von Christian Levrat angetönte Nachsicht gegenüber dem Nationalrat und nahm einige Bestimmungen an, ohne dass sich die Kommission davon überzeugt gezeigt hätte: «Il s'agit essentiellement de dispositions déclaratives avec lesquelles nous pouvons vivre», erklärte der Kommissionssprecher beispielsweise. So stimmte der Ständerat zu, dem Bundesrat vorzuschreiben, dass er Contact-Tracing sowie ein tägliches Monitoring der Covid-Situation als Entscheidungsgrundlage durchführen, sich an internationalen wissenschaftlichen Erfahrungen orientieren, einen Impfplan erstellen und Alternativen zur Quarantäne prüfen soll. Auch die Öffnung der Gastrobetriebe mit Schutzkonzepten für die Verpflegung von Personen aus Landwirtschafts- und Bausektor sowie A-Konto-Zahlungen im Umfang der voraussichtlichen Ansprüche zur Beschleunigung der Verfahren hiess der Ständerat gut. Auch bei der Frage nach dem Finanzierungsanteil des Bundes lenkte der Ständerat ein: Hier hatte er auf Antrag der Finanzdirektorenkonferenz äusserst knapp eine Erhöhung des Bundesanteils von 70 auf 80 Prozent verlangt, pflichtete seinem Schwesterrat nach dessen Festhalten jedoch bei. Der Nationalrat habe sich in dieser Frage sehr geeint gezeigt, hatte Christian Levrat das Einlenken zuvor begründet.

Einen Tag später machte sich auch der Nationalrat an die Bereinigung der Differenzen. Auch die WAK-NR sei sich der Dringlichkeit der Vorlage bewusst und sei dem Ständerat gemäss Kommissionssprecherin Esther Friedli deshalb ebenfalls in einigen Punkten entgegengekommen oder habe Kompromissvorschläge gemacht. So lenkte die WAK-NR und mit ihr der Nationalrat bei der Frage ein, welche Unternehmen von Härtefallhilfen Gebrauch machen können. Der Ständerat hatte hier eine Unterstützung für Unternehmen, die vor dem 1. Oktober 2020 gegründet worden waren, vorgesehen, während der Nationalrat die Unternehmen unabhängig ihres Gründungsdatums hatte unterstützen wollen. Auch bei der Frage, ob der Bundesrat die Umsetzung der Härtefallhilfe der Kantone koordinieren müsse oder nicht, gab der Nationalrat seinen Widerstand auf. Finanzminister Maurer hatte sich zuvor lautstark gegen die nationalrätliche Forderung einer Koordination ausgesprochen, zumal die Kantone ihre Umsetzungsgesetzgebung nach Startschwierigkeiten mehrheitlich abgeschlossen hätten.
Trotz eines Minderheitsantrags Grossen (glp, BE), der die Bestimmung aufrechterhalten wollte, strich der Nationalrat auch seine anfänglich eingefügte Regelung, wonach Überentschädigungen ohne Nachteile für die Betroffenen zurückerstattet werden können. Der Ständerat hatte die Regelung aus Angst vor Missbrauch abgelehnt. Darüber hinaus hiess der Nationalrat die Umwandlung der Pflicht für den Bundesrat, für genügend Praktikumsplätze für Schulabgängerinnen und Schulabgänger zu sorgen, in eine Kann-Bestimmung, die Streichung einer Änderung der Lex Koller zum Schutz der während der Pandemie aufgegebenen Betriebe vor einer Übernahme durch Personen aus dem Ausland sowie die Kann-Formulierung für Vorschüsse bei Verzögerungen bei den Covid-19-Hilfegesuchen gut.

Damit waren vor der dritten Behandlung der zweiten Revision des Covid-19-Gesetzes durch den Ständerat die grossen Fragen zum Konzept der Härtefallhilfen offen geblieben. Das blieben sie jedoch auch nach dieser Behandlung, zumal der Ständerat in dieser Runde keine Differenzen bereinigte. Im Gegenteil stellte er zwei Rückkommensanträge, mit denen er zwei bereits bereinigte Aspekte ergänzen wollte. Ein Rückkommensantrag betraf die medizinische Grundversorgung, bei der die WAK-SR die Bestimmung, wonach der Bundesrat wichtige medizinische Güter selber beschaffen kann, um die eigene Herstellung der Güter ergänzen wollte. Damit reagierte die Kommission auf Zeitungsberichte, welche von Kontakten zwischen dem Bundesrat und Moderna bezüglich einer eigenen Schweizer Impfstoff-Produktionslinie berichteten. In diesen war die Frage aufgeworfen worden, ob überhaupt eine Rechtsgrundlage für eine entsprechende Produktion bestehe – eine solche wollte die WAK-SR somit schaffen. Verschiedene Sprechende störten sich in der Folge jedoch nicht an der Ergänzung bezüglich der Impfstoffproduktion, sondern an der grundsätzlichen Regelung zur Beschaffung von medizinischen Gütern im Allgemeinen, zumal das Parlament die Forderung nach einer entsprechenden gesetzlichen Regelung bereits im September 2020 verabschiedet hatte (Mo. 20.3268 und Mo. 20.3906), bisher aber nichts geschehen sei. Paul Rechsteiner (sp, SG) verwies für die SGK-SR zudem darauf, dass diese Fragen auch ausserhalb des Covid-19-Gesetzes und damit zeitlich unbeschränkt geklärt werden müssen. Stillschweigend nahm der Ständerat die Änderung dieser Bestimmung an.
Der zweite Rückkommensantrag betraf die Grundlagen für einen Nachweis der Covid-19-Impfung, -Erkrankung oder eines Covid-19-Tests, welche der Bundesrat schaffen sollte. Diese Regelung wollte die WAK-SR auf Vorschlag des BAG nun ausdifferenzieren und dabei gleichzeitig die Anforderungen an den Nachweis sowie die Kostenfrage regeln. Stillschweigend nahm der Ständerat auch diese neue Bestimmung an.

In der letzten Runde des Differenzbereinigungsverfahrens bereinigte der Nationalrat dann einige zentrale – und teure – Fragen im Bereich der Härtefallhilfe.
Eine Frage war, ob Unternehmen, die einen operativen Jahresgewinn ausweisen, Anrecht auf A-Fonds-perdu-Beiträge haben sollen. Diese Bestimmung hatte der Ständerat zuvor zugunsten der Regelung gestrichen, wonach Unternehmen, die einen Jahresumsatz von mindestens CHF 5 Mio. erzielen und A-Fonds-perdu-Beiträge erhalten, ihren steuerbaren Jahresgewinn im entsprechenden Jahr zu 100 Prozent Bund und Kanton weiterleiten müssen. Diese Regelung sei sinnvoller, zumal man vorgängig nicht wisse, ob ein Unternehmen einen Jahresgewinn erzielen werde, hatte Christian Levrat argumentiert. Um sicherzustellen, dass die entsprechenden Gelder bei einer Aufgabe der Geschäftstätigkeit nicht «abgezügelt» werden, schuf der Nationalrat eine zusätzliche Bestimmung, wonach Härtefallhilfen bei Aufgabe der Geschäftstätigkeit sowie Verkauf oder Konkurs des Unternehmens im Geschäftsjahr zurückbezahlt werden müssen. Obwohl Bundesrat Maurer auf die Schwierigkeit verwies, bei Konkurs die Härtefallhilfen zurückzuzahlen, nahm der Nationalrat diese Änderung stillschweigend an.
Beim Dividendenverbot für mit Härtefallmassnahmen unterstützte Unternehmen hatte der Nationalrat eine Ausnahme für Ausschüttungen zur Tilgung von Unternehmensschulden oder bei Nachfolgeregelungen vorgesehen, für welche sich der Ständerat jedoch nicht hatte erwärmen können. Nachdem die Verwaltung der Kommission bestätigt hatte, dass keine Unternehmen von diesen Ausnahmeregelungen betroffen wären, entschied sich auch der Nationalrat, diese zu streichen.
Zudem verzichtete die grosse Kammer auch auf die Bestimmungen, wonach die A-Fonds-perdu-Beiträge nicht mehr als 100 respektive 30 Prozent der ungedeckten Fixkosten (bei Unternehmen mit einem Jahresumsatz von weniger respektive mehr als CHF 5 Mio.) betragen dürfen. Diese Bestimmung hatte der Nationalrat zuvor gegen Streichungsanträge des Ständerats verteidigt, um eine Überentschädigung zu verhindern.
Schliesslich gab der Nationalrat auch seine Regelung auf, mit der er die aufgrund von behördlichen Anordnungen geschlossenen Betriebe entschädigen wollte. Nach langen Diskussionen folgte er damit dem Prinzip des Ständerates, wonach einzig Härtefälle zu verhindern, aber keine Entschädigungen auszusprechen seien.
Auch bei den Erwerbsausfallentschädigungen stimmte der Nationalrat seinem Schwesterrat zu. Erst im Dezember hatte das Parlament die EO-Grenze für Selbständigerwerbende von 55 Prozent – wie sie im Oktober 2020 festgelegt worden war – auf 40 Prozent gesenkt, nun wollte der Nationalrat eine weitere Senkung auf 20 Prozent erreichen. In der letzten Differenzbereinigungsrunde hatte der Ständerat einen Kompromissvorschlag mit 30 Prozent präsentiert, den der Nationalrat nun annahm. Es gehe hier nicht um die ganz grossen Beträge, hatte Kommissionssprecher Levrat im Ständerat den Kompromissvorschlag begründet, eine Minderheit des Ständerats hatte sich jedoch dagegen gewehrt, dass man inmitten des Spiels die Spielregeln ändere.

Obwohl der Nationalrat dem Ständerat also in zahlreichen Punkten entgegengekommen war, konnte er nicht verhindern, dass eine Einigungskonferenz nötig wurde. Diese hatte fünf Differenzen zu bereinigen. Im Bereich der Härtefallhilfe folgte die Einigungskonferenz dem Konzept des Ständerates, wie es sich im Verlaufe der Differenzbereinigung bereits angekündigt hatte. Die sicherlich teuerste Differenz betraf die Definition eines Härtefalls. Gemäss der aktuellen Regelung galt ein Unternehmen als Härtefall, wenn sein Jahresumsatz unter 60 Prozent des mehrjährigen Durchschnitts lag. Der Nationalrat wollte bereits bei einem Jahresumsatz unter 75 Prozent Härtefallgelder sprechen, während der Ständerat bei der geltenden Regelung bleiben wollte. Auch einen Kompromissvorschlag einer Hürde bei 70 Prozent hatte die kleine Kammer abgelehnt. Vor der Einigungskonferenz hatte der Nationalrat schliesslich vorgeschlagen, bei der 60-Prozent-Hürde zu bleiben, aber die Hürde für Ausnahmefälle auf 75 Prozent zu erhöhen. Auch dieses Modell konnte sich jedoch in der Einigungskonferenz nicht durchsetzen, diese blieb beim geltenden Recht. Es wurde befürchtet, dass die Ausnahmebestimmung, wie sie der Nationalrat zuletzt vorgeschlagen hatte, zu grossen Umsetzungsproblemen führen würde.
Offen war auch die Frage, ob Eignerinnen und Eigner von Unternehmen, die Härtefallhilfen über mehr als CHF 5 Mio. beziehen, Eigenleistungen erbringen müssen, sofern sie dazu in der Lage sind. Leistungen seit Beginn der Corona-Pandemie würden dabei jedoch angerechnet. Eine solche Regelung hatte der Ständerat geschaffen, der Nationalrat hatte sie jedoch abgelehnt. Zuletzt hatte der Nationalrat vorgeschlagen, solche Massnahmen auf Unternehmen mit einem Jahresumsatz von CHF 150 Mio. zu begrenzen, die Einigungskonferenz entschied sich jedoch für die ständerätliche Version. Auch der vom Nationalrat ergänzte Passus, wonach Härtefallhilfen bei Aufgabe der Geschäftstätigkeit sowie bei Konkurs oder Verkauf eines Unternehmens zurückbezahlt werden müssen, fand an der Einigungskonferenz keinen Anklang und wurde gestrichen.
Bis zum Schluss offen geblieben waren jedoch nicht nur Fragen zu den Härtefallhilfen. Wie bereits bei der ersten Revision des Covid-19-Gesetzes konnte die Frage zu den Sportvereinen erneut erst in der Einigungskonferenz geklärt werden: Hier wollte der Ständerat die Pflicht für die Klubs, ihre Löhne über CHF 250'000 zu senken, streichen, um zu verhindern, dass die Klubs durch Vertragsauflösungen ihre besten Spieler ablösefrei ziehen lassen müssen. Diesbezüglich entschied sich die Einigungskonferenz für einen Kompromiss: Zwar sollen die Klubs die Löhne für den Erhalt von A-Fonds-perdu-Beiträgen weiterhin senken müssen, gleichzeitig sollen aber Klubs, die ihre Einkommen nicht reduzieren, ebenfalls maximal 50 Prozent ihrer entgangenen Ticketeinnahmen durch Härtefallhilfen vergütet erhalten.
Wenig umstritten war der Änderungsvorschlag des Nationalrats zur kurz zuvor vom Ständerat neu eingefügten Bestimmung für einen Impfausweis. Dabei war der Nationalrat einem Antrag Grossen gefolgt, der neben Covid-Tests und -Impfungen auch Covid-Erkrankungen in die Covid-19-Zertifikate aufnehmen und damit auch den Genesenen eine Ausweismöglichkeit geben wollte. Einstimmig übernahm die Einigungskonferenz diese letzte Version des Nationalrats.
Offen war darüber hinaus auch noch die Frage der Mietrückstände, mit der sich das Parlament einmal mehr schwer tat. Der Nationalrat hatte vorgeschlagen, die Frist zur Bezahlung von Miet- oder Pachtzinsen temporär zu verlängern und Kündigungen nach einer Schliessungsanordnung für nichtig zu erklären. Beide Ansinnen lehnte der Ständerat ab, bezüglich der Nichtigkeit von Kündigungen hatte der Nationalrat in seiner letzten Beratungsrunde nachgegeben; mit der Frage der Verlängerung der Fristen musste sich die Einigungskonferenz auseinandersetzen. Jacqueline Badran (sp, ZH) hatte zuvor für die Minderheit noch einmal darauf hingewiesen, dass grosse Immobilieneigentümer diese Chance nutzten, um mittelständisches Gewerbe an guten Lagen loszuwerden und durch zahlungskräftigere «globale Multis» zu ersetzen. Dies müsse mit der entsprechenden Regelung verhindert werden. Der Finanzminister hatte jedoch darauf verwiesen, dass das Problem mit den A-Fonds-perdu-Beiträgen eigentlich gelöst sein sollte, da diese eine Zahlung der Mieten ermöglichten. Mit dem Argument, die Stundung von Miet- und Pachtzinsen löse keine Probleme, sondern schiebe sie lediglich hinaus, entschied sich die Einigungskonferenz, auch die verbliebene Bestimmung zu streichen.
Offen geblieben war auch die Frage, ob der Bund im Veranstaltungsbereich eine Art Versicherung für zukünftige Publikumsanlässe schaffen soll. Zwar liess sich der Ständerat vom Nutzen einer solchen Regelung, die der Nationalrat geschaffen hatte, überzeugen, wollte sie aber auf Anlässe mit nationaler Bedeutung beschränken, während der Nationalrat auch Anlässe mit regionaler Bedeutung unterstützten wollte. Die Einigungskonferenz setzte folglich als Kompromiss auf Anlässe mit überkantonaler Bedeutung.
Schliesslich musste die Einigungskonferenz auch darüber entscheiden, ob die Ausnahmeregelungen bei den KAE von Ende März 2021 auf Ende Juni 2021 (Ständerat) oder Ende Dezember 2021 (Nationalrat) verlängert werden sollen. Auch hier folgte die Einigungskonferenz dem Ständerat, stellte jedoch eine weitere Verlängerung in Aussicht, falls diese nötig werden sollte.

Nach kurzen Diskussionen nahm der Nationalrat den Antrag der Einigungskonferenz mit 179 zu 9 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) an, der Ständerat sprach sich einstimmig (42 zu 0 Stimmen) für den Antrag aus. Stillschweigend wurden auch Änderungen der Redaktionskommission gutgeheissen, während die Dringlichkeitsklausel im Nationalrat erneut für vereinzelte Gegenstimmen sorgte. Vor den Schlussabstimmungen fassten die Fraktionen ihre Positionen nochmals zusammen, wobei sich diese verglichen mit dem Beginn der Debatte kaum verändert hatten: Den links-grünen Parteien gingen die Massnahmen zu wenig weit, der SVP ging sie zu weit, doch auch die Parteien zwischen den Polen hatten nicht sämtliche ihrer Anliegen durchsetzen können und zeigten sich folglich ebenfalls nur teilweise befriedigt. Entsprechend betonte Finanzminister Maurer, dass man einen «Kompromiss gefunden [habe], der niemanden ganz zu befriedigen vermag, der aber eine solide Grundlage bildet». Aus Sicht des Finanzministers konnte der ganz grosse Schaden, der sich nach der ersten nationalrätlichen Beratung mit Zusatzkosten von über CHF 10 Mrd. angekündigt hatte, verhindert werden. Stattdessen beschloss das Parlament Mehrausgaben von CHF 2 Mrd. – zusätzlich zu den vom Bundesrat vorgeschlagenen CHF 10 Mrd. Zusammen mit den letztjährigen Sonderausgaben von CHF 15 Mrd. – CHF 10 Mrd. davon mussten als Schulden verbucht werden – würden damit dieses Jahr wohl weitere rund CHF 20 Mrd. Corona-bedingte Schulden anfallen, erläuterte der Finanzminister die aktuelle Situation. Hinzu kämen Ausfälle bei der ALV sowie Steuerausfälle etwa bei den Mineralöl- und Mehrwertsteuern.

In den Schlussabstimmungen nahm der Nationalrat das Covid-19-Gesetz mit 163 zu 13 Stimmen (bei 13 Enthaltungen) an, wobei sowohl die ablehnenden Stimmen als auch die Enthaltungen von Mitgliedern der SVP-Fraktion stammten. Unumstritten war im Nationalrat hingegen das Bundesgesetz über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung und somit der ausserordentliche Beitrag 2021 an den ALV-Ausgleichsfonds. Der Ständerat stimmte beiden Vorlagen einstimmig mit 42 zu 0 Stimmen zu. Somit hatte das Parlament auch die zweite Revision des Covid-19-Gesetzes innerhalb einer Session beraten. Doch die Diskussionen zum Covid-19-Gesetz waren damit längst nicht abgeschlossen: Aufgrund des Referendums, welches in der Zwischenzeit zum im September 2020 geschaffenen Covid-19-Gesetz ergriffen worden war, wird sich im Juni 2021 erstmals auch die Stimmbevölkerung zu diesem Thema äussern können.

160 Tage nach der Schaffung des Covid-19-Gesetzes und 93 Tage nach Annahme der ersten Revision behandelte der Ständerat in der Frühjahrssession 2021 die zweite Revision des Covid-19-Gesetzes. Erneut stand das Parlament vor einem dichtgedrängten Programm, zumal das Gesetz bis zum Ende der Session fertig beraten sein musste, weil der Bundesrat ansonsten womöglich wieder auf Notrecht zurückgreifen müsste, wie etwa Ruedi Noser (fdp, ZH) erklärte. Der Zürcher Ständerat verwies denn auch auf die Problematik, ein Geschäft, in dem es um CHF 15 Mrd. geht, innert kurzer Zeit behandeln zu müssen. Der Ständerat hatte beispielsweise als Erstrat nur gerade fünf Stunden Zeit, bis die nationalrätliche Kommission seine Entscheide bereits wieder beraten sollte.
Bei der Präsentation der Revision erläuterte Kommissionspräsident Levrat (sp, FR) zum Einstieg, was nicht im Gesetz oder der Revision stehe – auch wenn man beim Lesen der Zeitungen das Gefühl habe, das seien die zentralen Elemente des Gesetzes: nämlich die Regeln zur Öffnung von Geschäften und Restaurants sowie die Meinungsäusserungsfreiheit der Covid-19-Task-Force. Damit stellte er sich ablehnend zur Forderung verschiedener Kommissionen – insbesondere der WAK-NR –, einen zwingenden Öffnungstermin etwa für Restaurants ins Covid-19-Gesetz aufzunehmen. Die WAK-SR habe sich auf die wirtschaftlichen Aspekte konzentriert, wie es ihrer Aufgabe und ihrem Kompetenzbereich entspreche, während das Notfallmanagement in der Verantwortung des Bundesrates liege.

Eintreten war in der Folge nicht bestritten, genauso wenig hatte die WAK-SR Anträge bezüglich Artikel 1 des Gesetzes, der die Grundsätze des Covid-19-Gesetzes beinhaltet, gestellt. Dennoch sorgten verschiedene Einzelanträge insbesondere der Mitte-Fraktion dafür, dass nicht nur die spezifischen vom Bundesrat geplanten Änderungen, sondern auch grundsätzliche Fragen zum Gesetz diskutiert wurden. Den Anfang machte Heidi Z’graggen (mitte, UR), die dem Bundesrat die Einhaltung des Subsidiaritätsprinzips, «die mildest- und kürzestmögliche Einschränkung des wirtschaftlichen und gesellschaftlichen Lebens» sowie eine Pflicht zur umfassenden Information des Parlaments über die Massnahmen gemäss dem Epidemiengesetz vorschreiben wollte. Andrea Gmür-Schönenberger (mitte, LU) wollte den Bund zu einem Ampelsystem verpflichten, bei dem er vorgängig Kriterien und Richtwerte für Einschränkungen und Erleichterungen definieren sollte. Benedikt Würth (mitte, SG) beantragte eine Präzisierung bei der Pflicht zum Einbezug der Kantone – statt wie bisher vor allem die GDK sollten zukünftig die einzelnen Kantonsregierungen in die Entscheidungsfindung einbezogen werden. Am weitesten ging der Vorschlag von Thomas Minder (parteilos, SH), der ein Vetorecht der zuständigen Kommissionen gegen einen Lockdown, eine Ausgangssperre, grossräumige Grenzschliessungen oder Schliessungen von sehr bedeutenden Branchen schaffen wollte. In der Folge entbrannte vor allem eine Diskussion um die Frage, ob denn nun der Grundsatz des Gesetzes diskutiert werden solle, ob im Hinblick auf die Mehrheitsanträge der WAK-NR zur Öffnung der Wirtschaft mit Grundsatzdiskussionen bis nach der ersten Beratung des Nationalrats gewartet werden solle oder ob es in dieser Revision des Gesetzes einfach um eine Minderung der wirtschaftlichen Folgen gehen solle und das folglich nicht der richtige Zeitpunkt für Grundsatzdiskussionen sei. Kommissionspräsident Levrat lehnte im Namen der Kommission sämtliche Einzelanträge zum ersten Artikel ab. Dabei wies er insbesondere auf die institutionelle Ordnung hin, gemäss der das Parlament abstrakte Normen zu erlassen habe und die Regierung für deren Durchsetzung zuständig sei. Ein Vetorecht der Kommissionen sowie eine zu detaillierte Informationspflicht gegenüber dem Parlament würden dieser institutionellen Ordnung widersprechen. Eine Präzisierung im Sinne des Antrags Z’graggen sei zudem nicht nötig, da die Verhältnismässigkeit im Covid-19-Gesetz bereits jetzt vorgeschrieben sei.
Dennoch stimmte der Ständerat einigen der Einzelanträge zu Artikel 1 zu, nämlich der Pflicht für den Bundesrat, sich an der Subsidiarität zu orientieren und die Einschränkungen so kurz wie möglich zu halten (Antrag Z’graggen), vorgängig Kriterien und Richtwerte zu definieren (Antrag Gmür-Schönenberger) sowie die Kantonsregierungen einzubeziehen (Antrag Würth). Deutlich lehnte er hingegen das Vetorecht für die Kommissionen ab (Antrag Minder).
In einem Einzelantrag verlangte überdies Martin Schmid (fdp, GR), dass Kantone mit stabiler oder rückläufiger epidemiologischer Lage oder mit innovativen Massnahmen zur Bewältigung der Pandemie (beispielsweise einer Covid-19-Teststrategie) Erleichterungen erhalten. So widersprächen wirtschaftspolitische Argumente, wonach ein Kanton wirtschaftlich nicht den anderen vorgezogen werden dürfe, dem Epidemiengesetz, gemäss dem nur gesundheitspolitische Argumente zählten. Christian Levrat vertrat im Gegenzug die Ansicht, dass Schmids Vorschlag im Widerspruch zum Epidemiengesetz stehe, da Letzteres ausschliesslich Massnahmen auf nationaler Ebene vorsehe. Zudem verwies er auf die Situation im November 2020, als es zu einem «Chaos zwischen den Kantonen» gekommen sei. Dennoch sprach sich der Ständerat mit 30 zu 13 Stimmen für den Einzelantrag Schmid aus.

Hauptdiskussionspunkt bei dieser Debatte des Covid-19-Gesetzes waren hingegen die Härtefallhilfen, zu denen zahlreiche Minderheitsanträge vorlagen. Umstritten waren hier beispielsweise die Finanzierungsanteile des Bundes und der Kantone an den Härtefallhilfen. Der Bundesrat hatte vorgesehen, 70 Prozent der Kosten bei Unternehmen mit Umsatz bis CHF 5 Mio. und gar 100 Prozent bei den umsatzstärkeren Unternehmen zu übernehmen. Die WAK-SR schlug vor, den Bundesanteil bei den umsatzschwächeren Unternehmen auf 80 Prozent zu erhöhen, und nahm damit einen Antrag der Finanzdirektorenkonferenz auf, die auf die grosse Belastung der Kantone im Gesundheitsbereich hingewiesen und um eine Reduktion ihres Anteils zur Aufrechterhaltung ihrer Flexibilität gebeten hatte. Zahlreiche Befürwortende einer Erhöhung des Bundesanteils wiesen in der Folge darauf hin, dass die Grossunternehmen, deren Härtefallhilfen vollständig vom Bund finanziert werden, nicht gleichmässig verteilt seien, sondern sich auf einige wenige Kantone konzentrierten. Diese städtischen oder Agglomerationskantone würden somit vom Bund deutlich stärker unterstützt als die übrigen Kantone, weshalb man Letztere durch Erhöhung des Bundesanteils ebenfalls entlasten solle. Eine Minderheit Zanetti (sp, SO) beantragte, dem Bundesrat zu folgen: Es sei den Kantonen durchaus zuzumuten, 18 (statt 12) Prozent der gesamten Härtefallhilfen (also 20 oder 30% der umsatzschwächeren und 0% der umsatzstärkeren Unternehmen) zu übernehmen, betonte Zanetti, insbesondere wenn man bedenke, dass die Kantone zwei Drittel der Nationalbankausschüttungen erhielten – ab diesem Jahr seien dies rund CHF 1.3 Mrd. mehr als bisher, ergänzte Bundesrat Maurer. Der Finanzminister zeigte zwar Verständnis für die Unterstützung der Kantonsvertreterinnen und -vertreter für die Kantone, wies aber darauf hin, dass diese «nicht für die Kasse der Kantone verantwortlich sind, sondern […] sozusagen für meine Kasse». Äusserst knapp, mit 21 zu 21 Stimmen und Stichentscheid von Ratspräsident Kuprecht (svp, SZ) sprach sich der Ständerat für den Antrag der Kommissionsmehrheit und somit für eine Erhöhung des Bundesanteils bei den umsatzschwächeren Unternehmen aus.
Auch andere Anträge des Bundesrates zu den Härtefallmassnahmen hatte die WAK-SR in der Vorbehandlung abgeändert. So hatte der Bundesrat vorgesehen, besondere Vorschriften für Unternehmen mit einem Jahresumsatz über CHF 5 Mio. erlassen zu können. Die Mehrheit der WAK-SR spezifizierte diese besonderen Vorschriften und ergänzte die Bestimmung um die Möglichkeit, ab einem Umsatzrückgang von 80 Prozent höhere Höchstbeträge der Härtefallhilfen vorsehen zu können. Thierry Burkart (fdp, AG) ging letztere Bestimmung zu wenig weit, er forderte einerseits eine entsprechende Verpflichtung für den Bundesrat und eine Senkung der Schwelle auf 70 Prozent Umsatzrückgang. Kommissionspräsident Levrat erachtete die Schwellenhöhe als sekundär, zentral sei, dass eine solche «catégorie de cas de rigueur dans les cas de rigueur», also eine Kategorie der Härtefälle innerhalb der Härtefälle, überhaupt geschaffen werde. Der Finanzminister teilte diese Ansicht, nicht aber die Absicht, den Maximalbetrag für Härtefallhilfen, die ein einzelnes Unternehmen beziehen kann, zu erhöhen. Man habe sich mit den Kantonen darauf geeinigt, dass diese Grenze bei CHF 10 Mio. liegen solle, erklärte der Finanzminister. Nun befürchtete er, dass eine Erhöhung dieses Betrags in der Öffentlichkeit auf Unverständnis stossen könnte – eine Erhöhung sei folglich eher ein Problem der politischen Akzeptanz als der Kosten, welche die Verwaltung auf etwa insgesamt CHF 200 Mio. schätzte. Der Ständerat teilte diese Sorge jedoch nicht und folgte dem Antrag der Kommissionsmehrheit, nachdem er auch den Antrag Burkart abgelehnt hatte.
Eine Minderheit Zanetti schlug vor, die für Härtefallhilfe nötige Umsatzeinbusse in «besonderen Fällen» – etwa bei Zuliefererbetrieben – von 40 Prozent auf 25 Prozent zu senken. Wenn ein Unternehmen etwas weniger als 40 Prozent Umsatzeinbusse habe, könne es sein, dass ihm genau diese Differenz «den Hals breche». Die Kommissionsmehrheit erachtete die Definition von solchen speziell betroffenen Branchen als schwierig und sprach sich daher gegen den Antrag aus. Finanzminister Maurer verwies auf die Möglichkeit zur Spartenrechnung, welche der Bundesrat in der Zwischenzeit in der Verordnung geschaffen habe; damit «dürfte ein relativ grosser Teil dieser Probleme entschärft sein, aber nicht alle Probleme». Die übriggebliebenen Probleme könne man nun aber in der Verantwortung der Kantone belassen. Diese Meinung teilte der Ständerat und folgte der Kommissionsmehrheit.
Hingegen argumentierte die WAK-SR ihrerseits mit der Akzeptanz der Bevölkerung, als es um die Frage ging, ob Unternehmen ab einem Jahresumsatz von CHF 5 Mio., welche A-Fonds-perdu-Beiträge beziehen, das Gemeinwesen an einem allfälligen Gewinn beteiligen müssen. Die Kommissionsmehrheit schlug vor, dass die Unternehmen 100 Prozent des Gewinns im ersten Jahr und 40 Prozent während drei weiterer Jahre an den Bund abzutreten hätten. Maximal sollte die Gewinnbeteiligung aber dem erhaltenen Beitrag minus CHF 1 Mio. entsprechen. Eine Minderheit Schmid beantragte jedoch, die Gewinnbeteiligung auf das erste Jahr zu begrenzen. Ansonsten habe man während vier Jahren eine durchschnittliche Gewinnsteuer von 55 Prozent und eine Gewinnsteuererhöhung um 650 Prozent – und das nachdem man in derselben Woche die 99-Prozent-Initiative, bei der die Gewinnsteuer um 50 Prozent hätte erhöht werden sollen, als «masslos» abgelehnt habe, argumentierte Roberto Zanetti. Der Finanzminister unterstützte den Minderheitssprecher, zumal Gewinne der Unternehmen ja durchaus erwünscht seien. Deutlich, mit 32 zu 8 Stimmen (bei 1 Enthaltung), folgte der Ständerat der Minderheit und dem Bundesrat und beschränkte die Gewinnbeteiligung auf das erste Jahr.
Ferner schlug die Kommission auch vor, dass Unternehmen, die einen operativen Jahresgewinn erzielen, kein Anrecht auf A-Fonds-perdu-Beiträge haben sollen und allfällig ausbezahlte Beiträge – die durchaus entstehen können, zumal die Unternehmen Anfang Jahr ja noch nicht wissen, ob sie einen Gewinn erwirtschaften werden – zurückzahlen müssen. Auch diese Massnahme stellte der Kommissionssprecher ins Licht der politischen Akzeptanz der Covid-19-Unterstützung – die Bestimmung wurde stillschweigend angenommen.
Darüber hinaus wollte die WAK-SR eine Pflicht für die Eignerinnen und Eigner von Unternehmen schaffen, ab A-Fonds-perdu-Beiträgen von CHF 5 Mio. Eigenleistungen erbringen zu müssen. Eine Minderheit Zanetti sprach sich gegen diese Verschärfung aus. Eine solche Regelung sei in Ordnung für milliardenschwere Filialketten oder ausländische Riesenkonzerne, treffe aber die mittelständischen Unternehmen, deren Besitzerinnen und Besitzer ihr Geld eben im Unternehmen belassen hätten. Christian Levrat entgegnete jedoch für die Kommission, dass es hier nur um diejenigen Unternehmen gehe, deren Eigentümerinnen und Eigentümer über die nötigen Mittel verfügten, um Eigenkapital einzuwerfen. Auch hier unterstützte der Ständerat die Kommissionsmehrheit.

Doch nicht nur bei den Härtefallhilfen, auch in anderen Bereichen lagen Minderheitsanträge vor, etwa bei der Arbeitslosenversicherung und der Kurzarbeit. Hier hatte der Bundesrat beantragt, die Höchstdauer für KAE zu verlängern, den Anspruchsberechtigten 66 zusätzliche Taggelder für die Monate März bis Mai 2021 zuzusprechen und die Rahmenfrist für den Leistungsbezug und die Beitragszeit zu vergrössern. Dabei beantragte eine Minderheit Rechsteiner (sp, SG), 107 statt 66 zusätzliche Taggelder zu sprechen und somit rückwirkend auch die Monate Januar und Februar 2021 abzudecken. Paul Rechsteiner verwies auf die «ausserordentlich kritisch[e]» Situation der Betroffenen in bestimmten Branchen, etwa im Gastgewerbe. Man solle jetzt Personen, welche im Januar oder Februar statt März oder April 2021 ausgesteuert wurden, nicht «zwischen Stuhl und Bank fallen» lassen. Die verlangte Rückwirkung erachtete Kommissionssprecher Levrat jedoch auch als problematisch, weil es unmöglich sei, rückwirkend zu prüfen, ob die Voraussetzungen für einen Leistungsbezug in den Monaten Januar und Februar gegeben waren. Finanzminister Maurer verwies indes insbesondere auf die hohen Kosten von CHF 1.3 Mrd., die durch diese Ausdehnung auf die Monate Januar und Februar 2021 entstehen würden. Der Ständerat lehnte den Minderheitsantrag Rechsteiner in der Folge ab.
Hatte die Minderheit Rechsteiner bezüglich der Taggelder eine rückwirkende Regelung beantragt, wollte eine Minderheit Noser die rückwirkend möglichen Anträge zur Kurzarbeit, die der Bundesrat ab Dezember 2020 schaffen wollte, streichen. Mit dieser Regelung müsse jedes einzelne Gesuch seit Dezember 2020 nochmals überprüft werden – im Kanton Zürich seien dies beispielsweise 20'000 Gesuche –, was zu etwa drei bis sechs Wochen zusätzlicher Verspätung bei der Auszahlung von KAE führe. Gleichzeitig hätten nur «ganz wenige Fälle» vergessen, Kurzarbeit anzumelden, zudem könnten diese Fälle über die Härtefallhilfe abgedeckt werden. Kommissionssprecher Levrat erwiderte, dass es vor allem um kleine Unternehmen ohne Personalabteilung in Branchen, in denen Kurzarbeit ungewöhnlich sei, gehe – die grossen Unternehmen hätten die Fristen kaum verpasst. Entsprechend müsse auch nur eine kleine Auswahl der Anträge erneut behandelt werden. Der Ständerat teilte diese Einschätzung und folgte der Kommissionsmehrheit.

Im Gesundheitsbereich lagen zwei Einzelanträge von Thomas Minder vor: Er forderte einerseits, geimpfte Personen von Quarantänemassnahmen auszunehmen und andererseits die Einführung einer Impfpflicht durch Bund oder Kantone explizit zu verbieten. Damit nahm er eine Forderung wieder auf, die bereits bei der Schaffung des Gesetzes im September 2020 diskutiert worden war: Um die Impfskeptikerinnen und Impfskeptiker zu beruhigen, solle eine entsprechende Klausel eingefügt werden, auch wenn das Gesetz eigentlich das Thema Impfpflicht nicht betreffe. Damit könne im Hinblick auf die Referendumsabstimmung im Juni Klarheit geschaffen und «den Gegnern des Covid-19-Gesetzes mit Blick auf das Referendum etwas Wind aus den Segeln» genommen werden, betonte Minder. Wie bereits im September 2020 der Nationalrat sprach sich nun auch der Ständerat gegen die Aufnahme eines ausdrücklichen Verbots einer Impfpflicht aus; anders als bei der ersten Debatte dieses Themas verwies Finanzminister Maurer jedoch darauf, dass womöglich irgendwann eine Ausnahme von der Impfpflicht diskutiert werden müsse – bisher sei dies aber nie diskutiert worden. Bezüglich der Ausnahme von Geimpften von den Quarantänemassnahmen verwiesen Andrea Caroni (fdp, AR) und Hans Stöckli (sp, BE) auf einen Antrag der SPK-SR an den Bundesrat, sich unabhängig von der zweiten Covid-19-Gesetzesrevision um diese Problematik zu kümmern. Dies sei der bessere Weg, zumal noch unklar sei, inwiefern geimpfte Personen die Viren weitergeben würden, betonte Stöckli. Knapp, mit 19 zu 18 Stimmen (bei 6 Enthaltungen) nahm der Ständerat den ersten Antrag Minder an, wonach Geimpfte nicht in Quarantäne müssen.

Für rote Köpfe sorgte der Antrag der Mehrheit der WAK-SR, den Kantonen zur Stärkung des Detailhandels an bis zu zwölf zusätzlichen Sonntagen pro Jahr Sonntagsverkäufe zu erlauben. Eine Minderheit Rechsteiner lehnte den Mehrheitsantrag ab, der die «Bestimmungen über den Arbeitnehmerschutz ganz massgebend umkrempeln möchte, zulasten der Arbeitnehmenden» – und dies ohne vorgängige Anhörung der Sozialpartner, wie der Minderheitensprecher betonte. Er verwies zudem auf die wichtige Rolle des Sonntags, dem einzigen Tag, an dem alle frei hätten, und kritisierte den Zynismus, eine solche Regelung unter dem Titel «Massnahmen im Bereich des Arbeitnehmerschutzes» schaffen zu wollen. «Wir haben jetzt ein Jahr lang jeder Schweizerin und jedem Schweizer beigebracht, wie man über das Internet bestellt», darum müsse man dem stationären Handel nun mehr Spielraum geben, verteidigte Ruedi Noser das Anliegen. Zudem sei diese Bestimmung bis Ende Jahr begrenzt und enthalte eine Kann-Formulierung – die Entscheidungshoheit liege bei den Kantonen. Mit 23 zu 18 Stimmen (bei 1 Enthaltung) folgte der Ständerat der Minderheit und lehnte die Möglichkeit zur Erhöhung der Anzahl Sonntagsverkäufe ab.

Auch im Sportbereich stand ein Änderungsantrag im Raum: Eine Minderheit Noser beantragte in Übereinstimmung mit einem Antrag der WBK-NR, die Pflicht für Sportklubs, die durchschnittlichen Löhne ihrer Mitarbeitenden zu senken, wenn sie Anrecht auf A-Fonds-perdu-Beiträge haben möchten, zu streichen. Noser verwies auf die Entstehung der aktuellen Regelung: Anfänglich hätten nur Sportklubs A-Fonds-perdu-Beiträge erhalten, während die übrigen Unternehmen Kredite aufnehmen mussten – entsprechend seien die strikteren Bedingungen für die Sporthilfe gerechtfertigt gewesen. Mit der Härtefallregelung für die Wirtschaft erhielten aber andere Unternehmen unter deutlich grosszügigeren Bedingungen A-Fonds-perdu-Beiträge als die Sportklubs. Zudem stelle die Bedingung der Einkommenssenkung die Vereine vor grosse Schwierigkeiten, zumal Lohnkürzungen einer Änderungskündigung bedürften. Damit würden die Spieler aber ablösefrei, wodurch den Klubs Transferbeiträge verloren gingen. Diese Verluste seien häufig grösser als die Gelder, welche die Vereine als Unterstützung erhielten. Für die Kommission bat Christian Levrat jedoch darum, «de ne pas changer les règles du jeu en cours de partie» und verwies auch hier auf die Akzeptanz der Regelungen in der Öffentlichkeit. Diese sei gefährdet, wenn die Arbeitnehmenden in Kurzarbeit auf 20 Prozent ihres Lohns verzichten müssten, während die vom Staat unterstützten Klubs Profisportlern weiterhin ihre vollen Löhne bezahlten. Man sei hier daran, eine bessere Lösung zu finden, aber zum jetzigen Zeitpunkt solle man bei der bisherigen Lösung bleiben. Mit 20 zu 20 Stimmen und Stichentscheid von Präsident Kuprecht folgte der Ständerat dem Minderheitsantrag Noser und strich die entsprechende Bedingung.

Weniger umstritten waren die übrigen Bestimmungen, über die der Ständerat zu befinden hatte. Bezüglich der Kulturhilfe schlug die WAK-SR vor, keinen maximalen Betrag für Kulturhilfe mehr ins Gesetz zu schreiben und stattdessen einfach von «notwendigen Finanzmitteln» zu sprechen. Stillschweigend nahm der Ständerat die Änderung an und löste die dafür nötige Ausgabenbremse. Auch eine Regelung, mit welcher er den Bund zur Förderung und Übernahme der direkten und indirekten Kosten der Covid-19-Tests verpflichten wollte, hiess der Ständerat stillschweigend gut. Schliesslich befürwortete er auch die Unterstützung von privaten Radio- und Fernsehunternehmen mit maximal CHF 20 Mio. pro Sender, genauso wie die vom Bundesrat geschaffene Ergänzung des Covid-19-Gesetzes, wonach der Bund denjenigen Kantonen, welche ihre öffentlich geführten Institutionen der familienergänzenden Kinderbetreuung mit Ausfallentschädigungen unterstützt haben, Finanzhilfen in der Höhe von 33 Prozent der Ausfallentschädigungen ausrichten soll.

In der Gesamtabstimmung wurde die Änderung des Covid-19-Gesetzes nicht bestritten, die kleine Kammer nahm sie einstimmig (mit 39 zu 0 Stimmen) an. Auch der Bundesbeschluss über die Finanzierung der Härtefallmassnahmen nach dem Covid-19-Gesetz sowie der ausserordentliche Beitrag an den Ausgleichsfonds für das Jahr 2021 fanden einstimmige Zustimmung (39 zu 0 Stimmen respektive 38 zu 0 Stimmen). Damit reichte die kleine Kammer die Revision des Covid-19-Gesetzes an ihren Schwesterrat weiter.

Die Frühjahrssession 2021, in der die Behandlung der zweiten Revision des Covid-19-Gesetzes anstand, fiel mitten in die Diskussionen über stärkere Lockerungen der Covid-19-Massnahmen. In den letzten zwei Monaten waren die Stimmen, die eine weitergehende Lockerung der Einschränkungen forderten, immer lauter geworden. Zwar hatte der Bundesrat einen ersten, vorsichtigen Öffnungsschritt auf den 1. März 2021 angekündigt, mit dem Läden, Museen und Aussenbereiche von Sport- und Freizeitanlagen wieder geöffnet werden sollten. Für Ärger sorgte jedoch, dass er beispielsweise die Restaurants, auch deren Terrassen, weiterhin geschlossen lassen und auch keinen verbindlichen Öffnungstermin angeben wollte. Dies führte zu starker Kritik am Bundesrat, dieser entscheide eigenmächtig und würde die Kantone und das Parlament nur noch pro forma anhören – liess etwa Mike Egger (svp, SG) verlauten. Insbesondere die SVP übte Kritik am Bundesrat und forderte eine unverzügliche Öffnung. Alt-Bundesrat Christoph Blocher nannte Gesundheitsminister Berset implizit einen Diktator und Nationalrätin Magdalena Martullo-Blocher (svp, GR) unterstellte dem Bundesrat, eine «Diktatur» eingeführt und die Demokratie ausgeschaltet zu haben. Die Kritik an Gesundheitsminister Berset ging gar soweit, dass sich die SVP-Bundesräte Maurer und Parmelin an einer bundesrätlichen Pressekonferenz hinter ihren Regierungskollegen stellen und betonen mussten, dass die Regierung ihre Entscheidungen in corpore treffe.

Vor der Session forderten dann verschiedene Kommissionen verbindliche frühere Öffnungen: Die WBK-SR verlangte in ihrem Mitbericht allgemein konkrete Kriterien für einen Lockdown-Ausstieg im Kultur- und Sportbereich, die SGK-NR wollte Gastrounternehmen, Kultur- und Freizeitbetriebe spätestens ab dem 22. März 2021 öffnen lassen und die WAK-SR regte in einem Brief an den Bundesrat ebenfalls entsprechende Lockerungen an. Die WAK-NR beantragte schliesslich mit 12 zu 11 Stimmen bei 1 Enthaltung, «in der Änderung des Covid-19-Gesetzes die Wiedereröffnung der Restaurants per 22. März 2021 vorzusehen». Darüber hinaus wollte die WAK-NR die Dauer eines möglichen durch den Bundesrat ausgesprochenen Lockdowns (Schliessung von Publikumseinrichtungen, Homeoffice-Pflicht) im Covid-19-Gesetz auf 90 Tage begrenzen und die Information der Öffentlichkeit durch die Covid-19-Task-Force im Rahmen der bundesrätlichen Pressekonferenz beenden – neu sollten also nur noch Bundesrat und Parlament an der Pressekonferenz öffentlich informieren. Die Kommissionsmehrheit war der Ansicht, dass die epidemiologische Lage eine entsprechende Öffnung erlaube und die Einschränkungen des gesellschaftlichen und wirtschaftlichen Lebens deshalb nicht mehr zu rechtfertigen seien. Zudem reichte die Kommission die Vorlage für eine Erklärung des Nationalrats ein, die ebenfalls die Forderung nach einer schnellen Öffnung beinhaltete.
Dieses Vorgehen der WAK-NR warf in den Medien hohe Wellen. Kritisiert wurde insbesondere die Idee, einen verbindlichen Öffnungstermin ins Gesetz zu schreiben. Damit binde man dem Bundesrat die Hände und er könnte bei einem Anstieg der Fallzahlen nicht mehr reagieren, mahnte etwa Mitte-Fraktionschefin Andrea Gmür (mitte, LU), die jedoch die Forderungen nach einem Strategiewechsel durchaus teilte. WAK-SR-Präsident Levrat (sp, FR) erachtete die Forderung der WAK-NR gar als verfassungswidrig, zumal der Bundesrat mit dem Schutz der Bevölkerung betraut sei, nicht das Parlament. Man könne das «Ende der Pandemie nicht per Gesetz festlegen», betonte er gegenüber den Medien. Entsprechend sei die Stimmung vor der ersten Ratssitzung aufgeheizt, wie die Medien ausführlich berichteten.

Neben der Öffnungsdebatte beschäftigten sich die Kommissionen jedoch auch mit Aspekten der eigentlichen Gesetzesrevision. Die WBK-SR verlangte unter anderem einen Verzicht auf die Notwendigkeit von Lohnsenkungen für Sportvereine, die A-Fonds-perdu-Beiträge erhalten. Die FK-SR wollte die Schwelle für die Härtefallhilfe senken und diese ab einem Umsatzausfall von 25 Prozent (bisher 40 Prozent) gewähren. Die SGK-NR forderte, die Bestimmungen zur Kurzarbeit, welche noch auf Ende März 2021 befristet waren, bis Ende 2021 zu verlängern. Erneut wollte die Kommission zudem die Verzugszinsen unter anderem bei der direkten Bundessteuer aussetzen. Darüber hinaus schlug die SGK-NR auch Vorschüsse für den Fall vor, dass ein Hilfegesuch von den Kantonen nicht innert 30 Tagen bearbeitet werden kann. Die WAK-SR wollte zudem den Zugang zu Härtefallhilfen auf Unternehmen ausdehnen, die zwischen dem 1. März 2020 und dem 30. Oktober 2020 gegründet wurden – bisher mussten die Unternehmen vor dem 1. März 2020 gegründet worden sein. Zudem sollte der Bund neu bei Härtefallhilfen für Unternehmen bis zu einem Jahresumsatz von CHF 5 Mio. 80 Prozent (bisher: 70 Prozent) der Kosten übernehmen, im Gegenzug aber einen Teil von hohen A-Fonds-perdu-Beiträgen an grössere Unternehmen in bestimmten Fällen rückfordern können.