Au Conseil national, les deux projets ont fait l’objet de propositions de renvoi au Conseil fédéral, dont une déposée par la minorité de la Commission de la politique de sécurité emmenée par Ulrich Schlüer (udc, ZH). Le conseiller national UDC Pirmin Schwander (SZ) a de son côté plaidé pour une non-entrée en matière sur le second projet. Ulrich Schlüer a motivé sa position en expliquant qu’il était prématuré d’envisager une nouvelle réforme au stade actuel de la refonte prévue par Armée XXI. Tout en rappelant la nécessité de garantir le mandat constitutionnel et l’importance de ne pas réduire la capacité défensive de l’armée, le zurichois a exigé que les domaines et les moyens d’intervention de l’armée sur le plan de la sécurité intérieure soient clairement définis par le Conseil fédéral, et que la Suisse ne soit ainsi pas contrainte de rejoindre une alliance militaire. Cette argumentation n’a toutefois pas été suivie par les radicaux, ni par le PDC. Le conseiller fédéral Samuel Schmid a, pour sa part, souligné que l’étape de développement 2008/2011 était « modérée et supportable », et en a profité pour mettre en garde les députés contre un éventuel retard, qui risquerait de compromettre le passage progressif à cette étape. Les députés ont finalement décidé d’entrer en matière sans opposition sur le premier projet, et par 153 voix contre 11 pour le second, rejetant l’ensemble des propositions de renvoi.
Dans le cas du premier projet (Loi fédérale instituant des mesures destinées à améliorer les finances fédérales), les députés ont été saisis de deux propositions de minorité. La première, présentée par le socialiste Hans Widmer (LU), portait sur un abaissement du plafond des dépenses pour l’armée à 10 milliards de francs. La seconde, formulée par l’écologiste Josef Lang (ZG) et soutenue par les socialistes, préconisait la suppression d’un tel « plancher », qui privilégie l’armée en lui assurant un certain niveau minimal de dépenses. Ces deux propositions ont cependant été rejetées au plénum, par 109 voix contre 60, et par 109 voix contre 61, respectivement. Au vote sur l’ensemble, le projet du Conseil fédéral a été adopté par 109 voix contre 64.
S’agissant du second projet (Ordonnance de l'Assemblée fédérale sur l'organisation de l'armée), le député Hans Widmer (ps, LU) a déposé une proposition de minorité qui visait à réduire de moitié le nombre de réservistes (ramené ainsi à 40'000). Le bernois Paul Günter (ps) a demandé, quant à lui, une réduction des effectifs de l’armée de 140'000 à 100'000 hommes, les socialistes souhaitant par là marquer leur opposition à la multiplication des interventions de l’armée sur le plan de la sécurité intérieure. Le plénum a toutefois rejeté ces deux propositions, respectivement par 112 voix contre 63, et par 108 voix contre 61. Au vote sur l’ensemble, l’ordonnance en question a finalement été rejetée par 101 voix contre 73, socialistes et démocrates du centre la combattant.
Dossier: Armee XXI