Au vu des vifs débats parlementaires qu’a notamment suscité l’idée d’une réduction du nombre de bataillons de blindés au parlement, et des critiques émises lors de la procédure de consultation sur l’avant-projet de révision de la loi sur l’armée et l’administration militaire (LAAM), le conseiller fédéral Samuel Schmid a décidé, début mai, de renoncer à trois parties controversées de ce projet : l’envoi de miliciens en double cours de répétition de six semaines à l’étranger (même si l’idée d’une obligation d’instruction à l’étranger pour tous les miliciens a été maintenue), le renforcement des compétences du Conseil fédéral pour engager des soldats suisses dans des opérations de maintien de la paix, et l’assouplissement des conditions pour des engagements non armés en faveur de la paix.

Au Conseil national, les deux projets ont fait l’objet de propositions de renvoi au Conseil fédéral, dont une déposée par la minorité de la Commission de la politique de sécurité emmenée par Ulrich Schlüer (udc, ZH). Le conseiller national UDC Pirmin Schwander (SZ) a de son côté plaidé pour une non-entrée en matière sur le second projet. Ulrich Schlüer a motivé sa position en expliquant qu’il était prématuré d’envisager une nouvelle réforme au stade actuel de la refonte prévue par Armée XXI. Tout en rappelant la nécessité de garantir le mandat constitutionnel et l’importance de ne pas réduire la capacité défensive de l’armée, le zurichois a exigé que les domaines et les moyens d’intervention de l’armée sur le plan de la sécurité intérieure soient clairement définis par le Conseil fédéral, et que la Suisse ne soit ainsi pas contrainte de rejoindre une alliance militaire. Cette argumentation n’a toutefois pas été suivie par les radicaux, ni par le PDC. Le conseiller fédéral Samuel Schmid a, pour sa part, souligné que l’étape de développement 2008/2011 était « modérée et supportable », et en a profité pour mettre en garde les députés contre un éventuel retard, qui risquerait de compromettre le passage progressif à cette étape. Les députés ont finalement décidé d’entrer en matière sans opposition sur le premier projet, et par 153 voix contre 11 pour le second, rejetant l’ensemble des propositions de renvoi.

Dans le cas du premier projet (Loi fédérale instituant des mesures destinées à améliorer les finances fédérales), les députés ont été saisis de deux propositions de minorité. La première, présentée par le socialiste Hans Widmer (LU), portait sur un abaissement du plafond des dépenses pour l’armée à 10 milliards de francs. La seconde, formulée par l’écologiste Josef Lang (ZG) et soutenue par les socialistes, préconisait la suppression d’un tel « plancher », qui privilégie l’armée en lui assurant un certain niveau minimal de dépenses. Ces deux propositions ont cependant été rejetées au plénum, par 109 voix contre 60, et par 109 voix contre 61, respectivement. Au vote sur l’ensemble, le projet du Conseil fédéral a été adopté par 109 voix contre 64.

S’agissant du second projet (Ordonnance de l'Assemblée fédérale sur l'organisation de l'armée), le député Hans Widmer (ps, LU) a déposé une proposition de minorité qui visait à réduire de moitié le nombre de réservistes (ramené ainsi à 40'000). Le bernois Paul Günter (ps) a demandé, quant à lui, une réduction des effectifs de l’armée de 140'000 à 100'000 hommes, les socialistes souhaitant par là marquer leur opposition à la multiplication des interventions de l’armée sur le plan de la sécurité intérieure. Le plénum a toutefois rejeté ces deux propositions, respectivement par 112 voix contre 63, et par 108 voix contre 61. Au vote sur l’ensemble, l’ordonnance en question a finalement été rejetée par 101 voix contre 73, socialistes et démocrates du centre la combattant.

Les réactions à ce remaniement des priorités de l’armée ont été nombreuses. Si le PDC et une partie du PRD ont apporté leur soutien – sous certaines conditions – à ces adaptations, la Société suisse des officiers et l’UDC ont crié au démantèlement de la défense classique. De leur côté, le PS, les Verts et le GSsA ont affirmé leur volonté de briser le tabou de l’obligation de servir. S’appuyant sur le rejet du programme d’armement 2004 par les chambres, les socialistes ont notamment fait plusieurs propositions concrètes en présentant leur conception de l’armée suisse et de sa mission dans un papier de position publié au mois de mai. Selon eux, la tâche principale de l’armée doit désormais être l’engagement dans des missions de maintien de la paix organisées sous l’égide de l’ONU ou de l’OSCE. À ce titre, ils ont réclamé la création d’un bataillon d’environ 1500 soldats au maximum, qui puisse être engagé à tout moment dans des missions de paix à l’étranger. Dans cette perspective, le PS a proposé une armée de 50'000 hommes, composée d’un noyau dur de 12'000 militaires professionnels et de 38'000 volontaires de milice, c’est-à-dire des personnes dont l’activité professionnelle principale serait une activité civile, mais qui s’engageraient contractuellement à suivre une formation militaire. Or, comme les socialistes l’ont précisé, cela impliquerait la levée de l’obligation de servir, incompatible avec des effectifs aussi modestes. Quant aux coûts d’une telle armée, ils seraient de CHF 2.5 milliards au lieu des 4.7 milliards inscrits au budget de l’année sous revue. ((Notons que la Jeunesse socialiste a critiqué le papier de position du PS, jugeant que celui-ci n’allait pas dans la bonne direction. Pour la JS en effet, l’armée ne doit aucunement être réformée, mais supprimée) Le PS a appelé le PRD et le PDC à réfléchir avec lui sur ces réformes. Les socialistes n’ont cependant pas souhaité y associer l’UDC, jugée « trop éloignée » pour permettre l’entame d’un dialogue. Les démocrates du centre ont de leur côté réitéré en fin d’année leurs vives critiques vis-à-vis du projet de remaniement de l’armée du Conseil fédéral – prenant le relais de celles émises par la Société suisse des officiers – et ont attaqué de ce fait indirectement le conseiller fédéral UDC Samuel Schmid.

En mai, le Conseil fédéral a donné son accord à la mise en œuvre des mesures proposées par le DDPS en vue d’adapter les priorités pour l’armée, et d’optimiser de ce fait la réforme de cette dernière, engagée en 2004 (« Armée XXI »). Prévues pour entrer pleinement en vigueur à partir de 2008, ces diverses mesures ont été rendues nécessaires, selon le DDPS, par l’évolution des menaces – le terrorisme étant une menace réelle, alors que la probabilité qu’une guerre classique éclate en Europe est peu probable – et la réduction des moyens financiers mis à sa disposition. Le déplacement des priorités se fera au profit des engagements de sûreté (protection d’ouvrages, de bâtiments ou d’axes, engagements dans les secteurs-frontière), ce qui permettra notamment d’affecter les unités formées pour ces opérations de sûreté aux engagements en faveur des autorités civiles (protection de conférences, tâches de surveillance). À ce titre, les capacités consacrées à la défense militaire classique du territoire seront à l’avenir réduites de moitié : seuls 18'000 soldats se concentreront en effet désormais sur cette tâche. Malgré l’adaptation des priorités de l’armée, le conseiller fédéral Samuel Schmid, chef du DDPS, a précisé que les missions de celle-ci ne changeaient pas, son but restant la défense du pays. Il a ajouté que les effectifs totaux de l’armée seront maintenus à 220'000 hommes, répartis entre 120'000 actifs, 20'000 recrues et 80'000 réservistes. Le système de milice, tout comme l’obligation de servir sont en outre conservés. Dans la ligne des efforts menés jusqu’alors au niveau de la politique de sécurité, l’armée devra également pouvoir engager simultanément 500 militaires pour des opérations de maintien de la paix à l’étranger à partir de 2008. Ce remaniement de l’armée doit entraîner, selon les estimations du DDPS, des économies d’environ CHF 150 millions par année, l’augmentation des effectifs affectés à des missions de maintien de la paix engendrant de son côté des coûts supplémentaires de l’ordre de CHF 35 à 45 millions par an. Le Conseil fédéral a toutefois dû constater que les économies ainsi réalisées étaient insuffisantes pour atteindre les objectifs du programme d’allégement budgétaire 2004, qui demandait 145 millions d’économies supplémentaires. Le DDPS a communiqué que celles-ci seraient donc réalisées dans les investissements. Dans le cadre de cette redéfinition des priorités de l’armée, Samuel Schmid a cependant averti que l’armée aurait toujours besoin de CHF 4 milliards par année. Dans le cas contraire, le conseiller fédéral a averti qu’il faudrait revoir les missions de celle-ci, ses effectifs ou encore son niveau technologique. D’un point de vue juridique, les mesures prises par le Conseil fédéral n’ont pas entraîné de modifications de lois. En revanche, les chambres devront se prononcer sur la révision d’une ordonnance, en 2006, afin que le remaniement puisse être mis en œuvre dès le 1er janvier 2008, et être mené à bien jusqu’en 2011.
Dans un sondage réalisé peu après l’annonce de ces mesures, 60% des personnes interrogées se sont déclarées favorables à ces dernières, 26% contre, alors que 15% n’avaient pas d’opinion sur la question.

C’est à la mi-décembre de l’année sous revue que la cérémonie de passage d’Armée 95 à Armée XXI a eu lieu à Berne. Le Comandant de Corps Christophe Keckeis, chef désigné de l’armée, s’est vu remettre le fanion des mains du conseiller fédéral Samuel Schmid. Au nombre de 10'000, des représentants des autorités civiles et militaires, mais également de simples citoyens, se sont réunis pour assister, en musique, au lancement de cette réforme.

C’est durant l’année sous revue que le projet de réforme de l’armée a finalement été traité au parlement. Le Conseil des Etats s’est saisi de cet objet lors de la session de printemps. Sa Commission de la politique de sécurité (CPS) a tout d’abord estimé qu’il devait appartenir au parlement, et non plus au gouvernement, de définir la durée du service militaire et les limites d’âge. L’importance de cette décision pour les individus et l’économie justifiait de retirer cette compétence au gouvernement. Dans la discussion concernant la durée de l’Ecole de recrue (ER), la CPS a estimé que le gouvernement, bien qu’ayant réduit ses exigences de 24 à 21 semaines suite à la procédure de consultation, en demandait encore trop et elle a soutenu le modèle de 18 semaines avec un cours de répétition (CR) supplémentaire. Le DDPS a rappelé que 21 semaines, contre 15 actuellement, représentaient une durée incompressible pour assurer une instruction crédible aux nouveaux équipements, plus complexes, et compenser la baisse des effectifs. Pour le président de la CPS, le radical Hans Hess (OW), 18 semaines étaient plus adaptées aux besoins de l’économie et des étudiants. La commission a également demandé au gouvernement de présenter un nouveau concept de direction s’orientant plus vers des structures de commandement régional. Elle a émis le souhait que les neuf brigades permanentes prévues soient rattachées à trois ou quatre Etats-majors de divisions régionaux. Ces revendications éloignaient encore un peu plus la réforme du concept d’origine d’Armée XXI qui prévoyait la formation de brigades ad hoc, issues des divers bataillons, en fonction des besoins de l’engagement. C’est notamment sous la pression des cantons que cette conception hors-sol, axée sur la modularité et la flexibilité des unités, a été remise en question. Concernant le nombre de soldats en service long (SSL), la CPS a estimé qu’il ne devrait pas excéder les 10% des ER, alors que le gouvernement en souhaitait le double.
Le premier document traité a été la Plan directeur de l’Armée XXI présentant les grandes orientations de la réforme. Le débat au plénum a permis à de nombreux parlementaires de développer leurs convictions en matière de politique de défense. La vision la plus proche de l’armée actuelle a certainement été celle de Carlo Schmid (pdc, AI). Sceptique par rapport à l’interopérabilité des forces armées, il rappelé que l’ami d’aujourd’hui pouvait devenir l’ennemi de demain. Rare parmi les parlementaires bourgeois à faire preuve d’enthousiasme pour Armée XXI, le radical Fritz Schiesser (GL) n’a pas manqué de souligner que le maintien de certaines unités relevaient plus du folklore que de priorités stratégiques clairement définies. Dans une assemblée peuplée de nombreux cadres supérieurs de l’armée, le socialiste Michel Béguelin (VD) s’est retrouvé bien seul lorsqu’il a évoqué la nécessité d’une discussion publique sur l’alternative entre une armée de milice ou professionnelle. Après l’acceptation du Plan directeur, l’examen de détail a commencé. Sur la question de la longueur de l’école de recrue, le conseiller fédéral Schmid, qui défendait les 21 semaines puis s’est dit prêt à descendre jusqu’à 20, a été désavoué par les parlementaires qui ont soutenu la solution de la commission : 18 semaines et 6 CR (20 voix contre 17). Cette variante était principalement soutenue par des conseillers aux Etats bourgeois, sensibles aux arguments de l’économie privée et des milieux académiques, et par des socialistes. Le transfert de la compétence de déterminer la longueur du service du gouvernement au parlement a été confirmée par 30 voix contre 12. Le chef du DDPS a subi un autre revers avec le maintien de l’ancrage territorial des troupes et l’abandon de l’idée de brigades flottantes. A l’Etat-major de conduite de l’armée ont été ajoutés quatre Etats-majors de division auxquels seront soumises neuf brigades, dont trois de montagne, les cantons concernés en ayant finalement obtenu une supplémentaire. Sur les SSL, un compromis à 15% (environ 3000 personnes), entre les 20% demandés par le DDPS et les 10 % des défenseurs d’une milice forte, a finalement été trouvé (24 voix contre 17). Pour le département de la défense, ces soldats doivent avant tout être utilisés de manière flexible pour les tâches subsidiaires de l’armée comme l’aide en cas de catastrophe et la protection de bâtiments et permettre de ne plus mobiliser des CR. Les partisans d’une solution minimale craignaient pour leur part une professionnalisation rampante de l’armée. Certaines décisions n’ont pas provoqué de grands débats. Il en a été ainsi de la baisse des effectifs de 360'000 à 120'000 hommes auxquels il convient d’ajouter 20'000 conscrits et 80'000 réservistes. Le maintien des tirs obligatoires hors service et des colonnes du train ont également passé la rampe sans problème. De nombreux commentateurs ont souligné la nature hybride du projet par rapport aux objectifs des concepteurs d’Armée XXI. Ils ont notamment estimé que les concessions faites aux lobbies, particulièrement aux cantons en matière de décentralisation du commandement, ôtaient une grande part de modularité à l’institution. Le projet a finalement été adopté par 25 voix, sans opposition.
La CPS du Conseil national a proposé de rendre son aspect originel au projet en désavouant la chambre haute et en faisant un pas en direction du gouvernement. Elle a proposé de fixer la durée de l’ER à 21 semaines, puis de laisser la compétence de déterminer le temps de service et la cadence des CR au Conseil fédéral. Les commissaires de gauche, accompagnés de quelques élus issus des rangs bourgeois, ont toutefois estimé que la menace actuelle ne nécessitait pas une prolongation aussi radicale de la formation. Le plénum a suivi la CPS. Un certain nombre de propositions allant dans le sens d’une limitation de la détention d’armes et de munitions hors service ont également été examinées par la Chambre basse. Une proposition de suppression des tirs obligatoires a été rejetée. Une requête soutenue par les socialistes et les verts demandant l’entreposage des armes de service à l’arsenal entre les périodes de service a été rejetée par 104 vois contre 69. La séparation de la munition de l’équipement individuel, demandée par le démocrate chrétien genevois Jean-Claude Vaudroz et appuyée par les libéraux, a été refusé par 91 député contre 83. Le Conseil National a également estimé que le parlement devait donner son aval pour la subordination de soldats à d’autres départements, cela afin de garder un contrôle des engagements subsidiaires, notamment dans le domaine policier. Concernant le commandement, une solution plus centralisatrice que celle de la chambre haute, et se rapprochant du modèle du gouvernement, a été soutenue. Le maximum de 15% de soldats en service long a été confirmé, malgré l’opposition d’un certain nombre de députés démocrates du centre. Si la chambre basse a accepté la baisse des effectifs dans les mêmes proportions que le Conseil des Etats, elle s’est opposée, par 94 voix contre 73, à un ancrage territorial aussi poussé que celui soutenu par la chambre haute. Malgré la position régionaliste soutenue par une forte minorité bourgeoise, le modèle choisi était plus conforme aux attentes du gouvernement, concédant toutefois l’inscription d’Etats-majors de régions dans l’articulation de l’armée. Lors du vote sur l’ensemble, la révision de la loi sur l’armée a été acceptée par 101 voix contre 18 (dont 8 verts, 4 socialistes et 4 udc) et 27 abstentions (dont 19 socialistes et 5 udc) et l’ordonnance sur son organisation par 73 voix contre 6 (tous udc).
Lors du deuxième passage au Conseil des Etats, des concessions ont été faites en matière de durée de l’ER. Les sénateurs, conformément aux propositions de leur commission, se sont alignés sur le modèle défendu par le national. Alors que 2/3 des recrues devraient effectuer 21 semaines et 6 CR (par exemple dans l’infanterie ou l’artillerie), le tiers restant n’en effectuerait que 18 avec un CR supplémentaire (par exemple les troupes sanitaires ou du génie). La chambre haute a confirmé sa volonté de confier au parlement la compétence de fixer la durée du service et laissé au gouvernement le soin de déterminer quelles unités seraient soumises aux régimes long ou court. Une forte minorité, composée de socialistes et de radicaux, a maintenu son soutien aux 18 semaines. La volonté d’assurer un ancrage régional a été réaffirmée avec la demande de conserver trois des quatre Etats-majors de divisions existants (est / ouest / montagne). Le projet modulaire du conseiller fédéral Schmid, soutenu par le Conseil national, s’est, une fois de plus, heurté aux réflexes régionalistes et à la peur d’une centralisation excessive du commandement de l’armée.
Lors de la session d’automne, le Conseil national s’est rapproché, par 98 voix contre 43, du modèle défendu par la chambre haute. Si la gauche a plaidé, en vain, pour le maintien du concept gouvernemental, une majorité a soutenu l’existence de quatre Etats-majors de régions territoriales, formule plus souple que les trois Etats-majors de division proposés initialement par la chambre haute. Selon Samuel Schmid, ce compromis allait dans le sens du Plan directeur de l’armée et répondait aux exigences de la nouvelle armée. Une dizaine de divergences ont été liquidées tacitement, dont la durée de l’ER, fixée à 21 (la règle) et 18 semaines (l’exception) en fonction des armes et qui pourra être effectuée en deux périodes en fonction de critères précis.
Les deux chambres ont adopté la réforme en votation finale lors de la session d’hiver. Ce sont quatre textes qui ont été soumis au vote. Au Conseil national, la loi fédérale sur l’armée et l’administration militaire (Armée XXI - LAAM) a été acceptée par 112 voix contre 37 et 30 abstentions. Ce sont principalement des démocrates du centre, accompagnés de quelques députés de gauche (verts, socialistes et l’extrême gauche), qui ont refusé le texte. Les abstentionnistes se comptaient majoritairement dans les rangs socialistes. L’arrêté fédéral concernant l’administration de l’armée a été soutenu par 143 députés, 12 oppositions, principalement de gauche, et 3 abstentions. L’ordonnance de l’Assemblée fédérale sur l’organisation de l’armée a été avalisée par 109 députés, refusée par 32, 37 s’abstenant. Le rapport de force était comparable à celui constaté pour la LAAM. La loi fédérale sur la taxe d’exemption de l’obligation de servir n’a été combattue que par 35 députés, exclusivement socialistes ou verts, contre 125 partisans et 14 abstentionnistes, principalement socialistes. La chambre haute a approuvé les quatre textes à l’unanimité.

Le chef du DDPS a annoncé en septembre la liquidation, échelonnée dans le temps, de grandes quantités de matériel militaire. Il a lié ces mesures au projet Armée XXI. La baisse des effectifs découlant de la réforme ne signifierait pas une baisse des coûts mais nécessiterait une réallocation des ressources à disposition du département selon Samuel Schmid. Le parc de véhicules blindés devra être réduit, ainsi que la flotte de l’armée de l’air. Le principal moyen envisagé pour se débarrasser de ce matériel devenu superflu est sa vente. Cette mission, confiée au Groupement de l’armement devrait toutefois, selon les autorités, s’avérer être difficile à accomplir sur un marché saturé. En terme d’emplois, il est prévu de supprimer 2000 places. Cette réduction devrait permettre une baisse de 20% des coûts en matière de personnel. Afin d’éviter tout licenciement, les emplois seront progressivement supprimés jusqu’en 2010. Des mises à la retraite anticipée ou des aides à la reconversion sont également prévues. Le département espère à l’horizon 2007 économiser environ 100 millions de frais d’exploitation par an, montant dès lors disponible pour des investissements.

En début d’année, le DDPS a remis au Conseil fédéral le plan directeur d’Armée XXI, dont les grandes lignes avaient été exposées l’année précédente. Changement d’importance survenu entre temps sur l’initiative du commandant de corps Jean Abt: la possibilité pour les recrues de partager leur école en deux périodes de trois mois, étalées sur deux ans. Le plan directeur entérine aussi la décision d’ouvrir tous les fonctions militaires aux femmes, ainsi que la disparition des troupes du train et des cyclistes. Il a aussi précisé l’un des points essentiels de la réforme: la centralisation du recrutement dans six centres, qui accueilleront dès 2002 les jeunes appelés pour un séjour de deux ou trois jours. L’objectif de ce nouveau système est de cerner au mieux les profils psychologiques des recrues et d’éviter ainsi un taux trop important d’abondons en cours de service militaire. Alors que ce taux s’élevait à 8% en 1980, il a atteint un peu moins de 15% en 2000. Ce phénomène représenterait 90'000 jours de service et un coût évalué à CHF 10 millions. Entre six et sept centres de recrutement seront opérationnels dès 2003. A ce sujet, le gouvernement a reçu les doléances mi-inquiètes, mi-offusquées, du Tessin. Ce dernier ne serait pas inscrit sur la liste des cantons chargés d’abriter les nouveaux centres de recrutement. Le conseiller d’Etat Luigi Pedrazzini (pdc), chef des Affaires militaires du Tessin, s’en est ouvert à Samuel Schmid, invoquant «une question de principe» et rappelant l’importance pour le canton italophone de conserver un contrôle direct sur le recrutement de ses ressortissants, soit environ 1300 jeunes gens par année.
Sans remettre en cause les points essentiels du plan directeur, le gouvernement a toutefois demandé au département de Samuel Schmid de faire en sorte de réduire le budget prévu annuellement, de CHF 4.3 milliards à 4 milliards, demande que Samuel Schmid a déclaré incompatible avec les objectifs de fonctionnement d’Armée XXI et son souci d’autonomie. Cet argument a porté ses fruits, puisque le Conseil fédéral, lors de la mise en consultation du plan directeur quelques semaines plus tard, a finalement maintenu le budget militaire initial. Le renforcement de la part des investissements voulu par le DDPS fut un argument important dans le maintien de ce budget: sur CHF 4.3 milliards, 2 milliards seront alloués aux investissements, soit un plan de dépenses de CHF 29 milliards répartis sur 15 ans. La mise en application d’Armée XXI est prévue pour le 1er janvier 2003.
Au cours de sa mise en consultation, le plan directeur a subi de très nombreuses critiques de sources politiques, civiles et militaires. Plus tôt dans l’année, un groupe de hauts gradés avait déjà publié dans la presse une lettre où il jugeait la réforme inconstitutionnelle, car ne tenant plus compte du principe de défense autonome inscrit dans la Constitution. Une fois le projet transmis en consultation, la Société suisse des officiers (SSO) a émis le souhait d’y voir adapté des modifications, notamment dans les domaines de l’organisation et de la formation. Au niveau des partis, le PS, jetant un véritable pavé dans la mare, a plaidé pour une défense professionnelle de 15'000 hommes. Si l’armée de milice devait être maintenue, le parti préconiserait un maximum de 120'000 soldats au total, pour 200 jours de service et un budget de CHF 2.5 milliards. Le tout répondrait à une analyse des menaces probables, effectuée chaque dix ans. Pour sa part, le PRD, pourtant largement initiateur de la réforme, a demandé une révision entière de la réforme. Le parti a déploré l’abandon du train et la trop longue période d’affilée de l’école de recrue, handicap pour l’économie et pour la formation universitaire. Il a plaidé pour une école de 280 jours maximum, une plus grande prise en considération des commandements régionaux et, partant, une marge de manœuvre de l’état-major général plus limitée. Enfin, il a soulevé les risques d’une armée à deux vitesses, avec une professionnalisation accrue du secteur militaire. Toujours dans un registre conservateur, l’UDC s’est élevée contre les projets d’ouverture et de coopération internationale de la réforme. Elle a rejeté l’option du service long (300 jours), ferment de professionnalisation, ainsi que la limite d’âge fixée à 30 ans. L’ASIN a voué aux gémonies le projet, le jugeant «incohérent, superficiel et dépassé». Lors de l’assemblée des délégués udc, Samuel Schmid a même été violemment désavoué par les membres de son parti: 291 voix contre 49 ont proposé le renvoi du plan directeur au Conseil fédéral. Parmi les partis gouvernementaux, seul le PDC a approuvé le projet dans son ensemble, soulignant au passage l’importance de la nature de milice de l’armée suisse.
Les associations d’étudiants ont contesté le nouveau calendrier de l’école de recrues, le jugeant inadapté aux contraintes universitaires. Alors que 16 semaines d’école de recrue traditionnelles empêchaient déjà les nouveaux universitaires d’assister au début des cours en octobre (pour les deux tiers d’étudiants qui choisissent d’effectuer leur service en été), les 24 semaines d’affilée prévues par Armée XXI apparaissent comme un obstacle infranchissable au cursus des universitaires. L’Union nationale des étudiants suisses (VSS/UNES) a aussi rappelé que l’abaissement de la limite d’âge pour servir, de 42 à 30 ans, concentre les obligations militaires sur une durée inadéquate pour les recrues universitaires – un quart des 20'000 personnes appelées chaque année sous les drapeaux –, contraintes à jongler difficilement entre leurs examens et leurs jours de service. L’association a peur que le DDPS ne cherche à encourager, par ce calendrier, le choix d’un service long de la part des étudiants.
Face à cette volée de voix discordantes, le DDPS a été contraint de retarder le calendrier de mise en application d’Armée XXI, et d’en modifier les points conflictuels. Les quatre changements par rapport au plan directeur: la durée de l’école de recrue est ramenée à 21 semaines au lieu de 24, soit 262 jours d’affilée; la troupe du train, chère aux conservateurs, est finalement maintenue; le poids des unités blindées est revu à la baisse, passant de trois à deux brigades; enfin, le système de service long (300 jours d’affilée) ne pourra pas excéder un cinquième des effectifs, répondant ainsi aux craintes d’une professionnalisation de l’armée. La mouture finale du texte a été transmise en octobre au parlement.