Drei Monate nach der GPK-internen Aufarbeitung der BODLUV-Angelegenheit nahm der Bundesrat Stellung zum Inspektionsbericht der Geschäftsprüfungskommissionen. Zwei Forderungen standen im Raum, einerseits die Wiederaufnahme der Vorevaluation durch die Firma Thales Schweiz und andererseits die Ausarbeitung eines Berichts hinsichtlich Verfahrensentscheide innerhalb der Bundesverwaltung. Die Regierung nahm die Empfehlungen zur Kenntnis, stellte aber auch klar, dass die BODLUV-Evaluation mit den gleichen Varianten nicht wieder aufgenommen werden würde, zumindest nicht „rasch”. Ausschlaggebend seien die unsicheren Kostenfolgen – dahingehend beharrte der Bundesrat darauf, dass der Sistierungsentscheid vertretbar gewesen sei. Daneben gebe es die grosse Kampfjet-Beschaffung, die Anfang 2016 wieder ins Rollen gebracht worden sei und die vorerst in einen Grundlagenbericht zur Evaluation und Beschaffung neuer Jets münden werde. Darin werde die Situation für die Boden-Luft-Abwehr ebenfalls analysiert und es werde darauf basierend entschieden, ob und wie BODLUV wieder aufgenommen werden könne. Diesen Bericht erwartete der Bundesrat im Frühjahr 2017.
Bezüglich Informationskultur und der Abwicklung von Entscheidungsprozessen hielt sich die Regierung nicht lange auf. „Regierungsmitglied[er müssen] führen und entscheiden”, liess der Bundesrat verlauten. Er sprach sich gegen technokratische Automatismen aus und stellte klar, dass der VBS-Vorsteher stets für Fragen und Anregungen zur Verfügung stehe. Ob der Bundesrat tatsächlich noch einen ausführlicheren Bericht dazu erstellen lassen würde, blieb zum Zeitpunkt seiner Presseorientierung noch offen.
Die Medien goutierten die bundesrätlichen Erklärungen nicht und schrieben über ein „Ignorieren der Empfehlungen” der GPK (NZZ), von einem „Wohlfühlklima im Bundesrat” (Tages-Anzeiger) und von „kollegialer Schützenhilfe” (BZ). Die gewichtigen Vorwürfe der GPK seien quasi unter den Tisch gewischt worden. Arbeitsgruppen-Präsident Janiak (sp, BL) mutmasste in der BZ, dass das Schweigen der Regierung wohl darauf hindeute, dass die GPK „mit [ihren] Schlussfolgerungen recht” gehabt habe. Überrascht zeigte er sich darüber, dass die aufgeworfenen Kritikpunkte vom Bundesrat nicht berücksichtigt worden seien.

Anfang 2017 äusserte sich die GPK wieder zum Rüstungsgeschäft BODLUV 2020. Anders als der externe Untersuchungsbeauftragte beurteilte die GPK den nunmehr beinahe ein Jahr zurückliegenden Sistierungsentscheid des Verteidigungsministers als nicht nachvollziehbar, sowohl sachlich, als auch politisch. Die Parlamentarierinnen und Parlamentarier sahen das Geschäft zum Zeitpunkt der Sistierung als „auf Kurs” an und erklärten, die Evaluation der Waffensysteme sei weit fortgeschritten gewesen. Nachdem die Arbeitsgruppe der GPK diverse involvierte Personen angehört hatte, darunter Bundesrat Parmelin, Projektmitarbeitende aus dem VBS sowie auch den Rüstungschef, kam sie zum Schluss, dass Parmelin aus nicht nachvollziehbaren Gründen die Reissleine gezogen habe. Scheinbar habe es beim VBS-Vorsteher einen Informationsmangel und ein Vertrauensproblem gegeben. Dass dieser damals erst seit Kurzem im Amt gewesen war, liess die GPK nicht als Entschuldigung gelten. Aus ihrer Medienmitteilung schimmerte jedoch auch Verständnis durch, da eine Sistierung gegebenenfalls im Sommer 2016 hätte angemessen sein können, nachdem mehr Parameter (insbesondere ein Typenentscheid und genauere Kostenabschätzungen) vorgelegen hätten. Insofern wurde der Entscheid im März als problematisch bezeichnet. Gut CHF 20 Mio. seien durch die bereits getätigten Arbeiten ausgegeben worden. Schliesslich forderte die GPK den Bundesrat auf, die Evaluation für BODLUV 2020 rasch wiederaufzunehmen. Darüber hinaus verlangte die GPK einen Bericht, indem aufgezeigt werden sollte, wie Departementsvorstehende künftig bei Verfahrensentscheiden vorgehen sollen, um kostspielige Entscheide zu verhindern. Mit 9 zu einer Stimme wurde der Inspektionsbericht von der GPK-SR gutgeheissen, mit 11 zu 9 Stimmen segnete ihn die GPK-NR ab.
Bundesrat Parmelin erntete daraufhin in der Presse Kritik, vor allem die bereits aufgewendeten finanziellen Mittel wurden von den Medienschaffenden kritisiert. Als „einsamen Fehlentscheid” sah der Tages-Anzeiger die Sistierung, als „Solotänzer” wurde Parmelin in der NZZ bezeichnet und der Corriere del Ticino sah in der Schelte der GPK einen „Rutenschlag auf Parmelins Finger”. Thematisiert und bisweilen kritisiert worden war jedoch auch die GPK, die es ihrer Minderheit – immerhin 10 GPK-Mitglieder lehnten den Schlussbericht ab – untersagte, ihre Meinung zu äussern. Dort gab es offenbar einen Zwist zwischen Armeegegnern und -befürwortern – einige könnten „halt nicht zwischen Evaluation und Beschaffung unterscheiden”, wurde Arbeitsgruppen-Präsident Janiak (sp, BL) in der NZZ zitiert. Parmelin, beziehungsweise der Gesamtbundesrat, wollte sich zu den Ausführungen der GPK noch nicht äussern.

Nachdem die Erneuerung der Luftabwehr im Rahmen von BODLUV 2020 zunächst ordentlich angelaufen war, wendete sich das Blatt im Frühjahr 2016. Aufgrund vermehrter Kritik am Rüstungsgeschäft zog der neue Verteidigungsminister Guy Parmelin die Notbremse und legte alle Arbeiten auf Eis. Es war ein zunächst überraschender Entscheid des VBS-Vorstehers, denn gemäss offizieller Begründung wollte man vorerst nur eine adäquate Gesamtübersicht der Luftverteidigung erstellen lassen. Doch es steckte mehr dahinter. Tatsächlich dürfte die grosse Kritik an den ins Auge gefassten Luftraketen-Systemen zum drastischen Schritt geführt haben. In diversen Medienberichten war zu lesen, dass die Systeme die geforderten Kriterien gar nicht erfüllten. Bereits im Januar war aus Kreisen der Gruppe Giardino zu vernehmen gewesen, dass die favorisierten Lenkwaffentypen den Anforderungen bezüglich Flughöhe, Reichweite und Allwettertauglichkeit nicht genügten. Damit nicht genug: Bald stellte sich heraus, dass die in die engere Auswahl gekommenen Systeme zum Teil noch nicht praxiserprobt waren. Die Schweiz solle sich hüten, in Rüstungsgeschäften „die Welt neu erfinden zu wollen”, betonte Adrian Amstutz (svp, BE). Seit dem Gripen-Nein stelle eine fehlende Praxiserprobung bei Beschaffungsvorhaben eine Hypothek dar.
Später erweiterte Nationalrat Walter Müller (fdp, SG) die Kritik an der Beschaffung um die Sorgen bezüglich Finanzierbarkeit und effektivem Nutzen der neuen Waffen. Müller verwies in seiner Warnung auch auf den anstehenden Kauf neuer Kampfflugzeuge: Es solle nicht zu viel in Flugabwehr investiert werden, um genügend Mittel für Jets frei halten zu können. Auch durch die SVP, namentlich durch Adrian Amstutz, wurde Unmut bezüglich dieser Beschaffung geäussert. Erschwerend kam hinzu, dass auch die Aufrüstung der Duro-Lastwagen vermehrt Misstöne hervorrief.
Nachdem Parmelin die Arbeiten vorerst gestoppte hatte, musste auch er sich Kritik anhören, weil er bereits früher von Ungereimtheiten gewusst haben soll. Umstritten war zudem, dass sich nicht armasuisse selbst um die Beschaffung kümmerte, sondern ein weiteres Unternehmen hinzugezogen worden war. Verwaltungsseitig verteidigte man diesen Schritt mit personellen Engpässen. Brisant war die Sache, weil die mit dem Auftrag betraute Firma Thales Suisse ein Tochterunternehmen der in Frankreich domizilierten Thales Group ist, die ihrerseits Radarkomponenten herstellt, die auch in einem der Lenkwaffensysteme für die Schweizer Armee hätten verbaut werden sollen.

Der Marschhalt aufgrund der Sistierung im März 2016 weitete sich weiter aus, als man sich im Bundeshaus dafür entschied, den Generalunternehmervertrag mit Thales Suisse SA zu kündigen. Ende April gab das VBS bekannt, dass sich Thales nicht weiter an der Beschaffungsvorbereitung für BODLUV beteilige. Mit diesem Schritt schien eine rasche Abwicklung der BODLUV-Beschaffung nicht mehr wahrscheinlich. Mittel- bis langfristig wolle man das Projekt wieder aufnehmen, hiess es in der VBS-Medienmitteilung; eine Floskel, welche die Journalisten als „nach 2020” interpretierten. Ende Mai zeichnete sich dann auch tatsächlich ab, dass eine BODLUV-Beschaffung im Rüstungsprogramm 2017 nicht mehr plausibel sein würde. Stattdessen musste sich das VBS bemühen, die für die BODLUV eingesetzten Ressourcen frei zu halten. Es ging um CHF 700 Mio., die für BODLUV reserviert worden waren, jedoch vorerst keine Verwendung fanden. Die SiK des Ständerates forderte inzwischen auch, dass das VBS das vom Parlament genehmigte Armee-Budget von CHF 5 Mia. pro Jahr auch wirklich einhalte. Weil schon beim nicht erfolgten Gripen-Kauf sogleich nach einer alternativen Verwendung des frei gewordenen Etats gerufen worden war, wollte die Kommission dafür sorgen, dass die vorgesehenen Ausgaben anderweitig für Armeezwecke genutzt werden konnten.

Auch im Palament zeigte sich eine gewisse Unruhe bezüglich BODLUV. Hans-Peter Portmann (fdp, ZH) wollte in einer Anfrage (16.1012) vom Bundesrat wissen, was es mit der Sistierung auf sich habe. Er fürchtete gar, dass „Kreise mit anderer Agenda mit teils illegalen Mitteln Beschaffungsprojekt[e] zum Scheitern” bringen würden. In seiner Antwort verwies der Bundesrat auch auf die eingeleitete Administrativuntersuchung, von der weitere Erkenntnisse erwartet würden. Im Mai 2016 gaben die Geschäftsprüfungskommissionen des National- und Ständerats bekannt, dass sie eine Inspektion des Sistierungsentscheids einleiteten. Dafür wurde eine Arbeitsgruppe eingesetzt, die unter dem Vorsitz von Ständerat Janiak (sp, BL) operierte. Der Antrag auf diese innerparlamentarische Untersuchung stammte von Nationalrätin Fiala (fdp, ZH), die selber auch in der Arbeitsgruppe beteiligt war. Auslöser war die kritische Medienberichterstattung zum Beschaffungsprojekt. Es sollte geprüft werden, ob der Sistierungsentscheid zweckmässig war.