In der Herbstsession lehnte der Ständerat einen Systemwechsel bei der Wohneigentumsbesteuerung ab und schuf damit eine gewichtige Differenz zum Nationalrat. In der Eintretensdebatte beantragte Kommissionssprecher Schiesser (fdp, GL), die Eigenmietwertbesteuerung nicht abzuschaffen und damit auf einen Systemwechsel zu verzichten. Stattdessen solle die Eigenmietwertbesteuerung im Rahmen der geltenden Ordnung optimiert werden. Konkret beantragte er eine Reduktion des Eigenmietwerts auf 60% des Marktwerts, eine griffige Härtefallregelung und die Einführung eines Bausparmodells. Der vom Nationalrat im Vorjahr beschlossene Systemwechsel löse zwar das Problem der gerechten Festlegung des Eigenmietwerts, und das Schuldenmachen werde nicht mehr belohnt, doch erfordere er für Ersterwerber Abfederungen, die vermutlich mehr kosteten, als vom Bundesrat veranschlagt. Deshalb sei die geltende Ordnung mit der Möglichkeit des unbegrenzten Abzugs der Schuldzinsen und der Unterhaltskosten einem Systemwechsel vorzuziehen. Leuenberger (sp, SO) plädierte für Nichteintreten, da die zusätzlichen Steuererleichterungen – nach den Entlastungen bei der Familienbesteuerung – für den Bund nicht finanzierbar seien. Namens der CVP-Fraktion forderte David (cvp, SG) sowohl eine steuerliche Entlastung der Familien als auch eine Entlastung des Wohneigentums und damit einen Systemwechsel. Bundesrat Villiger hielt einen Systemwechsel nicht für zwingend, doch sei das heutige System nicht gerecht, weil es Begüterte, wenn sie die Abzugsmöglichkeiten geschickt nutzten, deutlich bevorzuge. Der Rat trat auf die Vorlage ein und lehnte mit 23:13 Stimmen den Antrag David und damit den Systemwechsel ab. In der Detailberatung folgte die kleine Kammer grossmehrheitlich den Anträgen ihrer WAK: Sie beschloss eine Reduktion des Eigenmietwerts auf 60% des Marktmietwerts und lehnte einen Antrag Plattner (sp, BS) und die Empfehlung des Bundesrats, der nur auf zwei Drittel des Marktwerts hinuntergehen wollte, ab. Anschliessend setzte sich eine Minderheit Dettling (fdp, SZ) durch, die in Härtefällen den Eigenmietwert bis zur Hälfte herabsetzen wollte – die Kommissionsmehrheit hatte nur bis zu zwei Drittel zugestehen wollen. Die maximale Höhe der abziehbaren Schuldzinsen wurde unverändert aus der alten Regelung übernommen (Vermögensertrag plus CHF 50'000). Beim Bausparen folgte die kleine Kammer dem Vorschlag des Bundesrats und lehnte das basellandschaftliche Modell, das der Nationalrat favorisiert hatte, ab. Zusätzlich wurde die Behandlungsfrist der Parlamentarischen Initiativen Bisig (99.413), Büttiker (99.412) und Maissen (98.458) um zwei Jahre verlängert. In der Wintersession hielt der Nationalrat auf Antrag seiner Kommission gegen die Stimmen der FDP und der SVP an der Abschaffung der Eigenmietwertbesteuerung fest. Gegen die Stimmen der Grünen und der SP bekräftigte er auch seinen Entscheid für das basellandschaftliche Modell des Bausparens.

Das Finanzdepartement veröffentlichte die Vernehmlassungsunterlagen zur Revision der Wohneigentumsbesteuerung. Der bundesrätliche Vorschlag stützte sich auf die Empfehlungen der Expertenkommission und beantragte die Abschaffung der Eigenmietwertbesteuerung bei einem Wegfall der Schuldzins- und Unterhaltskostenabzüge. Bundesrat Villiger liess verlauten, nach dem deutlichen Nein zur Hauseigentümerinitiative sei lediglich eine aufkommensneutrale Reform denkbar. Mit Ausnahme des SGB sprachen sich alle interessierten Organisationen für den Systemwechsel aus. Allerdings wollten die SP und der Mieterverband nur eine kostenneutrale Variante unterstützen, wohingegen der SHEV und die bürgerlichen Parteien mit deutlichen Steuerermässigungen rechneten. Der SHEV kritisierte in erster Linie die vorgesehene Streichung des Unterhaltskostenabzugs. Dadurch würden wichtige Anreize zum Erhalt der Bausubstanz wegfallen. SHEV-Präsident Dettling drohte im August mit einer neuen Initiative, sollten Bundesrat und Parlament die Wohneigentumsförderung beschneiden. Bei den Kantonen herrschte ein uneinheitliches Bild. Der Systemwechsel wurde von elf Kantonen abgelehnt und von fünfzehn begrüsst.

In einem Grundsatzentscheid sprach sich der Bundesrat im Oktober für eine Streichung des Unterhaltskostenabzugs aus. Entgegen seiner Ankündigung hat er aber die Botschaft nicht verabschiedet. Bundesrat Villiger erklärte anlässlich der Budgetberatung im Parlament, die Gefahr eines Konjunkturabschwungs habe einen Aufschub notwendig gemacht.

Der Schweizerische Hauseigentümerverband (HEV) unterlag im Februar mit seiner Initiative für steuerliche Ermässigungen für Hauseigentümer in der Volksabstimmung recht deutlich (58,7% Nein). Vergeblich hatten seine Verbandsspitzen (Präsident Dettling, fdp, SZ und Vorstandsmitglied Baumberger, cvp, ZH) versucht, die Delegiertenversammlungen der FDP und der CVP zur Fassung einer Ja-Parole zu bewegen. Obwohl das Anliegen des HEV in beiden Parteien an und für sich positiv beurteilt wurde, sprach sich eine (bei der FDP allerdings knappe) Mehrheit für ein Festhalten am finanzpolitischen Ziel des Haushaltausgleichs und damit gegen Steuerreduktionen aus. Fast zwei Drittel der FDP-Kantonalparteien entschieden sich dann trotzdem für die Ja-Parole. Ein lohnender Nebeneffekt der Initiativkampagne ergab sich beim Mitgliederbestand. Dieser betrug Ende Januar 248'531, was einer Steigerung um gut 30'000 innert Jahresfrist entsprach. Anstelle des im Frühjahr 2000 nach 25 Amtsjahren zurücktretenden Hanspeter Götte ernannte der HEV Ansgar Gmür zum neuen Verbandsdirektor (Generalsekretär).