Der Ständerat behandelte das Covid-19-Gesetz gleich am Folgetag der entsprechenden nationalrätlichen Debatte, was dazu führte, dass der Kommission und den einzelnen Ratsmitgliedern nur sehr wenig Zeit für die Vorbereitung blieb. Probleme bereiteten der Kommission insbesondere die vom Nationalrat gutgeheissenen Einzelanträge, da sie diese erst am Morgen vor der Ratsdebatte behandeln konnten. Kommissionssprecher Rechsteiner (sp, SG) nannte die Situation entsprechend «herausfordernd, aber auch nicht völlig ungewöhnlich», zumal die Themen «überblickbar» seien. Anders sah dies Thomas Minder (parteilos, SH), der das Geschäft zu einem «Fauxpas der gröberen Sorte» erklärte, was er unter anderem auf die gedrängte Behandlung bezog. Eintreten war jedoch unbestritten.

Zuerst setzte sich der Ständerat in der Detailberatung mit einem Ordnungsantrag Minder auseinander, der auf dem zweiten Teil seiner Kritik beruhte: Der Schaffhauser Ständerat befürchtete, dass die Breite des Gesetzes die Einheit der Materie verletze. Er zeigte sich besorgt, dass die Stimmbürgerinnen und Stimmbürger bei einer so breiten Vorlage in einem drohenden Referendum ihrer freien Willensäusserung nicht nachkommen könnten. Entsprechend reichte er einen Splittingantrag ein, bei dem er die Primärmassnahmen, also die Massnahmen zur Bekämpfung der Epidemie, von den Sekundärmassnahmen, also den Massnahmen zur Bewältigung der Folgeprobleme, trennen wollte. Mit der Ansicht, dass die Zusammenfassung solch unterschiedlicher Aspekte in einem Gesetz problematisch sei, war Minder nicht alleine. Zahlreiche Sprechende pflichteten ihm diesbezüglich bei, selbst Kommissionssprecher Rechsteiner sprach von einem «gesetzgeberischen Birchermüesli». Dennoch fand die vorgeschlagene Lösung des Splittings bei der Ratsmehrheit wenig Anklang: Damit vereinfache man die Wahrnehmung der politischen Rechte nicht, sondern erschwere sie zusätzlich, argumentierte etwa Carlo Sommaruga (sp, GE). Zudem gebe man der Stimmbevölkerung erst recht das Gefühl, dass man sie an ihrer Mitsprache hindern wolle, weil sie dadurch zwei Referenden ergreifen müsste, ergänzte Paul Rechsteiner für die Kommission. Bundeskanzler Thurnherr erklärte, dass sich der Bundesrat durchaus überlegt habe, die Vorlage in viele einzelne dringliche Bundesbeschlüsse aufzuspalten, sich aber dagegen entschieden habe, weil das zu wenig übersichtlich gewesen wäre. Mit 30 zu 7 Stimmen lehnte der Ständerat in der Folge den Antrag Minder ab.

Bei der Detailberatung lag auch dem Ständerat eine Vielzahl an Anträgen vor (20 Mehrheits-, 13 Minderheits- und 10 Einzelanträge) und wiederum war bereits der Artikel zum Gegenstand des Gesetzes umstritten. Hier behandelte der Ständerat einen neuen Einzelantrag Caroni (fdp, AR), der explizit festhalten wollte, dass der Bundesrat die entsprechenden Befugnisse nur soweit wahrnehmen dürfe, wie eine Problematik wirklich dringlich sei. Wann immer möglich, solle er jedoch den ordentlichen oder dringlichen Gesetzgebungsprozess einhalten. Kommissionssprecher Rechsteiner erachtete die Bestimmung als überflüssig und befürchtete überdies, dass sie zu Missverständnissen führen könnte. So gebe es durchaus Massnahmen, von denen man wolle, dass sie der Bundesrat selbständig umsetze, zum Beispiel die Beschaffung von Gesundheitsmaterial. Bundeskanzler Walter Thurnherr erachtete den Zusatz zwar ebenfalls als unnötig, er sei aber auch nicht schädlich, «weil wir nichts anderes vorhaben als das». Mit 24 zu 15 Stimmen nahm die kleine Kammer den Antrag Caroni an und schuf damit eine erste Differenz zum Nationalrat.
Darüber hinaus diskutierte nach dem Nationalrat auch der Ständerat über die Frage, ob die Dachverbände der Sozialpartner und die Verbände der Gemeinden und Städte ausdrücklich ins Gesetz aufgenommen werden sollten. Die Kommissionsmehrheit lehnte diese Änderung durch den Nationalrat ab, eine Minderheit Germann (svp, SH) befürwortete sie. So betonte Germann unter Nennung seiner Interessenbindung als Präsident des Gemeindeverbandes, dass die Massnahmen gerade in den Bereichen der Kinderkrippen, der Unterstützung des öffentlichen Verkehrs oder der Kulturhilfen die Gemeinden durchaus betreffe und dass diese entsprechend auch angehört werden sollten. Mit 23 zu 16 Stimmen folgte der Ständerat jedoch der Kommissionsmehrheit und schuf damit eine weitere Differenz zum Erstrat. Die übrigen Änderungen des Nationalrats, wie die Information der Parlamentsorgane und die Orientierung der Entscheidungen an den vorhandenen Daten, hiess der Ständerat stillschweigend gut. Umstritten war hingegen die Frage, ob temporär die Bundeskanzlei einen Teil der Stimmrechtsbescheinigungen bei den Gemeinden einholen solle, wie der Nationalrat entschieden hatte. Die Kommissionsmehrheit lehnte dies ab. Der Bundeskanzler betonte, dass Initiativen und Referenden nicht nur aufgrund erschwerter Bedingungen nicht zustandekämen, in den letzten zehn Jahren seien 40 Prozent der Initiativen an der Unterschriftensammlung gescheitert. Ziel des bestehenden Gesetzes sei, dass die Referendumskomitees «selber die Verantwortung dafür übernehmen, wie viele Unterschriften sie haben». Ein Einzelantrag Vara (gp, NE) wollte diesbezüglich hingegen dem Nationalrat folgen: Damit könne man der Zivilgesellschaft zeigen, dass man ihre Anliegen anerkenne, zudem sei es die Pflicht der Politikerinnen und Politiker, die demokratischen Rechte auch unter schwierigen Bedingungen zu gewährleisten, betonte die Minderheitensprecherin. Mit 18 zu 17 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) teilte der Rat diese Meinung mehrheitlich und folgte diesbezüglich dem Nationalrat.

Besonders umstritten waren im Ständerat, wie bereits im Nationalrat, die Massnahmen im Kulturbereich. Hier entschied sich der Ständerat mit 26 zu 14 Stimmen für den Vorschlag der Kommission, insgesamt nur CHF 80 Mio. anstelle der vom Nationalrat festgesetzten und von einer Minderheit Graf (gp, BL) vorgeschlagenen CHF 100 Mio. für Leistungsvereinbarungen der Kantone bereitzustellen.
Bei den Sportvereinen schlug die Kommission vor, die vom Nationalrat angenommenen Darlehen ebenfalls zu ermöglichen, jedoch von den Vereinen Sicherheiten im Umfang von 35 Prozent statt 25 Prozent zu verlangen und keine Möglichkeit für Rangrücktritte durch den Bund – also für eine Einwilligung des Bundes, dass seine Forderungen im Falle einer Insolvenz letzte Priorität hätten – vorzusehen. Eine Minderheit Germann wollte in beiden Punkten dem Nationalrat folgen. Für die Klubs seien diese Fragen entscheidend, da eigentlich bereits Sicherheiten von 25 Prozent über ihrer Schmerzgrenze lägen. Wenn der Betrag zudem ohne Rangrücktritte gewährt würde, müsste er als Fremdkapital angerechnet werden, wodurch sich die Klubs womöglich bereits zur Überschuldung anmelden müssten. Stattdessen solle eine Kann-Formulierung geschaffen werden, so dass der Bund immer noch entscheiden könne, ob ein Verein bereits hoffnungslos verloren sei oder nicht. Mit letzterem Kommentar nahm er eine Kritik des Bundeskanzlers auf, der mit Bezug auf die Position des VBS und des BASPO erklärt hatte, dass ein Verein, der keine Sicherheiten im Umfang von 35 Prozent aufbringen könne, auch kein Darlehen erhalten solle. Mit 25 zu 13 Stimmen sprach sich der Ständerat für die tieferen, vom Nationalrat vorgeschlagenen Sicherheiten von 25 Prozent aus, lehnte hingegen die Rangrücktritte mit 19 zu 19 Stimmen bei Stichentscheid durch Präsident Stöckli ab.

Besonders umstritten waren die Härtefallmassnahmen für Unternehmen. Kommissionssprecher Rechsteiner betonte, dass der Bundesrat dabei sei, mit dem SECO, der EFV und den Kantonen abzuklären, wie dieser Härtefallfonds aussehen soll. Anstatt jedoch die Ergebnisse dieses Prozesses und den entsprechenden Gesetzesvorschlag in der Wintersession 2020 abzuwarten, habe der Nationalrat die Rechtsgrundlage geschaffen, «bevor das Projekt reif ist». Nun wisse man daher nicht, was die vorgeschlagenen Regelungen kosten würden. Da die Regelung nun aber bereits auf dem Tisch lag, versuchte der Ständerat das Beste daraus zu machen und ergänzte weitere Bestimmungen. So verlangte die Kommissionsmehrheit eine «entsprechende» finanzielle Beteiligung der Kantone, während eine Minderheit I Bischof (cvp, SO) diese Beteiligung auf den Wohnsitzkanton beschränken wollte. Eine Minderheit II Germann wollte eine ähnliche Bestimmung schaffen, wie sie der Nationalrat am Vortrag aufgrund des Einzelantrags Paganini (cvp, SG) angenommen hatte. Entsprechend sei der jetzige Antrag eher eine Ergänzung der nationalrätlichen Bestimmung, quasi ein Absatz 1bis, betonte Carlo Sommaruga, worauf Germann seine Minderheit auf die Streichung der Kann-Bestimmung für die Unterstützung verkürzte. Zusätzlich wollte die Minderheit II Germann ausdrücklich auch A-fonds-perdu-Beiträge ermöglichen. Ein Einzelantrag Ettlin (cvp, OW) wollte schliesslich sicherstellen, dass nur Unternehmen unterstützt würden, die vor Ausbruch der Krise wirtschaftlich gesund waren, und dass es keine doppelte Unterstützung für die Unternehmen durch verschiedene Massnahmen geben würde. Der Ständerat entschied sich hier für eine ausführlichere Regelung zu den Härtefallmassnahmen, nahm alle drei Minderheits- und Einzelanträge an (Antrag Bischof: 31 zu 8 Stimmen bei 1 Enthaltung; Antrag Germann: 23 zu 17 Stimmen; Antrag Ettlin: 38 zu 0 Stimmen bei 1 Enthaltung) und löste die dafür nötige Ausgabenbremse ohne Gegenstimmen. Damit war er auch einem Vorschlag von Ratspräsident Stöckli (sp, BE) gefolgt, dem Antrag Ettlin zuzustimmen, damit man diese Frage im Differenzbereinigungsverfahren noch genauer diskutieren könne.

Ähnlich umstritten waren die Regelungen zum Erwerbsersatz. Bezüglich der Möglichkeiten auf EO wollte der Ständerat noch einen Schritt weitergehen als der Nationalrat, der diese bereits auf massgebliche Einschränkung der Erwerbstätigkeit ausgedehnt hatte. Der Ständerat wollte aber zusätzlich auch die Kann-Formulierung der entsprechenden Regelung streichen, während eine Minderheit Hegglin (cvp, ZG) den engeren bundesrätlichen Vorschlag befürwortete. Es sei bereits mit der jetzigen Lösung für die Vollzugsstellen schwierig, die Erfüllung der Anspruchsvoraussetzung zu prüfen, betonte er. Bundekanzler Thurnherr kritisierte einerseits die unklaren, aber vermutlich sehr hohen Ausgaben, die für die EO durch die Ausdehnung auf «Hunderttausende mehr» entstünden, und andererseits die unklare Formulierung der Regelung. Äusserst knapp folgte der Ständerat diesbezüglich der Minderheit Hegglin und dem Bundeskanzler und übernahm die Formulierung des Bundesrates mit 20 zu 19 Stimmen. Sehr kritisch zeigte sich der Bundeskanzler auch gegenüber der Idee, die EO auch für Selbständigerwerbende zu öffnen, da es «einfach nicht möglich [sei] zu überprüfen, ob eine selbständigerwerbende Person einen teilweisen Erwerbsausfall erleidet oder nicht». Damit öffne man Missbrauch «Tür und Tor». Die Kommissionsmehrheit wollte den entsprechenden, vom Nationalrat ergänzten Passus streichen, während eine Minderheit Graf diesbezüglich dem Nationalrat folgen wollte. Mit 21 zu 18 Stimmen sprach sich der Rat gegen den Einbezug der Selbständigerwerbenden aus. Stillschweigend lehnte er überdies eine Obergrenze des anzurechnenden Betrags von CHF 90'000, die Möglichkeit für den Bundesrat, Bestimmungen zu den anspruchsberechtigten Personen erlassen zu können, die Pflicht, den Erwerbsausfall nachzuweisen, und die Festlegung der Auszahlung durch Selbstdeklaration ab. Stattdessen nahm er einen Verweis auf die Regelung zur Erlöschung der Ansprüche und zur Verfügung im ATSG vor. Äusserst knapp lehnte die kleine Kammer mit 19 zu 19 Stimmen und Stichentscheid des Präsidenten auch die Verlängerung der Nutzung der Arbeitgeberreserven durch die Arbeitgeber ab, nachdem ein Einzelantrag Gmür-Schönenberger (cvp, LU) diese entgegen dem Antrag der Kommissionsmehrheit aufrechterhalten wollte. Andrea Gmür-Schönenberger hatte argumentiert, dass dadurch den Arbeitgebenden geholfen werden könne, ohne dass jemand belastet würde.

In Zusammenhang mit der Regelung zur EO standen gemäss dem Kommissionssprecher die Entschädigungen für Lohnzahlungen von Unternehmen an ihre Mitarbeitenden im Zuge von Covid-19-Massnahmen des Bundes. Der Nationalrat hatte sich für eine solche Entschädigung entschieden und eine Minderheit Carobbio Guscetti (sp, TI) wollte diesem Beispiel folgen, die SGK-SR-Mehrheit empfahl hingegen deren Ablehnung. Da es sich bei einer vom Bund verhängten Quarantäne in der Praxis um ein Arbeitsverbot handle, müsse der Bund die Unternehmen für die anfallenden Lohnkosten entschädigen, betonte Marina Carobbio Guscetti. Kommissionssprecher Rechsteiner entgegnete, dass für gefährdete Personen nicht in erster Linie eine Quarantäne, sondern Massnahmen, welche eine Weiterarbeit der Betroffenen erlaube (wie zum Beispiel Homeoffice), angeordnet würden. Durch die vorgeschlagene Regelung hätten die Arbeitgebenden jedoch einen Anreiz, die Mitarbeitenden an der Arbeit zu hindern, anstatt sie dabei zu schützen. Mit 24 zu 13 Stimmen lehnte der Rat den Minderheitsantrag ab.

Bei den Massnahmen zur ALV lehnte die Kommission die Ausdehnung der EO auf Personen auf Abruf, in Arbeitsverhältnissen auf Dauer, in Lehrverhältnissen sowie im Dienste von Temporärfirmen ab, wie sie der Nationalrat zuvor hinzugefügt hatte. In einem Einzelantrag machte sich Marina Carobbio Guscetti dafür stark, diese Ausdehnung beizubehalten, um diese Personen, in «prekären Arbeitsverhältnissen» zu unterstützen. Bundeskanzler Thurnherr argumentierte einerseits, dass Temporärarbeit sehr missbrauchsanfällig sei, und befürchtete andererseits, dass diese Arbeitsverhältnisse durch eine solche Besserstellung noch gefördert würden. Mit 26 zu 13 Stimmen folgte der Rat den Ausführungen des Bundeskanzlers und dem Antrag der Kommission. Auch zwei Minderheitsanträge Graf, die Vorschläge aus dem Erstrat aufnahmen, waren nicht erfolgreich: Mit 25 zu 14 Stimmen lehnte der Ständerat einen höheren Lohnersatz bei tiefen Löhnen (entsprechend dem Minderheitsantrag Maillard (sp, VD) im Nationalrat) ab, mit 25 zu 14 Stimmen (bei 1 Enthaltung) sprach er sich gegen die finanzielle Unterstützung von familienergänzenden Institutionen (gemäss den Anträgen Feri (sp, AG) und Weichelt-Picard (al, ZG) im Nationalrat) aus.

Die übrigen Massnahmen waren deutlich weniger umstritten. Bei den Massnahmen im Bereich der Gesundheitsversorgung schlug Jakob Stark (svp, TG) in einem Einzelantrag vor, den Personen, die sich vor einem durch diesen Artikel ausgelösten Impfobligatorium und der Zulassung von ausserordentlich zugelassenen Impfungen fürchteten, entgegenzukommen und ihren Bedenken Rechnung zu tragen, indem man ausdrücklich festhalten sollte, dass im Ausnahmeverfahren zugelassene Impfstoffe nicht dem Impfobligatorium gemäss Epidemiengesetz (Art. 6, Absatz 2 Buchstabe d) unterliegen sollen. Damit könnte die Akzeptanz des Gesetzes erhöht werden, betonte er. Von diesem Vorschlag zeigte sich Kommissionssprecher Rechsteiner gar nicht überzeugt. Die Annahme dieses Antrags wäre ein «Eigengoal erster Güte», betonte er. Das Covid-19-Gesetz habe «null und nichts» mit Impfen zu tun, es gehe lediglich um die vereinfachte Zulassung von Arzneimitteln, nicht von Impfstoffen. Bundeskanzler Thurnherr betonte zudem, dass es beim Impfobligatorium gemäss Epidemiengesetz ausschliesslich um Personen mit Betreuungsfunktionen gehe. Zudem sei eine vereinfachte Zulassung von Impfstoffen aufgrund der Konzeption des Heilmittelgesetzes nicht möglich, wie ihm das BAG versichert habe. Mit 33 zu 6 Stimmen lehnte der Ständerat den Antrag Stark in der Folge ab.
Ständerat Minder beantragte überdies, die Möglichkeit des Bundesrates zur Direktvermarktung von wichtigen medizinischen Gütern aus dem Gesetz zu streichen. Dass während der Corona-Krise zu wenig medizinische Güter wie Desinfektionsmittel vorhanden gewesen seien, heisse nicht, dass der Staat für deren Vermarktung zuständig sein und damit die freie Privatwirtschaft konkurrenzieren solle, kritisierte er. Der Bundeskanzler betonte jedoch, dass es hier lediglich darum gehe, dass der Bund, wenn er wie im Frühling Güter beschaffen müsse, diese bei der Rückkehr zur normalen Lage auch dann an die Verbraucher im Gesundheitswesen oder die Kantone abgeben könne, wenn er dafür Marktpreise gezahlt hatte. Es würden aber keine medizinischen Güter direkt an die Endkunden verkauft. Mit 33 zu 6 Stimmen lehnte der Ständerat den Antrag Minder ab.
Dann wollte die SGK-SR die Möglichkeit des Bundesrates, medizinische Tätigkeiten einzuschränken oder zu verbieten, nur auf Fälle beschränken, die nicht dringend sind und deren Aufschub keine Konsequenzen für die Gesundheit der Patientinnen und Patienten mit sich bringen. Diesen Punkt wolle man einfach explizit im Gesetz ausführen, betonte Kommissionssprecher Rechsteiner. Der Bundeskanzler zeigte sich von der Formulierung nicht begeistert: Entweder gebe es «keine nicht dringlichen Eingriffe, deren Nichtausführung schädliche Konsequenzen beim Patienten nach sich» zögen, weil sie sonst ja dringlich wären, oder alle möglichen Konsequenzen einer Nichtbehandlung würden einen sofortigen Eingriff nötig machen. Mit 31 zu 1 Stimme (bei 1 Enthaltung) sprach sich der Ständerat dennoch für die Präzisierung aus. Alle übrigen Änderungen des Nationalrats hiess der Ständerat stillschweigend gut.

In der Ausländer- und Asylpolitik wurden einige im Nationalrat abgelehnte Forderungen wieder aufs Tapet gebracht. So schlug die Kommission entsprechend dem Minderheitsantrag Crottaz (sp, VD) im Nationalrat vor, die Fristerstreckung auf weitere Bereiche auszudehnen, was der Rat stillschweigend annahm. Ohne Diskussion sprach sich der Rat auch für die vom Nationalrat geschaffene Ausnahme für Familiennachzug und Konkubinate aus. Eine Minderheit Sommaruga wollte zudem mit einer sehr offenen Formulierung festhalten, dass der Bundesrat bei Grenzschliessung die Reisefreiheit der Grenzgängerinnen und Grenzgänger sowie der Einwohnerinnen und Einwohner des Grenzgebiets «bestmöglich» gewährleistet. Damit wolle er der im Frühjahr aufgetretenen Problematik Rechnung tragen, als viele Personen Probleme bekamen, zum Beispiel weil sie auf der anderen Seite der Grenze arbeiteten, zur Schule gingen oder Familienmitglieder besuchen wollten. Dem pflichteten Maya Graf und Charles Juillard (cvp, JU) als weitere Vertretende von Grenzregionen bei, während Marco Chiesa aus gegenteiliger Perspektive des Tessins vertrat: Im Tessin sei man vielmehr hilflos gewesen, weil die Grenzen nicht hatten geschlossen werden können. Mit 28 zu 10 Stimmen (bei 1 Enthaltung) stimmte der Rat dem Antrag Sommaruga zu.

Bei den insolvenzrechtlichen Massnahmen schlug die Kommission vor, dass der Bundesrat neben dem Nachlassvertrag und der Stundung auch bei der Anzeigepflicht bei Kapitalverlust und Überschuldung vom Gesetz abweichende Regeln erlassen können soll. Der Bundeskanzler sprach sich im Namen des Bundesrates aufgrund des Gläubigerschutzes gegen diesen Antrag, der mit einer Motion Ettlin (Mo. 20.3418) übereinstimme, aus. Der Gläubigerschutz sei mit der entsprechenden Sofortmassnahme eingeschränkt worden, nun könne man diese Massnahme aber nicht beliebig lange fortsetzen. Auch in der Vernehmlassung seien entsprechende Bedenken geäussert worden. Mit 31 zu 5 Stimmen nahm der Ständerat den Vorschlag dennoch an. Stattdessen strich der Ständerat auf Antrag der Kommission stillschweigend die vom Nationalrat geschaffene Möglichkeit, die Haftung von Transporteuren für die Zollschuld bei Konkursen der Empfänger oder Importeure wegen Covid-19 zu streichen.

Zum Abschluss der Debatte behandelte der Rat noch einen Einzelantrag Stark, der das Covid-19-Gesetz nur bis Ende September 2021, statt wie vom Bundesrat vorgeschlagen bis Ende Dezember 2021 laufen lassen wollte. Da die Covid-19-Krise im Sommer 2021 mit grosser Wahrscheinlichkeit vorbei sein werde, solle das Gesetz nicht noch bis Ende Jahr gültig bleiben, argumentierte Jakob Stark. Durch die verkürzte Gültigkeit sende man der Schweizer Bevölkerung ein positives Signal, dass man das Notrecht zeitlich möglichst begrenzt halten wolle. Mit 30 zu 8 Stimmen folgte der Ständerat jedoch der Kommissionsmehrheit und beliess die Frist bei Ende 2021.
Mit 33 zu 1 Stimme (bei 4 Enthaltungen) sprach sich schliesslich die überwiegende Mehrheit des Ständerats für das Covid-19-Gesetz aus. Die ablehnende Stimme stammte von Thomas Minder (parteilos, SH) und die Enthaltungen von Mitgliedern SVP und einem Mitglied der CVP.

In der Sommersession 2019 behandelte der Ständerat als Zweitrat die Bundesratsvorlage zur Zulassung von Leistungserbringenden. Der Rat beschloss Eintreten ohne Gegenantrag und schuf in der Folge einige Differenzen zum Nationalrat, zum Beispiel bezüglich des Ärzteregisters, das die grosse Kammer eingefügt hatte. Hans Stöckli (sp, BE) erklärte für die Kommission, dass man dieses Register prinzipiell befürworte, weil es Transparenz schaffe und eine kostendämpfende Wirkung haben könnte. Man habe aber die Formulierungen zusammen mit dem Bundesamt für Justiz bereinigt. Hatte der Nationalrat zudem offen gelassen, wie die notwendigen Sprachfähigkeiten der angehenden Leistungserbringenden getestet werden sollen, ergänzte die SGK-SR die Vorlage um eine vergleichsweise detaillierte Regelung zu nötigen Sprachtests. Diese nahm der Ständerat mit 22 zu 17 Stimmen gegen eine Minderheit Berberat (sp, NE) an, die eine entsprechende Regelung im Rahmen einer Verordnung befürwortet hätte. Bezüglich der Beschränkung der Anzahl Ärztinnen und Ärzte entschied sich der Ständerat zudem gegen einen Antrag Hegglin (cvp, ZG), die Muss-Formulierung des Nationalrats der Kann-Formulierung des Bundesrates vorzuziehen. Die Situationen in den Kantonen seien zu unterschiedlich, als dass man alle Kantone zur Einschränkung der Ärztezahl verpflichten könne, erklärte Stöckli. Auch die Lockerung des Vertragszwangs, das Beschwerderecht bezüglich Ärztehöchstzahlen für die Versicherer oder die Versichererverbände sowie die Verknüpfung der Vorlage mit EFAS lehnte der Rat ab. In der Gesamtabstimmung sprach sich der Ständerat mit 33 zu 0 Stimmen bei 4 Enthaltungen für die so veränderte Vorlage aus.

Die ehemalige Waadtländer Bildungsdirektorin Anne-Catherine Lyon übernahm von Hans Stöckli das Präsidium der Neuen Helvetischen Gesellschaft (NHG), wie das St. Galler-Tagblatt im September 2018 berichtete. Für die NHG sei dies die zweite SP-Vertretung an ihrer Spitze in Folge. Lange Zeit sei unklar gewesen, wer auf Stöckli folgen solle, der nun nach seiner zweiten Amtsperiode den Posten statutengerecht freigab.

Die 2012 akzentuierte Zunahme von Ärzten, welche den Antrag stellten, ihre Leistungen über das Krankenversicherungsgesetz (KVG) abrechnen zu lassen, blieb im Berichtsjahr auf der Agenda der Räte. Nachdem im Vorjahr je ein Postulat Rossini (sp, VS) und Cassis (fdp, TI) in ebendieser Angelegenheit überwiesen worden war, sah sich der Bundesrat genötigt zu handeln und legte eine Botschaft zur Änderung des KVG vor. Darin beantragte die Regierung die vorübergehende Wiedereinführung der bedarfsabhängigen Zulassung. Vordringlich galt es eine per Ende 2011 ausgelaufene Bestimmung zu erneuern, womit die Zulassungsbegrenzung vorübergehend wieder eingeführt werden soll. Die 2001 in Kraft getretene Zulassungsbegrenzung für Leistungserbringer war 2011 nicht mehr erneuert worden. Zwar war eine Verlängerung im Rahmen der Änderung des KVG im Zusammenhang mit den integrierten Versorgungsnetzen („Managed Care“) angedacht worden, mit der Ablehnung durch die Stimmberechtigten im Juni 2012 liess sie sich aber nicht umsetzen. Diese Lücke führte dazu, dass die Kantone über kein Instrument mehr verfügten, um das Angebot im ambulanten Bereich zu steuern. Die vom Bundesrat beantragte Zulassungsbeschränkung soll auf drei Jahre terminiert werden. Damit soll es zum einen ermöglicht werden, die Auswirkungen der Aufhebung der Zulassungsbeschränkung zwischen dem 1. Januar 2012 und dem Inkrafttreten der vorliegenden Änderung zu untersuchen. Zum anderen können in der Zwischenzeit Bestimmungen vorbereitet werden, welche die Kosten längerfristig eindämmen. Der Bundesrat wollte angesichts des Masterplans „Hausarztmedizin und medizinische Grundversorgung“ sowie der Volksinitiative „Ja zur Hausarztmedizin“ nicht auf die zuletzt angewandte Fassung der Zulassungsbeschränkung zurückkommen, sondern schlug eine leicht abgeänderte Version vor: Einerseits sollen Leistungserbringer im Bereich der Grundversorgung nicht mehr von der Zulassungssteuerung ausgeschlossen sein, andererseits sollen entsprechende Übergangsbestimmungen jedoch sicherstellen, dass die Zulassung von Personen, die bereits vor dem Inkrafttreten der Gesetzesänderung zulasten der obligatorischen Krankenpflegeversicherung tätig waren, nicht eingeschränkt werden kann. Mit einer raschen Umsetzung dieser Gesetzesänderung sollen die in Bedrängung geratenen Kantone die erforderlichen rechtlichen Instrumente erhalten, um die Zulassungen zu steuern. Der Bundesrat versprach sich davon eine bessere Steuerung der Kostenentwicklung in der obligatorischen Krankenpflegeversicherung, was sich auch auf die Finanzen von Bund und Kantonen positiv auswirken könne. Im Parlament war die als dringlich zu behandelnde Vorlage enorm umstritten.

Im Nationalrat, welcher sich im März zuerst damit befasste, beantragte eine Minderheit bürgerlicher Kommissionsmitglieder um Nationalrat de Courten (svp, BL) Nichteintreten. Eine weitere, ähnlich zusammengesetzte Minderheit Cassis (fdp, TI) wollte das Geschäft an den Bundesrat zurückweisen mit dem Auftrag, innert zwei Jahren Alternativvorschläge zur Steuerung der ambulanten Medizin zu erarbeiten. Die SVP erachtete die Massnahme als rechtsstaatlich bedenklich und erkannte darin eine ungebührliche Verschleierungspolitik. Von Seiten der FDP wurde gefordert, endlich eine kluge Strategie zu entwickeln. Die bis anhin gefahrene Politik mit mehreren Verlängerungen des 2001 eingeführten Moratoriums wurde indes von allen Seiten angeprangert. Die Ratslinke, welche die Vorlage unterstützte, bediente sich vor allem föderalistischer Argumente. Den Kantonen müsse dieses Instrument zur Verfügung gestellt werden damit jene Kantone, die das Problem zu vieler Gesuche um Praxisbewilligung kennen, handeln können. Kantone, die nicht mit der Problematik konfrontiert seien, wären auch nicht zum Handeln verpflichtet, so Nationalrätin Fehr (sp, ZH). Dass sich nicht alle Kantone in der gleichen Ausgangslage befanden, liess sich in den verschiedenen Voten gut erkennen. Eintreten wurde schliesslich mit 106 zu 74 Stimmen deutlich beschlossen. Der Minderheitsantrag um Rückweisung scheiterte mit 89 zu 94 Stimmen jedoch nur knapp. Die Detailberatung war in der Folge weniger umstritten. Zwei Kommissionsanträge wurden beschlossen. Einerseits sollte der Zulassungsstopp nur auf Ärztinnen und Ärzte angewandt werden, und nicht auf Apotheker. Andererseits beschränkten die Räte eine vom Bundesrat noch offen formulierte Frist auf Verfall der Zulassung bei Nicht-Einlösung auf sechs Monate. Die damit geschaffene Abweichung vom Bundesratsentwurf wird die Ständekammer beurteilen müssen. Ein Antrag Ingold (evp, ZH) wurde sehr deutlich angenommen: Dieser wollte den Bedürfnisnachweis für Personen, welche mindestens fünf Jahre an einer anerkannten schweizerischen Weiterbildungsstätte gearbeitet haben, aufheben. Dagegen soll ein Bedürfnisnachweis für praktische Ärztinnen und Ärzte, die über keinen anderen Weiterbildungstitel verfügen, eingeführt werden. Damit sollte eine entscheidende Schwäche der neuen Zulassungsregulierung ausgemerzt werden, nämlich diejenige, dass schlechter qualifizierte Ärztinnen und Ärzte direkt aus dem Ausland eine Praxistätigkeit aufnehmen könnten. In der Gesamtabstimmung wurde die Vorlage mit 103 zu 76 Stimmen überwiesen, wobei sich nach wie vor FDP- und SVP-Vertreter dagegen stellten.

Der Ständerat behandelte das Geschäft nur eine Woche später. Zwar sprach sich die Mehrheit der SGK für Eintreten aus, jedoch mit dem Antrag, das Geschäft sogleich an den Bundesrat zurückzuweisen. Die Regierung solle eine definitive Lösung präsentieren, welche unter anderem auch eine Lockerung des Vertragszwangs vorsehen würde. Eine Minderheit Eder (fdp, ZG) war für Nichteintreten. Stattdessen sei eine langfristige, zukunftsorientierte und nachhaltige Lösung, welche allen Beteiligten Sicherheit bringt, gefragt. Eine zweite Minderheit Schwaller (cvp, FR) sprach sich für Eintreten ohne Rückweisung aus. Der Rückweisungsantrag wurde in der Kommission schliesslich mit einer knappen Mehrheit gefasst. Ein erster wichtiger Grund liege darin, dass seit zwölf Jahren eingesetztes dringliches Bundesrecht nicht mehr tatsächlich als solches gelten könne, so das Empfinden der SGK. Die Kommission verlangte darum eine rasche Antwort des Bundesrates auf die seit Jahren bestehenden Probleme und wollte mit der Rückweisung den entsprechenden Druck aufrechterhalten. Diese Begründung stützte sich auch auf ein Versprechen von Bundesrat Berset, der in der Kommission festgehalten hatte, dass eine definitive Vorlage per Ende 2013 geplant sei. Die Eintretensdebatte war langwierig und stellte auch den vom Nationalrat gefassten Beschluss infrage, da er möglicherweise gegen die Personenfreizügigkeit verstosse durch die Diskriminierung ausländischer Ärzte. Das Ratsplenum war mit 27 zu 17 Stimmen für Eintreten, wurde sich jedoch nicht einig über den Antrag Schwaller. Ratspräsident Lombardi (cvp, TI) entschied beim Stichentscheid im Sinne der Minderheit. Damit war Eintreten beschlossen, die Rückweisung wurde abgelehnt und die Kommission musste die Detailberatung nachholen. Bis zur Ständeratsdebatte in der Sommersession hatte die SGK mehrere Expertisen eingeholt: Sie informierte sich über die Anpassungen des Nationalrates und deren Vereinbarkeit mit der Personenfreizügigkeit, über die Übereinstimmung des Bundesratsentwurfs mit der Verfassung und über die Auswirkungen des früheren Systems der Zulassungsbeschränkung. In der Kommission halte sich der „Enthusiasmus gegenüber der wiederaufgenommenen vorübergehenden Zulassungsbeschränkung im Rahmen“, so Sprecherin Egerszegi (fdp, AG). Die Frage, was nach erneuter Aufhebung der Beschränkung in drei Jahren folgen wird, erschien auch den Ständeräten prioritär. Es wurde jedoch auch betont, dass es bei dieser Vorlage darum gehe, dass die Kantone die Leistungserbringer bestimmen und deren Zulassung an Bedingungen knüpfen können. Spreche sich die Regierung eines Kantons dagegen aus, die Zulassung ihrer Leistungserbringer an bestimmte Bedingungen zu knüpfen, so ändere sich auch nichts. Aufgrund zweier Bittschreiben der Grenzkantone Genf und Tessin, die dringlichen Massnahmen zu unterstützen und in Hinblick auf die Funktion der Ständekammer, beantragte die SGK die Annahme des Geschäfts. Gegenüber dem Nationalrat wurden während der Detailberatung zwei Differenzen geschaffen: Die Abhängigkeit eines Bedürfnisnachweises soll nur von den Weiterbildungstiteln abhängen und nicht zusätzlich von einer Mindestanstellung an einer schweizerischen Institution. In dieser Hinsicht wollte die Kommission dem Bundesrat folgen. Eine Minderheit Rechsteiner (sp, SG) schlug erfolglos als Kompromiss eine kürzere Mindestanstellung von drei Jahren vor (gegenüber den im Nationalrat gemäss Bundesratsentwurf beschlossenen fünf Jahren). Zur Kriterienfestlegung für den Bedürfnisnachweis nahm der Nationalrat die Fassung des Bundesrates an: Die Regierung selbst solle die Kriterien beschliessen. Im Gegensatz zur Exekutive wollte die SGK des Ständerates jedoch das Mitspracherecht der Kantone im Gesetz niederschreiben. Diese Änderung wurde gegen eine Minderheit Stöckli (sp, BE), welche den Bundesratsentwurf unterstützen wollte, angenommen. Eine redaktionelle Anpassung über Inkrafttreten des Gesetzes wurde zwangsläufig verabschiedet, da der ursprünglich festgelegte Zeithorizont trotz Dringlichkeit nicht eingehalten werden konnte.

In der Differenzbereinigung standen sich die oben genannten Divergenzen gegenüber. Bei der Festlegung der Erforderlichkeit eines Bedürfnisnachweises übernahm die SGK des Nationalrates den Vorschlag Rechsteiner (sp, SG), welcher im Ständerat knapp durchgefallen war. Sie beantragte damit ihrem Plenum die Forderung nach drei Jahren Anstellung an einer schweizerischen Weiterbildungsstätte und ging selbst einen Kompromiss gegenüber dem zuvor gefassten Nationalratsbeschluss von fünf Jahren ein. Mit 102 zu 77 Stimmen wurde dies im Rat angenommen. In der Frage, wer die Kompetenz der Kriterienfassung erhalten soll, schuf der Nationalrat wieder eine Differenz zum Ständerat. Die Kantone seien laut Fassung des Nationalrats anzuhören, jedoch nicht einzubeziehen. Dieser redaktionellen Änderung fügte sich der Ständerat. Auch mit der Bedingung, drei Jahre in der Schweiz gearbeitet haben zu müssen, zeigte sich die ständerätliche SKG schliesslich einverstanden. Angesichts der hohen Zustimmung, mit welcher der Nationalrat an dieser zeitlichen Bedingung festgehalten hatte, schien es ihr angezeigt, einzulenken – wenngleich Sprecherin Egerszegi (fdp, AG) nicht umhin kam, den dadurch entstehenden Konflikt mit der Personenfreizügigkeit zu erwähnen. Den jeweiligen Mehrheitsanträgen folgte das Ratsplenum, womit das Geschäft zum Abschluss gebracht werden konnte. Am Ende der Beratungen bekräftigte Nationalrat Stahl (svp, ZH) Namens der SVP-Fraktion nochmals deren Ablehnung gegen die Vorlage. Sie widerspreche dem freiheitlichen und liberalen Geist des Berufes des Arztes und diese zwölf Jahre, während denen der Ärztestopp gegolten hatte, seien in Sachen Kostenexplosion im Gesundheitswesen wenig erfolgreich gewesen. Dennoch erklärten beide Kammern noch in der Sommersession das Geschäft mit 115 zu 79 und 27 zu 15 Stimmen als dringlich und verabschiedeten es mit 107 zu 77, respektive mit 28 zu 16 Stimmen, wobei die bürgerlichen Fraktionen jeweils unterlagen. Das abgeänderte Gesetz trat per 1. Juli 2013 in Kraft und gilt bis zum 30. Juni 2016.

Im Ständerat empfahl die Kommissionsmehrheit, auf das Geschäft einzutreten und es anschliessend mit dem Antrag an den Bundesrat zurückzuweisen, eine Lösung mit einer Lockerung des Vertragszwangs vorzulegen. Eine Minderheit Eder (fdp, ZG) sprach sich für Nichteintreten aus, eine Minderheit Schwaller (cvp, FR) für eine Ablehnung der Rückweisung und damit für die noch nicht erfolgte Detailberatung in der Kommission. Die Mehrheit stellte die Verfassungsmässigkeit des Zulassungsstopps, welcher per dringliches Bundesrecht eingeführt worden und danach zwei Mal verlängert worden war, in Frage. Sie befürchtete eine Verschärfung des Mangels an inländischem Ärztenachwuchs bei einem erneuten Stopp und kritisierte die Unklarheit darüber, ob die Massnahme in den vergangenen Jahren überhaupt zu Kosteneinsparungen geführt habe. Nicht zuletzt sei zweifelhaft, ob der im Nationalrat angenommene Einzelantrag überhaupt mit der Personenfreizügigkeit vereinbar sei, da er ausländische Ärzte diskriminiere. Die Minderheit Eder erklärte, sie sei mit der Hin-und-Her-Politik der letzten Jahre nicht mehr einverstanden und wolle endlich eine umfassende Lösung. Sie wisse dabei verschiedene Parteien und Verbände sowie etliche Kantone hinter sich. Eine erneute Zulassungsbeschränkung sei ein schlechtes Signal an die jungen Ärztinnen und Ärzte, laufe dem Grundsatz „ambulant vor stationär“ zuwider und sei rechtsstaatlich bedenklich. Zudem sei eine konsequente Marktlösung einer erneuten Regulierung des Angebots vorzuziehen. Die Minderheit Schwaller warnte vor ein bis zwei zusätzlichen Prämienprozenten, würde das Wachstum der Anzahl Zulassungen nicht gebremst, und führte aus, einzig die Massnahme eines Zulassungsstopps könne bereits kurzfristig dagegen wirksam werden. Eintreten wurde schliesslich mit 27 zu 17 Stimmen beschlossen. Beim Rückweisungsantrag ergab sich ein Patt von 22 zu 22 Stimmen. Mit Stichentscheid des Präsidenten Lombardi (cvp, TI) ging das Geschäft zur Detailberatung an die Kommission. Diese nahm umfassende Abklärungen vor bezüglich der Verfassungsmässigkeit des Bundesratsentwurfes, der Wirkungen der bisherigen Zulassungsbeschränkungen und insbesondere der Vereinbarkeit des vom Nationalrat aufgenommenen Zusatzes mit der Personenfreizügigkeit. Die Gutachten verschiedener Experten zu letzterem kamen zu widersprüchlichen Ergebnissen. Die Abklärungen dauerten einige Zeit, womit das ursprüngliche Ziel des Innenministers Berset, den Zulassungsstopp bereits im April wieder einzuführen, nicht mehr erreicht werden konnte. Um eine möglichst rasche Beschlussfassung zu erreichen, hatte der Bundesrat im Vorjahr beschlossen, das Gesetz als dringlich einzustufen. Die Detailberatung im Ständerat fand in der Sommersession statt. Berset betonte zu Beginn der Debatte, bei dem 2012 beobachteten Anstieg der Neuzulassungen handle es sich nicht um einen simplen Aufholeffekt, was daran zu erkennen sei, dass der Anstieg in der ersten Jahreshälfte 2013 unverändert angehalten habe. Zu reden gab insbesondere die vom Nationalrat eingefügte Ausnahmebestimmung, wonach Ärzte mit mindestens fünfjähriger Schweizer Berufserfahrung von der Zulassungspflicht ausgenommen wären. Die Kommissionsmehrheit sprach sich mit Verweis auf die Personenfreizügigkeit dagegen aus. Eine Minderheit Rechsteiner (sp, SG) strebte einen Kompromiss an, indem sie die Frist auf drei Jahre beschränken wollte und gab an, ein allfälliges Ritzen der Personenfreizügigkeit angesichts der Vorteile in Kauf nehmen zu wollen. Diese Position unterlag mit 22 zu 18 Stimmen. Diskutiert wurden auch die Kompetenzen der Kantone bei der Festlegung der Kriterien für ein Bedürfnis nach Zulassungen von Leistungserbringern. Eine Minderheit Stöckli (sp, BE) sprach sich für die Version des Bundesrates aus, wonach die Kantone „anzuhören“ seien. Die Kommissionsmehrheit verlangte dagegen, der Bund habe die Kriterien mit den Kantonen zusammen einvernehmlich festzulegen. Die Minderheit begründete ihre Position damit, dass die Haltungen der Kantone stark auseinandergingen und eine Lösung im Einvernehmen damit nicht zu finden sei. Die Mehrheit hielt dagegen, die Kantone würden die Bedürfnisse auf ihrem Gebiet am besten kennen und dürften nicht von der Hauptstadt aus bevormundet werden. Mit 22 zu 21 Stimmen folgte der Rat der Position der Mehrheit. In der Gesamtabstimmung sprachen sich 25 Kantonsvertreter für den Entwurf aus, 15 dagegen.