In der Sommersession behandelte der Nationalrat als Erstrat den Nachtrag IIa zum Voranschlag 2020. Fast mehr zu reden als die eigentlichen Nachtragskredite gab jedoch die Frage des Schuldenabbaus. Roland Fischer (gpl, LU) und Daniel Brélaz (gp, VD) erklärten, die Kommission habe lange über dieses Thema diskutiert, zumal gemäss der aktuellen Regelung der Schuldenbremse in den nächsten sechs Jahren CHF 30 Mrd. abgebaut werden müssten. In einer Motion (Mo. 20.3470) habe die Kommission deshalb beantragt, die Corona-bedingten ausserordentlichen Ausgaben nicht auf das Amortisationskonto der Schuldenbremse zu buchen und somit der Verpflichtung des Abbaus innert sechs Jahren zu entgehen.
Inhaltlich bestanden kaum Differenzen zwischen der Kommissionsmehrheit und dem Bundesrat; die Mehrheit der FK-NR hatte sich zuvor bis auf einen Punkt bei allen Nachtragskrediten dem Bundesrat angeschlossen. Hingegen lagen dem Rat zu verschiedenen Kreditposten Minderheitsanträge für Kürzungen vor, nur vereinzelt verlangten Kommissionsminderheiten zudem eine Erhöhung der zu sprechenden Kredite.
Bei den Anträgen des EDA für die Darlehen für das IKRK (CHF 200 Mio.), für die humanitäre Hilfe (CHF 50.5 Mio.) sowie für die multilaterale Zusammenarbeit (CHF 57 Mio.) und des EFD für den Katastrophenfonds des IWF verlangten Minderheiten Guggisberg (svp, BE) und Nicolet (svp, VD) die Streichung der Kredite respektive bei der humanitären Hilfe ihre Reduktion auf CHF 20 Mio. Minderheitensprecher Guggisberg betonte, dass man Prioritäten setzen müsse und sich «auf die Menschen in der Schweiz konzentrieren» solle, zumal während vier Jahren für die Entwicklungshilfe und die humanitäre Hilfe bereits CHF 11 Mrd. «ins Ausland geschickt» würden. Die nachfolgenden Generationen müssten das jetzt gesprochene Geld überdies «erst wieder verdienen». Folglich schlug Guggisberg als Rahmenbedingung für die Kreditverwendung in weiteren Minderheitsanträgen vor, die entsprechenden Beiträge dem Budget der internationalen Entwicklungshilfe anzurechnen. Eine Minderheit II Friedl (sp, SG) verlangte im Gegenzug die Aufstockung des Kredits für humanitäre Hilfe auf CHF 100 Mio. Claudia Friedl betonte, dass es aufgrund der globalisierten Wirtschaftsbeziehungen im Eigeninteresse der Schweiz sei, dass es auch dem Rest der Welt gutgehe. Mit Verweis auf die humanitäre Tradition der Schweiz sei 1 Prozent der Schweizer Ausgaben zur Bewältigung der Corona-Krise als humanitäre Hilfe zu wenig. Vielmehr sollen in Übereinstimmung mit der vom Nationalrat in der ausserordentlichen Session zur Bekämpfung der Corona-Krise angenommenen Motion der APK-NR (Mo. 20.3131) CHF 100 Mio. für die humanitäre Hilfe gesprochen werden. Sämtliche Minderheiten lehnte der Nationalrat deutlich ab.
Ein Minderheitsantrag lag auch bezüglich der indirekten Presseförderung vor. Eine Minderheit Strupler (svp, TG) verlangte die Streichung der CHF 17.5 Mio. für die Zustellungshilfe für die Presse, um eine unzulässige Abhängigkeit der Presse vom Staat zu verhindern. Die Mehrheit des Nationalrats stimmte dem Kredit jedoch in Übereinstimmung mit der Forderung aus zwei zuvor von beiden Räten angenommenen Motionen (Mo. 20.3145, Mo. 20.3154) zu.
Diskussionen gab es wie schon beim ersten Nachtrag auch bei den Sport- und Kulturkrediten. Bei den Darlehen für die Fussball- und Eishockeyligen verlangte die Kommissionsmehrheit, dass die Senkung des durchschnittlichen Einkommens aller am Ligabetrieb teilnehmenden Spieler, welche gemäss der auf den 1. Juni 2020 geänderten Sportförderungsverordnung nötig wird, wenn die Darlehen nicht innert drei Jahren zurückbezahlt werden, durch eine progressive Senkung der einzelnen Einkommen erreicht wird, dass also höhere Einkommen stärker gesenkt würden. Während eine Minderheit Feller (fdp, VD) diese Bedingung ablehnte, wollte eine weitere Minderheit Strupler den Betrag des Darlehens um CHF 50 Mio. reduzieren. Die Kommissionsmehrheit setzte sich jedoch gegen beide Minderheiten durch.
Auch bei den Ausfallentschädigungen für Kulturunternehmen und Kulturschaffende verlangte eine Minderheit Guggisberg die Streichung, zumal ab dem 6. Juni Kulturanlässe mit 300 Personen wieder möglich seien und die Betroffenen andere Möglichkeiten hätten. Auch hier setzte sich die Kommission durch, genauso wie bei ihrem Antrag auf zusätzliche CHF 10 Mio. für Kulturvereine im Laienbereich. Sämtliche Kulturbeträge sollten durch eine Umlagerung des Kredits «Soforthilfe für Kulturunternehmen» finanziert werden.
Eine Minderheit Widmer setzte sich schliesslich erfolglos für einen Kredit über CHF 10 Mio. als Nothilfe für Armutsbetroffene ein; verschiedene Sprechende verwiesen diesbezüglich auf die Bilder von auf Essenshilfe wartenden Menschen in Genf. Kommissionssprecher Fischer erläuterte jedoch für die Kommission, dass die entsprechende Hilfe von den Kantonen und Gemeinden geleistet werden solle, zumal diese mit der jeweiligen Situation besser vertraut seien als der Bund.
Der grösste Kreditposten schliesslich, die CHF 14.2 Mrd. für die ALV, wurde gar ohne Minderheitsantrag stillschweigend verabschiedet. Der Rat war sich einig, dass man nun nicht durch eine Erhöhung der Arbeitnehmer- und Arbeitgeberbeiträge die konjunkturelle Erholung ausbremsen dürfe. Zuvor hatte Lars Guggisberg als Bedingungen für die Zustimmung der SVP-Fraktion eine gesetzliche Grundlage für die Ausgabe gefordert. Finanzminister Maurer versprach dem Rat auf Anfang Juli eine entsprechende Botschaft, die das Parlament in der Herbstsession beschliessen könne, und betonte, ohne die entsprechende Botschaft könne der Kredit nicht verwendet werden. Des Weiteren versprach er eine Gesamtschau zur Kurzarbeit, die gemeinsam mit dem Budget 2021 und den Finanzplänen behandelt werden sollte, und liess durchblicken, dass die CHF 40 Mrd. kaum vollständig aufgebraucht werden würden.
In der Gesamtabstimmung nahm der Nationalrat den Nachtrag IIa zum Voranschlag 2020 mit 150 zu 23 Stimmen (bei 22 Enthaltungen) an. Sämtliche ablehnenden Stimmen und Enthaltungen stammten von Mitgliedern der SVP-Fraktion.

In der Wintersession 2019 behandelte der Ständerat als Erstrat den Voranschlag 2020. Hannes Germann (svp, SH) stellte die Vorlage im Namen der Kommission vor. Er bezeichnete die Budgetsituation als positiv, zumal trotz STAF und allgemein starkem Ausgabenwachstum dank der Dynamik bei der direkten Bundessteuer und den Verrechnungssteuern ein Überschuss erwartet werde. Er verwies auf die Nachmeldung des Bundesrates vom 27. September 2019, in der dieser eine Nachzahlung von Genossenschaftsbeiträgen an die Nationale Genossenschaft für die Lagerung radioaktiver Abfälle in der Höhe von CHF 158 Mio. beantragt hatte. Nach einem Überblick stellte er die Mehrheitsanträge der FK-SR kurz vor, die gegenüber der Bundesratsvorlage Mehrausgaben von CHF 122.3 Mio. mit sich bringen würden. In der Folge diskutierte der Ständerat ausschliesslich über diese Kommissionsanträge.
Die Erhöhung der Unterstützung von Organisationen im Bereich der ausserschulischen Kinder- und Jugendförderung um CHF 4 Mio. auf CHF 14 Mio. lehnte Bundesrat Maurer als Bagatellsubvention ab; die Gewährung solcher sei aber nicht Aufgabe des Bundes, erklärte er. Peter Hegglin (cvp, ZG) betonte hingegen, dass sich der Bund seit Inkrafttreten des Kinder- und Jugendförderungsgesetzes im Jahr 2013 jährlich mit CHF 10 Mio. an diesen Organisationen beteilige. Da sich die Zahl der Anspruchsgruppen seither stetig vergrössert habe, die Beträge des Bundes jedoch gleich geblieben seien, seien die Beiträge an die einzelnen Organisationen um fast 40 Prozent gesunken. Mit 27 zu 13 Stimmen folgte die kleine Kammer der Kommission in diesem Punkt.
Diskussionen gab es ansonsten nur noch bezüglich der Bildungsausgaben. Hier beabsichtigte die Kommissionsmehrheit eine Erhöhung des Finanzierungsbeitrags an die ETH (+CHF 30 Mio.), der Beiträge für die berufliche Bildung (+CHF 15 Mio.), der Grundbeiträge an die Universitäten (+CHF 20 Mio.) und die Fachhochschulen (+CHF 15 Mio.), der Ausbildungsbeiträge (+CHF 764'100), der Finanzhilfen für WeBiG (+CHF 200'300), der Beiträge für die Institutionen der Forschungsförderung (+CHF 15 Mio.) sowie der Forschungseinrichtungen von nationaler Bedeutung (+CHF 3.1 Mio.). Damit nehme man wie bereits im Voranschlag 2019 Bezug auf die BFI-Botschaft 2017-2020, wobei die darin beschlossenen Ausgaben später um 3 Prozent reduziert worden waren, um die Kostenbremse einhalten zu können, erklärte Erich Ettlin (cvp, OW) für die Kommission. Da es die Finanzlage des Jahres 2020 erlaube, wolle man hier zu den ursprünglichen Beträgen zurückkehren, nicht aber in den Finanzplanjahren, dort müsse man dies in den jeweiligen Voranschlägen neu diskutieren. Eine Minderheit Hefti (fdp, GL) beantragte, dem Bundesrat zu folgen und auf die Erhöhungen zu verzichten. Der Bund schenke dem Bildungsbereich – richtigerweise – bereits genügend Aufmerksamkeit, die entsprechenden Ausgaben würden von CHF 7.7 Mrd. (2018) auf voraussichtlich CHF 8.6 Mrd. (2023) ansteigen, argumentierte Hefti. Weitere, «giesskannenartige» Erhöhungen sollten nicht zum Gewohnheitsrecht werden. Auch Finanzminister Maurer lehnte die Erhöhung ab. Man habe damals die nicht eingetretene Teuerung überall herausgerechnet, wie es das Parlament später im Rahmen der Motion Dittli (fdp, UR; Mo. 16.3705) bestätigt habe, einzig den Bildungsbereich nehme das Parlament immer wieder von dieser Änderung aus. Dennoch sprach sich der Ständerat deutlich für die verschiedenen Erhöhungen aus.
Den übrigen Anträgen der Kommission folgte der Rat ohne grössere Diskussionen: Für die finanzielle Unterstützung von Selbsthilfeprojekten bezüglich der Opfer von fürsorgerischen Zwangsmassnahmen beantragte die Kommission eine Budgeterhöhung von CHF 150'000 auf CHF 2 Mio. sowie eine Fortsetzung in den Finanzplanjahren. Da im Parlament noch verschiedene Vorstösse für eine Fristverlängerung zur Gesuchseinreichung für die Opfer von fürsorgerischen Zwangsmassnahmen hängig seien und der Bundesrat Empfehlungen einer unabhängigen Expertenkommission «Administrative Versorgung» prüfe, solle dieser Betrag als Spielraum für solche Projekte geschaffen werden, erklärte Christian Levrat (sp, FR) für die Kommission. Mit 27 zu 13 Stimmen sprach sich der Ständerat für diese Erhöhung aus. Im Sportbereich erhöhte er einstimmig die Kredite für Sportverbände und andere Organisationen (+CHF 10 Mio.), für nationale Sportanlagen (+CHF 5 Mio.) und für Wertberichtigungen im Transferbereich (+CHF 5 Mio.) in Voranschlag und Finanzplan, um den «Zeitraum bis zum frühestens für 2022 vorgesehenen Inkrafttreten des nächsten Nationalen Sportanlagenkonzepts zu überbrücken», wie Hannes Germann zuvor für die Kommission erklärt hatte. Den Kredit für Schweiz Tourismus erhöhte der Rat zur Umsetzung des vom Parlament gefassten Beschlusses zur Wirtschaftsförderung um CHF 2.375 Mio. Einstimmig nahm der Ständerat in der Folge den Bundesbeschluss Ia über den Voranschlag für das Jahr 2020 an.
Einen Änderungsantrag stellte die Kommission noch für den Bundesbeschluss Ib über die Planungsgrössen im Voranschlag für das Jahr 2020: Hier beabsichtigte sie, die Aufstockung bei den Institutionen der Forschungsförderung dem Schweizerischen Nationalfonds zukommen zu lassen, während die Minderheit Hefti diese Vorschrift genauso ablehnte wie die Erhöhung selbst. Einstimmig nahm der Ständerat die Änderung an. Der Bundesbeschluss II über den Finanzplan für die Jahre 2021-2023 bedarf keiner Gesamtabstimmung, hingegen stimmte der Ständerat dem Bundesbeschluss III über die Entnahmen aus dem Bahninfrastrukturfonds für das Jahr 2020 sowie dem Bundesbeschluss IV über die Entnahmen aus dem Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds für das Jahr 2020 einstimmig zu.

Ohne grosse Umschweife entschied sich der Ständerat in der Herbstsession 2019 in Übereinstimmung mit einer ähnlich knappen Erklärung der WAK-SR – jedoch ausdrücklich ohne den Segen des Finanzministers – dafür, der Motion Page (svp, FR) für eine Beseitigung der Ungleichbehandlung von Sport- und Kulturvereinen bei der Mehrwertsteuer zuzustimmen und damit eine neue Ausnahme im Mehrwertsteuergesetz zu schaffen.

Der Geschäftsbericht des Bundesrats 2018 wurde von den Räten in der Sommersession 2019 beraten. Im Geschäftsbericht legt die Regierung Rechenschaft über die Schwerpunkte ihrer Tätigkeiten in einem Berichtsjahr ab. In den Ratsdebatten berichten die Vertreterinnen und Vertreter der Aufsichtskommissionen über die Beratungen, die sie mit den Bundesrätinnen und Bundesräten zum Geschäftsbericht geführt haben. National- und Ständerat nehmen dann in Form eines Bundesbeschlusses Kenntnis von diesem Bericht.
Für die GPK berichteten Anne Seydoux-Christe (cvp, JU) im Ständerat und Doris Fiala (fdp, ZH) im Nationalrat. Die GPK hätten mit der Regierung zwei Querschnittthemen behandelt, deren Auswertungen noch ausstünden: den Umgang der Departemente mit Kritik durch Bürgerinnen und Bürger bei Aufsichtsbeschwerden sowie die Ferien- und Zeitguthaben der Topkader in der Bundesverwaltung. Die Fragen der GPK seien vom Bundesrat zufriedenstellend beantwortet worden und man beantrage deshalb die Genehmigung des Geschäftsberichts.
In der Folge berichteten Subkommissionssprecherinnen und -sprecher gestützt auf den Geschäftsbericht über die einzelnen Departemente. Sowohl im Ständerat als auch im Nationalrat stand dabei die Cyberabwehr im VBS im Zentrum. Er könne mit Genugtuung feststellen, dass sich der Bund der Dringlichkeit dieses Themas bewusst sei, führte Damian Müller (fdp, LU) im Ständerat aus. Insbesondere durch die Cyberattacke auf die RUAG sei das VBS sensibilisiert worden und habe den Aktionsplan Cyberdefence ausgearbeitet, berichtete hierzu Ida Glanzmann (cvp, LU) in der grossen Kammer. Beim EDA stand die Frage «Wie weiter mit dem Brexit?» im Zentrum. Damien Müller führte aus, dass ein geordneter Übergang mit insgesamt fünf unterzeichneten Abkommen möglich sein sollte. Ida Glanzmann berichtete bei der Präsentation des EDA über die Diskussionen um den aufgeschobenen Beitritt der Schweiz zum Kernwaffenverbotsvertrag. Entgegen einer angenommenen Motion Sommaruga (sp, GE; Mo. 17.4241) wolle man im Moment nur einen Beobachterstatus anstreben, um die Neutralität der Schweiz nicht zu gefährden. Beim WBF wurde in beiden Räten über den ETH-Bereich berichtet. Gegenstand waren die medial begleiteten Vorwürfe gegen verschiedene Personen an der ETH Zürich, Mobbing, Korruption sowie Amts- und Machtmissbrauch betrieben zu haben. Die GPK sei nach intensiven Gesprächen mit den Verantwortlichen der ETH zur Überzeugung gelangt, dass es einen Kulturwandel brauche, führte Yvonne Feri (sp, AG) im Nationalrat aus. Die Oberaufsicht über die ETH unterliege Bundesrat Parmelin und der sei sich der Situation bewusst, versicherte Joachim Eder (fdp, ZG) im Ständerat. Ein weiteres WBF-Thema in beiden Räten waren die Kriegsmaterialausfuhren. Man habe ja manchmal das Gefühl, die Schweiz liefere Waffen an Schurkenstaaten, so Joachim Eder in der kleinen Kammer. Dies sei aber mitnichten der Fall. Vielmehr stehe die Schweiz hinsichtlich Transparenz von Waffenexporten international an erster Stelle. Man habe aber Fragen im Zusammenhang mit Medienberichten über Schweizer Handgranaten und Sturmgewehre, die angeblich im Jemen-Krieg aufgetaucht seien, klären können – so Yvonne Feri im Nationalrat. Beim EFD wurden die Rolle der Finma und die Cyberrisiken für den Finanzplatz Schweiz diskutiert. Die Finma nehme ihre Aufsicht gut wahr und das «interdepartementale Kompetenzgerangel» beim Thema Cyberrisiken habe sich erledigt: Die Federführung und die Koordination liegen beim EFD, das VBS ist zuständig für die Cyberdefence und das EJPD für die Cyberkriminalität. Von speziellem Interesse war die Postauto-Affäre, auf die der Bundesrat im Geschäftsbericht auf Geheiss der GPK in einem eigenen Kapitel eingehen musste. Diesem Auftrag sei die Exekutive nachgekommen, berichtete Claude Hêche (sp, JU) im Ständerat. Die Aufarbeitung der Affäre sei jedoch noch nicht abgeschlossen. Darüber hinaus erwähnte Hêche bei der Berichterstattung zum EDI die Gesundheitskosten, deren Wachstum als problematisch betrachtet werde. Gesundheitsminister Alain Berset habe aber alle Fragen der GPK beantworten können. Peter Föhn (svp, SZ) und Valérie Piller Carrard (sp, FR) berichteten schliesslich über die Bundeskanzlei und das EJPD. Bei der Bundeskanzlei standen Fragen zur Entwicklung bei Vote Electronique im Vordergrund. Die GPK würden die Problematik eng begleiten, so die Subkommissionssprecherin bzw. der Subkommissionssprecher. Hauptthema beim EJPD war die Terrorismusbekämpfung. Es gebe nach wie vor ein Sicherheitsrisiko für die Schweiz und die Kantone; mit verschiedenen Projekten und vor allem dem anstehenden neuen Bundesgesetz über polizeiliche Massnahmen zur Bekämpfung von Terrorismus würde hier aber viel unternommen.
In beiden Räten fasste Ueli Maurer in seiner Funkion als Bundespräsident ein paar der erreichten Ziele im Rahmen der drei Leitlinien (Wohlstandsicherung; nationaler Zusammenhalt und internationale Zusammenarbeit; Sicherheit und verlässliche internationale Partnerschaften) zusammen. Er bedankte sich am Schluss für die sehr offene und konstruktive Zusammenarbeit mit den GPK. Der Bundesrat profitiere sehr von den Fragen und Hinweisen einer Kommission, «die sehr oft unterhalb des Radars arbeitet, das aber sehr intensiv und gut macht».