Répondant à l'initiative du canton du Jura qui demandait l'abolition de la taxe militaire pour tous les handicapés, le DFF a mis en consultation un projet plus modeste qui propose, sur le modèle actuellement en vigueur, de n'exonérer de la taxe que les personnes dont le revenu ne dépasse pas de 100% le minimum vital fixé au sens du droit des poursuites (ce plafond est de 50% aujourd'hui). Ce texte n'a pas fait l'unanimité auprès des partis et des organisations, et les associations de personnes handicapées l'ont vivement critiqué. Par contre, les cantons s'en sont montrés satisfaits et 22 d'entre eux s'y sont ralliés.

Suite à la collision évitée de justesse entre un avion militaire et un appareil civil en mars, le commandant de corps Werner Jung a démissionné de son poste de commandant des troupes d'aviation et de défense contre avion. Pour le remplacer, le Conseil fédéral a nommé le divisionnaire Fernand Carrel avec promotion au grade de commandant de corps. Ce dernier était jusque-là chef conduite et engagement au Commandement des troues d'aviation et de défense contre avion.

La CEP II fut, par ailleurs, confrontée à l'existance de nombreux fichiers au sein du DMF, dont l'un des plus «délicats» était celui de la Section services de sécurité militaires (SSM). Composé d'un élément principal de près de 8'000 fiches et de deux collections de dossiers annexes moins conséquentes, il était principalement constitué d'informations sur des membres de l'armée ou des employés du DMF ayant fait l'objet d'un contrôle de sécurité. Cependant, des particuliers, des femmes (de l'ex-Service complémentaire féminin (SCF), aujourd'hui Service féminin de l'armée (SFA)) ainsi que des personnes sans lien avec l'armée ou le DMF furent également fichés. Selon la commission d'enquête, cette banque de données ayant été mise sur pied sans base légale claire et sans directives satisfaisantes, son maintien ne se justifie pas.

Le rapport de la commission, rendu public le 23 novembre, dénonça l'existence, au sein du DMF, de deux zones d'ombre créées en dehors de toute base légale et de tout contrôle politique institutionnel: l'organisation d'encadrement de la résistance, ou P-26, et le service de renseignements extraordinaire, ou P-27. Tous deux furent financés par des ressources provenant des rubriques de crédit du DMF et dotés de conseils consultatifs composés de parlementaires en activité ou à la retraite ainsi que d'indépendants (Groupe 426 pour la P-26 et Konrat pour le P-27). Le problème soulevé par la double appartenance à une assemblée populaire et à un organe secret fut illustré par les difficultés rencontrées par le député Stappung (ps, ZH) lorsqu'il avoua être membre du groupe 426.

La P-26 fut dirigée par un juriste de 58 ans, Efrem Cattelan, alias Rico, alors que le P-27 le fut par Ferdinand Knecht, colonel de milice, alias James. Ces deux «projets (P)» étaient issus de l'organisation conçue dans les années septante par le colonel Bachmann. Cependant, l'histoire de la P-26 – par ailleurs «explicitement» fondée dans sa mission actuelle en 1981 par le chef de l'Etat-major général Jörg Zumstein – est antérieure puisqu'elle remonte au postulat Jaeckle de 1956. Dotée en hommes (400 personnes mais effectif théorique de 800) et en armes (quelques centaines de pistolets-mitrailleurs, de pistolets et de fusils spéciaux ainsi que des grenades et des explosifs), la P-26 constituait, aux yeux de la CEP II, un danger potentiel pour l'ordre constitutionnel du pays car les autorités politiques n'en avaient pas le contrôle effectif. Le P-27, mis sur pied à partir de 1980, procédait notamment à la récolte de renseignements à l'étranger, théoriquement par le biais de méthodes nonconventionnelles, au traitement de ces informations ainsi qu'à des écoutes radio (Dans les faits, de telles méthodes non-conventionnelles semblent ne pas avoir été utilisées).
La CEP II conseilla, dans ses conclusions, une légalisation de ces domaines, voire le démantèlement de la P-26, souhait que le Conséil fédéral réalisa en proclamant la dissolution, le 14 novembre, de la P-26 et, le 12 décembre, du P-27, cette dernière résultant de la divulgation du nom de son chef.