Das Differenzbereinigungsverfahren zum Voranschlag 2020 dauerte deutlich kürzer als in den Vorjahren: In nur zwei Sitzungen bereinigte das Parlament das Budget für das Jahr 2020. Dies war gemäss Hannes Germann (svp, SH) auch die Absicht der FK-SR, die möglichst viele Differenzen bereinigt habe, um «mit dem neu zusammengesetzten Rat [...] nicht, wie sonst üblich, bis in die Einigungskonferenz gehen [zu] müssen». Am 10. Dezember 2019 beriet der Ständerat die vom Nationalrat geschaffenen 24 Differenzen und folgte dabei stillschweigend den Anträgen seiner Kommission. Er stimmte der Erhöhung des Globalbudgets der Berufungskammer des Bundesstrafgerichts im Voranschlagsjahr und den Finanzplanjahren, des Fedpol und des BWL sowie der Reduktion der Betriebsausgaben der Bundesasylzentren und der Sozialhilfe für Asylbewerbende und Flüchtlinge diskussionslos zu. Die Erhöhung des Budgets des Fedpol knüpfte er an eine Verstärkung der Bekämpfung der Pädokriminalität, die zwei zusätzlichen Kredite für das Bundesamt für Landwirtschaft machte er von der Bekämpfung der drohenden Unterfinanzierung des Aufbaus des Kompetenzzentrums Boden sowie als Finanzhilfen für das Forschungsinstitut für biologischen Landbau (FiBL) fest. Auch im Bereich der Bildung sprachen sich Kommission und Ständerat für den nationalrätlichen Vorschlag aus, der eine geringere Erhöhung vorsah als ihr eigener Vorschlag. Die Medien betonten in der Folge jedoch vor allem den Anstieg der Bildungsausgaben um CHF 101 Mio. gegenüber der Version des Bundesrates. Auch bei den Sollwerten und Planungsgrössen willigte der Ständerat grösstenteils ein, «wenn auch da und dort mit etwas Befremden oder Staunen», wie der Kommissionssprecher betonte. Man wolle deswegen nicht eine Einigungskonferenz riskieren und pflichte hier «aus verfahrensökonomischer Vernunft» bei, betonte der Kommissionssprecher.
Damit blieben zwei Differenzen zum Nationalrat übrig: Einerseits bestand die kleine Kammer auf der Erhöhung der finanziellen Unterstützung von Selbsthilfeprojekten für das Jahr 2020 und für die Finanzplanjahre, andererseits reduzierte sie die Finanzierung für die Institutionen der Forschungsförderung um CHF 1.1 Mio., da diese im Konzept des Nationalrats aufgrund der zwei angenommenen Minderheiten doppelt enthalten seien. Der Ständerat beharrte zudem auf der Forderung, die Aufstockung des entsprechenden Budgets um CHF 15 Mio. dem SNF zukommen zu lassen. Als Kompromiss schlug er aber vor, die vom Nationalrat beschlossene Förderung der Akademien der Wissenschaften Schweiz in der Höhe von CHF 1.1 Mio. ebenfalls in den Rahmenbedingungen der Kreditvergabe festzuschreiben.
Stillschweigend stimmte der Nationalrat der Version des Ständerates in diesen Fragen zwei Tage später zu und bereinigte damit den Voranschlag 2020. Dieser budgetiert nun bei Einnahmen von CHF 75.666 Mrd. und Ausgaben von CHF 75.323 Mrd. einen Überschuss von CHF 344 Mio. anstelle des vom Bundesrat geplanten Überschusses von CHF 435 Mio.

In der Wintersession 2019 behandelte der Ständerat als Erstrat den Voranschlag 2020. Hannes Germann (svp, SH) stellte die Vorlage im Namen der Kommission vor. Er bezeichnete die Budgetsituation als positiv, zumal trotz STAF und allgemein starkem Ausgabenwachstum dank der Dynamik bei der direkten Bundessteuer und den Verrechnungssteuern ein Überschuss erwartet werde. Er verwies auf die Nachmeldung des Bundesrates vom 27. September 2019, in der dieser eine Nachzahlung von Genossenschaftsbeiträgen an die Nationale Genossenschaft für die Lagerung radioaktiver Abfälle in der Höhe von CHF 158 Mio. beantragt hatte. Nach einem Überblick stellte er die Mehrheitsanträge der FK-SR kurz vor, die gegenüber der Bundesratsvorlage Mehrausgaben von CHF 122.3 Mio. mit sich bringen würden. In der Folge diskutierte der Ständerat ausschliesslich über diese Kommissionsanträge.
Die Erhöhung der Unterstützung von Organisationen im Bereich der ausserschulischen Kinder- und Jugendförderung um CHF 4 Mio. auf CHF 14 Mio. lehnte Bundesrat Maurer als Bagatellsubvention ab; die Gewährung solcher sei aber nicht Aufgabe des Bundes, erklärte er. Peter Hegglin (cvp, ZG) betonte hingegen, dass sich der Bund seit Inkrafttreten des Kinder- und Jugendförderungsgesetzes im Jahr 2013 jährlich mit CHF 10 Mio. an diesen Organisationen beteilige. Da sich die Zahl der Anspruchsgruppen seither stetig vergrössert habe, die Beträge des Bundes jedoch gleich geblieben seien, seien die Beiträge an die einzelnen Organisationen um fast 40 Prozent gesunken. Mit 27 zu 13 Stimmen folgte die kleine Kammer der Kommission in diesem Punkt.
Diskussionen gab es ansonsten nur noch bezüglich der Bildungsausgaben. Hier beabsichtigte die Kommissionsmehrheit eine Erhöhung des Finanzierungsbeitrags an die ETH (+CHF 30 Mio.), der Beiträge für die berufliche Bildung (+CHF 15 Mio.), der Grundbeiträge an die Universitäten (+CHF 20 Mio.) und die Fachhochschulen (+CHF 15 Mio.), der Ausbildungsbeiträge (+CHF 764'100), der Finanzhilfen für WeBiG (+CHF 200'300), der Beiträge für die Institutionen der Forschungsförderung (+CHF 15 Mio.) sowie der Forschungseinrichtungen von nationaler Bedeutung (+CHF 3.1 Mio.). Damit nehme man wie bereits im Voranschlag 2019 Bezug auf die BFI-Botschaft 2017-2020, wobei die darin beschlossenen Ausgaben später um 3 Prozent reduziert worden waren, um die Kostenbremse einhalten zu können, erklärte Erich Ettlin (cvp, OW) für die Kommission. Da es die Finanzlage des Jahres 2020 erlaube, wolle man hier zu den ursprünglichen Beträgen zurückkehren, nicht aber in den Finanzplanjahren, dort müsse man dies in den jeweiligen Voranschlägen neu diskutieren. Eine Minderheit Hefti (fdp, GL) beantragte, dem Bundesrat zu folgen und auf die Erhöhungen zu verzichten. Der Bund schenke dem Bildungsbereich – richtigerweise – bereits genügend Aufmerksamkeit, die entsprechenden Ausgaben würden von CHF 7.7 Mrd. (2018) auf voraussichtlich CHF 8.6 Mrd. (2023) ansteigen, argumentierte Hefti. Weitere, «giesskannenartige» Erhöhungen sollten nicht zum Gewohnheitsrecht werden. Auch Finanzminister Maurer lehnte die Erhöhung ab. Man habe damals die nicht eingetretene Teuerung überall herausgerechnet, wie es das Parlament später im Rahmen der Motion Dittli (fdp, UR; Mo. 16.3705) bestätigt habe, einzig den Bildungsbereich nehme das Parlament immer wieder von dieser Änderung aus. Dennoch sprach sich der Ständerat deutlich für die verschiedenen Erhöhungen aus.
Den übrigen Anträgen der Kommission folgte der Rat ohne grössere Diskussionen: Für die finanzielle Unterstützung von Selbsthilfeprojekten bezüglich der Opfer von fürsorgerischen Zwangsmassnahmen beantragte die Kommission eine Budgeterhöhung von CHF 150'000 auf CHF 2 Mio. sowie eine Fortsetzung in den Finanzplanjahren. Da im Parlament noch verschiedene Vorstösse für eine Fristverlängerung zur Gesuchseinreichung für die Opfer von fürsorgerischen Zwangsmassnahmen hängig seien und der Bundesrat Empfehlungen einer unabhängigen Expertenkommission «Administrative Versorgung» prüfe, solle dieser Betrag als Spielraum für solche Projekte geschaffen werden, erklärte Christian Levrat (sp, FR) für die Kommission. Mit 27 zu 13 Stimmen sprach sich der Ständerat für diese Erhöhung aus. Im Sportbereich erhöhte er einstimmig die Kredite für Sportverbände und andere Organisationen (+CHF 10 Mio.), für nationale Sportanlagen (+CHF 5 Mio.) und für Wertberichtigungen im Transferbereich (+CHF 5 Mio.) in Voranschlag und Finanzplan, um den «Zeitraum bis zum frühestens für 2022 vorgesehenen Inkrafttreten des nächsten Nationalen Sportanlagenkonzepts zu überbrücken», wie Hannes Germann zuvor für die Kommission erklärt hatte. Den Kredit für Schweiz Tourismus erhöhte der Rat zur Umsetzung des vom Parlament gefassten Beschlusses zur Wirtschaftsförderung um CHF 2.375 Mio. Einstimmig nahm der Ständerat in der Folge den Bundesbeschluss Ia über den Voranschlag für das Jahr 2020 an.
Einen Änderungsantrag stellte die Kommission noch für den Bundesbeschluss Ib über die Planungsgrössen im Voranschlag für das Jahr 2020: Hier beabsichtigte sie, die Aufstockung bei den Institutionen der Forschungsförderung dem Schweizerischen Nationalfonds zukommen zu lassen, während die Minderheit Hefti diese Vorschrift genauso ablehnte wie die Erhöhung selbst. Einstimmig nahm der Ständerat die Änderung an. Der Bundesbeschluss II über den Finanzplan für die Jahre 2021-2023 bedarf keiner Gesamtabstimmung, hingegen stimmte der Ständerat dem Bundesbeschluss III über die Entnahmen aus dem Bahninfrastrukturfonds für das Jahr 2020 sowie dem Bundesbeschluss IV über die Entnahmen aus dem Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds für das Jahr 2020 einstimmig zu.

Im Vergleich zum Nationalrat bereinigte der Ständerat den Voranschlag 2019 in deutlich kürzerer Zeit und deutlich einhelliger: In den meisten Kommissionsanträgen folgte der Ständerat stillschweigend ohne Gegenantrag dem Entwurf des Bundesrates und schuf so einige Differenzen zum Erstrat. Diskussionslos und stillschweigend sprach sich der Ständerat auch für die vom Bundesrat beantragte und vom Nationalrat abgelehnte Aufstockung des Funktionsaufwands der EFK aus.
Länger diskutiert wurde hingegen über die Berufungskammer des Bundesstrafgerichts. Hier hatte die FK-SR keine Änderung zum bundesrätlichen Vorschlag vorgesehen. Beat Rieder (cvp, VS) erklärte jedoch dem Rat im Rahmen seines Antrags die Problematik des Bundesstrafgerichts ausführlich: Mitte 2017 hatte man eine neue Berufungskammer für das Bundesstrafgericht geschaffen, die sowohl den Sachverhalt als auch die Rechtsanwendung mit voller Kognition von Urteilen überprüfen soll. Aus der geringen Anzahl Fälle, mit denen gerechnet worden war, wurden alleine im Jahr 2017 über 70 Urteile, wofür die auf 300 Stellenprozente erhöhte Personalausstattung nicht ausreichte. Deshalb entschied der Nationalrat stillschweigend, für die Berufungskammer eine eigene Budgetposition zu schaffen und diese um CHF 1 Mio. auf CHF 2.9 Mio. aufzustocken. Mit seinem Einzelantrag beabsichtigte Rieder, diesbezüglich dem Nationalrat zu folgen. Ulrich Meyer, Präsident des Bundesgerichtes, begrüsste im Namen des Bundesgerichts die Änderung des Nationalrats. In der Folge beantragte Hannes Germann (svp, SH) als Präsident der FK-SR den Rückzug des Mehrheitsantrags, wogegen die übrigen Kommissionsmitglieder keine Einwände äusserten und wodurch der Antrag Rieder angenommen wurde.
Die andere grössere Debatte drehte sich um die Frage, welche Beträge zu den verschiedenen WBF-Positionen genau «Dittli-konform» (Anita Fetz, sp, BS) sind, also mit der Motion von Josef Dittli (fdp, UR; Mo. 16.3705) übereinstimmen, gemäss der die Teuerung nur ausgeglichen werden soll, wenn sie anfällt. Finanzminister Maurer bat den Rat diesbezüglich, auf die vorgeschlagenen Erhöhungen der Beträge – die FK-SR schlug in zwei Fällen einen Mittelweg zwischen Bundesrat und Nationalrat vor und sprach sich ansonsten für die von der grossen Kammer vorgenommenen Korrekturen aus – zu verzichten. Man habe die Teuerung bei der ganzen Verwaltung entsprechend der Motion Dittli herausgerechnet; es sei daher nicht fair, hier die Beträge wieder um die Teuerung zu erhöhen. Dem widersprach jedoch Anita Fetz: Ein rückwirkender Teuerungsausgleich, wie ihn der Bundesrat vorgenommen habe, sei nicht Teil der Motion Dittli. Jedoch habe man im Vergleich zum Nationalrat die aktuelle Teuerung herausgerechnet, wodurch die teilweise unterschiedlichen Anträge zur grossen Kammer zu erklären seien. Trotz der Beteuerungen des Finanzministers, dass die Teuerung bei allen Budgetpositionen gleichermassen berücksichtigt worden sei, nahm der Ständerat sämtliche Mehrheitsanträge der Finanzkommission zum WBF an und schuf dadurch auch einige Differenzen zum Nationalrat.
Kurios mutete schliesslich ein Antrag Hösli (svp, GL) an: Ebenso wie ein im Nationalrat unterlegener Minderheitsantrag Gmür (cvp, SZ) forderte dieser den Verzicht auf die Aufstockung des Grenzwachtkorps, obwohl die SVP-Fraktion im Nationalrat die von der FK-NR vorgeschlagene Aufstockung klar befürwortet hatte. Werner Hösli begründete den Antrag damit, dass die Standesinitiativen mit Forderung einer Aufstockung des Grenzwachtkorps aus dem Jahr 2015 stammten, «als sich unsere Grenzbevölkerung zu Recht in ihrer Sicherheit gefährdet sah». Dies sei jetzt aber nicht mehr der Fall und da durch die Zusammenlegung der operativen Einheiten von Grenzwachtkorps und Zoll und der Einführung von DAZIT im administrativen Bereich Personal gespart werden könne, brauche es diese Aufstockung nicht. Dem stimmte auch Finanzminister Maurer zu und staunte über die «verkehrte Welt»: «Normalerweise wollen Sie uns Stellen, die wir Ihnen beantragen, streichen. Hier wollen Sie uns Stellen geben, die wir eigentlich nicht brauchen.» Der Ständerat sprach sich jedoch in Übereinstimmung mit dem Nationalrat ebenfalls für die Finanzierung der 44 neuen Stellen aus, tat dies mit 21 zu 20 Stimmen bei 1 Enthaltung jedoch deutlich knapper als die grosse Kammer.
Ansonsten stimmte der Ständerat dem Erstrat bei zahlreichen Budgetpositionen zu. Unter anderem stimmte er für die Aufstockung der Budgets des Alpinen Museums Schweiz, der internationalen Sportanlässe zur Durchführung der Rad-WM in Aigle sowie der Sicherheitsuntersuchungsstelle, deren Erhöhung der Bundesrat in einer Nachmeldung aufgrund des Unfalls der Ju-Air beantragt hatte. Differenzen schuf er unter anderem bezüglich des BAG, der Sozialhilfe für Asylsuchende, vorläufig Aufgenommene und Flüchtlinge, des Zivildienstes und des Sach- und Betriebsaufwands, bei denen der Ständerat entsprechend dem bundesrätlichen Vorschlag mehr Geld sprechen wollte als der Nationalrat. Bei der Landwirtschaft und diversen Bildungspositionen hatte sich der Nationalrat grosszügiger gezeigt als die Ständekammer.
Einstimmig mit 42 zu 0 respektive 43 zu 0 Stimmen nahm der Ständerat sämtliche zum Budget gehörigen Bundesbeschlüsse an.

In der Sommersession 2017 behandelte der Ständerat als Erstrat die Reform der Ergänzungsleistungen. Gemäss Konrad Graber (cvp, LU) waren die Hauptziele der Reform die Optimierung des Systems, die Verwendung von Eigenmitteln für die Altersvorsorge sowie die Reduktion der Schwelleneffekte. Dies alles solle so umgesetzt werden, dass das Niveau der Ergänzungsleistungen grundsätzlich erhalten bleibe. Da jedoch die EL-Ausgaben sowie der Anteil des Bundes gegenüber demjenigen der Kantone stark angestiegen seien, müsse hier Gegensteuer gegeben werden. Weil die Ergänzungsleistungen die Schnittstelle zwischen AHV und Sozialhilfe darstellen, müssten aber die Auswirkungen von allfälligen Änderungen gut durchdacht werden, damit zum Schluss nicht die Sozialhilfe für die Einsparungen aufkommen müsse. Auf Wunsch von Josef Dittli (fdp, UR) wurde seine thematisch mit der Reform verbundene Motion zur Stärkung der Ergänzungsleistungen durch klare Zuordnung der Kompetenzen losgelöst von dieser Reform behandelt.

Der Entwurf des Bundesrates würde bei Bund und Kantonen zu Einsparungen von ungefähr CHF 367 Mio. führen, was jedoch einigen Ständerätinnen und Ständeräten zu wenig weit ging. Josef Dittli zum Beispiel erklärte, dass die Vorlage ein erster Optimierungsschritt sei, danach aber noch eine weitere Reform der Ergänzungsleistungen folgen müsse. Paul Rechsteiner (sp, SG) betonte, dass insbesondere die IV-Rentnerinnen und -Rentner betroffen seien, bei denen mit 45 Prozent fast die Hälfte auf Ergänzungsleistungen angewiesen sei, während dieser Anteil bei den Altersrenten nur etwa 12 Prozent betrage. Dies sei unter anderem auf den Leistungsabbau bei der IV zurückzuführen.
In der Detailberatung waren vor allem die Erhöhung der Höchstbeiträge für anrechenbare Mietzinsen sowie die Möglichkeiten des Kapitalbezugs des Altersguthabens umstritten. Das Thema der Mietzinsmaxima war im Nationalrat bereits mit dem Geschäft 14.098 diskutiert und an die SGK-NR zur Detailberatung zurückgewiesen worden. Diese hatte sich einverstanden erklärt, dass der Ständerat diese Frage im Rahmen der EL-Reform behandle. Inhaltlich entschied sich der Ständerat diesbezüglich gegen je einen unter und über dem Vorschlag der SGK-SR liegenden Minderheitenantrag und erhöhte die Beträge für die Mietzinse gegenüber dem geltenden Recht je nach Wohnregion, die ebenfalls neu geschaffen wurden, um bis zu 300 Franken. Auch die Zusatzbeträge für rollstuhlgängige Wohnungen wurden deutlich erhöht. Eine Systemänderung bezüglich der Festlegung des Betrags für persönliche Ausgaben wünschte sich eine Minderheit Bruderer Wyss (sp, AG), welche diese Kompetenz dem Bund übertragen und so die grossen kantonalen Unterschiede beseitigen wollte. Dieser Vorschlag scheiterte jedoch am Mehrheitsantrag der SGK-SR, welche diese Kompetenz bei den Kantonen belassen wollte. Bezüglich der Anrechnung von Erwerbseinkommen des Ehegatten folgte der Ständerat der SGK-SR, die im Gegensatz zum Bundesrat nur 80 Prozent des Erwerbseinkommens anrechnen wollte, um so einen Erwerbsanreiz zu schaffen. Insgesamt wollten aber sowohl der Bundesrat als auch die SGK-SR die Vermögen stärker berücksichtigen und senkten daher den Freibetrag für Alleinstehende auf CHF 30'000 und für Verheiratete auf CHF 50'000. Beibehalten wurde die Regelung, wonach bei Personen, die selbst oder deren Ehepartner in einer Eigentumswohnung respektive einem Eigenheim wohnen, nur der CHF 112'500 übersteigende Wert einer Liegenschaft beim Vermögen zu berücksichtigen sei. Solange eine betroffene Person oder ihr Partner also eine Liegenschaft noch bewohnen kann, soll diese nicht verkauft werden müssen. Zudem befürwortete die Mehrheit des Ständerats eine von der SGK-SR vorgeschlagene Verschärfung des bundesrätlichen Vorschlages bezüglich der übernommenen Krankenkassenprämien: Der Bundesrat hatte vorgeschlagen, dass die EL in Zukunft die tatsächliche Krankenkassenprämie vergüten solle, wenn diese tiefer zu liegen komme als die durchschnittliche Prämie. Der Ständerat beschränkte die Vergütung der Prämien jedoch auf die Höhe der Prämie des drittgünstigsten Krankenversicherers im Kanton beziehungsweise in der Region. Im Anschluss an die Beratung dieses Geschäfts überwies der Ständerat jedoch ein Postulat, das den Bundesrat beauftragte, die Folgen eines vollständigen Einbezuges der Krankenkassenprämien in die Berechnung der EL zu prüfen.
Besonders umstritten war die Frage, ob ein vollständiger oder teilweiser Kapitalbezug des Altersguthabens für den obligatorischen Teil der beruflichen Vorsorge im Vorsorgefall möglich sein soll oder nicht. Diesbezüglich war man sich im bürgerlichen Lager nicht einig. Die Mehrheit der SGK-SR wollte die Wahlmöglichkeit zwischen Kapitalbezug, Rente und Mischform streichen und für den obligatorischen Teil nur noch eine Rente ermöglichen. Dies darum, weil es heute möglich sei und auch vorkomme, dass Personen ihre Vorsorgegelder nach dem Kapitalbezug zum Beispiel verspielten oder durch Betrügereien verlören und in der Folge auf Ergänzungsleistungen angewiesen seien. Möglich solle daher lediglich ein Kapitalbezug für den Erwerb von Wohneigentum sein. Mehrere Ständeräte von FDP, CVP, BDP und SVP widersprachen dieser Ansicht und setzten sich für Wahlfreiheit und Selbstverantwortung der Bürger ein. Wegen einiger schwarzer Schafe sollten nicht alle Rentnerinnen und Rentner bestraft werden – so ihr Votum. Hannes Germann (svp, SH) kritisierte dabei die Mehrheit der bürgerlichen Ständeräte, die sonst für Eigenverantwortung plädierten, hier aber von diesem Grundsatz nichts wissen wollten. Thomas Hefti (fdp, GL) reichte einen Antrag ein, wonach zumindest die Hälfte des Altersguthabens bezogen werden können solle, zog diesen aber wegen eines Formulierungsfehlers zugunsten des Antrags Luginbühl (bdp, BE), der sich für eine Beibehaltung des geltenden Rechts und somit der Wahlmöglichkeit einsetzte, zurück. Kommissionssprecher Graber rechnete daraufhin vor, dass bereits die Erhöhung der Mietzinsmaxima die geplanten Einsparungen um CHF 200 Mio. reduziert hatte und dass mit einer Annahme des Antrags Luginbühl gegenüber dem aktuellen Recht kaum noch Einsparungen gemacht würden. In der Folge lehnte der Ständerat den Antrag Luginbühl deutlich ab. Schliesslich stellte sich die Frage, ob der vorzeitige Kapitalbezug zur Aufnahme einer selbständigen Erwerbstätigkeit möglich sein solle. Hier einigte man sich auf einen Kompromissvorschlag: Das bis zum 50. Altersjahr erwirtschaftete Kapital soll bezogen werden können, da dies etwa der Hälfte des insgesamt gesparten Alterskapitals entspricht. In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat die Vorlage einstimmig mit 31 Stimmen bei 12 Enthaltungen an.