In Erfüllung einer Motion Leo Müller (cvp, LU) präsentierte der Bundesrat im März 2016 seine Botschaft zum Bundesgesetz über die Besteuerung land- und forstwirtschaftlicher Grundstücke, mit dem die Rückkehr zur 2011 aufgelösten Praxis der Gewinnbesteuerung besiegelt werden soll. Wertzuwachsgewinne aus dem Anlagevermögen eines land- oder forstwirtschaftlichen Betriebs sollten somit nicht mehr länger vollumfänglich, sondern privilegiert besteuert werden. In der Vernehmlassung hatte sich die Mehrheit der Kantone, die FDP (mit Ausnahme der Waadtländer Sektion), die SP und nicht zuletzt auch die Konferenz der kantonalen Finanzdirektorinnen und Finanzdirektoren, der Schweizerische Gewerbeverband und der Gewerkschaftsbund gegen das Gesetzesvorhaben ausgesprochen. Vorgebracht wurden unter anderem Bedenken zur Rechtsgleichheit, da Landwirte erneut gegenüber anderen Selbständigerwerbenden bevorzugt würden. Zudem wurde die Befürchtung geäussert, dass bei den Kantonen mit Mindereinnahmen zu rechnen sei. Explizit begrüsst wurde die Rückkehr zur bisherigen Praxis von der SVP und der CVP, den Kantonen Freiburg, Genf, Nidwalden, Tessin, Waadt und Wallis sowie einer Mehrheit der stellungnehmenden Verbände und Organisationen, darunter auch der Schweizerische Bauernverband.

Zeitgleich mit seinem definitiven abschlägigen Entscheid betreffend die neun Standesinitiativen zur Lockerung des Gewässerschutzgesetzes schickte der Ständerat auch eine vom Nationalrat bereits angenommene Motion Leo Müller (cvp, LU) endgültig bachab. Dies entgegen des Willens der UREK-SR, welche ihrem Rat mit Stichentscheid des Kommissionspräsidenten Bischofberger (cvp, AI) im Herbst 2015 empfohlen hatte, die Motion anzunehmen. Das Anliegen forderte die Erlaubnis, die minimale Breite des Gewässerraumes unterschreiten zu können, sofern dies der besseren Berücksichtigung der landwirtschaftlichen Nutzung oder anderer Interessen diene. Die knappe Kommissionsmehrheit erwog, dass die bisher unternommenen Schritte zur Konkretisierung der im Rahmen des Gegenvorschlags zur Renaturierungs-Initiative erfolgten Bestimmungen – namentlich durch den unterdessen abgeschlossenen ersten Teil der Verordnungsrevision sowie durch die Annahme einer Motion der UREK-SR und einer abgeänderten Motion der UREK-NR – zwar in die richtige Richtung weisen würden, jedoch noch mehr unternommen werden müsse, damit Agrar- und Bauland nicht gefährdet werde. Im Gegenzug warnte eine starke Kommissionsminderheit, dass der im Gegenvorschlag erarbeitete Kompromiss, der damals zum Rückzug der Volksinitiative des Fischereiverbands geführt habe, bei Annahme der Motion gefährdet werde. Deutlich klarer lagen die Fronten schlussendlich im Ständerat: Mit 11 zu 33 Stimmen folgte dieser der Kommissionsminderheit und beerdigte das Anliegen.

Nachdem sich die grosse Kammer im vorangegangenen Jahr bereits für das Anliegen ausgesprochen hatte, befürwortete in der Wintersession 2014 auch der Ständerat mit 33 zu 4 Stimmen eine Motion Müller (cvp, LU) zur Gewinnbesteuerung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken. Somit soll auch der Erlös, welcher aus der Veräusserung von Bauland aus landwirtschaftlichem Besitz entsteht, erneut der Grundstückgewinn- und nicht mehr länger der Einkommenssteuer unterliegen. Die Unterstellung unter die Einkommenssteuer, welche auf einen Bundesgerichtsentscheid aus dem Jahr 2011 zurückging, hätte gemäss Markus Ritter, dem Präsidenten des Schweizerischen Bauernverbandes, zur Folge gehabt, dass Bauernfamilien jährlich CHF 500 Mio. mehr an Steuern und Abgaben bezahlen müssten. Wie bereits 2013 im Nationalrat, stellte sich die zuständige Bundesrätin Widmer-Schlumpf auch im Ständerat erfolglos gegen eine so wiederhergestellte Ungleichbehandlung von Landwirten und dem übrigen Gewerbe; eine Einschätzung, die der Schweizerische Gewerbeverband teilte. Der Ständerat folgte bei seinem Entscheid seiner beinahe einstimmigen Kommission für Wirtschaft und Abgaben (WAK-SR), welche nach Kenntnisnahme eines Verwaltungsberichts den gesetzgeberischen Handlungsbedarf nicht in Abrede stellte.

Der Nationalrat hatte 2013 einer parlamentarischen Initiative Müller (cvp, LU) Folge gegeben, welche für Grundstücke den Übergang vom dualistischen zum monistischen Besteuerungssystem fordert. Wie eine parallel behandelte Motion nahm auch dieses Anliegen von Leo Müller seinen Ursprung in einem umstrittenen Bundesgerichtsentscheid aus dem Jahr 2011, wonach landwirtschaftliche Grundstückgewinne auch über die Anlagekosten hinaus der Einkommenssteuer unterliegen. Trotz dem sehr knappen Stimmenverhältnis in der ständerätlichen Kommission für Wirtschaft und Abgaben (WAK-SR), deren Mehrheit ihrem Rat das Anliegen schliesslich nur mit Stichentscheid des Kommissionspräsidenten zur Ablehnung unterbreitete, fiel der Entscheid des Ständerates in der Wintersession 2014 deutlich aus: Mit 33 zu 3 Stimmen beschloss die Kantonskammer entgegen dem Nationalrat, der parlamentarischen Initiative keine Folge zu geben und erledigte somit ein Anliegen, das gemäss Kommissionsmehrheit in die Steuerhoheit der Kantone eingegriffen hätte.

Ähnliche Anliegen wie die Motion Müller (cvp, LU) sowie eine im Jahr 2012 vom Nationalrat behandelte Motion der UREK-NR verfolgten vier im Jahr 2013 eingereichte Standesinitiativen der Kantone Aargau, Graubünden, Nidwalden und Zug. Gleich wie die fünf bereits 2012 deponierten kantonalen Initiativen aus Schwyz, St. Gallen, Luzern, Schaffhausen und Uri forderten sie eine Anpassung des Gewässerschutzgesetzes (GSchG) zur besseren Berücksichtigung von Interessen der Landwirtschaft und Siedlungsentwicklung bei der Festlegung des Gewässerraumes.

In Form einer parlamentarischen Initiative forderte Leo Müller (cvp, LU) auf eidgenössischer Ebene den Übergang vom dualistischen zum monistischen Besteuerungssystem von Grundstückgewinnen. Konkret würde mit dieser Regelung der Wertzuwachs von Grundstücken des Geschäftsvermögens in jedem Fall der Grundstückgewinnsteuer unterliegen, ausser wenn die Gewinne aus wieder eingebrachten Abschreibungen erwachsen. Nach dem dualistischen Besteuerungssystem wird nur der Wertzuwachs von Privatliegenschaften der Grundstückgewinnsteuer unterzogen, während bei Wertzuwachs auf Geschäftsimmobilien von selbständig Erwerbenden die Einkommenssteuer, bzw. im Falle juristischer Personen die allgemeine Gewinnsteuer zur Anwendung kommt. Die Kommission für Wirtschaft und Abgaben des Nationalrats (WAK-NR) beantragte mit knappem Mehr von 13 zu 10 Stimmen bei zwei Enthaltungen, der parlamentarischen Initiative keine Folge zu geben. Dass ein Wechsel hin zum monistischen System wie vom Initiant angenommen eine Vereinfachung der Grundstückgewinnbesteuerung darstellen könnte, wurde von der Mehrheit der Kommissionsmitglieder bezweifelt. Weiter wäre mit hohen Steuerausfällen bei Bund und Kantonen zu rechnen und insbesondere würden Gruppen mit grossen Wertzuwachsgewinnen bevorzugt. Letzteres stünde in Konflikt mit dem Grundsatz der Rechtsgleichheit. Eine starke bürgerliche Kommissionsminderheit stützte das Anliegen der Initiative, indem sie das geltende Besteuerungssystem als unnötig kompliziert kritisierte und in vorliegendem Ansuchen eine mögliche Vereinfachung sah, von der die Kantone allenfalls profitieren könnten. Darüber hinaus sollten die Folgen des Bundesgerichtsentscheides vom 11. Dezember 2011 genau überdacht werden. Hierzu könne die parlamentarische Initiative beitragen. Ähnlich uneinig zeigte sich der Nationalrat, schloss sich aber schlussendlich mit 93 zu 82 Stimmen der Minderheit an und beantragte, der parlamentarischen Initiative Folge zu geben. Während eine relativ geschlossene CVP und SVP mit Unterstützung der BDP erfolgreich den geschlossenen Fraktionen von GLP, Grünen und SP gegenüber traten, zeigte sich die FDP gespalten. Das Geschäft geht nun an die ständerätliche WAK.

Die 2011 in Kraft getretenen Änderungen des Gewässerschutzgesetzes provozierten weiterhin Opposition. Die Revision war als indirekter Gegenvorschlag zur Volksinitiative „lebendiges Wasser“ geschaffen worden. Die sogenannte Renaturierungs-Initiative wurde daraufhin von den Initianten zurückgezogen, da diese ihre Interessen angemessen berücksichtigt sahen. Eine im Vorjahr lancierte Motion Leo Müller (cvp, LU) verlangt nun Möglichkeiten zur Unterschreitung der minimalen Breite des Gewässerraumes zum Schutze der landwirtschaftlichen Nutzfläche oder anderer Interessen. Die neue Regelung, die einen absoluten Schutz der Gewässerräume fordere, lasse keine haushälterische Nutzung der Ressource Boden zu und das Ausscheiden der Gewässerräume bedeute eine Enteignung der Grundeigentümer, was der Rechtssicherheit widerspreche. In seiner Antwort zum Vorstoss verteidigte der Bundesrat die Festlegung des Gewässerraums als zentrales Element der Kompromisslösung des damals erarbeiteten Gegenvorschlags zum Volksanliegen und verwies auf die gesetzlichen Ausnahmeregelungen und den bestehenden Spielraum der Kantone, insbesondere im Umgang mit Fruchtfolgeflächen im Gewässerraum. Obwohl Bundesrätin Leuthard (cvp) in der Herbstsession des Nationalrats darüber hinaus erläuterte, dass der Bund in Zusammenarbeit mit der Bau-, Planungs- und Umweltdirektorenkonferenz (BPUK) und der Landwirtschaftsdirektorenkonferenz (LDK) Merkblätter zur Festlegung des Gewässerraumes im Siedlungsgebiet sowie in landwirtschaftlichen Gebieten aktuell erarbeite, resp. bereits erarbeitet habe, nahm die grosse Kammer unter Opposition der SP, der Grünen und der GLP die Motion mit 104 zu 82 Stimmen an. Ein vom Schweizerischen Fischereiverband in Auftrag gegebenes Gutachten hielt eine voreilige Gesetzesanpassung indes für staatspolitisch bedenklich. Es gelte, eine erste Evaluation der Auswirkungen abzuwarten.

Ein im Dezember 2011 gefällter Bundesgerichtsentscheid, nach dem der gesamte Gewinn aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken der Einkommens- und nicht teilweise auch der Grundstückgewinnsteuer unterliegt, bewegte Leo Müller (cvp, LU) zur Einreichung einer Motion. In seinem Anliegen forderte der Motionär die Rückkehr zur alten Praxis der Gewinnbesteuerung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken. In ihrer Antwort zur Motion entgegnete Bundesrätin Widmer-Schlumpf (bdp), das Bundesgerichtsurteil beziehe sich lediglich auf Baulandreserven. Diese würden vollkommen der Einkommenssteuer unterliegen, da sie nicht dem land- und forstwirtschaftlichen Kulturland zugeordnet würden, wie dem Entscheid des Bundesgerichts zu entnehmen sei. Eine privilegierte Besteuerung von Bauland würde zu einer zusätzlichen Ungleichbehandlung von Landwirten gegenüber anderen Selbständigerwerbenden führen. Trotz der ablehnenden Haltung des Bundesrates wurde die Motion in der Herbstsession mit 95 zu 86 Stimmen bei zehn Enthaltungen aus dem bürgerlichen Lager vom Nationalrat angenommen und an den Ständerat übergeben. Gegen das Anliegen hatten sich GLP, Grüne und SP mit einer Mehrheit aus den Reihen der FDP gestemmt.