Die Kontroverse um die von den Banken zu haltenden Eigenmittel war nach der Verabschiedung der Revision des Bankengesetzes (2011) sowie der Genehmigung der zugehörigen Verordnungen (2012) allerdings noch nicht beendet. Bürgerliche Politiker, angeführt von ZKB-Bankrat Hans Kaufmann (svp, ZH), bemängelten, dass unter dem neuen Regime die systemrelevanten Grossbanken aufgrund der ihnen möglicherweise gewährten Eigenmittelrabatten weniger Eigenkapital halten müssten als die nicht systemrelevanten Banken zweiter Kategorie (ZKB und Raiffeisen Gruppe). Eigenmittelrabatte waren unter anderem für interne Risikomodelle vorgesehen, die allerdings fast ausschliesslich von den Grossbanken unterhalten wurden. Eine Motion der WAK-NR verlangte deshalb, dass die Eigenmittelanforderungen an systemrelevante Banken und an die übrigen Banken in einem korrekten Verhältnis stehen müssten. Der Bundesrat lehnte die Motion ab. Er argumentierte, dass die Eigenmittelrabatte, die den systemrelevanten Banken möglicherweise gewährt würden, praktisch nicht dazu führen könnten, dass diese weniger Eigenkapitel halten müssten als andere Banken. Der Nationalrat folgte der bundesrätlichen und von der Ratslinken unterstützten Argumentation jedoch nicht und nahm die Motion mit 114 zu 50 Stimmen an.

Aufsehen erregte im Februar ein vom SVP-Strategen Christoph Blocher vorgelegtes Konzept zur Neustrukturierung der Banken. Blocher schlug vor, dass die Banken ihre Aktivitäten im In- und Ausland in voneinander unabhängigen Tochtergesellschaften wahrnehmen sollen, die einander im Krisenfall nicht beistehen müssten. Zudem vertrat er die Ansicht, dass bei staatlich unterstützten Banken ein Salärsystem wie bei den bundesnahen Betrieben SBB und Post eingeführt werden und ein Bundesvertreter im Verwaltungsrat Einsitz nehmen sollte. Blocher begründete seine Vorschläge damit, dass der Staat in Not geratene Banken faktisch habe retten müssen, weshalb es auch gerechtfertigt sei, dass der Staat ein Mitspracherecht erhalte. Diese Ansicht stiess innerhalb der SVP auf Widerstand, etwa bei Nationalrat Hans Kaufmann (ZH). Die SVP hielt daraufhin eine „kontradiktorische Medienkonferenz“ ab, an der beide Seiten ihre Standpunkte darlegen konnten.