Die Frage, ob die Schweiz den Atomwaffenverbotsvertrag TPNW (Treaty on the Prohibition of Nuclear Weapons) der UNO unterzeichnen soll oder nicht, beschäftigte Parlament und Bundesrat seit der Annahme der Resolution 2017. Im August 2018 hatte der Bundesrat die Öffentlichkeit darüber informiert, dass die Schweiz dem Vertrag vorerst nicht beitreten werde. Die mit der Erarbeitung des Berichts beauftragte Arbeitsgruppe war zum Schluss gekommen, dass ein Beitritt Risiken für die sicherheitspolitischen Interessen der Schweiz und das weitere Voranbringen der Abrüstungsdiplomatie bergen würde. In der Wintersession 2018 hatte der Ständerat im Gegenzug jedoch eine Motion Sommaruga (sp, GE; Mo. 17.4241) angenommen, die eine möglichst rasche Unterzeichnung und Ratifizierung des Vertrags forderte. Im April 2019 verkündete schliesslich der Bundesrat in einer Medienmitteilung, unter Beizug externer Experten einen möglichen Beitritt zum Vertrag vertieft zu prüfen. Bevor jedoch ein Entscheid getroffen werde, wolle man eine neue Standortbestimmung abwarten, welche die jüngsten aussen- und sicherheitspolitischen Entwicklungen miteinbeziehe. Dieser Beschluss sorgte für öffentlich geäusserten Unmut von Parlamentsmitgliedern, denn damit wählte der Gesamtbundesrat die konservativste der drei Varianten (Unterzeichnung, Vernehmlassung, Nichtunterzeichnung), welche Bundesrat Cassis vorgeschlagen hatte. Auch die Bevölkerung zeigte sich in Teilen unzufrieden mit dem Verhalten des Bundesrats, davon zeugte eine Petition mit 26'000 Unterschriften zur Ratifizierung des Vertrags.
Der Bundesrat liess dazu beschwichtigend verlauten, dass man in Anbetracht des Parlamentsentscheid beschlossen habe, die Standortbestimmung bereits bis Ende 2020 statt erst 2025 durchzuführen. Unabhängig von der Teilnahme am TPNW setze sich die Schweiz jedoch weiterhin für die nukleare Abrüstung ein und wolle als Brückenbauerin mitwirken. An dieser Aussage übte insbesondere der Motionär Sommaruga Kritik, der die Vorstellung der Schweiz als «Brückenbauerin» für «illusorisch» befand.

Die Armeebotschaft 2018 und alle ihre Teilgeschäfte standen in der Herbstsession 2018 auf der Tagesordnung des Nationalrates, der sich als Zweitrat damit zu befassen hatte. Die sicherheitspolitische Kommission hatte die Vorlage nur kurz nach dem ständerätlichen Entscheid beraten und entschieden, sich gegen diesen zu stellen. Insbesondere bezüglich des sogenannten ballistischen Körperschutzes, also der Schutzwesten, fasste die SiK einen anderslautenden Antrag an ihren Rat. Mit 16 zu 9 Stimmen stand die Kommission für die vom Bundesrat beantragte Variante des Rüstungsprogramms ein. Bei den anderen Vorlagen der Armeebotschaft zeigte die Kommission keine Konfrontationsgelüste, sie segnete die Beschlüsse des Erstrates deutlich ab.
So drehte sich in der Plenardebatte alles um die Schutzwesten, was sich bereits in der Eintretensdebatte manifestierte. Seitens der SP-Fraktion wurde ein Minderheitsantrag angekündigt, der die vom Ständerat aufgenommene Halbierung der Anzahl anzuschaffender Westen bestätigen wollte. Ebenfalls gab SP-Sprecherin Seiler Graf (sp, ZH) bekannt, dass die Partei weitere Anträge unterstützen werde, die Kürzungen verlangen, zum Beispiel bei den Munitionskäufen. Die Eintretensdebatte nahm Züge einer Grundsatzdiskussion für und wider die Armee an, wobei sich die Ratslinke, diesmal vertreten durch die beiden Grünen Glättli (gp, ZH) und Mazzone (gp, GE), auf Oppositionskurs begab. Dagegen zeigten sich die bürgerlichen Parteien offen gegenüber der WEA-Armee und dem Rüstungsprogramm. SVP-Sprecher Hurter (svp, SH) liess es sich nicht nehmen, die Ablehnung und Kürzungen anzuprangern, und forderte von den anderen Parteien ein Bekenntnis zu einer vollausgerüsteten Armee.
Die Detailberatung startete mit dem Rüstungsprogramm und den angekündigten Kürzungsanträgen bei den Westen. Eine Minderheit I Sommaruga (sp, GE) beantragte einen Beschluss gemäss Ständerat, sprich die Halbierung der diesbezüglichen Gelder. Die Armee gebärde sich wie ein verzogenes Kind, das alles sofort wolle, wohingegen die gesamte Bundesverwaltung zum Sparen angehalten werde. Ferner verwies der Genfer Sozialdemokrat auf eine Aussage von SiK-SR-Präsident Dittli (fdp, UR), der die Befürchtung geäussert habe, dass nach der Beschaffung zahlreiche Schutzwesten ein ungenutztes Dasein in Zeughäusern fristen würden. Insofern müsse dieser Geldverschwendung entgegengetreten werden. Gänzliche Streichung dieser Anschaffung forderte eine Minderheit II Mazzone (gp, GE). Die Begründung war, dass eine Differenz zum Erstrat geschaffen werden solle, was wiederum erlauben würde, grundsätzlich über den Bedarf von Schutzwesten nachzudenken. Nach kurzer, jedoch intensiver Debatte kamen die Anträge zur Abstimmung. Nachdem zunächst die beiden Minderheitsanträge gegeneinander ausgemehrt worden waren, gelangte der obsiegende Antrag Sommaruga (sp, GE) gegen den Mehrheitsantrag zur Abstimmung. Letzterer, sprich die bundesrätliche «Vollvariante» ohne Kürzung bei den Westen und einem Kredit über CHF 848 Mio, wurde dann vom Plenum favorisiert. Die Forderung Mazzone (gp, GE) nach einer weiteren Differenzbereinigung durch den Ständerat wurde also auch so erfüllt.

Ebenso umstritten präsentierte sich die Ausgangslage zum Bundesbeschluss über die Rahmenkredite für Armeematerial. Der Ständerat hatte sich uneingeschränkt hinter die Fassung des Bundesrates gestellt. Im Nationalrat gab es hingegen vier Gegenanträge: Einen Minderheitsantrag Meyer (sp, ZH) aus der FK-NR, wonach rund CHF 73 Mio. eingespart werden sollten und auf Munitionskäufe verzichtet werden sollte – zu genehmigen wäre demnach ein Gesamtkredit von CHF 669.5 Mio. gegenüber den von der Regierung beantragten CHF 742 Mio. Drei weitere Minderheitsanträge stammten von SiK-NR-Mitgliedern. Eine Minderheit I Seiler Graf (sp, ZH) wollte eine kleine Einsparung von CHF 5.5 Mio. erzielen, indem auf die Panzerkanonen-Mehrzweckpatronen verzichtet wird: «Eine Panzerschlacht ist [...] nun wirklich kein wahrscheinliches Szenario», argumentierte die Zürcherin. Die Minderheiten II und III wurden beide von Lisa Mazzone (gp, GE) angeführt. Zunächst wollte sie diverse Einsparungen im Bereich «Projektierung, Erprobung und Beschaffungsvorbereitung» vornehmen und so circa CHF 50 Mio. zurücklegen. Der letzte Antrag lautete auf einen fast vollständigen Verzicht der Ausgaben für Munition, wobei sich der betreffende Kredit auf CHF 25 Mio. reduzieren würde und der Gesamtkredit mit knapp CHF 596 Mio. um fast CHF 150 Mio geringer ausfiele, als die vom Ständerat genehmigte Version. Die Mehrheit beider Kommissionen stellte sich hinter den Entwurf des Bundesrates, der auch von der Ständekammer genehmigt worden war. Sämtliche Minderheitsanträge blieben in den jeweiligen Abstimmungen ohne Chance, wobei die geschlossen stimmenden Fraktionen der Grünen und der SP nichts ausrichten konnten. Letztlich wurde der Bundesbeschluss mit 140 zu 39 Stimmen bei 11 Enthaltungen angenommen.

Während in der Folge das Immobilienprogramm einstimmig und ohne Gegenanträge genehmigt wurde, gab es bezüglich der Ausserdienststellung von Waffensystemen eine Stimme der Opposition. Franz Grüter wollte verhindern, dass die 12-cm-Minenwerfer dem Alteisen zugeführt werden; ein Antrag, den seine Fraktion unterstützte. Diese Festungsminenwerfer seien eine nachhaltige Unterstützung der beweglichen Truppen, die an neuralgischen Punkten installiert worden waren. Eine Erhaltung dieser Systeme erachtete der Antragsteller als finanziell tragbare Lösung. Mit 67 Stimmen, vorwiegend aus der SVP-Fraktion, unterlag der Antrag im Plenum jedoch deutlich gegen 114 Stimmen (bei drei Enthaltungen). Der Bundesbeschluss über die Ausserdienststellung von Waffensystemen wurde sodann mit 182 zu 2 Stimmen bei einer Enthaltung genehmigt.