Von den sieben Regierungsratssitzen im Kanton Basel-Stadt war nach dem Rücktritt von Hanspeter Gass (fdp) einer vakant. Die vierköpfige links grüne Mehrheit mit Christoph Brutschin (sp), Eva Herzog (sp), Hans-Peter Wessels (sp) und der amtierende Regierungspräsident Guy Morin (gp) traten genauso wieder an wie Christoph Eymann (lp) und Carlo Conti (cvp). Die FDP hatte bereits früh angekündigt, neben der Verteidigung des Sitzes von Gass mit einem zweiten Kandidierenden die links-grüne Mehrheit angreifen zu wollen. Nachdem der Kronfavorit, Nationalrat Peter Malama Anfang Jahr allerdings erklärte, dass er nicht zur Verfügung stehe und sich auf sein Nationalratsmandat konzentrieren wolle, bekundeten die Freisinnigen einige Mühe, valable Kandidaten zu finden. Fündig wurden sie im 35jährigen Grossrat Baschi Dürr, der bereits seit 10 Jahren für die FDP in der Baselstädtischen Legislative sitzt. Neben Dürr kündigten schliesslich auch Andreas Faller, Vizedirektor des Bundesamts für Gesundheit (BAG), sowie Grossrat Helmut Hersberger und Christoph Haller, Grossrat und TCS-Präsident, ihr Interesse am Regierungsrat an. In der FDP-internen Ausmarchung Ende März wurde neben dem unbestrittenen Dürr etwas überraschend Haller nominiert. Die Presse mutmasste, dass dem eigentlich favorisierten Faller sein Wohnsitz im Kanton Basel-Landschaft zum Verhängnis geworden sei. Zusammen mit den beiden FDP Kandidaten stellten sich die Bisherigen Christoph Eymann (lp) und Carlo Conti (cvp) auf einer gemeinsamen Viererliste der Wahl. Die Bürgerlichen traten damit jedoch nicht geeint auf: sowohl die SVP als auch die Grünliberalen versuchten mit eigenen Kandidaten, die Parteizusammensetzung im Regierungsrat zu erneuern. Während die noch junge GLP auf Emmanuel Ullmann setzte, portierte die SVP gleich zwei Kandidaten: mit den Grossräten Lorenz Nägelin und Patrick Hafner wolle die zweitstärkste Partei des Kantons eine adäquate Regierungsvertretung gewinnen, so das Credo. Keine Chancen wurde den drei weiteren Kandidierenden gewährt: der parteilose Elia Rediger, Christian Mueller (Freistaat Unteres Kleinbasel) und Eric Weber von der rechtsextremen Volksaktion fanden in der Presse kaum Beachtung. Die bereits bei den letzten Gesamterneuerungswahlen bestehende Zersplitterung der bürgerlichen Parteien wurde als gute Voraussetzung für die Linke betrachtet, die ihrerseits mit einem Viererticket aus den Bisherigen antrat. Darüber hinaus sorgten interne Streitigkeiten bei den Bürgerlichen für Unmut: der langjährige LP-Grossrat Andreas Burckhardt sprach sich gegen eine Unterstützung von Baschi Dürr aus, da dieser die Unteroffiziersschule verweigert habe. Dürr verschaffte sich später Anerkennung mit seiner Ankündigung, zugunsten seines Ziels eines Regierungsratsmandates auf ein Nachrücken in den Nationalrat für den zwischenzeitlich verstorbenen Peter Malama zu verzichten. Die Handelskammer beider Basel gab zudem eine Wahlempfehlung für alle Bisherigen (mit Ausnahme von Morin) und die beiden FDP-Kandidaten nicht aber für die SVP-Kandidierenden ab. Tatsächlich war die Akzeptanz der bisherigen Regierung aber breit, was sich auch in einem relativ lauen Wahlkampf ausdrückte. Die Ankündigung der Bürgerlichen, die Mehrheit in der Exekutive zurückerobern zu wollen, war laut Presse eher ein frommer Wunsch als eine eigentliche Kampfansage. Kritik an der Regierung gab es kaum, ein eigentliches Wahlkampfthema fehlte gänzlich. Zusammen mit der Änderung der Wahlregeln für das Parlament (siehe oben) gab es auch eine Änderung bei den Regierungswahlen. Um zu verhindern, dass es wie vier Jahre zuvor zu einer stillen Wahl kommt, sollte der Regierungspräsident – seit 2008 in einer Direktwahl bestimmt – neu zusammen mit den anderen Regierungsmitgliedern gewählt werden. Für das Präsidialamt kandidierten neben Morin auch Dürr und Nägelin sowie Rediger und Weber.

Wie allgemein erwartet schafften die sechs Bisherigen im ersten Wahlgang Ende Oktober auf Anhieb die Wiederwahl. Das Trio der SP erzielte die meisten Stimmen, allen voran Eva Herzog (30'182 Stimmen) gefolgt von Christoph Brutschin (26'618 Stimmen) und Hans-Peter Wessels (24'887 Stimmen). Auch Carlo'Conti (23 222), Guy Morin (22'902 Stimmen) und Christoph Eymann (22'312) übersprangen das absolute Mehr (21'983 Stimmen). Dies gelang hingegen weder Baschi Dürr (17'038 Stimmen) noch dem überraschend weit abgeschlagenen Christoph Haller (13'491), der für den zweiten Wahlgang nicht mehr nominiert wurde. Der FDP gelang es wohl auch deshalb nicht, ihren Sitz im ersten Wahlgang zu verteidigen, weil die Konkurrenz durch die SVP – Patrick Hafner erhielt 8'084 Stimmen und Lorenz Nägelin 7'852 Stimmen – und durch die GLP, bei der Emmanuel Ullmann allerdings lediglich 5'668 Stimmen erhielt, wohl zu gross war. Wermutstropfen im links-grünen Erfolg war der Umstand, dass Guy Morin die Wahl zum Regierungspräsidenten um 859 Stimmen verpasste. Mit 20'266 Stimmen lag er in der Ausmarchung um das Präsidialamt aber weit vor Dürr (11'851 Stimmen) und Nägelin (4'600 Stimmen). Die Wahlbeteiligung beim ersten Wahlgang lag bei 41,5%. Fast wäre es im zweiten Wahlgang zu einer stillen Wahl gekommen. Sowohl die SVP als auch die GLP beschlossen nämlich, nicht mehr anzutreten. Allerdings wollten Christian Mueller, der lediglich 1% aller Stimmen (2'129) erzielt hatte, und Damian Heizmann, ein neuer parteiloser Kandidat, der einige Sympathien im Grünen Lager hatte, im zweiten Umgang noch einmal gegen Baschi Dürr antreten. Mehr Spannung verhiess die Wahl für den Regierungspräsidenten, die nun zwischen Dürr und Morin ausgetragen wurde. Die SP unterstützte Morin, während sich die LP für Dürr aussprach. Weder die GLP noch die SVP gaben eine Empfehlung ab. Für Wirbel sorgte Mueller, der rund zwei Wochen vor dem zweiten Umgang seinen Rückzug zugunsten von Heizmann ankündigte, was aber rechtlich nicht möglich war. Auch die Ankündigung Dürrs, auch im Falle einer Wahl einen Morgen Hausarbeit verrichten zu wollen, sorgte für landesweite Schlagzeilen. Die geringe Spannung wirkte sich auf die Höhe der Beteiligung im zweiten Wahlgang aus, die bei lediglich 32,1% lag. Wie erwartet setzte sich Dürr deutlich mit 17'300 Stimmen vor Heizmann (3'049 Stimmen) und Mueller (1'418 Stimmen) durch. Die Wahl für das Präsidialamt gewann Morin (19'390 Stimmen) mit rund 6'000 Stimmen Vorsprung auf Dürr (13'638). Die Verteilung der Departemente änderte sich nicht; Dürr übernahm das Justiz- und Sicherheitsdepartement von seinem Vorgänger Gass. Die Baselstädtische Bevölkerung hatte sich damit also letztlich weiterhin für die Kohabitation entschieden: ein links-grün dominierter Regierungsrat steht einer etwas bürgerlicher gewordenen Legislative gegenüber. Deutlich wurde zudem, dass sich die links-grüne Mehrheit in der Regierung wohl nur mit einem grossen bürgerlichen Bündnis zwischen FDP, CVP, LP und SVP, das allerdings laut Pressekommentaren in weiter Ferne liege, knacken liesse.

Bei den Regierungsratswahlen in Basel-Stadt kandidierten die Bisherigen Guy Morin (gp), Christoph Eymann (lp), Hanspeter Gass (fdp), Carlo Conti (cvp) und Eva Herzog (sp) erneut. Ralph Lewin und Barbara Schneider (beide sp und seit 1997 in der Regierung) traten dagegen nicht mehr an. Die SP hatte damit zwei vakante Sitze zu verteidigen. Sie nominierte Christoph Brutschin und Hans-Peter Wessels, die beide als eher wirtschaftsfreundliche Sozialdemokraten gelten. Die Doppelvakanz der SP hätte eine Gelegenheit für die bürgerlichen Parteien geboten, die links-grüne Mehrheit im Regierungsrat anzugreifen. Die bürgerliche Allianz war jedoch zu brüchig, um eine gemeinsame Viererliste von FDP, CVP, LP und SVP zu ermöglichen. Die SVP, die aufgrund ihres Wähleranteils von 14% einen Anspruch auf Regierungsvertretung geltend machte, nominierte ohne Absprache mit CVP, LP und FDP den Grossrat Patrick Hafner für die Wahl. Die anderen bürgerlichen Parteien betrachteten diese Kandidatur als zu wenig chancenreich. Es wurde diskutiert, ob eine der drei traditionellen bürgerlichen Parteien mit Unterstützung der anderen beiden eine Doppelvertretung in der Regierung anstreben sollte. CVP, FDP und LP verwarfen aber letztlich diese Option. Überraschenderweise präsentierten auch EVP und DSP mit den Grossräten Stephan Maurer (dsp) und Heinrich Ueberwasser (evp) Kandidaten für die Regierung. Die SD nominierten Patrik Cattin. Die Zersplitterung der bürgerlichen Parteien und die hohe Akzeptanz der SP-Kandidaten selbst im bürgerlichen Lager sorgten dafür, dass die links-grüne Mehrheit in der Regierung ungefährdet blieb. Alle bisherigen Regierungsräte ausser Hanspeter Gass (fdp) wurden im ersten Wahlgang bestätigt und die neuen SP-Kandidaten Wessels und Brutschin erreichten das absolute Mehr auf Anhieb. Das beste Ergebnis erzielte Eva Herzog (sp). Polizeidirektor Gass (fdp), der das absolute Mehr verfehlte, war im Wahlkampf aufgrund von umstrittenen Polizeieinsätzen in der Kritik gestanden. Er wurde, da die verbleibenden Kandidierenden nicht zu einem zweiten Wahlgang antraten, schliesslich in stiller Wahl bestätigt. Für das neu geschaffene Amt des Regierungspräsidenten stellte sich nur Guy Morin (gp) zur Verfügung. Er wurde in stiller Wahl gewählt.

Mit der Neubesetzung von vier der insgesamt sieben Regierungsratssitze waren die Wahlen im April von Anfang an heftig umkämpft und öffneten die Möglichkeit für deutliche Gewichtsverschiebungen. Die Ausgangsposition war für die FDP besonders schwierig, da ihre beiden bisherigen Regierungsmitglieder Dora Andres und Mario Annoni nicht mehr antraten. Die SP hatte den Sitz des ausscheidenden Samuel Bhend zu verteidigen. Der vierte frei werdende Sitz gehörte Elisabeth Zölch von der SVP. Zur Verteidigung ihrer zwei Sitze schickte die FDP Eva Desarzens und Hans-Jürg Käser in den Wahlkampf. Sie waren Teil des traditionellen gemeinsamen bürgerlichen Tickets mit der SVP, die gleich 4 Kandidierende ins Rennen schickte: Neben den Bisherigen Urs Gasche und Werner Luginbühl gehörten dazu Monique Jametti Greiner und Annelise Vaucher. Ihnen gegenüber positionierte sich eine Links-Grüne Liste mit der Bisherigen Barbara Egger, den neu kandidierenden Philippe Perrenoud und Andreas Rickenbacher (alle sp) sowie dem Grünen Bernhard Pulver, der sich nach 2002 zum zweiten Mal präsentierte. Neben Annelise Vaucher (svp) und Philippe Perrenoud (sp) bewarb sich auch der bisherige Grossrat Maxime Zuber vom Parti socialiste autonome für den garantierten Sitz für den Berner Jura. Der bürgerliche Machtanspruch auf sechs von sieben Regierungssitzen und die damit verbundene Infragestellung der Formel aus 3 SVP, 2 FDP und 2 SP drückten dem Wahlkampf ihren Stempel auf. Bei einer mit 29,7% praktisch unveränderten Beteiligung sorgten die Wahlberechtigten für ein überraschendes Resultat, das die Mehrheiten im Regierungsrat auf den Kopf stellte. Das grün-linke Bündnis konnte seine 4 Kandidaten allesamt durchbringen, wobei Barbara Egger (sp) das beste Resultat aller Gewählten erzielte. Auf sie folgten mit Urs Gasche und Werner Luginbühl die beiden bisherigen SVP-Vertreter sowie in dieser Reihenfolge Bernhard Pulver (gp), Andreas Rickenbacher (sp), Hans-Jürg Käser als einzig verbleibendes Ratsmitglied der FDP, und Philippe Perrenoud (sp), der das Rennen um den Sitz für den Berner Jura für sich entscheiden konnte. Die bürgerlichen Kandidatinnen Eva Desarzens (fdp), Monique Jametti Greiner (svp) und Annelise Vaucher (svp) schieden auf den Plätzen acht bis zehn aus. Damit sank der Frauenanteil in der Berner Regierung von drei auf eine verbleibende Regierungsrätin. Der nicht erwartete deutliche Sieg der links-grünen Koalition wurde allgemein als Reaktion auf den auch in bürgerlichen Kreisen als überzogen bezeichneten Machtanspruch der SVP mit ihren vier Kandidaten gewertet.

Bei den Gesamterneuerungswahlen in 8 Kantonen (BE, FR, GL, GR, JU, NW, OW und ZG) kam es einzig in Bern und im Jura zu wesentlichen Verschiebungen der Machtverhältnisse zwischen den Parteien. In Bern fand ein Wechsel von der traditionellen bürgerlichen zu einer rotgrünen Mehrheit statt, im Jura gewannen die Bürgerlichen umgekehrt die in den letzten Wahlen verlorene Mehrzahl der Regierungssitze zurück. Wie im Vorjahr konnten die Grünen ihre Präsenz in den kantonalen Regierungen vermehren. In Bern gelang Bernhard Pulver (gp) als Teil der erfolgreichen grün-linken Liste der Wiedereinzug eines grünen Kandidaten in den Regierungsrat (bereits von 1986–90 hatten die Grünen zwei Vertreter in der damals 9-köpfigen Exekutive). In Zug gewann die grüne Alternative Liste (seit Anfang 2007 mit Beobachterstatus bei der GP) auf Kosten der SP einen zweiten Sitz in der Exekutive, und das 2005 in die GP eingetretene Demokratische Nidwalden konnte seinen Sitz in der Nidwaldner Regierung verteidigen. Die Zuger Regierungsratswahlen zeigten, dass die Grünen in einzelnen Kantonen zu einer ernsthaften Konkurrenz für die SP geworden sind, für die 2006 ein sehr durchwachsenes Wahljahr war. Dem Erfolg in Bern, wo die SP einen Sitz gewinnen konnte und nun mit 3 Regierungsräten vertreten ist, stehen die Verluste von je einem Regierungssitz in Glarus, Jura und Zug gegenüber. Während in Zug und Glarus, wo der Regierungsrat auf 5 Mitglieder verkleinert wurde, das Verhältnis zwischen linker und bürgerlicher Seite unberührt blieb, bedeutete der Mandatsverlust im Jura den Verlust der erst 2002 errungenen linken Regierungsmehrheit. Den Christlichdemokraten gelang es im Jura wie auch in den übrigen 6 Kantonen, in denen sie an der Regierung beteiligt sind (alle ausser BE), ihre Sitze zu halten. Die Gewinner der Wahlen in die jurassische Exekutive waren die Freisinnigen, deren Kandidat den 2002 verlorenen Sitz mit der höchsten Stimmenzahl zurückerobern konnte. In Glarus (wo die Sitzzahl von 7 auf 5 reduziert wurde) und in Bern verlor die FDP hingegen je ein Regierungsmitglied. Der Sitzverlust in Bern war die einzige Änderung bei der SVP. Sie behielt ihre Mitglieder in den Glarner, Graubündner und Zuger Exekutiven, versuchte jedoch in Freiburg, Jura und Nidwalden vergeblich, eine Regierungsbeteiligung zu erkämpfen. Auch 2006 bestätigte sich damit die Tendenz der Wählerinnen und Wähler in den Kantonen, die SVP zwar in den Parlamenten zu stärken, ihr jedoch wenig Einfluss in den nach dem Majorzsystem gewählten Regierungsgremien zu überlassen.

Bei den Ersatzwahlen im Kanton Appenzell Ausserrhoden gelang es der SP, auf Kosten der FDP einen Sitz in der bis dahin vollständig aus FDP und SVP gebildeten Regierung zu gewinnen. In Basel-Stadt, Thurgau und Zürich hingegen vermochten die Bürgerlichen ihre Regierungssitze zu verteidigen. Im Thurgau setzte sich Jakob Stark (svp) klar gegen die Parteilose Gabi Coray durch, im Kampf um die Nachfolge der Zürcher Regierungsrätin Dorothee Fierz (fdp) war die Freisinnige Ursula Gut gegenüber der Grünen Ruth Genner erfolgreich. In Basel-Stadt verteidigte Hanspeter Gass den Regierungssitz der FDP nach dem Scheitern seiner freisinnigen Parteikollegin Saskia Frei im ersten Wahlgang.

Nach den acht Gesamterneuerungswahlen und den vier Ersatzwahlen waren Ende 2006 drei Frauen weniger an kantonalen Regierungen beteiligt als im Vorjahr. In Bern fanden die zurückgetretenen Dora Andres (fdp) und Elisabeth Zölch (svp) keine weiblichen Nachfolgerinnen, und mit Barbara Egger (sp) verblieb lediglich eine Frau im Regierungsrat. In den Ausserrhoder Ersatzwahlen musste es die Parteilose Edith Heuscher-Beeler ihrem Konkurrenten Matthias Weishaupt (sp) überlassen, in die Fussstapfen von Regierungsrätin Alice Scherrer (fdp) zu treten. In allen übrigen Kantonsregierungen blieb das Verhältnis zwischen Männern und Frauen unverändert. Gesamtschweizerisch belegten die Frauen Ende 2006 damit noch 33 von 156 Regierungssitzen.

Obschon sich SVP und FDP wegen der Wahlkreis- und Bezirksreform zerstritten hatten, einigten sie sich für die Wahlen im April rechtzeitig auf eine gemeinsame Regierungsratsliste, auf der die bisherigen Exekutivmitglieder Urs Gasche, Werner Luginbühl und Elisabeth Zölch (alle svp) sowie Dora Andres und Mario Annoni (beide fdp) figurierten. Auf der links-grünen Liste kandidierten für die SP Regierungsrat Samuel Bhend, Grossrätin Barbara Egger, die die Sozialdemokraten als Ersatz für die zurückgetretene Dori Schaer nominiert hatten, und Grossrätin Chantal Bornoz Flück aus dem Berner Jura sowie Franziska Teuscher vom Grünen Bündnis und Bernhard Pulver von der Grünen-Freien Liste. Im Wahlkampf dominierte der Finanznotstand des Kantons, doch hielten sich die Parteien mit Positionsbezügen zurück, da die Regierung im Januar im Auftrag des Parlaments eine umfassende Überprüfung der Staatsaufgaben vornehmen wollte. Bei einer Stimmbeteiligung von lediglich 28,2% erzielten die Bürgerlichen die besten Resultate: Auf Dora Andres (fdp) folgten Urs Gasche (svp), Werner Luginbühl (svp), Elisabeth Zölch (svp) und Mario Annoni (fdp). Die Sozialdemokraten Samuel Bhend und Barbara Egger (sp) belegten die Ränge sechs und sieben. Franziska Teuscher (gb), die nur knapp hinter Egger lag, und Chantal Bornoz Flück (sp) erreichten ebenfalls das absolute Mehr, schieden aber als überzählig aus. Knapp unter dem absoluten Mehr lag Bernhard Pulver (gfl).

Bei den Gesamterneuerungswahlen im Kanton Bern waren nach den Rücktritten von Peter Widmer (fdp), der die politische Bühne nach achtjähriger Zugehörigkeit zur Regierung verliess, sowie Peter Schmid (svp), der Interesse an der Nachfolge von Ständerat Ulrich Zimmerli signalisierte, zwei Sitze neu zu besetzen. Der Wahlkampf warf keine grossen Wellen, was nicht weiter erstaunlich war, weil von Anfang an keine parteipolitischen Veränderungen zu erwarten waren, da die beiden grossen bürgerlichen Parteien mit einer gemeinsamen Liste und partnerschaftlicher Werbung antraten. Seit der 1990 vorgenommenen Verkleinerung der Exekutive auf sieben Sitze beanspruchte die SVP drei Sitze, die FDP deren zwei für sich; die beiden weiteren Sitze wurden der SP überlassen. Mit dem Wahlausgang vom 19. April zeigten sich sowohl Bürgerliche als auch die SP zufrieden, weil für sie aus den Wahlen keine eigentlichen Niederlagen resultierten. Das traditionelle Wahlbündnis zwischen SVP und FDP hatte sich ein weiteres Mal bewährt: als Siegerin ging Elisabeth Zölch (svp) aus den Regierungsratswahlen hervor, die in 20 von 26 Amtsbezirken das beste Resultat erzielte. Auf dem zweiten und dritten Rang landeten der Vertreter des Berner Jura, Mario Annoni (fdp), der vor vier Jahren noch vor Zölch das beste Resultat erreicht hatte, sowie Hans Lauri (svp). Das bürgerliche Quintett vervollständigten die freisinnige Dora Andres sowie Werner Luginbühl (svp), die als Neue den Sprung in die Regierung sicher schafften.

Die Linke, die mit fünf Kandidaturen angetreten war, verfehlte ihr Wahlziel auf einen dritten Sitz in der Regierung deutlich. Immerhin konnten die beiden bisherigen sozialdemokratischen Kandidaten Dori Schaer und Samuel Bhend im Gegensatz zu den letzten Regierungsratswahlen vor vier Jahren die bürgerlichen Phalanx sprengen und überrundeten stimmenmässig die beiden neugewählten Bürgerlichen. Eine Niederlage musste die dritte SP-Kandidatin Elisabeth Gilgen einstecken, die das absolute Mehr nicht schaffte und den Einzug in die Regierung deutlich verpasste. Einen Achtungserfolg erzielten die beiden grünen Politikerinnen Regula Rytz und Barbara von Escher, welche nur unwesentlich hinter Gilgen zurückblieben. Aus rot-grünen Kreisen wurde einmal mehr das Majorzwahlrecht kritisiert, bei dem die Bürgerlichen die Sitzzahl der Linken bestimmen könnten. Nichts mit dem Wahlausgang zu tun hatten die weiteren Kandidaten aus EVP, SD, Bürgerpartei und Vereinzelte. Die Regierung setzt sich auch weiterhin aus drei SVP-Mitgliedern, zwei Freisinnigen und zwei Sozialdemokraten zusammen. Im Kanton Bern sitzen mit Zölch, Schaer und Andres erstmals drei Frauen in einer Kantonsregierung. Das Resultat der Regierungsratswahlen insgesamt war Ausdruck einer offenbar weit verbreiteten Zufriedenheit des Wahlvolkes mit der Regierungsarbeit: die Bisherigen belegten geschlossen die ersten fünf Plätze. Andererseits widerspiegelt es eine grosse Gleichgültigkeit gegenüber der kantonalen Politik: die Stimmbeteiligung war mit 29,3 Prozent äusserst tief (1994: 33,5%).