Im Kanton Uri stellten sich alle amtierenden Regierungsräte zur Wiederwahl: Josef Arnold, Isidor Baumann, Heidi Z’Graggen (alle cvp), Josef Dittli, Stefan Fryberg (beide fdp), Markus Züst (sp) sowie Markus Stadler (parteilos). Die Regierungsräte kündigten ihre gemeinsame Kandidatur ohne Absprache mit den Parteien ab, was zu einer kurzen Aufregung führte. Insgesamt verliefen die Wahlen aber sehr ruhig: Im Gegensatz zu der Wahl vier Jahre zuvor, als vier neue Mitglieder in die Regierung gewählt worden waren, konnten sich dieses Mal die Mitglieder der Exekutive ihrer Wiederwahl sicher sein. Es gab keine Gegenkandidaten, die SVP verzichtete auf Kampfkandidaturen. Dass die Regierung fest im Sattel sass, hing nicht zuletzt mit den durch die Planung eines Ferienresorts in Andermatt durch den Ägypter Samih Sawiris verbesserten ökonomischen Perspektiven des Kantons Uri zusammen. Die Regierung wurde bei den Wahlen denn auch deutlich bestätigt. Das beste Ergebnis erzielte Josef Dittli (fdp), die Stimmendifferenzen zwischen den Regierungsmitgliedern waren klein. Isidor Baumann (cvp) wurde zum Landammann gewählt. Die Stimmbeteiligung war mit 34,4% tief.

Die Ausgangslage für die Urner Regierungsratswahlen gestaltete sich spannend: Justizdirektor Martin Furrer (cvp) trat nach zwölf Jahren Amtszeit nicht mehr an, ebenso wenig die in den Nationalrat gewählte Finanzdirektorin Gabi Huber (fdp). Insgesamt kandidierten zehn Personen für die 7-köpfige Exekutive. Die CVP wollte ihre Mehrheit in der Regierung verteidigen und trat mit den drei Bisherigen Josef Arnold, Isidor Baumann und Oskar Epp sowie der Präsidentin der Kantonalpartei, Heidi Z’graggen, an. Die Freisinnigen schickten Sicherheitsdirektor Peter Mattli und den Attinghauser Berufsoffizier Josef Dittli ins Rennen. Der Altdorfer FDP-Landrat Stefan Fryberg, der Dittli am Nominationsparteitag unterlegen war, kandidierte wild. Markus Züst, ehemaliger Altdorfer Gemeindepräsident, Anwalt und Notar wollte den Sitz der SP, den sie vor vier Jahren verloren hatte, wieder zurückerobern. Die SVP schliesslich erhoffte sich, mit dem Bauleiter Paul Dubacher, der bereits bei den Regierungsratswahlen 1996 als Parteiloser angetreten war, den Sprung in die Exekutive zu schaffen.

Im ersten Wahlgang von Ende März krempelten die Urnerinnen und Urner ihre Regierung um: Sie bestätigten lediglich zwei bisherige Regierungsmitglieder und wählten vier neue hinzu: Das beste Resultat erzielte Bildungsdirektor Josef Arnold (cvp), gefolgt von Heidi Z’graggen (cvp), Gesundheitsdirektor Markus Stadler (parteilos), Josef Dittli (fdp), Markus Züst (sp) und Stefan Fryberg (fdp). Volkswirtschaftsdirektor Isidor Baumann (cvp) verpasste das absolute Mehr um wenige Stimmen. Auf ihn folgte Paul Dubacher (svp). Die beiden bisherigen Regierungsräte Oskar Epp (cvp) und Peter Mattli (fdp) sahen sich auf die Schlussränge verwiesen; gemäss Presseberichten war Baudirektor Epp das Debakel um die Sanierung der Bristenstrasse, die dreimal so teuer ausgefallen war wie geplant, zum Verhängnis worden, und Mattli seine erneute Kandidatur nach siebzehn Amtsjahren. Dass amtierende Regierungsräte abgewählt wurden, hat es im Kanton Uri seit 1915 nicht mehr gegeben. Damit war klar, dass die CVP ihre Mehrheit verloren hatte und dass die SP wieder in die Regierung einziehen würde. Im zweiten Wahlgang von Mitte Mai bestätigte die Urner Bevölkerung den Bisherigen Isidor Baumann (cvp) als letzten Regierungsrat. Baumann erhielt 5603 Stimmen, der SVP-Kandidat Paul Dubacher deren 4747. Damit setzt sich die neue Urner Regierung aus 3 CVP, 2 FDP, 1 SP und 1 Parteilosen zusammen.

Bei den Regierungsratswahlen im Kanton Uri verlor die SP ihren bisherigen Regierungssitz. Seit 1968 sassen vier CVP-, zwei FDP- und ein SP-Mitglied in der Kantonsexekutive. Von den sieben Sitzen mussten nach den Rücktritten von Alberik Ziegler (sp) und den drei CVP-Regierungsräten Ambros Gisler, Anton Stadelmann und Hansruedi Stadler vier neu bestellt werden. Die SVP hatte nach einem langen Versteckspiel auf eine Kandidatur verzichtet. Die FDP witterte die Chance auf ein drittes Regierungsmandat und zog sich aus der traditionellen Wahlallianz mit der CVP zurück. Nebst den Bisherigen, Finanzdirektorin Gabi Huber und Polizeidirektor Peter Mattli, nominierte die Partei zusätzlich den Nationalstrassen-Betriebsleiter Walter Steiner aus Altdorf. Die CVP nahm den Kampf mit einer Fünferkandidatur auf: Nebst dem Bisherigen Martin Furrer wurden der Landwirt Isidor Baumann, der Sekundarlehrer und Landrat Josef Arnold sowie der Unternehmer Oskar Epp und Kantonalpräsident Leo Brücker aufgestellt. Die Juristin Agnes Planzer Stüssi hatte beim parteiinternen Ausstich keinen Erfolg. Bei den Sozialdemokraten setzte sich der Altdorfer Landrat Reto Gamma parteiintern gegen die Landrätin Edith Rosenkranz durch. Zusätzlich bewarb sich der Parteilose Markus Stadler, ein ehemaliger Kantonsbeamter.

Im ersten Wahlgang konnten die CVP mit dem Bisherigen Furrer und den Neuen Arnold und Epp drei Sitze sichern und die FDP ihre beiden Bisherigen Huber und Mattli bestätigen. Über die zwei noch ausstehenden Sitze musste in einem zweiten Wahlgang entschieden werden. Steiner (fdp) und Gamma (sp) hatten sich hinter den CVP-Bewerbern Baumann und Brücker und dem Parteilosen Stadler auf den hintersten Rängen positioniert. Alle fünf hielten an ihren Kandidaturen fest. Gegen den Willen der SP-Geschäftsleitung wurde allerdings Gamma an einem emotionsgeladenen Parteitag durch den Juristen Walter Wüthrich ersetzt. Auch die FDP wechselte ihren Kandidaten aus: Steiner wurde durch den Kaufmann Markus Gisler ersetzt. Das Rennen machten schliesslich Baumann (cvp) und der Parteilose Stadler. Die SP ist damit nach 32 Jahren nicht mehr in der Kantonsregierung vertreten.