Auch bei den kantonalen Gesamterneuerungswahlen, die im Berichtsjahr in sieben Kantonen (AI, AR, BL, FR, LU, TI und ZH) stattfanden, musste die FDP Verluste verkraften. Insgesamt gab der Freisinn in diesen sieben Kantonen 26 Parlamentsmandate und einen Regierungssitz ab. In den drei Kantonen Basel-Landschaft, Luzern und Zürich verlor die FDP je sechs Legislativsitze: In Basel-Landschaft gar ein Viertel ihrer Wählerschaft (neu: 15,2% und 14 Sitze). Die beiden Landratssitze konnten jedoch knapp verteidigt werden. Im Kanton Zürich hielt die FDP nach den kantonalen Wahlen noch 23 Sitze, was einer Halbierung der Sitzzahl innert 16 Jahren gleichkam (12,9% Wähleranteil). Der Verlust der sechs Mandate und der drei Prozentpunkte im Vergleich zu 2007 waren eine grosse Enttäuschung. Man habe ein Glaubwürdigkeitsproblem, da man sich zwar auch für die derzeit wichtigen ökologischen Themen einsetze, dies bei der Wählerschaft aber offenbar nicht ankomme, gab Kantonalpräsident Beat Walti zu Protokoll. Trösten konnte man sich in Zürich mit dem guten Abschneiden der beiden amtierenden Regierungsräte. Auch im Kanton Luzern musste die FDP einen Verlust von sechs Sitzen verkraften. Mit neu 18,9% Wähleranteil (-4 Prozentpunkte) und 23 Mandaten wurde sie von der SVP als zweitstärkste Kraft im Luzerner Kantonsrat abgelöst. Ihren Regierungssitz konnte sie allerdings verteidigen. Im Kanton Tessin wurde einer der letzten FDP-Hochburgen geschleift. Mit 25,2% (-4,2 Prozentpunkte) und 23 Sitzen (-4 Mandate) blieb die FDP zwar knapp vor der Lega stärkste Fraktion, musste aber einen ihrer beiden Regierungssitze an die rechtskonservative Regionalpartei abgeben. Seit der Verkleinerung der Tessiner Regierung auf fünf Sitze im Jahr 1923, hatte der Freisinn immer über zwei Regierungssitze verfügt. Im Kanton Appenzell Ausserrhoden blieb die FDP ebenfalls stärkste Fraktion, aber auch hier musste sie zwei Sitze abgeben (neu 24 Mandate). Die vier Appenzeller FDP-Regierungsräte wurden zwar bestätigt, allerdings stellte die Partei erstmals in ihrer Geschichte nicht den Landammann. Auch im Kanton Freiburg verloren die Freisinnigen aufgrund eines Rückgangs des Wähleranteils um 3,3 Prozentpunkte zwei Sitze (neu: 15,3%, 17 Mandate). Im Staatsrat konnte der einzige Sitz zwar verteidigt werden, der Angriff auf ein frei werdendes Regierungsmandat blieb jedoch erfolglos. Viele FDP-Vertreterinnen und Vertreter erklärten sich die kantonalen Niederlagen mit einem Fukushima-Effekt. Die schwache Präsenz der FDP in der Umweltpolitik und der Einsatz gegen das Verbandsbeschwerderecht hätten sich hier gerächt. Insgeheim wurde die Schuld aber auch der nationalen Mutterpartei zugeschoben, die es verpasst habe, die energiepolitische Wende mitzugehen und ihr Image als Partei der Hochfinanz zu bekämpfen.