Anders als der Nationalrat, der tags zuvor trotz zahlreicher Minderheitsanträge keine Änderungen am bundesrätlichen Nachtrag Ib zum Voranschlag 2022 vorgenommen hatte, schuf der Ständerat eine gewichtige und eine kleine Differenz. So schlug die FK-SR mit 9 zu 1 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) vor, den Kredit für den Bundesbeitrag an die ALV von CHF 2.1 Mrd. auf CHF 300 Mio. zu reduzieren. Wie bereits im Nationalrat von einer erfolglosen Minderheit beantragt, sollten Urlaubs- und Feiertagsentschädigungen bei KAE nur an Unternehmen nachbezahlt werden, welche entsprechende Einsprachen oder Beschwerden getätigt hatten, nicht aber an Unternehmen mit rechtskräftigen Verfügungen, erläuterte Johanna Gapany (fdp, FR) die Position der Kommission. Im Hinblick auf die hohen bisherigen Kosten der Pandemie und aus Rücksicht auf die zukünftigen Generationen solle man hier vom grosszügigeren bundesrätlichen Vorschlag abweichen. Roberto Zanetti (sp, SO) verwies als «informelle Minderheit» – er verzichtete als einziger Ablehnender auf einen Minderheitsantrag – darauf, dass vom Vorschlag der Kommission vor allem Mikrounternehmen mit bis zu neun Mitarbeitenden benachteiligt seien, denen die Kantone und Arbeitslosenkassen von einer Einsprache oder Beschwerde abgeraten hätten und die «keine HR- oder Rechtsabteilungen [hätten], die sie vor den Fallstricken der Revisions- und Wiedererwägungstatbestände bewahren könnten». Nach Treu und Glauben wolle der Bundesrat auch diesen Unternehmen nun die Möglichkeit geben, rund 14 Prozent der Lohnsumme bei den KAE zusätzlich geltend zu machen. Anstelle von Roberto Zanetti beantragte Ruedi Noser (fdp, ZH) in einem Einzelantrag, die von der Kommission eingefügte Rahmenbedingung der Kreditvergabe, wonach bei rechtskräftigen Verfügungen keine Ferien- und Feiertagsentschädigungen nachbezahlt würden, zu streichen. Über diesen Antrag musste jedoch nicht mehr abgestimmt werden, da der Ständerat mit 25 zu 17 Stimmen dem Antrag des Bundesrats folgte und den Nachtragskredit für die ALV bei CHF 2.1 Mrd. beliess. Als kleinere Differenz entschied der Ständerat jedoch, den entsprechenden Nachtragskredit nur freizugeben, wenn auf Verzugszinsen auf diese Forderungen verzichtet würde.
Eine grössere Differenz schuf der Ständerat hingegen beim Kredit zur Beschaffung von Impfstoffen gegen Covid-19. Hier hatte die Kommissionsmehrheit eine Reduktion des Nachtragskredits von CHF 314 Mio. auf CHF 68 Mio. und des Verpflichtungskredits von CHF 780 Mio. auf CHF 300 Mio. vorgeschlagen. Gemäss Kommissionssprecherin Gapany habe man in der Kommission lange darüber diskutiert, ob man – wie der Bundesrat – eher eine Sicherheitsstrategie fahren und genügend Impfstoffe für die ganze Bevölkerung kaufen wolle. Mit 7 zu 4 Stimmen (bei 1 Enthaltung) habe sich die Kommission stattdessen entschieden, etwas weniger Impfstoffe zu beschaffen, um Verschwendung zu vermeiden. In der Zwischenzeit habe sie überdies erfahren, dass womöglich bereits Verträge zum Impfstoffkauf unterzeichnet worden seien, die nicht rückgängig gemacht werden könnten, liess Johanna Gapany verlauten. Damit wäre der Parlamentsvorbehalt, also die Möglichkeit, dass der Bund von einem Vertrag zurücktritt, wenn das Parlament den entsprechenden Finanzierungskredit verweigert, verletzt worden. Dies sei ein Argument mehr, um in diesem Punkt eine Differenz zu schaffen, sodass man nach der Beschaffung weiterer Informationen nochmals darüber diskutieren könne. Finanzminister Maurer ergänzte, dass unklar sei, ob man überhaupt bei einem einzigen Vertrag Kürzungen anbringen könne oder ob dies auch die übrigen Verträge betreffen würde. Eine Minderheit Herzog (sp, BS) befürwortete zwar die Strategie des Bundesrates, der «auf Sicherheit setzt und nicht knapp berechnet», zeigte sich aber ob der offenen Fragen zu den Verträgen mit der Schaffung einer Differenz einverstanden. Mit 32 zu 9 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) reduzierte der Ständerat folglich den Nachtragskredit für die Impfstoffe auf CHF 68 Mio. und den Verpflichtungskredit auf CHF 300 Mio.

In der Frühjahrssession 2022 beriet der Nationalrat die Motion Herzog (sp, BS), die eine Ergänzung des Epidemiengesetzes zur Garantie des Grenzverkehrs auch in Pandemiezeiten verlangte. Die SGK-NR beantrage die Annahme der Motion, teilte deren Sprecherin Regine Sauter (fdp, ZH) mit. Die Einschränkung des Personenverkehrs als Folge der Grenzschliessungen hätte die Bekämpfung der Pandemie beeinträchtigt, da auch das Gesundheitspersonal davon betroffen gewesen sei. Eine Bestimmung, die den Grenzverkehr auch in Krisenzeiten garantiert, der ins Covid-19-Gesetz aufgenommen wurde, sei nur befristet, weshalb für vergleichbare Situationen in der Zukunft eine Anpassung des Epidemiengesetzes notwendig sei. Benjamin Roduit (mitte, VS), ebenfalls Kommissionssprecher, kritisierte den Bundesrat und eine Kommissionsminderheit für deren ablehnende Haltung. Die Feststellung des Bundesrats, dass Grenzgänger und Grenzgängerinnen trotz der Reisebeschränkungen aus beruflichen Gründen in die Schweiz einreisen durften, überzeugte Roduit nicht. Diese Lösungen seien erst auf Druck des Parlaments und erst nach der ersten Welle gefunden worden. Auch der Einwand des Bundesrats, dass die Motion den gesundheitspolitischen Handlungsspielraum bei multilateral-verhandelten Gesundheitsbeschränkungen beschneide, liess Roduit nicht gelten. Die Schweiz sei schliesslich in Fragen der öffentlichen Gesundheit und Sicherheit souverän. Innenminister Berset gab zu, dass man ohnehin mehrere Bestimmungen des Epidemiengesetzes überarbeiten müsse und widersprach der Forderung der Motion nicht grundsätzlich. Er beharrte aber darauf, zuerst eine Analyse durchzuführen, bevor irgendwelche Konsequenzen gezogen werden könnten. Bereits im Juni 2020 habe der Bundesrat eine Revision des Epidemiengesetzes gefordert. Nun warte man ab, bis eine umfassende und vollständige Analyse der Pandemie möglich sei. Bis Mitte 2023 solle der Änderungsentwurf in die Vernehmlassung gegeben werden, erklärte Berset der grossen Kammer. Er bat den Nationalrat, keine Motionen anzunehmen, bevor nicht eine Gesamtbilanz gezogen werden konnte und beantragte die Ablehnung des Vorstosses. Da lediglich die SVP mehrheitlich gegen die Motion stimmte, wurde sie mit 127 zu 46 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) auch vom Zweitrat deutlich angenommen.