In den letzten Tagen der Herbstsession 2022 konnten die Räte die Differenzen im indirekten Gegenvorschlag zur Gletscherinitiative ausräumen und die Beratung dazu somit abschliessen.
Der Ständerat bereinigte die Vorlage, indem er alle vom Nationalrat vorgenommenen Änderungen am Entwurf 4 zum Ausbau der Photovoltaik und zum Wasserkraftwerk Grimsel stillschweigend guthiess. Gemäss Kommissionssprecherin Elisabeth Baume-Schneider (sp, JU) habe die UREK-SR zwar in Erwägung gezogen, noch Änderungen anzubringen. Da sie die Beratung aber noch in der Herbstsession abschliessen wollte, habe sie sich dagegen entschieden. Baume-Schneider erläuterte, dass der Nationalrat im Vergleich zu seinen früheren Entscheiden wieder stärker auf die Interessenabwägung zwischen Energieproduktion und Naturschutz gesetzt habe und der Entwurf nun in Bezug auf die Einhaltung der Verfassung ausgewogener sei. Bundesrätin Simonetta Sommaruga lobte die Räte dafür, dass diese das vorliegende Gesetz in so rascher Zeit und in guter Zusammenarbeit erschaffen hatten. Es werde – zusammen mit dem Mantelerlass – einen Beitrag dazu leisten, dass die Schweiz beim Ausbau der erneuerbaren Energien vorwärtskommt.
An den beiden darauffolgenden Tagen stimmten die beiden Räte der Dringlichkeitsklausel zu.
Am Tag der Schlussabstimmungen musste sich der Nationalrat noch mit einem Ordnungsantrag von Michael Graber (svp, VS) auf Rückweisung an die Redaktionskommission befassen. Dieser bemängelte, dass die Redaktionskommission in Absprache mit den UREK-Präsidien beschlossen hatte, den ursprünglichen Titel des nun beschlossenen Gesetzes zu ergänzen. Dieses sollte gemäss Redaktionskommission von «Bundesgesetz über die Ziele im Klimaschutz» zu «Bundesgesetz über die Ziele im Klimaschutz, die Innovation und die Stärkung der Energiesicherheit» geändert werden. Marco Romano (mitte, TI) erläuterte daraufhin im Namen der Redaktionskommission, dass am Titel eines Gesetzes ersichtlich sein sollte, worum es darin geht. Daher habe die Redaktionskommission entschieden, den Titel zu ergänzen. Anschliessend wurde der Ordnungsantrag von Michael Graber mit 143 zu 50 Stimmen abgelehnt; lediglich die geschlossen stimmende SVP-Fraktion votierte für den Antrag.
Am letzten Tag der Herbstsession 2022 standen in den beiden Räten die Schlussabstimmungen an. Im Nationalrat kündigte Michael Graber im Rahmen der Fraktionserklärungen an, dass die SVP das Referendum gegen die Vorlage ergreifen werde.
Anschliessend nahm die grosse Kammer das Bundesgesetz über die Ziele im Klimaschutz, die Innovation und die Stärkung der Energiesicherheit mit 139 zu 51 Stimmen bei 2 Enthaltungen an. Die ablehnenden Stimmen stammten von der SVP-Fraktion sowie von einem Mitglied der FDP.Liberalen-Fraktion. Die Änderung des Energiegesetzes (Ausbau der Photovoltaik und Wasserkraftprojekt Grimsel) nahm der Nationalrat mit 147 zu 23 bei 22 Enthaltungen an. Während die meisten der ablehnenden Stimmen aus den Reihen der SVP-Fraktion stammten, ging die Mehrheit der Enthaltungen auf das Konto der Grünen-Fraktion.

Nach dem Ständerat befasste sich auch der Nationalrat in der Herbstsession 2022 noch einmal ausführlich mit dem Gegenvorschlag zur Gletscherinitiative. Zuerst behandelte die grosse Kammer einen Ordnungsantrag von Michael Graber (svp, VS) auf Abtraktandierung des indirekten Gegenvorschlags zur Gletscher-Initiative. Graber führte aus, dass sein Antrag nur die Entwürfe 1 bis 3 betreffe, den Entwurf 4 zum Ausbau der Photovoltaik zur sicheren Stromversorgung im Winter tangiere er nicht. Der SVP-Nationalrat kritisierte, dass ein falsches Signal an die Bevölkerung ausgesendet werde, wenn diese zum Stromsparen aufgerufen werde und gleichzeitig ein Gesetz beschlossen werde, durch welches aufgrund der angestrebten Dekarbonisierung wiederum mehr Strom benötigt werde. Der Antrag wurde jedoch mit 131 zu 51 Stimmen (bei 7 Enthaltungen) abgelehnt; einzig die SVP-Fraktion stimmte ihm geschlossen zu.
Einen Tag nach der Ablehnung des Ordnungsantrags Graber machte sich der Nationalrat an die Differenzbereinigung der Entwürfe 1 und 3, während Entwurf 2 betreffend die Förderung von neuartigen Technologien und Prozessen schon für die Schlussabstimmung bereit war und Entwurf 4, der den Ausbau der Photovoltaik betraf und neu dazu gekommen war, erst noch durch die Kommission vorberaten werden musste. Mike Egger (svp, SG) vertrat in der Detailberatung die Minderheit Rösti (svp, BE), welche die Streichung des Sonderprogramms zum Ersatz von Heizungsanlagen sowie von dessen Finanzierung forderte. Egger war der Ansicht, dass das Parlament durch den geplanten Ersatz der fossilen Heizungen als «Brandbeschleuniger in Bezug auf die drohende Strommangellage in der Schweiz» agiere. Umweltministerin Sommaruga entgegnete, dass mit diesem Programm nicht nur der Ersatz von fossilen Heizungen angestrebt, sondern auch die Energieeffizienz gefördert werde. Mit dem Ersatz aller alten Elektrowiderstandsheizungen könnten rund 2 Terawattstunden Strom eingespart werden. Somit trage diese Vorlage stark zur Versorgungssicherheit in der Schweiz bei, betonte die Umweltministerin.
Nach zahlreichen Rückfragen seitens der SVP-Fraktion an die Adresse von Sommaruga wiesen die Kommissionssprechenden Roger Nordmann (sp, VD) und Susanne Vincenz-Stauffacher (fdp, SG) auf die in der Vorlage noch verbleibenden Differenzen zum Ständerat hin. Die UREK-NR hatte im Vorfeld beantragt, dem Ständerat in allen Punkten zu folgen. In der Folge bereinigte der Nationalrat alle Differenzen in den Entwürfen 1 und 3 im Sinne der Kommission und lehnte somit auch den Antrag Rösti mit 117 zu 67 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) ab. Für den Minderheitsantrag sprachen sich die geschlossen stimmende SVP-Fraktion, die Hälfte der FDP.Liberalen-Fraktion sowie einige Mitglieder der Mitte-Fraktion aus.

Einige Tage später befasste sich der Nationalrat sodann mit dem Entwurf 4, wobei ein Antrag von Thomas Aeschi (svp, ZG) auf Nichteintreten und Rückweisung der Vorlage an die Kommission zur Durchführung einer Vernehmlassung vorlag. Susanne Vincenz-Stauffacher legte dem Plenum die Ausgangslage aus Sicht der Kommissionsmehrheit dar: Die kleine Kammer habe mit diesem Erlass ein «klares und unmissverständliches Zeichen für eine sehr rasche Umsetzung von Projekten im Solarbereich gesetzt». Die Mehrheit der Kommission unterstütze dieses Vorgehen, sehe aber beim Natur- und Umweltschutz sowie bei der Solarpflicht für Neubauten noch Anpassungsbedarf. Zudem habe die UREK-NR den Erlass um das Wasserkraftprojekt Grimsel ergänzt. In der Folge beriet der Nationalrat verschiedene Aspekte der Vorlage im Detail.
Bei den Neubauten schlug die Kommissionsmehrheit vor, die Pflicht zum Bau einer Solaranlage auf grössere Bauten ab 300 Quadratmeter Gebäudegrundfläche einzuschränken. Minderheiten wollten diese Untergrenze von 300 Quadratmetern reduzieren (Bastien Girod (gp, ZH) und Kurt Egger (gp, TG)), streichen (Mike Egger) oder vorschreiben, dass 45 Prozent des Stroms im Winterhalbjahr produziert werden müsse (Michael Graber) oder dass steuerliche Anreize die Solaranlagenpflicht ersetzen sollten (Thomas Aeschi).
Die Solaranlagen auf den Infrastrukturflächen des Bundes wollte die Kommissionsmehrheit bis 2030 ausgerüstet haben, während eine Minderheit Graber – wie der Ständerat – dem Bund hier keine zeitlichen Vorgaben machen wollte.
Den grössten Brocken stellten sodann die Solargrossanlagen in den alpinen Gebieten dar. Hierbei hatte die Kommission gewichtige Änderungen am Beschluss des Ständerates vorgeschlagen: So wollte die UREK-NR beispielsweise die Pflicht zu einer UVP im Gesetz belassen und den Bau solcher Anlagen in Mooren, Moorlandschaften und in Biotopen von nationaler Bedeutung sowie in Wasser- und Zugvogelreservaten verbieten. Kommissionssprecherin Vincenz-Stauffacher erörterte zudem weitere Anpassungen, welche die UREK-NR bei Entwurf 4 vorgenommen hatte; diese betrafen unter anderem die Mindestproduktionsmenge der Anlagen sowie die Pflicht zur Einreichung einer Wirtschaftlichkeitsrechnung durch die Anlagebetreiber. Auch zu diesen Punkten lagen einige Minderheitsanträge von linker und rechter Ratsseite vor. Schliesslich hatte die Kommission den Entwurf des Ständerates noch um einen Artikel ergänzt, welcher analog zu den Photovoltaikanlagen eine vereinfachte Vorgehensweise bei der Erweiterung von Speicherwasserkraftwerken vorschlug, wobei das Projekt Grimsel explizit Aufnahme in den Gesetzesentwurf gefunden hatte.
Nachdem die einzelnen Minderheitsanträge begründet worden waren und Thomas Aeschi seinen Nichteintretensantrag aufgrund der Dringlichkeit, für den Winter genügend Strom zu produzieren, zurückgezogen hatte, folgten die Voten der einzelnen Fraktionen. Dabei zeigte sich, dass die meisten Fraktionen den Entwurf grossmehrheitlich unterstützten, doch auch alle Fraktionen mit dem einen oder anderen Punkt nicht einverstanden waren. Dennoch setzte sich die Mehrheit der Kommission in allen Punkten durch und der Nationalrat nahm den Entwurf in der Gesamtabstimmung mit 149 zu 17 Stimmen (bei 26 Enthaltungen) an. Die ablehnenden Stimmen stammten dabei überwiegend von der SVP-Fraktion, die Enthaltungen von den Grünen.

In der Frühjahrssession 2022 widmete sich die kleine Kammer den sogenannten Negativemissionstechnologien (NET) und stimmte zu, deren Erforschung und Entwicklung stärker zu fördern. Dabei war man sich einig, dass die NET einen wichtigen Beitrag zur CO2-Reduktion leisten können, jedoch nicht als Allheilmittel betrachtet werden dürfen, insbesondere weil sie sehr kostenintensiv seien. Kommissionssprecherin Adèle Thorens Goumaz (gp, VD) wies denn auch darauf hin, dass das Hauptaugenmerk weiterhin auf die Reduktion der CO2-Emissionen gelegt werden müsse, während die NET nur bei nicht vermeidbaren Emissionen zum Zuge kommen sollten. Umweltministerin Simonetta Sommaruga machte ausserdem darauf aufmerksam, dass nebst der Erforschung auch die Anwendung der NETS in der Schweiz gefördert werden müsse, um zu verhindern, dass die Start-ups ins Ausland abwandern. Stillschweigend nahm der Ständerat die Motion der UREK-NR an.

Ab anfangs Oktober 2020 stiegen die Coronavirus-Fallzahlen in der Schweiz wieder drastisch an und erreichten ihren Höhepunkt anfangs November mit über 10'000 neu gemeldeten Fällen an einem Tag. Viele Kantone verschärften deshalb ihre Coronamassnahmen ab Mitte Oktober, beispielsweise durch die Einführung einer Maskenpflicht in allen Läden. Doch die Massnahmen in der Schweiz glichen weiterhin einem Flickenteppich, denn die Kantone vermochten sich nicht auf ein einheitliches Vorgehen zu einigen. Die GDK appellierte deshalb Mitte Oktober an den Bundesrat, flächendeckende Massnahmen zu ergreifen, wie etwa eine Maskenpflicht in allen öffentlichen Innenräumen oder Obergrenzen für private Feste. Dieser hatte zwar die Kantone nur zwei Tage zuvor noch explizit in die Pflicht genommen, reagierte dann aber schnell: Am Sonntag, dem 18. Oktober, traf er sich zu einer Notfallsitzung und entschied nach einer «Blitzkonsultation» über das Wochenende, schweizweit eine Maskenpflicht in öffentlichen Innenräumen und bei privaten Treffen ab 16 Personen einzuführen. Neu galt zudem Sitzpflicht in allen Gastrobetrieben. Ganz strikt griff der Bundesrat allerdings nicht durch: So verzichtete er bewusst darauf, erneut die ausserordentliche Lage auszurufen – die neusten Massnahmen konnte der Bundesrat gemäss Epidemiengesetz auch in der besonderen Lage aussprechen. Folglich blieben die Kantone weiterhin in vielen Bereichen in der Verantwortung, etwa bei den Massnahmen in Schulen oder bei den Öffnungszeiten von Clubs und Bars. Bundespräsidentin Simonetta Sommaruga betonte jedoch, Bundesrat und Kantone müssten jetzt zusammenspannen, «damit das ‘Gstürm’ endlich aufhöre».
Da die Fallzahlen weiter stark anstiegen, schickte der Bundesrat bereits am Freitag der darauffolgenden Woche erneut strengere Massnahmen in die Konsultation bei den Kantonen. Diese beinhalteten unter anderem eine Limite von 10 respektive 50 Personen bei privaten und öffentlichen Veranstaltungen, Fernunterricht für Hochschulen, eine ausgedehnte Maskenpflicht und eine Sperrstunde von 23 bis 6 Uhr. Auch diesmal hielt der Bundesrat aber am Verbleib in der besonderen Lage fest.
Da eine Mehrheit der Kantone in der Zwischenzeit bereits ihre eigenen Massnahmen verschärft hatten und viele den Bundesrat aufgefordert hatten, strengere Massnahmen auf nationaler Ebene zu beschliessen, hielt sich ihr Widerstand gegen die neuen Massnahmen in Grenzen. Trotzdem gab es auch Kritik, wie etwa von der St. Galler Regierung, welche monierte, dass eine erneute Verschärfung der Massnahmen verfrüht sei, da ihre Spitalkapazitäten nicht ausgeschöpft seien und die Massnahmen deshalb «unnötigen Schaden» anrichteten. Die St. Galler Kantonsregierung ging gar noch weiter und stellte das gemeinsame Corona-Regime von Bund und Kantonen grundlegend infrage. Dass die Kantone selbst für die «Folgekosten» der Massnahmen aufkommen müssten, ohne diesen zugestimmt zu haben, verletze das Prinzip der fiskalischen Äquivalenz, wonach diejenigen das Sagen haben sollten, welche die Kosten tragen. Der Bundesrat solle stattdessen wieder die ausserordentliche Lage ausrufen, woraufhin der Bund erneut für die gesellschaftlichen und gesamtwirtschaftlichen Folgen der Pandemiebekämpfung verantwortlich wäre und sich folglich an den entstandenen Kosten beteiligen müsste. Der Kanton Zürich kritisierte derweil, dass der Bundesrat beim Verbot von Grossanlässen eine Ausnahme für Demonstrationen beschlossen hatte. Seiner Meinung nach sollten für alle Grossanlässe die gleichen Regeln gelten. Auch in den folgenden Wochen gingen die Diskussionen zwischen Bund und Kantonen weiter. So rügte beispielsweise Gesundheitsminister Alain Berset am 4. November diejenigen Kantone, welche weiterhin nicht dringende Eingriffe und Operationen an Spitälern erlaubten und damit Ressourcen für mögliche Corona-Patientinnen und -Patienten besetzten.