Das Bundesgesetz über das elektronische Patientendossier fand im Nationalrat grundsätzlichen Anklang, sämtliche Fraktionen wollten auf den Entwurf eintreten. Die SGK empfand den Gesetzesentwurf jedoch als zu wenig griffig, respektive verpflichtend. Ihr Sprecher Frehner (svp, BS) legte dar, dass das elektronische Patientendossier nur dann eine Wirkung entfalte, wenn alle „Player” im Gesundheitswesen mitmachen. Deswegen wurde von der Kommission vorgeschlagen, alle Leistungserbringer zur Verwendung elektronischer Dossiers zu verpflichten und es nicht bei einer freiwilligen Anwendung zu belassen. Ausgenommen blieben jedoch die Patientinnen und Patienten, für sie bliebe die Freiwilligkeit aufrechterhalten.

In der Detailberatung gab es erste Anpassungsvorschläge bezüglich der Kompetenz zur Bearbeitung der elektronischen Dossiers. Während die Kommissionsmehrheit eine Ausweitung der Bearbeitungsberechtigten vorgesehen hatte – es sollen auch Personen auf die Dossiers zugreifen können, die für öffentlich-rechtliche Einrichtungen tätig sind oder öffentlich-rechtliche Aufgaben ausüben –, stellte sich eine Minderheit Cassis (fdp, TI) dagegen. Sie befürchtete, damit in den Kompetenzbereich der Kantone einzugreifen. Der Gegenantrag wurde jedoch abgelehnt. Ein zweiter Gegenantrag Gilli (gp, SG) wollte einen vom Ständerat gestrichenen Passus wieder im Gesetz verankert wissen: Ein Widerruf des Einverständnisses von Patienten, ein Dossier zu führen, solle ihm oder ihr keine Nachteile schaffen. So wollte es ursprünglich auch der Bundesrat. Gilli argumentierte mit der hohen Sensibilität medizinischer Daten. Es dürfe nicht sein, dass Patientinnen schlechter behandelt würden, wenn sie sich entschieden, dass für sie kein elektronisches Dossier mehr geführt werden solle. Auch dieser Antrag blieb erfolglos. Für die Kommission berichtigte Frehner, dass keineswegs eine Zweiklassenmedizin angestrebt werde und es noch weniger das Ziel sei, dass Personen ohne elektronisches Dossier absichtlich eine schlechtere medizinische Versorgung erhielten. Es liege aber quasi in der Natur der Sache, dass wenn ein Arzt beispielsweise nicht die gesamte Krankengeschichte kenne, dieser möglicherweise eine nicht optimale Therapie veranlasse. Gillis Antrag enthalte überdies eine gefährliche Formulierung, ergänzte Cassis, aus der vielleicht sogar eine Haftbarkeit abgeleitet werden könnte.

Kernpunkt der Debatte war dann die sogenannte „doppelte Freiwilligkeit”, also dass sowohl Ärztinnen und Ärzte als auch die Behandelten auf die Anwendung elektronischer Patientendossiers verzichten können. Die Kommissionsmehrheit wollte für die Leistungserbringer ein Obligatorium einführen und damit entgegen dem bundesrätlichen Vorschlag, der auch vom Ständerat gestützt wurde, die elektronischen Dossiers flächendeckend einführen. Den Patientinnen und Patienten bliebe jedoch frei, ob für sie persönlich ein Dossier angelegt würde. Eine Minderheit Pezzatti (fdp, ZG) wollte das nicht mittragen. Zwar seien die Antragsstellenden auch für eine rasche Einführung der Dossiers, jedoch sei eine Verpflichtung der Leistungserbringer der falsche Weg, es regten sich Widerstände dagegen. Der Kommissionsantrag ging in dieser Sache also weiter, als Regierung und Ständerat vorgesehen hatten. Für die CVP-Fraktion – sie stand mit dieser Meinung nicht alleine da –, war ein Obligatorium zumutbar. Mit der doppelten Freiwilligkeit werde die gewünschte Wirkung kaum erzielt, so ihre Sprecherin Humbel (cvp, AG). Die Generation älterer Ärztinnen und Ärzte, die sich gegebenenfalls gegen die Anwendung der Dossiers wehren würde, dürfte bis zum Inkrafttreten des Gesetzes nicht mehr praktizieren und den jüngeren Generationen sei es zuzumuten. Die SP schlug in die gleiche Kerbe: Nur wenn die Ärzteschaft die Rahmenbedingungen schaffte, hätten die Patienten überhaupt die Chance „mitzumachen” und so von den verhofften Qualitätsvorteilen zu profitieren. Unaufgeregt äusserte sich auch die SVP für die obligatorische Einführung. Bortoluzzi (svp, ZH) ging sogar soweit vorzuschlagen, das Obligatorium einzuführen, um es dann der Bevölkerung zu überlassen, ob sie dagegen ein Referendum ergreifen wolle. Die Grünen zeigten sich, wie die FDP-Liberale Fraktion, eher zurückhaltend bis skeptisch. Das Obligatorium gleiche einer Bevormundung der Ärzteschaft, meinte Yvonne Gilli (gp, SG), selber Ärztin, und e-Health würde nicht darob scheitern, wenn die Patientendossiers freiwillig blieben. 114 Nationalrätinnen sprachen sich dann für das Obligatorium aus, 62 dagegen (3 Enthaltungen), womit der Vorlage eine gewichtige Neuausrichtung gegeben wurde.
Mit 175 zu 4 Stimmen wurde das Gesamtpaket gutgeheissen und dem Ständerat zur Differenzbereinigung überwiesen.

Das Bundesgesetz über Prävention und Gesundheitsförderung soll den in Art. 118 Abs. 2b der Bundesverfassung verankerten Gesetzgebungsauftrag umsetzen, wonach der Bund Regelungen zur Bekämpfung stark verbreiteter oder bösartiger Krankheiten erlässt. Es hat zum Ziel, die Steuerung, die Koordination und die Effizienz von Präventions-, Gesundheitsförderungs- und Früherkennungsmassnahmen zu verbessern und damit zur Stärkung von Prävention und Gesundheitsförderung in der Schweiz beizutragen. Das Gesetz war 2011 vom Nationalrat mit einigen Änderungen an den Ständerat überwiesen worden, der jedoch noch Ende 2011 Nichteintreten beschlossen hatte. Im März 2012 behandelte der Nationalrat die Vorlage deshalb erneut und hielt nach langer Debatte mit 106 zu 79 Stimmen an Eintreten fest. Teile der CVP/EVP/glp Fraktion, sowie einige Liberale und die geschlossene SVP Fraktion stellten sich gegen den Gesetzesentwurf. Eine rechtsbürgerliche Kommissionsminderheit Frehner (svp, BS) hatte erneut einen Antrag auf Nichteintreten gestellt. Die Gegner der Vorlage sahen im Rahmengesetz eine Bevormundung der Bevölkerung sowie die Gefahr einer aufblühenden, teuren Präventionsindustrie, welche nicht kontrollierbar sei. Prävention an sich sei zwar wichtig und im Rahmen der Möglichkeiten zu fördern, ein eigenes Gesetz dazu sei aber der falsche Weg. Das vom Nationalrat abermals unterstützte Gesetz gelangte Mitte 2012 wiederum in den Ständerat, wobei die vorberatende Kommission für Eintreten warb. Eine Minderheit Kuprecht (svp, SZ) wollte dies abermals verhindern, den ersten Ständeratsentscheid bestätigen und die Vorlage so endgültig zum Scheitern bringen. In einer langen Eintretensdebatte zwischen zwei gleich starken Lagern wurden die Argumente nochmals dargelegt. Das Gesetz sei ein wichtiges Signal und ein Instrument zur Koordination, so die Befürworter; es sei unnötig, eine Bevormundung der Bürgerinnen und Bürger, so die Voten der Gegner, welche sich im Übrigen in der kleinen Kammer zahlreich in den Reihen der CVP fanden. Bei 21 zu 21 Stimmen entschied Ratspräsident Altherr (fdp, AR) für Eintreten. Die Detailberatung zeigte keine grösseren Kontroversen und in der Gesamtabstimmung wurde die Vorlage mit 20 zu 16 Stimmen gutgeheissen. Im September wurden sämtliche Anpassungen des Ständerates von der Volkskammer angenommen, womit inhaltliche Differenzen ausgemerzt waren. Der Ständerat musste schliesslich im September des Berichtsjahres lediglich noch über die Ausgabenbremse befinden, welche wegen Artikel 39a gelöst werden musste, da das Gesetz auch 9 Mio. CHF pro Jahr für die Stiftung Gesundheitsförderung Schweiz vorsah. Die 22 für den Antrag abgegebenen Stimmen (19 dagegen) reichten allerdings nicht aus, um das nötige qualifizierte Mehr zu erreichen. Der Nationalrat stellte sich in der vierten Runde erneut hinter die Vorlage und schickte das Geschäft diskussionslos zurück an den Ständerat. Mit einem letzten Aufbäumen gegen das Gesetz beantragte eine Minderheit Schwaller (cvp, FR) die Verweigerung der Lösung der Ausgabenbremse – erfolgreich, denn mit dem Votum von 21 gegen 20 Stimmen blieb das qualifizierte Mehr erneut aus. Die Vorlage musste damit in die Einigungskonferenz, welche sich für den Entwurf des Nationalrates aussprach. Mit 105 zu 70 Stimmen folgte dieser dem Antrag. Im Ständerat hatte die Vorlage aber bis zum Schluss keine Chance und in der letzten Abstimmung scheiterte das Geschäft mit 22 zu 19 Stimmen abermals am qualifizierten Mehr. Die Vorlage war damit abzuschreiben und ein Prozess, welcher sich über rund drei Jahre hinzog, wurde ergebnislos abgeschlossen. Es war in den letzten 20 Jahren erst das zweite Mal, dass die kleine Kammer einen Vorschlag der Einigungskonferenz ablehnte.