Im September 2018 nahm der Bundesrat zum Entwurf der SGK-NR im Rahmen der parlamentarischen Initiative Borer (svp, SO) für eine Stärkung der Selbstverantwortung im KVG Stellung. Er erklärte seine Unterstützung für den Minderheitsantrag Carobbio Guscetti (sp, TI) auf Nichteintreten, da das strategische Wechseln der Franchisen gemäss dem Bericht der SGK-NR nur in 0.17 Prozent der Fälle vorkomme und die Krankenversicherungen dadurch jährlich lediglich CHF 5 Mio. einsparen könnten. Diesem geringen Vorteil stünden jedoch zahlreiche Nachteile gegenüber, etwa eine Schwächung der Selbstverantwortung durch häufigere Wahl der Grundfranchise, Mehrkosten für EL und Sozialhilfe und somit auch für Kantone und Gemeinden sowie ein administrativer Mehraufwand für die Krankenversicherungen.
In der Wintersession 2018 behandelte der Nationalrat den Entwurf. Als Kommissionssprecher betonten Philippe Nantermod (fdp, VS) und Heinz Brand (svp, GR) noch einmal den Nutzen der Vorlage: Das opportunistische «Franchisenhüpfen» müsse gestoppt werden, auch wenn es sich dabei um ein untergeordnetes Problem handle. Barbara Gysi (sp, SG) kritisierte im Namen der Minderheit Carobbio Guscetti vor allem das Verhalten der Kommission, die trotz mehrheitlich negativer Vernehmlassungsantworten keinen der Kritikpunkte in die Vorlage aufgenommen hatte. Mit 111 zu 68 Stimmen bei einer Enthaltung sprach sich der Nationalrat für Eintreten auf die Vorlage aus. Während die SP- und die Grünen-Fraktion Eintreten geschlossen ablehnten, war die Situation aufseiten der Bürgerlichen weniger deutlich. Gespalten zeigte sich insbesondere die FDP-Fraktion, aber auch in der SVP- und der CVP-Fraktion lehnten einzelne Personen eine Behandlung der Vorlage ab. Knapper scheiterte der Antrag Grüter (svp, LU) auf Rückweisung an die Kommission: Mit 86 zu 81 Stimmen bei 13 Enthaltungen stimmte der Rat für die Behandlung der Vorlage, wobei hier die Fronten quer durch die meisten Fraktionen verliefen.
In der Detailberatung versuchte eine Minderheit Ruiz (sp, VD), eine Ausnahmeklausel für Personen, bei denen neu eine chronische oder schwere Krankheit diagnostiziert wurde, zu schaffen. Eine solche lehnte der Nationalrat jedoch mit 118 zu 56 Stimmen (bei 1 Enthaltung) ab. Ebenfalls abgelehnt wurde eine vom Bundesrat vorgeschlagene und von der Kommissionsmehrheit unterstützte Pflicht für die Krankenversicherungen, die Versicherten zwei Monate vor Ablauf der Frist auf ihre Wahlmöglichkeit hinzuweisen. Mit 112 zu 62 Stimmen (3 Enthaltungen) folgte die grosse Kammer einer Minderheit Humbel (cvp, AG), welche unter anderem die Kosten für die Versicherungen «ohne Mehrwert für die Versicherten» scheute. Mit 113 zu 60 Stimmen (bei 5 Enthaltungen) verabschiedete der Rat die Vorlage in der Gesamtabstimmung.

Für eine bessere Nutzung von Gesundheitsdaten für eine qualitativ hochstehende und effiziente Gesundheitsversorgung setzte sich Ruth Humbel (cvp, AG) mit einem Postulat ein, das sie Ende 2015 eingereicht hatte und das Mitte 2016 im Rat behandelt wurde. Damit knüpfte sie an bestehende Strukturen an: Bezüglich vieler Erkrankungen werden Register geführt, deren Einträge jedoch schlecht oder nicht geeignet sind, um verglichen zu werden. Eine bessere Datenvergleichbarkeit, die klare Zuordnung zu Personen, aber auch eine effektive Wahrung des Datenschutzes waren die Hauptanliegen, die im Postulat nachgefragt wurden. Als Begründung wurde ein hoher erwarteter Nutzen dieser Anpassungen angeführt. Die Krankheitsregister ermöglichen im Rahmen der Prävention, Früherkennung und Behandlung von Krankheiten bzw. deren Verläufe wertvolle Erkenntnisse und leisten einen Beitrag zur Qualitätssicherung. Wie die verschiedenen Register zu verknüpfen wären, sollte der Bundesrat deshalb in einem Bericht erörtern.
Die Regierung zeigte sich offen für das Anliegen und stellte in Aussicht, einen solchen Bericht zu erstellen. Es hätten sich bereits Fragen ergeben, als es beispielsweise um die Anwendung des Humanforschungsgesetzes in Abgrenzung zum Bundesstatistikgesetz ging. In dieser Hinsicht sei es angezeigt, die Anwendungsmöglichkeiten bezüglich Datenverknüpfung und Datenzugang darzulegen. Nachdem das Postulat zunächst noch von Franz Grüter (svp, LU) bekämpft wurde, verabschiedete das Ratsplenum den Vorstoss mit 125 zu 56 Stimmen bei drei Enthaltungen. Grüter brachte in der Debatte seine Bedenken bezüglich Datenschutz vor und zeichnete ein recht düsteres Bild von möglichem Datenmissbrauch, der, gerade durch die Personalisierung der Daten mittels Verknüpfung der AHV-Nummer, drohe. Er und die fast geschlossen stimmende SVP-Fraktion stellten sich jedoch vergeblich gegen den Antrag.