Während der Sondersession Anfang Mai 2021 stand die Organspende-Initiative sowie der vom Bundesrat lancierte indirekte Gegenvorschlag auf der Traktandenliste des Nationalrates, der dieses Geschäft als Erstrat behandelte. Im Rat herrschte grossmehrheitlich Einigkeit darüber, dass Handlungsbedarf angezeigt sei – umfasste doch gemäss Kommissionssprecher Philippe Nantermod (fdp, VS) die Warteliste für eine Organspende alleine 2019 1'415 Personen. Bei der Frage, wie der Problematik begegnet werden kann, herrschte indes über die Parteigrenzen hinweg Uneinigkeit.
Die grosse Kammer diskutierte in einem ersten Schritt den indirekten Gegenvorschlag, nachdem sie einen Nicht-Eintretensantrag von Siebenthal (svp, BE) abgelehnt hatte. Der Berner SVP-Politiker hatte seinen Antrag damit begründet, dass dem Volk bei einer solch zentralen Angelegenheit eine aktive Mitsprache zugestanden werden müsse, dies jedoch im Falle eines Rückzugs der Volksinitiative nicht gegeben sei.
In der Detailberatung folgte der Nationalrat weitgehend dem bundesrätlichen Entwurf sowie den von der Mehrheit seiner SGK vorgenommenen Präzisierungen. Eine dieser Präzisierungen bestand darin, dass die im indirekten Gegenvorschlag vorgesehene erweiterte Widerspruchslösung mit der Möglichkeit versehen werden soll, sich explizit für eine Organspende auszusprechen. Weiter bestätigte der Nationalrat die Meinung der Kommission, dass der Wille der hingeschiedenen Person gegenüber dem Willen ihrer Angehörigen vorrangig behandelt werden muss und dass der Entscheid über eine allfällige Organspende an eine Vertrauensperson übertragen werden kann, welche die Rolle der nächsten Angehörigen einnimmt.
Wie bereits bei der Behandlung durch die Kommission fand auch in der Ratsdebatte das sogenannte Erklärungsmodell, das von einer Minderheit Amaudruz (svp, GE) gefordert wurde, keine Mehrheit. Gemäss diesem sollten sich die einzelnen Personen regelmässig zu ihrer Absicht bezüglich Organspende äussern. Ebenfalls erfolglos blieben weitere Minderheitsanträge, darunter zwei Anträge einer Minderheit Nantermod. Diese verfolgten das Ziel, dass Bürgerinnen und Bürger bei Behördengängen – wie zum Beispiel bei der Erneuerung der Identitätskarte – auf die Regelung zur Organspende hinzuweisen seien und dass ihr Wille auf der Versicherungskarte vermerkt werden soll.
In der Gesamtabstimmung stimmte der Nationalrat dem indirekten Gegenvorschlag schliesslich deutlich mit 150 zu 34 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) zu, wobei sämtliche Nein-Stimmen aus dem Lager der SVP-Fraktion stammten. Äusserst knapp fiel indes das Resultat der im Anschluss daran erfolgten Abstimmung betreffend die Empfehlung zur Volksinitiative aus: Mit 88 zu 87 Stimmen (bei 14 Enthaltungen) sprach sich die grosse Kammer auch für das Volksbegehren aus. Eine grosse Mehrheit der SVP- und der Mitte-Fraktion empfahlen die Initiative zur Ablehnung, gespalten zeigte sich die FDP-Fraktion. Weitere Nein-Stimmen kamen von Mitgliedern der SP-Fraktion. Die Grünliberalen und die Grünen waren die einzigen, die dem Volksbegehren geschlossen zustimmten, wenn auch mit einigen Enthaltungen.

Mittels Motion wollte Erich von Siebenthal (svp, BE) den Bundesrat mit einer ZGB-Änderung betrauen, die darauf abzielt, brachiale Therapiemethoden «des letzten Jahrhunderts», zu welchen Lobotomie, Leukotomie und Elektroschocks gehörten, zu verbieten. Obwohl solche Behandlungen zu irreversiblen Schäden führten, kämen sie auch heute noch zur Anwendung. Als Beispiel dafür nannte der Motionär anlässlich der Wintersession 2020 die Elektrokrampftherapie, bei der das Gehirn der Patientinnen und Patienten – Personen mir schweren Depressionen – elektrischen Energien von 460 Volt und bis zu 0.9 Ampere ausgesetzt werde. Dies entspreche einer sieben- bis zehnfachen Energie der Zäune seiner Viehherden, erklärte der Bergbauer. Gesundheitsminister Berset gab zu bedenken, dass der Bundesrat zwar das gleiche Ziel verfolge, dass er den Vorstoss jedoch ablehne, weil eine Änderung des ZGB nicht der richtige Weg sei. Es sei an den medizinischen Fachgesellschaften, im Rahmen ihrer Richtlinien festzulegen, was als akzeptabel gelte und was nicht. Den Kantonen wiederum komme die Aufgabe zu, die Einhaltung dieser Richtlinien zu überwachen. Überdies würden Lobotomie und Leukotomie in der Psychiatrie heutzutage nicht mehr angewendet und die vom Motionär beschriebene Elektrokrampftherapie werde streng überwacht. Die grosse Kammer schienen diese Worte zu überzeugen: Mit 104 zu 52 Stimmen bei 32 Enthaltungen lehnte sie die Motion ab. Dabei stammten 50 Stimmen des Ja-Lagers aus der SVP-Fraktion, während sich 28 Mitglieder der Grünen Partei der Stimme enthielten.