Die Organspende-Initiative und ihr indirekter Gegenvorschlag waren Gegenstand der ständerätlichen Debatte in der Herbstsession 2021. Im Vorfeld hatte sich die SGK-SR mit 9 zu 3 Stimmen (bei 1 Enthaltung) für den indirekten Gegenvorschlag des Bundesrates und mit 10 zu 1 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) gegen das Volksbegehren ausgesprochen. Gemäss Kommissionssprecher Paul Rechsteiner (sp, SG) sei die Widerspruchsregelung als «konkrete Antwort auf den Organmangel» zu werten. Ausgehend von den Erfahrungen südeuropäischer Staaten könne angenommen werden, dass die Zahl der Spenderinnen und Spender durch einen Systemwechsel zunehme. Allerdings gehe der Kommissionsmehrheit wie bereits dem Bundesrat die von der Initiative geforderte enge Widerspruchslösung zu weit – daher auch die diesbezüglich ablehnende Haltung. Weitere Ansätze, mit denen dem Organmangel begegnet werden könnte, namentlich die Einführung eines Erklärungsmodells und der Vorschlag Nantermod (fdp, VS), den Spendewillen auf der Krankenversicherungskarte einzutragen, hätten in der Kommission ebenfalls keine Unterstützung gefunden, so Rechsteiner weiter. Beim indirekten Gegenvorschlag des Bundesrates, welcher eine erweiterte Widerspruchlösung vorsehe, handle es sich hingegen um eine griffige Lösung, bei der auch die nächsten Angehörigen entlastet würden. Eine Kommissionsminderheit rund um Josef Dittli (fdp, UR) teilte diese Ansicht indes nicht. Dem Urner Standesvertreter zufolge würde auch durch den indirekten Gegenvorschlag «eine Erwartungshaltung generiert, die einer Pflicht zur Organspende gefährlich nahe komm[e]». Einen entsprechenden Nichteintretensantrag lehnte der Ständerat jedoch mit 31 zu 13 Stimmen ab. In der Detailberatung folgte die kleine Kammer abgesehen von redaktionellen und formellen Änderungen der grossen Kammer und nahm den Entwurf des indirekten Gegenvorschlags mit 31 zu 12 Stimmen (bei 1 Enthaltung) an. Die Volksinitiative indes blieb im Ständerat chancenlos. Einstimmig sprachen sich die Kantonsvertreterinnen und -vertreter gegen das Volksbegehren aus.

Während der Sondersession Anfang Mai 2021 stand die Organspende-Initiative sowie der vom Bundesrat lancierte indirekte Gegenvorschlag auf der Traktandenliste des Nationalrates, der dieses Geschäft als Erstrat behandelte. Im Rat herrschte grossmehrheitlich Einigkeit darüber, dass Handlungsbedarf angezeigt sei – umfasste doch gemäss Kommissionssprecher Philippe Nantermod (fdp, VS) die Warteliste für eine Organspende alleine 2019 1'415 Personen. Bei der Frage, wie der Problematik begegnet werden kann, herrschte indes über die Parteigrenzen hinweg Uneinigkeit.
Die grosse Kammer diskutierte in einem ersten Schritt den indirekten Gegenvorschlag, nachdem sie einen Nicht-Eintretensantrag von Siebenthal (svp, BE) abgelehnt hatte. Der Berner SVP-Politiker hatte seinen Antrag damit begründet, dass dem Volk bei einer solch zentralen Angelegenheit eine aktive Mitsprache zugestanden werden müsse, dies jedoch im Falle eines Rückzugs der Volksinitiative nicht gegeben sei.
In der Detailberatung folgte der Nationalrat weitgehend dem bundesrätlichen Entwurf sowie den von der Mehrheit seiner SGK vorgenommenen Präzisierungen. Eine dieser Präzisierungen bestand darin, dass die im indirekten Gegenvorschlag vorgesehene erweiterte Widerspruchslösung mit der Möglichkeit versehen werden soll, sich explizit für eine Organspende auszusprechen. Weiter bestätigte der Nationalrat die Meinung der Kommission, dass der Wille der hingeschiedenen Person gegenüber dem Willen ihrer Angehörigen vorrangig behandelt werden muss und dass der Entscheid über eine allfällige Organspende an eine Vertrauensperson übertragen werden kann, welche die Rolle der nächsten Angehörigen einnimmt.
Wie bereits bei der Behandlung durch die Kommission fand auch in der Ratsdebatte das sogenannte Erklärungsmodell, das von einer Minderheit Amaudruz (svp, GE) gefordert wurde, keine Mehrheit. Gemäss diesem sollten sich die einzelnen Personen regelmässig zu ihrer Absicht bezüglich Organspende äussern. Ebenfalls erfolglos blieben weitere Minderheitsanträge, darunter zwei Anträge einer Minderheit Nantermod. Diese verfolgten das Ziel, dass Bürgerinnen und Bürger bei Behördengängen – wie zum Beispiel bei der Erneuerung der Identitätskarte – auf die Regelung zur Organspende hinzuweisen seien und dass ihr Wille auf der Versicherungskarte vermerkt werden soll.
In der Gesamtabstimmung stimmte der Nationalrat dem indirekten Gegenvorschlag schliesslich deutlich mit 150 zu 34 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) zu, wobei sämtliche Nein-Stimmen aus dem Lager der SVP-Fraktion stammten. Äusserst knapp fiel indes das Resultat der im Anschluss daran erfolgten Abstimmung betreffend die Empfehlung zur Volksinitiative aus: Mit 88 zu 87 Stimmen (bei 14 Enthaltungen) sprach sich die grosse Kammer auch für das Volksbegehren aus. Eine grosse Mehrheit der SVP- und der Mitte-Fraktion empfahlen die Initiative zur Ablehnung, gespalten zeigte sich die FDP-Fraktion. Weitere Nein-Stimmen kamen von Mitgliedern der SP-Fraktion. Die Grünliberalen und die Grünen waren die einzigen, die dem Volksbegehren geschlossen zustimmten, wenn auch mit einigen Enthaltungen.

Im Oktober 2020 wurde der Ergebnisbericht zur Vernehmlassung des indirekten Gegenvorschlags zur Organspende-Initiative, welche vom 13. September bis zum 13. Dezember 2019 gedauert hatte, veröffentlicht. Insgesamt hatten 81 Akteurinnen und Akteure Stellung genommen, wobei sich mit 53 von ihnen ein Grossteil der Vernehmlassungsteilnehmenden vollumfänglich oder grundsätzlich zustimmend zum Gegenvorschlag aussprachen. Zu ihnen gehörten 21 Kantone, die beiden Parteien GLP und GPS sowie dreissig Organisationen, darunter auch Swisstransplant, eine Unterstützerin der Volksinitiative. Explizit abgelehnt wurde die Vorlage von 16 Vernehmlassungsteilnehmenden. Als Gründe für die ablehnende Haltung wurden die Befürwortung der Volksinitiative (JU), des Erklärungsmodells (LU, CVP, EVP, CBCES, EKS, MERH_UZH, NEK) oder der parlamentarischen Initiative Nantermod (fdp, VS; pa.Iv. 18.443; FDP), aber auch die zu enge Zustimmungslösung (ÄPOL) und der Wunsch nach Beibehaltung der aktuell gültigen erweiterten Zustimmungslösung (HGS) aufgeführt. Weitere Argumente gegen den indirekten Gegenvorschlag liessen sich auf ethische Bedenken (SH, HLI, MIGUNIBE, SPO) oder auf die Forderung zurückführen, dass die Vorlage Teil eines Gesamtprojekts zur Einwilligung in der Gesundheits- und Humanforschung sein sollte (Privatim). Weder eine zustimmende noch eine ablehnende Haltung nahmen aus diversen Gründen zehn Vernehmlassungsteilnehmende ein (BL, TG, iEH2, SPS, BDP, SVP, GDK, insieme, SBK und SGG). Der SAV, santésuissse und der SSV verzichteten auf eine Stellungnahme.

Positiv aufgenommen wurde von der Mehrheit der Vernehmlassungsteilnehmenden die geplante Einbindung der Angehörigen. In diesem Zusammenhang kam denn auch mehrfach die Forderung auf, dass eine Organentnahme nur zulässig sein soll, wenn die Angehörigen erreicht werden können. Auch die gesetzliche Verankerung eines Registers wurde grösstenteils befürwortet, wobei verschiedene Änderungsvorschläge eingingen. Einer von ihnen bestand darin, dass neben der Dokumentation des Widerspruchs auch eine Zustimmung festgehalten werden können sollte. Von verschiedenen Seiten wurde zudem der Wunsch geäussert, dass der Stiftung Swisstransplant die Registerführung zukommen soll, weil sie bereits über ein Register verfüge. Ferner wurde der Information der Bevölkerung über das Widerspruchsmodell ein hoher Stellenwert beigemessen.