Au cours des mois d'octobre et de novembre 2020, des tensions avaient vu le jour entre la Confédération et les cantons quant aux mesures sanitaires à prendre face à la nouvelle augmentation du nombre de cas de Covid-19. Si un recul du nombre de cas a pu être observé au niveau national à partir de la mi-novembre, ces tensions n'ont pas disparu pour autant. Les situations sanitaires très hétérogènes ainsi que les restrictions plus ou moins strictes selon les régions ont provoqué de nouvelles frictions, entre les cantons qui tenaient absolument à conserver le maximum d'autonomie et ceux qui militaient pour que la Confédération reprenne la main afin de resserrer la vis à l'approche des fêtes de fin d'année.
Le vendredi 4 décembre 2020, constatant que le nombre de cas stagnait à un niveau élevé, le ministre de la santé Alain Berset appelait les cantons à prendre des nouvelles mesures, sans quoi la Confédération se verrait obligée d'intervenir. Cet appel s'adressait avant tout aux cantons alémaniques, qui connaissaient une recrudescence des cas, alors que la situation s'améliorait en Suisse romande, où des mesures plus strictes avaient été prises.
Pourtant, à peine des nouvelles mesures étaient-elles annoncées par les cantons que le Conseil fédéral, trouvant que celles-ci n'allaient pas assez loin, reprenait déjà la main. En effet, le mardi 8 décembre, le gouvernement annonçait une uniformisation des restrictions au niveau national: fermeture des magasins, restaurants et marchés à 19h, limitation des réunions privées à cinq personnes, etc. Alors que le canton de Zürich avait annoncé de nouvelles règles dans l'après-midi lors d'une conférence de presse, celles-ci furent rendues caduques quelques heures plus tard. Cette communication fut critiquée dans les médias zurichois, qui se demandaient comment leur gouvernement pouvait encore être pris au sérieux en étant pris à contre-pied de la sorte par le Conseil fédéral.
Cette annonce du Conseil fédéral provoqua également de vives réactions en Suisse romande. Après avoir pris des mesures très strictes durant les semaines précédentes, la plupart des cantons romands étaient sur le point de rouvrir leurs restaurants et avaient communiqué quelques jours auparavant un assouplissement des restrictions suite à la diminution du nombre d'infections. Le conseiller d'État neuchâtelois Laurent Kurth, président de la Conférence latine des affaires sanitaires et sociales, considérait ces décisions comme «du mépris envers les cantons» de la part des autorités fédérales. Son homologue jurassien Jacques Gerber déplorait que le Conseil fédéral ait exposé ses décisions «de manière abrupte, faisant fi du fédéralisme».
Suite à une consultation des cantons, le Conseil fédéral a alors opté le vendredi 11 décembre pour un compromis. Une exception permettait aux cantons dont le taux de reproduction de la maladie était inférieur à 1 durant sept jours d’affilés et dont le nombre de nouveaux cas était inférieur à la moyenne suisse d'ouvrir les restaurants jusqu'à 23h. L'éclaircie fut néanmoins de courte durée pour les restaurants, puisque le Conseil fédéral annonçait leur fermeture complète le 18 décembre. Les cantons qui bénéficiaient encore du régime d'exception s'y soumirent également les jours suivants – les cantons du Valais, de Neuchâtel, de Fribourg et de Vaud étant les derniers avec des restaurants ouverts jusqu'au 26 décembre.

Les événements évoqués ci-dessus ont provoqué de nombreuses discussions quant à l'efficacité du fédéralisme en temps de crise. C'est particulièrement le manque de coopération entre les cantons qui fut sous le feu des critiques. Il leur a été reproché de vouloir chacun régler leurs problèmes de leur côté. D'autres voix se sont cependant élevées pour saluer la volonté de prendre des mesures différenciées et adaptées à chaque situation, ce qui a suscité de longs et intenses débats, autant dans la sphère politique que dans les médias et la société en général.
Un rapport du KOF s'est intéressé à la question. Il en a conclu que les régimes fédéralistes, comme l'Allemagne, l'Autriche ou la Suisse, affichent de meilleurs résultats en gestion de crise que les systèmes centralisés. Cependant, les auteurs et les autrices de l'étude relèvent une différence entre les systèmes allemand et autrichien, où le fédéralisme repose sur la coopération entre les gouvernements, les Länder et les communes, et le système suisse, considéré comme concurrentiel. Selon Jan-Egbert Sturm, directeur du KOF, «dans ce système, les incitations sont fortes pour les cantons d’adopter une attitude passive, dans l’espoir peut-être que les régions voisines réagissent plus rapidement et que cela avantage son propre canton. Ou alors, à l’inverse, par manque de récompense, les cantons pourraient renoncer à prendre des mesures qui ont un coût financier car elles risqueraient de profiter aux voisins.» Le rapport conclut néanmoins que malgré la crise, ce système a fait ses preuves en de nombreuses situations et ne doit pas être remis en question. De nouveaux outils devraient cependant être mis au point, notamment pour déterminer à quel moment l'état doit reprendre la main.

Aufgabenteilung zwischen Bund und Kantonen während der Covid-19-Krise