Überhaupt keine Opposition gab es im Nationalrat zur grenzüberschreitenden Zusammenarbeit im Gesundheitsbereich. Das Rahmenabkommen wurde auf einstimmigen Antrag der Kommission ebenso unanim vom Ratsplenum verabschiedet. Die einzigen drei Sprecher, die beiden Berichterstatter de Courten (svp, BL) und Ruiz (sp, VD) sowie Bundesrat Berset, bliesen ins gleiche Horn und zeigten die Vorzüge der Regelung auf. Auf unbestrittenes Eintreten folgte die mit 181 zu 0 Stimmen resultierende Gesamtabstimmung. Die definitive Beschlussfassung in den Schlussabstimmungen blieb noch reine Formsache.

Das Bundesgesetz über den Schutz vor Gefährdungen durch nichtionisierende Strahlung und Schall (NISSG) hatte im Nationalrat etwas mehr Gegenwind als im Ständerat. Zwar beantragte die SGK mehrheitlich, auf die Vorlage einzutreten, eine Minderheit de Courten (svp, BL) wollte dies jedoch nicht und stemmte sich mit zwei Anträgen (Nichteintreten und Rückweisung) gegen die Vorlage. Falls auf das Gesetz eingetreten würde, sollte es zurückgewiesen werden mit dem Auftrag an den Bundesrat, lediglich bezüglich Laserpointern eine neue Regelung auszuarbeiten. Die Kommissionsmehrheit war indes der Meinung, dass das neue Gesetz angesichts der technologischen Entwicklungen gerechtfertigt sei, wie es Sprecherin Carobbio Guscetti (sp, TI) und Sprecher Hess (bdp, BE) ausführten. Diese beiden Anträge setzten den Rahmen für die Eintretensdebatte. SP, CVP, GLP und Grüne waren für Eintreten. Diese Parteien orteten einen Regulierungsbedarf und wollten den Weg über ein neues Gesetz gehen, besonders im Sinne des Schutzes der Gesundheit. Die FDP äusserte sich kritischer. Das Gesetz wurde als nicht nötig erachtet. Stattdessen sollten gesunder Menschenverstand und Eigenverantwortung gefördert werden, so Fraktionssprecherin Sauter (fdp, ZH). Überhaupt wehre sich die Fraktion gegen übermässige und in diesem Fall „unverhältnismässige” Regulierungen. Eintreten war indes in der FDP-Liberalen Fraktion nicht bestritten, jedoch werde sie sich für eine Entschlackung des Gesetzes einsetzen.
In der Eintretensabstimmung obsiegten die Anträge der Mehrheit. Der Nichteintretensantrag unterlag mit 107 zu 77 Stimmen. Die Rückweisung an den Bundesrat wurde mit 106 zu 77 ebenfalls verworfen (eine Enthaltung). Mit der Kommissionsminderheit unterlag auch die SVP-Fraktion, die in beiden Fragen das Minderheitsanliegen unterstützte.

Die Detailberatung war in der Folge geprägt von Minderheitsanträgen. Fast jeder der 15 Gesetzesartikel wurde angefochten. Die Debatte erstreckte sich also über längere Zeit und zahlreiche Abstimmungen, die allesamt recht knapp ausfielen und in denen in den meisten Fällen die Kommissionsmehrheit gestützt wurde. Mit vier Differenzen zum Ständerat wurde die Gesetzesvorlage schliesslich verabschiedet, dies durchaus im Sinne der Gegner des nunmehr etwas verschlankten Gesetzes. Dabei ging es um ein Verbot von gewerblichen und beruflichen Produkteverwendungen mit erheblichem Gefährdungspotential (Artikel 5 lit. b) sowie um die Grundlagenbeschaffung (Art. 6), beides wurde aus dem Gesetzesentwurf gestrichen. Der Nationalrat führte aber auch eine neue Bestimmung ein: Der Bundesrat muss dem Parlament 8 Jahre nach Inkrafttreten eine Evaluation des Gesetzes unterbreiten.
In der Gesamtabstimmung stimmten 97 Nationalrätinnen und Nationalräte für den überarbeiteten Entwurf, 93 waren dagegen. Damit ging die Vorlage zurück zum Ständerat, der sich in der ersten Lesung einstimmig für das Gesetz ausgesprochen hatte.

Während der Sommersession 2016 befasste sich der Nationalrat mit einer parlamentarischen Initiative Carobbio Guscetti (sp, TI), welche eine landesweite Bewilligungspflicht für besonders kostspielige medizin-technische Geräte zum Inhalt hatte. Die Initiantin begründete ihr Anliegen damit, dass ein Überangebot entsprechender Geräte zu einer erhöhten Nachfrage nach diagnostischen Tests und in der Folge auch zu höheren Gesundheitskosten führe. In Kantonen wie dem Tessin, Neuenburg oder Jura existierten bereits vergleichbare Regelungen. Während Carobbio Guscetti von ihrem Parteikollegen und SGK-SR-Minderheitensprecher Pierre-Alain Fridez (sp, JU) Rückendeckung erhielt, empfahl Thomas de Courten (svp, BL) im Namen der Kommissionsmehrheit, der Initiative keine Folge zu geben. Dabei argumentierte er mit der bestehenden Aufgabenteilung zwischen Bund und Kantonen, in welche eingegriffen würde. Stattdessen erachte die Kommission Massnahmen zur Wettbewerbsstärkung im Gesundheitswesen als angezeigt. Mit 137 zu 52 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) gab der Nationalrat dem Geschäft keine Folge. Die Fraktionen der SP und der Grünen stimmten zusammen mit einer Person aus der SVP geschlossen für Folgegeben. Die restlichen Fraktionen lehnten die Initiative ab.

In der weiteren Differenzbereinigung zum Bundesgesetz über das elektronische Patientendossier zeigte sich die SGK des Nationalrats geteilter Meinung. Betreffend Datenbearbeitung wollte sie eine Regelung fassen, die früher im Raum stand und im Ständerat nur knapp scheiterte. Das Plenum folgte dem Antrag mit 155 zu 27 Stimmen und hielt hierzu die Differenz zur Ständekammer aufrecht, den Datenzugriff im Bundesgesetz zu regulieren und nicht der kantonalen Gesetzgebung zu übertragen.
Betreffend einer obligatorischen Einführung der E-Dossiers ersuchte die SGK das Ratsplenum, einzulenken und auf ein Obligatorium zu verzichten (sprich dem Ständerat zu folgen). Gegen letztere Meinung regte sich aber Widerstand in Form zweier Minderheitsanträge. Ein Antrag de Courten (svp, BL) sah den Sinn und Zweck des Bundesgesetzes nur dann erfüllt, wenn die E-Dossiers mit einer Übergangsfrist von 10 Jahren flächendeckend eingeführt werden. Eine Minderheit II Steiert (sp, FR) wollte eine pragmatische Lösung eines Zwischenwegs vorschlagen. Demnach soll zwar ein Obligatorium statuiert werden, jedoch ohne Frist für Ärztinnen und Ärzte. Dieser Kompromiss fand jedoch keinen Zuspruch. In der zweiten Abstimmung, nun stand der Minderheitsantrag de Courten dem Mehrheitsantrag der SGK gegenüber, siegte das Obligatorium (de Courten) mit 115 zu 67 Stimmen recht deutlich. „Ganz oder gar nicht”, schien also die Devise im Nationalrat zu sein.