In der Herbstsession 2016 behandelte der Ständerat als Erstrat das Stabilisierungsprogramm 2017-2019. Roberto Zanetti (sp, SO) stellte einen Minderheitsantrag auf Rückweisung, der den Auftrag an den Bundesrat beinhaltete, die Berechnung des Konjunkturfaktors an die makroökonomischen Gegebenheiten anzupassen und entsprechend die Handhabung der Schuldenbremse zu überprüfen. Die kleine Kammer lehne diesen Antrag mit 31 zu 13 Stimmen und der Begründung ab, dass die Schuldenbremse nicht in Frage gestellt werden sollte. Bei der Behandlung des Programms reduzierte der Ständerat die Sparanstrengungen des Bundesrates deutlich. Während der Bundesrat Einsparungen von CHF 796 Mio. (2017), CHF 898 Mio. (2018) und CHF 978 Mio. (2019) vorgesehen hatte, verringerte die kleine Kammer diese auf CHF 652 Mio. (2017), 637 Mio. (2018) und 702 Mio. (2019). Insbesondere bezüglich der Landwirtschaft und der Bildung zeigte sich der Ständerat grosszügig: Bei der Landwirtschaft strich er sämtliche Sparmassnahmen bei den Direktzahlungen (CHF 62-69 Mio. jährlich), da die Einkommen der Bauern – wie Peter Hegglin (cvp, ZG) argumentierte – bereits sehr tief wären und sich Letztere gerade erst auf die neuen Zielsetzungen, Grundlagen und Rahmenbedingungen der Agrarpolitik 2014-2017 eingestellt hätten. Unverändert beliess der Ständerat die Vorlage des Bundesrates bezüglich der Investitionskredite und der landwirtschaftlichen Strukturverbesserungen. Bei den Bildungsausgaben reduzierte er den vom Bundesrat vorgeschlagenen Sparbetrag um CHF 74-108 Mio. und folgte damit dem Antrag Noser (fdp, ZH) als Sprecher der WBK-SR. Als Kantonsvertreter verzichtete der Ständerat zudem gegen den Willen des Bundesrates darauf, die Integrationsbeiträge an die Kantone sowie die Bundesanteile an den Krankenkassenprämien-Verbilligungen zu reduzieren, da dies zu einer Mehrbelastung der Kantone geführt hätte. Zusätzlich zu den vom Bundesrat vorgeschlagenen Sparanstrengungen wollte die FK-SR hingegen bei der Entwicklungshilfe sparen. Als Befürworter dieser zusätzlichen Reduktion um weitere CHF 100 Mio. argumentierte zum Beispiel Philipp Müller (fdp, AG), dass die diesbezüglichen Ausgaben in den letzten Jahren stetig angestiegen seien, ihre Wirkung hingegen fraglich sei. Werner Hösli (svp, GL) ergänzte, dass die bisherigen Zahlungen offensichtlich die steigenden Asylkosten nicht hatten verhindern können. Christian Levrat (sp, FR) rief dementgegen in Erinnerung, dass das Parlament die APD-Quote – also den prozentualen Anteil der öffentlichen Entwicklungshilfe am Bruttonationaleinkommen – im Februar 2011 auf 0,5 Prozent des Bruttonationaleinkommens (BNE) erhöht hatte. Zudem könne die zusätzliche Reduktion gemäss Bundesrat Burkhalter zur Streichung ganzer Projekte in Nordafrika, dem Mittleren Osten und Afghanistan führen. Knapp entschied sich der Ständerat mit 25 zu 19 Stimmen gegen seine Kommission und erhöhte den Sparbetrag bei der Entwicklungshilfe nicht zusätzlich. In der Wintersession 2016 befasste sich der Nationalrat mit diesem Geschäft.

Im Vorfeld der Beratungen zum EP 04 lehnte der Nationalrat eine Motion seiner Finanzkommission (Mo. 05.3005) ab, die forderte, mittels Korrekturen bei den Ausgaben bereits im Jahr 2006 ein ausgeglichenes Budget zu präsentieren und bekräftigte damit die vom Parlament beschlossene Strategie, den Haushaltsausgleich erst 2007 zu realisieren. Beim EP 04 verlangten Grüne und SP vergeblich Nichteintreten resp. Rückweisung der Vorlage an den Bundesrat mit dem Auftrag, auch neue Einnahmen zu prüfen und das Sparvolumen auf einen Betrag zu kürzen, der das Wirtschaftswachstum nicht gefährde. In der Detailberatung scheiterte sowohl die Linke als auch die SVP mit ihren Anträgen, bei der Entwicklungs- und Osthilfe, der Armee, der Kultur- und der Wohnbauförderung sowie im Asylwesen auf Kürzungen zu verzichten bzw. weitere Einsparungen vorzunehmen. Der Nationalrat folgte mit wenigen Ausnahmen dem Bundesrat und den Vorgaben des Ständerates. Wie die kleine Kammer hielt er an der Rückerstattung der Mineralölsteuer fest (-273 Mio) und billigte die Mindereinsparungen beim regionalen Personenverkehr (-40 Mio). Gutgeheissen wurden auch die zusätzlichen Kürzungen bei der Verwaltungsreform (+70 Mio) und den Personalausgaben (+150 Mio); eine links-grüne Mehrheit hatte das Personal mit Hinweis auf bisher erbrachte Opfer und die Gefährdung der Sozialpartnerschaft verschonen wollen, während die SVP Einsparungen von 225 Mio beantragt hatte. Differenzen zum Erstrat schuf die grosse Kammer in folgenden Bereichen: Mit deutlicher Mehrheit wehrte sie sich gegen die Übertragung von Immobilien vom Bund an die ETH mit dem Argument, eine derart weitreichende Gesetzesänderung gehöre nicht in ein Entlastungsprogramm; Bundesrat Merz hatte vergeblich dargelegt, das Geschäft sei im Zusammenhang mit der Teilrevision des ETH-Gesetzes bereits angedacht worden und stelle für die ETH-Leitung einen Anreiz dar, sparsamer, kostenbewusster und gezielter mit diesen Bauten umzugehen, als dies von der Bundesverwaltung in Bern aus geschehe. Gegen den Willen des Bundesrates folgte die grosse Kammer einem Einzelantrag Noser (fdp, ZH) und schonte die universitären Hochschulen noch mehr als der Ständerat (-90 Mio), um einen Ausgleich zur nicht erfolgten Übertragung der Immobilien an die ETH zu schaffen. Hingegen lehnte es der Rat ab, die Kürzung der nicht werkgebundenen Strassenbeiträge aufzuheben (-174 Mio) und beim Nationalstrassenunterhalt zusätzliche Einsparungen (+80 Mio) vorzusehen. Zusätzliche Sparmöglichkeiten ortete die grosse Kammer zudem bei den Sachausgaben (+175 Mio) sowie den Bundesämtern für Bauten und Logistik (+45 Mio) resp. Bevölkerungsschutz (+30 Mio). Die Kommissionsanträge zu Einsparungen bei der Informatik und der Wohnbauhilfe wurden abgelehnt. Chancenlos blieben ferner zwei Anträge der Linken, eine Untersuchung der Wirksamkeit des EP 04 und seiner Folgen auf Kantone, Gemeinden, Bundeshaushalt und Volkswirtschaft resp. eine Überprüfung der geschlechterspezifischen Auswirkungen des EP 04, des EP 03 und der Aufgabenverzichtsplanung vorzunehmen. Der Nationalrat übertraf die Zielvorgabe des Bundesrates um knapp 80 Mio Fr. (Inklusive Kantonsanteil Mineralölsteuer (+27 Mio)). Das Entlastungsprogramm 2004 passierte die Gesamtabstimmung mit 95:62 Stimmen bei 2 Enthaltungen, die Verordnung zu den Medizinalprüfungen mit 140:10 Stimmen bei 9 Enthaltungen.