Entgegen dem Nationalrat lehnte der Ständerat in der Wintersession 2019 die Motion Graf-Litscher (sp, TG) für die Schaffung eines gesetzlich verpflichtenden Grundschutzes für kritische Strominfrastrukturen gegenüber Cyberangriffen und relevanten Naturgefahren stillschweigend ab. Zuvor hatte die einstimmige UREK-SR wie auch der Bundesrat dafür plädiert, die Motion abzulehnen. Kommissionssprecher Martin Schmid (fdp, GR) erklärte in der kleinen Kammer, weder der Bundesrat noch die ständerätliche Kommission stellten das Ziel der Motionärin infrage, sie sähen jedoch den gesetzgeberischen Handlungsbedarf nicht mehr gegeben. So seien beispielsweise mit der nationalen Strategie zum Schutz kritischer Infrastrukturen 2018–2022 oder mit dem revidierten Energiegesetz, das erst nach Einreichen dieses Vorstosses in Kraft getreten sei und das einige Anpassungen in den Bereichen Datensicherheit erfahren habe, bereits ausreichende Massnahmen erarbeitet worden, um den Schutz dieser wichtigen Infrastrukturen vor Cyberangriffen zu verbessern, erklärte Schmid im Plenum.

Nachdem der Nationalrat bezüglich des Bundesgesetzes über die steuerliche Behandlung finanzieller Sanktionen entgegen dem ersten Entscheid des Ständerats einer steuerlichen Abzugsfähigkeit von ausländischen Bussen unter gewissen Bedingungen zugestimmt hatte, präsentierte die WAK-SR Anfang 2019 diesbezüglich einen neuen Vorschlag: Ausländische Bussen sollen nur dann abzugsfähig sein, wenn die Sanktionen gegen den schweizerischen Ordre public verstossen oder die der Sanktion zugrunde liegenden Handlungen auf gutem Glauben beruhten. Martin Schmid (fdp, GR) erklärte für die Kommission, dass man die Meinung des Nationalrats teile, dass für Zahlungen aufgrund von willkürlichen und unfairen ausländischen Gerichts- oder Verwaltungsentscheiden – zum Beispiel wenn elementare Verfahrensgrundsätze der EMRK oder des Uno-Paktes verletzt wurden – die Möglichkeit eines Abzugs von den Steuern geschaffen werden solle. Man habe daher eine «Zwischenvariante» zwischen den Versionen des Bundesrates und des Nationalrates vorgeschlagen, bei der es jedoch an den juristischen oder natürlichen Personen liege, solche Verfahrensmängel oder ein Verhalten nach gutem Glauben gemäss Artikel 3 ZGB nachzuweisen. Anita Fetz (sp, BS) reichte einen Rückweisungsantrag an die Kommission ein. Sie erklärte, dass sich Juristinnen und Juristen ausserhalb der Bundesverwaltung – im Unterschied zu ihren Kolleginnen und Kollegen innerhalb der Verwaltung – nicht einig gewesen seien, wie die Klausel bezüglich des «guten Glaubens» genau zu interpretieren sei, da sie viel Ermessensspielraum lasse. Deshalb solle die Kommission diesen Aspekt nochmals besprechen und falls nötig präzisieren. Zusätzlich wies sie darauf hin, dass diese Regelung für die Kantone einen grossen Mehraufwand mit sich bringen würde und dass diese entsprechend vorgängig angehört werden sollten. Letzteres Argument fand auch bei Finanzminister Maurer Anklang. Trotz zahlreicher Wortmeldungen, in denen sich Kommissionsmitglieder über den Rückweisungsantrag erstaunt zeigten und argumentierten, dass die offene Frage problemlos im Zweitrat diskutiert werden könnte, hiess der Ständerat den Antrag Fetz mit 21 zu 18 Stimmen (bei 1 Enthaltung) gut.

In der Herbstsession 2018 beschäftigte sich der Ständerat mit der Revision des Verrechnungssteuergesetzes, insbesondere mit den drei vom Nationalrat gegenüber der bundesrätlichen Botschaft geschaffenen Änderungen. Beim «Kernstück der Revision», wie es Kommissionssprecher Bischof (cvp, SO) ausdrückte, hatte sich die WAK-SR mit 9 zu 3 Stimmen auf die Seite des Nationalrats geschlagen: Nachmeldungen sollen nicht nur bis zum Ende der Einsprachefrist zur Veranlagung möglich sein, sondern auch, solange Veranlagungs- oder Nachsteuerverfahren noch nicht rechtskräftig abgeschlossen sind, die Veranlagung also noch hängig ist. Diese Möglichkeit gelte aber nicht endlos, erklärte Bischof dem Rat: Bereits mit der bisherigen Rechtsetzung sei eine Rahmenfrist von 3 Jahren im Regelfall vorgesehen. Finanzminister Maurer erachtete diese Änderung als problematisch: Die Steuerpflichtigen hätten die Pflicht, die Veranlagung zu prüfen, wodurch fahrlässig verursachte falsche Angaben bereits entdeckt werden sollten. Liesse man den Steuerpflichtigen aber so viel Spielraum, wie es der Nationalrat und die Kommission beabsichtigten, würden es einige Personen womöglich «darauf ankommen lassen». Dann könnten sie die Rückerstattungen der Verrechnungssteuer bei einer allfälligen Verfahrenseröffnung «in letzter Minute» noch geltend machen und dies als Fehler oder Unterlassung deklarieren. Auch eine Minderheit Levrat (sp, FR) sprach sich für die Regierungsvorlage aus. Das Argument der Befürworter der nationalrätlichen Lösung, wonach die Regelung nur für Fahrlässigkeit, nicht aber für Betrugsabsichten gelte, liess Levrat nicht gelten: Solche Betrugsabsicht könnten kaum je nachgewiesen werden, argumentierte er. Trotz dieser Einwände folgte der Ständerat der Mehrheit seiner Kommission mit 30 zu 13 Stimmen.
Ein weiterer Streitpunkt betraf das Inkrafttreten des neuen Gesetzes. Aufgrund verfassungsrechtlicher Bedenken und Unsicherheit darüber, ob eine generelle Rückwirkung bis zum 1. Januar 2014 – wie sie der Nationalrat beschlossen hatte – auch für rechtskräftig abgeschlossene Fälle gelten würde, reichte eine Minderheit um Martin Schmid (fdp, GR) einen Alternativvorschlag ein: Eine Rückwirkung soll dann möglich sein, wenn «über den Anspruch auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer noch nicht rechtskräftig entschieden worden ist.» Diesem Minderheitsantrag folgte der Ständerat mit 24 zu 18 Stimmen (bei 1 Enthaltung). Zudem nahm die kleine Kammer einen Änderungsantrag der Kommission bezüglich der Meldefrist für Gewinne aus Geldspielen an, da diesbezüglich eine Inkongruenz zum Geldspielgesetz bestanden hatte. In der Gesamtabstimmung stimmte die Ständekammer der Revision des Verrechnungssteuergesetzes mit 30 Stimmen bei 11 Enthaltungen zu.

Noch in der Herbstsession 2018 bereinigten die Räte die Verrechnungssteuerrevision. Ohne grosse Diskussionen folgte der Nationalrat der kleinen Kammer in allen restlichen Differenzen und stimmte der Vorlage stillschweigend zu. Mit 38 zu 1 Stimmen (bei 6 Enthaltungen) und 137 zu 55 Stimmen (bei 1 Enthaltung) nahmen die beiden Räte die Revision in den Schlussabstimmungen an, im Nationalrat sprachen sich die Fraktionen der SP und der Grünen geschlossen gegen die Vorlage aus.

Im Januar 2018 empfahl die WAK-NR die Motion Schmid (fdp, GR) zur Streichung der Pflicht, die Steuererklärung zu unterzeichnen, einstimmig mit einer Enthaltung zur Annahme. Die Kommission befürwortete den Vorstoss, da er eine rein elektronische Einreichung der Unterlagen erlaube, die Prozesse vereinfache, mit der Digitalisierung einhergehe und in einigen Kantonen bereits Tatsache sei. In der Frühjahrssession folgte der Nationalrat ohne Gegenantrag dem Bundesrat, dem Ständerat und seiner Kommission. Somit liegt es nun am Bundesrat, die dafür notwendigen Gesetzesänderungen zu erlassen, dabei aber auch die Beweissicherung und die Haftungsfrage zu regeln – wie die WAK-NR betont hatte.

Der Kanton Freiburg reichte im Sommer 2016 eine Standesinitiative für eine allgemeine Steueramnestie ein. Mittels der angeregten Gesetzesänderung sollen hinterzogene Vermögenswerte auf einfache Weise nachträglich deklariert werden können. Die Vorteile einer Steueramnestie seien vielfältig: Allen voran profitiere die öffentliche Hand von nicht unerheblichen Mehreinnahmen – bei der letzten Steueramnestie im Kanton Freiburg 1969 waren rund CHF 334 Mio. nachträglich besteuert worden. Zudem würden zahlreiche Bürger mit nicht deklarierten Vermögenswerten aufgrund der Entwicklungen auf internationaler Ebene sowie dem „bröckelnden Bankgeheimnis“ gerne ihre Vermögenswerte regularisieren. Folglich befürworteten der Staatsrat und der Grosse Rat des Kantons Freiburg eine Ausweitung solcher Möglichkeiten, seien in ihren Bestrebungen aber durch ein Urteil des Bundesgerichts gegen eine Steueramnestieregelung des Kantons Tessin zurückgebunden worden. Ein Rechtsgutachten habe zudem gezeigt, dass die Pläne des Kantons Freiburg mit der Bundesverfassung und dem StHG unvereinbar seien. Dies erhoffte sich der Kanton Freiburg mithilfe der Standesinitiative zu ändern.

Sowohl in der WAK-SR als auch anschliessend in der kleinen Kammer fand die Initiative keinen Anklang, da es bereits die Möglichkeit zur einmaligen straflosen Selbstanzeige von Steuersündern gebe. Martin Schmid (fdp, GR) erklärte in der Ständeratsdebatte zudem für die WAK-SR, dass eine Steueramnestie eines grundlegenden Systemwechsels beim Verrechnungssteuerrecht bedürfe. Zudem schade es der Steuermoral, wenn die geschuldeten Steuern nicht vollständig nachgezahlt werden müssten. Als Vertreter des Kantons Freiburg plädierte Beat Vonlanthen (cvp, FR) dennoch für eine Annahme der Initiative. Er wagte sich an heikle ethische Fragen, wie "Ist eine generelle Steueramnestie ethisch vertretbar?". Um solche Fragen diskutieren zu können und folglich eine generelle Steueramnestie nicht grundsätzlich auszuschliessen, bat er den Ständerat, der Initiative Folge zu geben. Vom zweiten Freiburger Vertreter im Ständerat, Christian Levrat (sp, FR), erfuhr Vonlanthen keine Unterstützung: Dieser störte sich daran, dass der Ständerat zwei Stunden zuvor auf eine Revision des Steuerstrafrechts verzichtet hatte, weil in der Schweiz so eine ausserordentlich grosse Fiskalmoral herrsche, jetzt aber dennoch eine Steueramnestie nötig sei. Stattdessen schloss sich Beat Rieder (cvp, VS) dem Freiburger Anliegen mit einem Plädoyer für die Steuerhoheit der Kantone an. Diese sei mit der Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden beschnitten worden, nun müsse man den Mut haben, sie den Kantonen in dieser spezifischen Frage zurückzugeben. Der Ständerat entschied sich jedoch mit 34 zu 7 Stimmen (1 Enthaltung) gegen eine solche Änderung und gab der Initiative keine Folge.

In der Herbstsession 2017 beriet der Ständerat als Zweitrat das Bundesgesetz über die Stempelabgaben. Martin Schmid (fdp, GR) im Namen der WAK-SR und Finanzminister Maurer betonten einerseits die Wichtigkeit der Vorlage für den Schweizer und insbesondere den Tessiner Finanzplatz und strichen andererseits die eindeutige Annahme im Erstrat hervor. Diesem Beispiel folgte auch der Ständerat und nahm den Entwurf einstimmig an (43 zu 0). In den Schlussabstimmungen gab es keine Überraschungen mehr, beide Kammern bestätigten ihre vorangegangenen Entscheide einstimmig.

Martin Schmid (fdp, GR) reichte im Mai 2017 eine Motion zur Streichung der Pflicht, die Steuererklärung zu unterzeichnen, ein, was eine Änderung des DBG, des StHG sowie des Verrechnungssteuergesetzes mit sich bringen würde. Dies sollte die Erstellung einer elektronischen Steuererklärung, wie sie vielerorts bereits möglich ist, vereinfachen. Bisher müssen die Steuerpflichtigen auch bei elektronischer Übermittlung der Steuererklärung ihre Angaben über das steuerbare Einkommen und Vermögen sowie über die beantragte Rückerstattung der Verrechnungssteuer unterzeichnen. Dennoch verzichteten bereits heute mehrere Kantone auf die Unterschrift. Dies solle nun mit einer Gesetzesänderung legalisiert werden. Diese Forderung unterstützte auch der Bundesrat, nicht zuletzt, da dieser gemäss Bundesrat Maurer die Digitalisierung erst vor Kurzem zur Chefsache erklärt habe. Der Finanzminister verwies zudem auf die Aktivitäten des Bundesrates bezüglich der elektronischen Identität, die dem Parlament vermutlich noch im Jahr 2017 vorgelegt würden. Stillschweigend nahm der Ständerat die Motion an.

Der Kanton Basel-Landschaft hatte am 28. September 2015 eine Standesinitiative zur Vereinfachung des Steuersystems bei den direkten Steuern eingereicht, die in der Wintersession 2016 vom Ständerat behandelt wurde. Diese sah vor, das Bundesgesetz über direkte Bundessteuer (DBG) sowie das Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG) so zu vereinfachen, dass die gesetzlichen Grundlagen leichter verständlich werden und das Ausfüllen der Steuererklärung sowie ihre Überprüfung weniger Zeit in Anspruch nehmen würden. Ausdrücklich erwähnt wurden dabei drei Aspekte: Der Eigenmietwert sowie der Hypothekarzinsenabzug sollten abgeschafft, die allgemeinen (anorganischen) Abzüge aufgehoben und die Ausscheidungs- und Bewertungsregeln bei der interkantonalen Besteuerung sollten so weit wie möglich einheitlich festgelegt werden. Mehrerträge aus diesen Vereinfachungsmassnahmen sollten durch eine entsprechende Anpassung des Steuertarifs verhindert werden. Gegenüber den Kantonen seien hingegen keine Vorschriften zu erlassen, damit die Vereinfachung die kantonale Tarifhoheit nicht gefährde. Martin Schmid (fdp, GR) empfahl für die WAK-SR die Ablehnung der Standesinitiative, unter anderem weil die Kommission die vollständige Aufhebung der (anorganischen) Abzüge ablehne und die Frage der Wohneigentumsbesteuerung bereits in der Motion Egloff und einer Motion der RL-Fraktion beraten werde. Er wies des Weiteren darauf hin, dass seit 2005 18 Vorstösse zur Vereinfachung der Steuererhebung eingereicht worden seien. Zwar wünschten sich gemäss Schmid alle Parlamentarierinnen und Parlamentarier eine Vereinfachung, in der Realität sorge aber das Parlament selbst für eine weitere Verkomplizierung, so dass die Kommission nicht mit einer konsensfähigen Lösung rechne. In der Folge sprach sich der Ständerat mit 22 zu 4 Stimmen bei einer Enthaltung gegen die Standesinitiative aus. Als nächstes wird sich der Nationalrat mit dem neusten Vorschlag zur Vereinfachung des Steuersystems befassen.

Der Kanton Neuenburg hatte am 1. Oktober 2014 die Standesinitiative „Familienbesteuerung. Anpassung der Gesetzgebung an die neuen Familienformen“ eingereicht, die der Ständerat in der Wintersession 2016 beriet. Der Kanton Neuenburg hatte beantragt, dass die gesetzlichen Grundlagen für die Familienbesteuerung den veränderten Familienmodellen angepasst werden sollten. Insbesondere die Ungleichheiten in der Besteuerung der Alimente an minderjährige und volljährige Kinder sowie in den Abzugsregelungen für verheiratete, unverheiratete und geschiedene Paare sollten harmonisiert werden. Für die WAK-SR erläuterte Martin Schmid (fdp, GR) die Stellungnahme des Bundesrates zur Motion Maire (sp, NE) vom 18. Juni 2014 (Mo. 14.3468), die sich weitgehend mit der Standesinitiative des Kantons Neuenburg deckt (genauso wie das Postulat 14.3292). Der Bundesrat hatte argumentiert, dass die Alimentenleistungen an volljährige Kinder von diesen versteuert werden müssten, wenn sie von den Alimentengebern als Steuerabzüge geltend gemacht werden könnten. Dies würde jedoch keiner sachgerechten Besteuerung entsprechen. Bezüglich der ungleichen Kinderabzüge zwischen verheirateten, unverheirateten und geschiedenen Eltern verweist der Bundesrat auf einen früher geltenden Bundesratsbeschluss über die Erhebung einer direkten Bundessteuer (BdBSt), gemäss dem die Unterhaltszahlungen an Kinder nicht abgezogen werden konnten, die bezogenen Leistungen aber entsprechend auch nicht versteuert werden mussten. Diese Regelung war aber als ungerecht empfunden worden, weil ohne Abzug der Unterhaltszahlungen Einkommen versteuert werden musste, das in der Realität gar nicht zur Verfügung stand. Schliesslich würde eine solche Regelung eine Vielzahl an Anpassungen in den Scheidungskonventionen und Unterhaltsverpflichtungen nach sich ziehen, was ebenfalls für eine Ablehnung des Vorschlags spreche. Aufgrund der Mehrheitsverhältnisse im Rat verzichtete Didier Berberat (sp, NE) als Vertreter des Kantons Neuenburg auf einen Minderheitsantrag auf Folgegeben, der Ständerat lehnte die Standesinitiative entsprechend stillschweigend ab.

In der Sommersession 2016 kam der Ständerat auf die Energiestrategie 2050 zurück. Der Präsident der UREK-SR, Werner Luginbühl (bdp, BE), wies bei der Eröffnung der Debatte darauf hin, dass die Differenzbereinigung nur schleppend vorangehen und weiterhin 15 Differenzen bestehen würden, jedoch nur vier Differenzen als schwerwiegend anzusehen seien. Gerade in der ersten Differenz, dem Richtwert zum Zubau erneuerbarer Energien, hielt der Ständerat am eigenen, tieferen Wert fest. Die zweite (eine nach Luginbühl gewichtige) Differenz bestand beim Verhältnis von Kraftwerksanlagen und Landschaftsschutz. Die Kommissionsmehrheit wollte an der ständerätlichen Fassung festhalten, welche das nationale Interesse an Energieanlagen als "grundsätzlich gleichrangig" zum Landschaftsschutz stellt (und nicht als "gleichrangig", wie der Nationalrat dies beschloss) und in Differenz zum Bundesrat auch festhält, dass der "Kern des Schutzwertes" eines geschützten Objekts nicht verletzt werden dürfe. Eine Minderheit Vonlanthen (cvp, FR) wollte gemäss Bundesrat beschliessen, da der "Kern des Schutzwertes" ein unbestimmter Rechtsbegriff sei und damit Rechtsunsicherheit verursache. Die Minderheit setzte sich mit 31 zu 12 Stimmen bei 2 Enthaltungen durch und verkleinerte damit die Differenz zum Nationalrat. In der Abnahme- und Vergütungspflicht bei der Einspeisung netzgebundener Energie hielt der Ständerat an der bundesrätlichen Fassung fest und hielt also die Differenz zum Nationalrat aufrecht: Die Abnahmepflicht soll nur für Anlagen bis zu einer Leistung von 3 Megawatt gelten. In der Differenz zur Förderuntergrenze bei Wasserkraftanlagen schwenkte der Ständerat auf die Fassung des Nationalrates ein: Wasserkraftwerke sollen erst ab einer Leistung von einem Megawatt gefördert werden. Die Minderheit Vonlanthen (cvp, FR) wurde der Kommissionsmehrheit mit 26 zu 18 Stimmen (keine Enthaltungen) vorgezogen. Der Nationalrat hatte die Möglichkeit, den Vergütungssatz für eingespeiste Energie durch eine Auktion zu ermitteln, gestrichen. Der Ständerat hielt aber daran fest, da Auktionen aus ökonomischer Sicht sinnvoll seien. Auch bei den vom Nationalrat gestrichenen Sanktionen bei Nichterreichen der Produktionsziele hielt der Ständerat an seinem früheren Entscheid gemäss Bundesrat fest. Der Ständerat übernahm das Marktprämienmodell des Nationalrates zur Stützung der Grosswasserkraft, jedoch ohne die Zweckbindungsklausel und mit einem zusätzlichen Artikel, welcher den Bundesrat verpflichtet, dem Parlament bis 2019 einen Erlassentwurf für die Einführung eines marktnahen Modells vorzulegen. Auch beim Artikel zum Auslaufen der KEV folgte der Ständerat dem Nationalrat. In der Frage von Regelungen zu Heizungen und Grossfeuerungen hielt die kleine Kammer jedoch am Streichen des Artikels 45a fest, um die Kompetenzenordnung zwischen Bund und Kantonen nicht zu stören. Während die Kommissionsmehrheit die Anrechenbarkeit von Biogas als erneuerbare Energie regeln wollte, störte sich eine Minderheit Vonlanthen (cvp, FR) am bürokratischen Aufwand, den eine solche Regelung mit sich bringen würde. Obschon auch Bundesrätin Leuthard darum bat, der Minderheit zu folgen und gemäss Nationalrat und Bundesrat zu entscheiden, obsiegte die Kommissionsmehrheit mit 22 zu 18 Stimmen und erhielt damit die Differenz. Auf die Linie des Nationalrates schwenkte der Ständerat in der Frage der Verknüpfung von Energiestrategie 2050 und Atomausstiegs-Initiative ein: Obschon die Energiestrategie 2050 auch als Gegenvorschlag zur Atomausstiegs-Initiative der Grünen gedacht ist, soll mit der Publikation im Bundesblatt nach der Schlussabstimmung nicht auf die Volksabstimmung über die Initiative gewartet werden. Mit dem Ablauf der maximal möglichen Verlängerungsfrist kommt die Atomausstiegs-Initiative im November 2016 zur Abstimmung. Die Aufhebung der Verknüpfung der beiden Geschäfte sei deshalb ohne Nachteil und erlaube es, das Gesetz rund ein halbes Jahr früher in Kraft zu setzen, als bei Beibehaltung der Verknüpfung, betonte Bundesrätin Leuthard in dieser Frage. Die Minderheit Cramer (grüne, GE) setzte sich nach diesem Votum mit 25 zu 17 Stimmen gegen die Kommissionsmehrheit durch, welche an der Verknüpfung der Geschäfte festhalten wollte. In der Frage der steuerlichen Abzugsfähigkeit von Gebäudesanierungen und Ersatzneubauten - der nach Luginbühl gewichtigsten Differenz - stellte sich die UREK-SR gegen die vom Nationalrat vorgesehenen "Steuergeschenke", da ein Steuerausfall von mehreren hundert Millionen Franken resultieren würde, die Mitnahmeeffekte gross seien und der Nutzen im Vergleich zu Subventionen gering ausfalle. Die Kommission beantragte dem Rat daher, den Artikel komplett zu streichen. Eine Minderheit Schmid (fdp, GR) störte sich jedoch daran, dass Sanierungen von alter Bausubstanz steuerlich absetzbar seien, die Abrisskosten aber nicht - dies sei unlogisch, zumal ein Ersatzneubau energetisch besser sei, als ein sanierter Altbau. Der Minderheitsantrag sah deshalb vor, die Abrisskosten in die Liste der abzugsberechtigten Sanierungsmassnahmen aufzunehmen. Diesem Vorschlag, der auch als Brücke zum Nationalrat gedacht war, stimmte der Rat mit 26 zu 14 Stimmen bei 4 Enthaltungen zu. Eine letzte kleine Differenz blieb bestehen im Stromversorgungsgesetz: Der Ständerat hielt an einem Zusatz fest, der verhindern soll, dass Kleinstproduzenten ein hohes Netzentgelt zahlen müssen. Der Nationalrat wird sich in der Herbstsession 2016 wieder der Energiestrategie 2050 annehmen.

Im Dezember 2015 befasste sich der Ständerat erstmals mit dem Bundesgesetz über die Unternehmenssteuerreform III (USR III), das der Bundesrat im Juni präsentiert hatte und mit dem er den Unternehmensstandort Schweiz zu stärken beabsichtigte. Der Vorschlag des Bundesrats verfolgte zwei Stossrichtungen: Zum einen sollten die international nicht mehr akzeptierten Steuerermässigungen von Holding-, Domizil- und gemischten Gesellschaften abgeschafft werden, zum andern plante der Bundesrat, die Kantone bei der Senkung der Gewinnsteuersätze, die formell kein Bestandteil der USR III waren, finanziell zu unterstützen. Die Stossrichtungen der Vorlage waren in ihren Grundzügen in der kleinen Kammer unbestritten. In den Detailfragen beschlossen die Ständerätinnen und Ständeräte indes einige Differenzen zum Bundesrat. Mit 26 zu 19 Stimmen folgten sie dem Antrag der vorberatenden Wirtschaftskommission (WAK-SR), die sich mit 7 zu 4 Stimmen für die Beibehaltung der Emissionsabgaben auf Eigenkapital ausgesprochen hatte. Dies sei kein zentraler Punkt der Reform. Zudem liessen sich so jährlich rund CHF 230 Mio. sparen, argumentierte Ständerat Zanetti (sp, SO) im Namen der Kommissionsmehrheit. Eine Minderheit Keller-Sutter (fdp, SG) hatte für den Vorschlag des Bundesrats Partei ergriffen – erfolglos. Auch bei der Frage, wie hoch Dividenden künftig besteuert werden sollten, schuf der Ständerat eine Differenz zur Regierung. Der Antrag der WAK-SR, dem Vorschlag des Bundesrates zu folgen und die Teilbesteuerung von Dividenden auf 70% zu vereinheitlichen, scheiterte mit 19 zu 26 Stimmen an einem Minderheitsantrag Schmid (fdp, GR), der den Kantonen in dieser Frage weiterhin die Federführung überlassen wollte. Die Erhöhung hätte dem Bund CHF 100 Mio. und den Kantonen rund CHF 330 Mio. Mehreinnahmen pro Jahr beschert. Eine Minderheit Fetz (sp, BS), die Dividenden zu 100% besteuern wollte, war in der kleinen Kammer indes chancenlos. Wenig überraschend stimmten die Standesvertreter mit 35 zu 6 Stimmen bei 4 Enthaltungen einem Kommissionsantrag, die Kantonsanteile an der direkten Bundessteuer statt nur auf 20,5 direkt auf 21,2% zu erhöhen, zu. Dadurch sollten die Kantone zusätzlichen Spielraum zur Senkung der kantonalen Gewinnsteuersätze erhalten. Dem Bund gingen dadurch rund CHF 150 Mio. jährlich verloren. Eine weitere Differenz schuf der Ständerat im Bereich des Steuerabzugs von Aufwendungen für Forschung und Entwicklung. Mit 25 zu 19 Stimmen hiess er einen Antrag seiner WAK-SR gut, die sogenannte Inputförderung auf 150% der F&E-Mittel zu begrenzen. Die Kommission wollte damit der Gefahr einer Nullbesteuerung und eines zu starken kantonalen Steuerwettbewerbs begegnen. Ohne Erfolg blieb indes der Antrag einer Minderheit Germann (svp, SH), die eine zinsbereinigte Gewinnsteuer in die Vorlage aufnehmen wollte. Die Bedenken der Kommissionsmehrheit zur internationalen Akzeptanz einer solchen Massnahme und zu den drohenden Mindereinnahmen bei Bund (CHF 270 Mio.) und Kantonen (CHF 350 Mio.) teilten in der ersten Beratungsrunde 30 der 44 abstimmenden Ständeräte. Dies passte zum Grundtenor der ersten ständerätlichen Beratungsrunde, das "Fuder nicht überladen" zu wollen.

In der Herbstsession 2015 verhandelte der Ständerat als Zweitrat das erste Massnahmenpaket der Energiestrategie 2050. Während die UREK-SR dem Rat das Eintreten empfahl, verlangte eine Minderheit Hösli (svp, GL) Nichteintreten und ein Antrag Hefti (fdp, GL) die Rückweisung der Vorlage an die UREK-SR mit dem Auftrag, den Wirtschaftsstandort Schweiz nicht übermässig durch Förderabgaben zu belasten und die Regulierungsdichte in der Vorlage zu senken. In der Eintretensdebatte wurde von verschiedenen Seiten die grosse Arbeit verdankt, welche die UREK-SR in dieser Sache geleistet habe. Obschon in jedem Votum der Eintretensdebatte gewisse Vorbehalte vorgetragen wurden, so begrüssten doch ausser den Antragstellern Hösli und Hefti alle das Eintreten auf das von Ständerätin Bruderer Wyss (sp, AG) als "Generationenvorlage" bezeichnete Geschäft. In der Abstimmung wurde mit grosser Mehrheit Eintreten beschlossen, die Minderheit Hösli (Nichteintreten) erhielt nur 2 Stimmen, der Rückweisungsantrag Hefti 3 Stimmen.
In der Detailberatung schlug die Kommission vor, den Richtwert der durchschnittlichen inländischen Produktion im Jahre 2035 auf mindestens 11 400 Gigawattstunden zu legen, was realistischer sei als die vom Bundesrat vorgeschlagenen und vom Nationalrat übernommenen 14 500 GWh. Eine Minderheit Bruderer Wyss (sp, AG) wollte an der Version des Nationalrates festhalten und eine Minderheit Theiler (fdp, LU) wollte den Richtwert ganz aus der Vorlage streichen. Der Antrag für den höheren Richtwert unterlag dem Kommissionsantrag mit 16 zu 27 Stimmen, der Antrag auf Streichen wurde mit 32 zu 11 Stimmen abgelehnt.
Zwei Minderheitsanträge Hösli (svp, GL), welche die Richtziele in Energie- und Stromverbrauch gegenüber der Mehrheit tiefer ansetzen wollten, wurden ebenfalls abgelehnt. Einen Einzelantrag Gutzwiller (fdp, ZH), welcher die vom Nationalrat gekippte bundesrätliche Bestimmung zur Prüfung von Alternativen beim Bau eines neuen fossil-thermischen Kraftwerks wieder aufnehmen wollte, wurde mit 21 zu 19 Stimmen abgelehnt. Während die Kommissionsmehrheit an der bundesrätlichen Vorgabe eines Energie-Richtplanes festhalten wollte, verlangte eine Minderheit Imoberdorf (cvp, VS) die Zustimmung zum Nationalrat, welcher diese Vorgabe gekippt hatte. Imoberdorf beklagte, der Bund mische sich mit der bundesrätlichen Bestimmung in die raumplanerische Kompetenz der Kantone ein. Obschon Bundesrätin Leuthard diese Einmischung des Bundes bestritt, folgte die kleine Kammer mit 25 zu 15 Stimmen der Minderheit und dem Nationalrat. Eine Minderheit Hösli (svp, GL) wollte dem Nationalrat auch darin folgen, in einem Zusatz zu Artikel 13 die Unterstützung der Kantone durch den Bund festzuhalten. Weil dies nach der zuvor abgelehnten Regelung sinnvoll sei, sprach sich auch Bundesrätin Leuthard dafür aus und der Antrag wurde mit 32 zu 10 Stimmen bei 3 Enthaltungen angenommen. Die kleine Kammer folgte dem Nationalrat in den ersten beiden Absätzen des Artikels 14, welcher die Nutzung erneuerbarer Energie als nationales Interesse einstuft und die Grundlage zur Interessenabwägung beim Neubau von Kraftwerken in Schutzgebieten legt. Allerdings schuf die kleine Kammer auch eine Differenz zur grossen, indem sie bei den zwei weiteren Absätzen des Artikels dem Bundesrat folgte und sich dabei für die Anhörung von Umwelt- und Heimatschutzverbänden aussprach. In diesem Zusammenhang wurde auf die parlamentarische Initiative Eder (fdp, ZG) verwiesen, deren Anliegen damit teilweise begegnet wurde.
Bei Artikel 17 strich der Ständerat die Absätze, welche der Nationalrat eingefügt hatte, mit der Begründung, die Abnahmepflicht von Strom zu staatlich vorgegebenen Preisen sei zu bürokratisch. Eine Differenz zur grossen Kammer schuf der Ständerat weiter auch bei Artikel 18, in welchem die Kommission des Ständerates das Konzept des Eigenverbrauchs gemäss den Anforderungen der Praxis klarer regeln wollte. Die Kommission hatte zusammen mit Fachleuten und dem Verband Schweizerischer Elektrizitätsunternehmen sowie Nationalrat Grossen (glp, BE), dessen diesbezüglicher Antrag im Nationalrat angenommen worden war, eine Lösung gefunden, welche auch von Bundesrätin Leuthard gutgeheissen und vom Ständerat ohne Einwände angenommen wurde. Leuthard wies in diesem Zusammenhang auf die angenommene parlamentarische Initiative der UREK-NR hin. Während die Kommissionsmehrheit in der Frage der Förderung von Kleinwasserkraftwerken eine Untergrenze bei der Leistung von 300 Kilowatt setzen wollte, verlangte eine Minderheit Luginbühl (bdp, BE) eine Untergrenze von 1 Megawatt. Luginbühl begründete dies mit den hohen Förderkosten, die einer kleinen Leistung gegenüberstünden. Unterstützung erhielt der Antrag von Ständerat Zanetti (sp, SO), welcher als "Vertreter der Fische" um eine höhere Fördergrenze bat. Alle weiteren Voten von links bis rechts hielten fest, dass es eben auch die Kleinkraftwerke brauche, um den Atomstrom zu ersetzen. Die Minderheit Luginbühl unterlag in der Abstimmung schliesslich mit 18 zu 25 Stimmen. Ein Einzelantrag Graber (cvp, LU) wollte Kleinproduzenten von der Direktvermarktung befreien: Kleinproduzenten mit weniger als 1 Megawatt Leistung sollen vom Netzbetreiber den Referenzmarktpreis für den produzierten Strom erhalten, da der Aufwand der Selbstvermarktung gemessen an der Produktion zu hoch sei. Der Ständerat verwarf den Antrag Graber und folgte im übrigen der Fassung des Bundesrates, was die Schaffung einer Differenz zum Nationalrat bedeutete. In Artikel 22 wich die kleine Kammer erneut von der nationalrätlichen Fassung ab: Sie strich die Festlegung der maximal anrechenbaren Gestehungskosten auf höchstens 20 Rappen pro Kilowattstunde. Ein Antrag Schmid (fdp, GR), der günstige Bundesdarlehen für neue Wasserkraftwerke ermöglichen wollte, wurde kontrovers diskutiert und schliesslich mit 23 zu 22 Stimmen abgelehnt. Die ständerätliche Kommission hatte neu ein als Notfalllösung ausgelegtes Konzept zur Unterstützung der Grosswasserkraft aufgenommen. Grosswasserkraftwerke, die aufgrund der schwierigen Marktlage in finanzielle Probleme geraten, sollen für eine beschränkte Zeit Unterstützung erhalten - dies, weil die Grosswasserkraft weiterhin eine zentrale Rolle im schweizerischen Energiehaushalt einnehmen soll und Konkurse die Versorgungssicherheit gefährden könnten. Die UREK-S schlug vor, die Unterstützung auf jährlich CHF 120 Mio. zu beschränken sowie eine maximale Unterstützungsdauer von 5 Jahren festzulegen. Die Finanzierung soll über den Netzzuschlagsfonds sowie über eine Wasserzinsreduktion erfolgen. Laut Kommissionssprecher Bischofberger (cvp, AI) soll eine Differenz zum Nationalrat geschaffen werden, damit eine Lösung für die sich akzentuierenden Probleme der Grosswasserkraft vertieft geprüft werden können. Gegen diese Kommissionsmehrheit wandte sich eine Minderheit I Imoberdorf, die nur die Finanzierung ändern wollte - keine Wasserzinsreduktion, stattdessen grössere Beiträge aus dem Netzzuschlagfonds - und eine Minderheit II Theiler, die im Vertrauen auf die Marktkräfte ganz auf die vorgeschlagene Notfallunterstützung verzichten wollte. Ein Einzelantrag Engler (cvp, GR) wollte die Grosswasserkraft substanziell an den KEV-Beiträgen teilhaben lassen, wurde aber vor der Abstimmung zurückgezogen. Die beiden Minderheitsanträge unterlagen mit 33 zu 11 und mit 32 zu 11 Stimmen bei einer Enthaltung. Die Kommission schlug weiter Regelungen vor, um Rückerstattungen des Netzzuschlages zu begrenzen und auf stromintensive Unternehmen zu beschränken. Eine Minderheit Hösli (svp, GL) wollte die Rückerstattung des Netzzugschlages für Unternehmen in förderungswürdigen Regionen verstärken und ein Einzelantrag Germann (svp, SH) verlangte, dass alle Grossverbraucher dann eine Rückerstattung des Netzzuschlages erreichen können, wenn sie interne Massnahmen für Energieeffizienz nachweisen. Sowohl Kommissionssprecher Bischofberger wie auch Bundesrätin Leuthard wiesen darauf hin, dass es hier um die Finanzierung der KEV gehe und nicht um Wirtschaftsförderung und schon gar nicht um Regionalpolitik. Die Grossverbraucher profitierten schon heute gegenüber den KMU, weil sie auf dem liberalisierten Markt einkaufen können. Könnten sie ihre Netzzuschläge zurückforden, müssten die Abgaben von kleineren Unternehmen und von Haushalten höher sein, um die angestrebte Alimentation der KEV zu erreichen. Sowohl der Minderheits- wie auch der Einzelantrag wurden in der Abstimmung deutlich verworfen. In Abweichung vom Nationalrat wollte die Kommissionsmehrheit die Kompetenzen zur Ausgestaltung von Vorschriften im Gebäudebereich den Kantonen überlassen. Ein Antrag Hess (fdp, OW) wollte in dieser Frage die nationalrätliche Fassung beibehalten und eine Minderheit Bruderer Wyss (sp, AG) verlangte, dass die von der Kommissionsmehrheit abgelehnten Regelungen zu effizienten Geräten, zur Haustechnik und zur Energieverbrauchserfassung beibehalten werden. Während der Minderheitsantrag Bruderer Wyss abgelehnt wurde, erklärte eine Ratsmehrheit mit Unterstützung von Bundesrätin Leuthard ihre Zustimmung zum Antrag Hess. Mit dem vom Nationalrat aufgenommenen Bonus-Malus-System für Stromlieferanten war die Kommissionsmehrheit nicht einverstanden, sie beantragte dem Rat, diesen Artikel zu streichen. Eine Minderheit Cramer (grüne, GE) wollte dem Nationalrat folgen und eine Minderheit Diener Lenz (glp, ZH) schlug andere Regelungen vor, um die Energieeffizienz zu erhöhen. Der Rat zog die Minderheit Diener Lenz der Minderheit Cramer deutlich vor, gab aber in einer zweiten Abstimmung der Mehrheit mit 23 zu 21 Stimmen den Vorzug, so dass der Artikel gestrichen wurde. Die Kommissionsmehrheit wollte die vom Bundesrat vorgeschlagene und vom Nationalrat übernommene Lösung für das Einspeisevergütungssystem nicht mittragen und beantragte die Streichung der Artikel 39 und 76. Der Rat stimmte zu, die geschaffene Differenz erlaube es dem Nationalrat, in dieser Sache weiter nach einer brauchbaren Lösung zu suchen. Mit 27 zu 16 Stimmen bei zwei Enthaltungen strich der Ständerat die sogenannte "Dreckstromabgabe", eine Abgabe auf nicht garantiert CO2-freien Strom. Was von der Kommission als Stützung der einheimischen Wasserkraft gedacht war, erschien der Ratsmehrheit als kaum tragbare "Industriesteuer". Die Ratskommission wollte weiter, dass die Hälfte der Rückbaukosten von den Steuern abgezogen werden kann, wenn statt einer Gebäudesanierung ein Ersatzneubau realisiert wird. Eine Minderheit Luginbühl (bdp, BE) beantragte die Streichung und berief sich dabei auch auf die Finanzdirektoren- und Energiedirektorenkonferenz. Mit 25 zu 15 Stimmen bei einer Enthaltung folgte der Rat dieser Minderheit. Der Ständerat folgte dem Bundesrat und dem Nationalrat in der Änderung des Kernenergiegesetzes bezüglich der Wiederaufbereitung von abgebrannten Brennelementen und nahm das Verbot der Wiederaufbereitung an. Ständerat Eberle (svp, TG) hielt fest, dass es sich dabei um eine Ressourcenverschwendung "der gröberen Art" handle, verzichtete aber auf einen Antrag, weil er diesen für chancenlos hielt. Die vom Nationalrat eingebrachte Regelung eines Langzeitbetriebskonzepts, welches die Betreiber eines AKW nach 40 Betriebsjahren vorlegen müssten, war in der ständerätlichen Kommission sehr kontrovers diskutiert und schliesslich mit 7 zu 6 Stimmen abgelehnt worden. Eine Minderheit Diener Lenz beantragte dem Rat, dem Nationalrat zuzustimmen und die Langzeitbetriebskonzepte gutzuheissen. Während die Ständeräte Eberle (svp, TG) und Theiler (fdp, LU) die bisherigen Sicherheits- und Aufsichtsmechanismen lobten und Änderungen als gefährlich darstellten, betonten die Ständerätinnen Diener Lenz (glp, ZH) und Bruderer Wyss (sp, AG), dass das ENSI selber solche Konzepte wünsche und die Sicherheit ohne diese Konzepte durch ausbleibende Investitionen gefährdet sei. Mit 25 zu 20 Stimmen folgte der Rat seiner Kommissionsmehrheit und strich die Langzeitbetriebskonzepte aus dem Gesetz. Eine Laufzeitbeschränkung auf 50 Jahre, die eine Minderheit Berberat (sp, NE) einbringen wollte, fand keine Mehrheit im Rat. Bevor das Geschäft in der Schlussabstimmung mit 27 zu 4 Stimmen bei 8 Enthaltungen angenommen wurde, drückte Ständerat Recordon (grüne, VD) in deutlichen Worten sein Missfallen über die vom Ständerat getroffenen Entscheide aus - er werde Mühe haben, nach diesen Entscheiden auf das Ende der Legislatur anstossen zu können.