Nachdem der Vorschlag der WAK-SR bereits ausführlich ausserhalb des Parlaments diskutiert worden war, folgte im Juni 2018 die Ständeratsdebatte zur Steuervorlage 17. Kommissionspräsident Pirmin Bischof (cvp, SO) stellte dem Rat den Kommissionsvorschlag detailliert vor und betonte, der Kompromiss sei kein Diktat, auch nicht für die Schwesterkommission, aber er stelle «im Moment die beste Lösung» dar. Um diesen Kompromiss zu erarbeiten, habe die Kommission Vertreterinnen und Vertreter verschiedenster Organisationen und Behörden angehört, darunter Delegierte der FDK, des Kantons Zürich, des Städte- und des Gemeindeverbands, von Economiesuisse oder des Gewerkschaftsbundes. Die ESTV und das BSV hätten zudem auf Verlangen der Kommission 24 Berichte erstellt. Unter anderem war ein Gutachten des Bundesamtes für Justiz zum Schluss gekommen, die Vorlage sei «verfassungsrechtlich vertretbar». Bischof betonte, dass der Kompromiss alle Eckpunkte des Vorschlags der WAK-SR umfasse und nur in seiner Gesamtheit in dieser Breite getragen werde. Würden Teile davon verändert, sei diese Unterstützung nicht mehr vollständig gegeben. Abschliessend betonte Bischof, dass die Kommission offen sei für Alternativvorschläge.
Im Ratsplenum rief die Vorlage ebenfalls gemischte Gefühle hervor. Die in «Bundesgesetz über die Steuerreform und die AHV-Finanzierung» (STAF) umgetaufte Vorlage sei eine «Sternstunde der parlamentarischen Arbeit», lobte Roberto Zanetti (sp, SO). Viele Ratsmitglieder betonten hingegen ihre Skepsis, einige wurden sogar richtig deutlich: Thomas Minder (parteilos, SH) sprach von einer «Birchermüesli-Politik», Alex Kuprecht (svp, SZ) von einem «Sündenfall» und Werner Luginbühl (bdp, BE) von einem Kauf von Mehrheiten mit Geschenken. Mehrfach wurde das Gutachten des BJ als politische Gefälligkeit anstelle einer juristischen Einschätzung bezeichnet. Finanzminister Maurer wurde nicht müde, die Wichtigkeit der SV17, respektive dem STAF, zu betonen und den Kompromiss zu loben.
Inhaltlich gab es kaum Streitpunkte, was die NZZ darauf zurückführte, dass die Vorlage ein politischer Balanceakt sei: Man könne kein Element ändern, ohne das alles auseinanderbreche. Dennoch wurden drei Änderungsanträge eingebracht. Eine Minderheit I Zanetti forderte, die minimale Dividendenbesteuerung der Kantone gemäss dem Vorschlag des Bundesrates auf 70 Prozent zu erhöhen, da die Kantone diese Regelung erarbeitet hätten und diese bevorzugen würden. Finanzminister Maurer pflichtete ihm bei und bat den Rat darum, der Minderheit I zu folgen. Gleichzeitig beantragte eine Minderheit II Föhn dem Ständerat, darauf zu verzichten, den Kantonen bezüglich Dividendenbesteuerung Vorgaben zu machen, da die Unternehmen gemäss dem Vorschlag der WAK-SR bereits genügend zur Kasse gebeten würden. Mit 25 zu 14 Stimmen (5 Enthaltungen) und 26 zu 12 Stimmen (6 Enthaltungen) setzte sich der Kommissionvorschlag gegen die zwei Minderheitsvorschläge durch. Eine Minderheit Fetz wollte erreichen, dass die Regeln zum Kapitaleinlageprinzip (KEP) auch auf Nennwertsenkungen angewendet werden und dass Gratisaktien und Gratisnennwerterhöhungen unterbunden werden. Anita Fetz (sp, BS) bat um Zustimmung zu ihrem Minderheitsantrag, damit die bei der Unternehmenssteuerreform II gemachten Fehler korrigiert werden könnten. Mit 30 zu 11 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) sprach sich der Ständerat gegen eine solche Änderung aus. Unverändert wurde der Kommissionsvorschlag somit an den Zweitrat weitergereicht.

Im März 2017 reichte der Kantonsrat von St. Gallen eine Standesinitiative ein, die zum Ziel hatte, die Schweizer Vorsorgeeinrichtungen, ausdrücklich genannt wurden die Pensionskassen, der AHV-Ausgleichsfonds sowie die (Freizügigkeits-)Stiftungen der zweiten und dritten Säule, von den Negativzinsen auszunehmen. Aufgrund des Tiefzinsumfeldes sei es für die Vorsorgeeinrichtungen schwierig, Renditen zu erwirtschaften, erklärte der St. Galler Kantonsrat. Zudem würden bei einer Aufkapitalisierung öffentlicher Pensionskassen – wie sie der Kanton St. Gallen plane – noch mehr Negativzinsen anfallen. Im Mai 2018 entschied die WAK-SR einstimmig, der Standesinitiative keine Folge zu geben, da die Geldpolitik in der Verantwortung der Nationalbank liege. Damit die Negativzinsen im Stande seien, den Druck auf den Schweizer Franken zu reduzieren, dürfe es nur so wenige Ausnahmen wie möglich geben, argumentierte die Kommission. Zudem stelle das weltweite Tiefzinsumfeld eine grössere Herausforderung für die Vorsorgeeinrichtungen dar als die Negativzinsen.
Im Mai 2018 behandelte der Ständerat die Vorlage; Paul Rechsteiner (sp, SG) hatte einen Antrag auf Folge geben gestellt. Pirmin Bischof (cvp, SO) erklärte als Kommissionspräsident, dass die WAK-SR die Vorlage ausführlich behandelt habe. Man habe einen Bericht zur Geldpolitik aus dem Dezember 2016 sowie die Stellungnahme des Bundesrates zur Motion Kuprecht (Mo. 15.3160) in Betracht gezogen und sei überzeugt, dass ausschliesslich die SNB für die Geldpolitik verantwortlich sei und sie diese folglich unabhängig gestalten können müsse. Wie bereits die WAK-SR erklärt hatte, seien zudem die Anlagen kaum von den Negativzinsen betroffen. Hingegen fürchte man den präjudiziellen Charakter einer solchen Entscheidung: Andere Institutionen, zum Beispiel Lebensversicherungen, könnten ebenfalls eine Ausnahme von den Negativzinsen verlangen. Schliesslich seien die zentrale Bundesverwaltung sowie die Compenswiss, also der AHV/IV/EO-Ausgleichsfonds, bereits von den Negativzinsen ausgenommen.
Paul Rechsteiner bedauerte, dass sich die WAK-SR nicht ausführlicher mit der Standesinitiative beschäftigt habe, denn eine Ausnahme der Vorsorgeeinrichtungen würde den Wechselkurs nicht beeinflussen und somit dem Zweck der Negativzinsen, die Anlagen auf dem Schweizer Markt weniger attraktiv zu machen, nicht zuwiderlaufen. Die übrigen Redner zeigten ein gewisses Verständnis für die Standesinitiative des Kantons St. Gallen und anerkannten das angesprochene Problem. Während aber Alex Kuprecht (svp, SZ) um Annahme des Vorstosses bat, sahen Martin Schmid (fdp, GR) und Hannes Germann (svp, SH) die Lösung des Problems woanders: Schuld seien die Negativzinsen – Germann sprach von einer «schleichenden Enteignung des Volkes» –, man solle daher keine weiteren Ausnahmen machen, stattdessen solle die SNB die Negativzinsen so schnell wie möglich abschaffen. Schliesslich sprach sich der Ständerat mit 32 zu 6 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) gegen Folge geben aus.

Sport-, Musik- und Kulturvereine müssen in Zukunft keine direkte Bundessteuer mehr bezahlen, wenn sie weniger als CHF 20'000 Gewinn erzielen. Dies beschloss im März 2015 der Nationalrat, der einer Änderung des Bundesgesetzes über die Gewinnbesteuerung von juristischen Personen mit ideellen Zwecken mit 126 zu 58 Stimmen zustimmte. Der Ständerat hatte die Erhöhung der entsprechenden Freigrenze von CHF 2000 auf CHF 20'000 bereits im Vorjahr einstimmig gutgeheissen. Für Vereine und Stiftungen hatte zuvor eine Steuerfreigrenze von CHF 5000 gegolten. Anders als in der kleinen Kammer gab der Vorschlag des Bundesrates, der auf eine Motion Kuprecht (svp, SZ) aus dem Jahr 2009 zurückgeht, Anlass zu Diskussionen. Eine Minderheit Caroni (fdp, AR), die in den Vorberatungen in der Kommission für Wirtschaft und Abgaben des Nationalrats (WAK-NR) nur knapp (11 zu 12 Stimmen) unterlegen war, wollte nicht auf die Vorlage eintreten. Mit der bestehenden gesetzlichen Regelung seien die Instrumente vorhanden, um Vereine mit entsprechenden Zielen zu unterstützen, so Caroni. Zudem wies die Minderheit auch auf die zu erwartenden Steuerausfälle im hohen einstelligen Millionenbereich hin. Ausserhalb von FDP und GLP vermochten die Argumente der Minderheit jedoch nur noch Teile der SP zu überzeugen, was schliesslich dazu führte, dass der Nationalrat mit 116 zu 63 Stimmen bei einer Enthaltung das Eintreten beschloss und kurze Zeit später dann auch die Gesetzesänderung guthiess.

Im Juni 2014 unterbreitete der Bundesrat dem Parlament die Botschaft zum Bundesgesetz über die Gewinnbesteuerung von juristischen Personen mit ideellen Zwecken, das auf eine Motion Kuprecht (svp, SZ) aus dem Jahr 2009 zurückgeht. Juristische Personen, die ideelle Zwecke verfolgen und deren Gewinne CHF 20'000 nicht überschreiten, sollen von der direkten Bundessteuer befreit werden, sofern diese Gewinne ausschliesslich ideellen Zwecken gewidmet sind. Darunter fällt auch die Jugend- und Nachwuchsförderung von Vereinen, die unter geltendem Recht nur dann steuerbefreit ist, wenn sie konkret das Gemeinwohl fördert. Der Ständerat stimmte dieser Ausweitung der Steuerbefreiungstatbestände im September 2014 einstimmig zu. Die Vorlage war zum Jahresende im Nationalrat noch nicht behandelt worden.

Im Vorjahr hatte der Ständerat eine Motion Kuprecht (svp, SZ) befürwortet, die Vereine von der Steuerpflicht befreien will. Vereine, die ihre Erträge und Vermögensmittel für ideelle Zwecke, namentlich die Jugend- und Nachwuchsförderung einsetzen, sollen ganz oder zu einem bestimmten Betrag steuerbefreit werden. Die vorberatende Kommission des Nationalrates folgte der Argumentation des Bundesrates, der vor allem auf Schwierigkeiten der Abgrenzung hingewiesen hatte, und lehnte die Motion ab. Der Nationalrat folgte jedoch dem Ständerat und überwies die Motion. (Zu den Parteispenden siehe auch hier)

Mit einer Motion verlangte Ständerat Kuprecht (svp, SZ) Vereine von der Steuerpflicht zu befreien. Speziell Vereine, die ihre Erträge und Vermögensmittel für ideelle Zwecke, namentlich die Jugend- und Nachwuchsförderung einsetzen, sollen ganz oder zu einem bestimmten Betrag steuerbefreit werden. Kuprecht argumentierte, dass Vereine eine wichtige Funktion für die Gesellschaft erfüllen und deshalb einer Spezialbehandlung durch die Steuerbehörde sinnvoll sei. In seiner Antwort lobte der Bundesrat denn auch die vielfältigen Funktionen von Vereinen und deren Verdienste für die Gesellschaft. Er stellte sich der Motion jedoch ablehnend gegenüber, da die Abgrenzung von Selbsthilfezwecken und ideellem Handeln in der Praxis schwer umzusetzen sei und ausserdem die Jugend- und Nachwuchsförderung bereits unter geltendem Recht steuerbefreit sei. Der Ständerat nahm jedoch die Motion an.