Im Mai 2023 beantragte die WAK-NR ihrem Rat erneut mit 14 zu 8 Stimmen (bei 1 Enthaltung), den beiden parlamentarischen Initiativen von Céline Amaudruz (svp, GE) für einen vollständigen Abzug für die von den Steuerpflichtigen getragenen Krankheits- und Unfallkosten Folge zu geben. Eine Minderheit Bertschy (glp, BE) sprach sich dagegen aus. Céline Amaudruz verwies auf die stark ansteigenden Krankenkassenprämien, die Inflation insgesamt und auf die dadurch wachsende finanzielle Belastung für die Bevölkerung. Zudem solle die Einkommenssteuer nur das Nettoeinkommen besteuern, was hier jedoch nicht gewährleistet sei. Minderheitensprecherin Bertschy sprach sich gegen Folgegeben aus, da eine der zwei Vorlagen nur den Personen mit hohen Einkommen zugutekomme – die anderen bezahlten gar keine Bundessteuern – und beide Vorlagen bei Bund, Kantonen und Gemeinden für hohe Steuerausfälle sorgen würden. Mit 100 zu 73 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) entschied sich der Nationalrat in der Herbstsession 2023 gegen Folgegeben. Zustimmung fanden die zwei Initiativen bei den Mitgliedern der SVP- und der FDP-Fraktion sowie bei einem Mitglied der Mitte-Fraktion. Damit waren beide Initiativen erledigt.

Im Juni 2023 verlangte die WAK-NR in einer Motion eine angemessene, auf dem Substanzwert basierende Bewertung von personenbezogenen Gesellschaften für die Bemessung der Vermögenssteuern. Als personenbezogene Gesellschaften definierte sie diejenigen Gesellschaften, deren «hauptsächliche Wertschöpfung vom Inhaber oder von der Inhaberin der Gesellschaft erzielt wird». Die Motion basierte auf einer parlamentarischen Initiative Amaudruz (svp, GE; Pa.Iv. 21.520), welche der Nationalrat abgelehnt hatte. In der Nationalratsdebatte in der Herbstsession 2023 legten die Kommissionssprecherinnen Schneeberger (fdp, BL) und Amaudruz die Problematik etwas ausführlicher dar: Gemäss StHG erfolge die Bewertung der Wertpapiere zum Verkehrswert, wobei jedoch die entsprechende Berechnung für die steuerpflichtige Person unklar sei. Die Lösung, welche die ESTV in einem Kreisschreiben verbreitet habe, führe nun aber bei einem tiefen Kapitalisierungsfaktor zu stossend hohen Ertragswerten. Eine Minderheit Glättli (gp, ZH) empfahl die Motion zur Ablehnung, da die Kantone bereits Spielraum hätten und diesen auch nutzten. Mit 118 zu 68 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) nahm der Nationalrat die Motion an.

Wertpapiere werden zum Verkehrswert versteuert, so legt es das StHG fest – nicht einheitlich geregelt war jedoch bis 2008, wie der Verkehrswert von Wertpapieren berechnet wird. Über die Schweizerische Steuerkonferenz legten die Steuerverwaltungen 2008 eine Berechnungsmethode für alle nicht kotierten Unternehmen fest. SVP-Nationalrätin Céline Amaudruz (GE) störte sich im Dezember 2021 jedoch an dieser Regelung und spezifisch daran, dass bei einem Verkauf von nicht kotierten Wertpapieren der Kaufpreis als Verkehrswert gilt. Dies sei insbesondere dann problematisch, wenn die Gewinne eines Unternehmens nach dem Verkauf der Wertpapiere sinken – in diesem Fall würden Aktionärinnen und Aktionäre von kleinen Unternehmen für Vermögen besteuert, das sie nicht hätten, kritisierte Amaudruz die Praxis. Neu soll der Verkehrswert für diese Fälle deshalb dem Buchwert des Unternehmens entsprechen, forderte die Initiantin. Damit soll die Wettbewerbsfähigkeit der Schweiz gewährleistet werden. Die vorberatende WAK-NR war hingegen der Ansicht, dass eine solche Anpassung der Berechnungsmethode die tatsächlichen Vermögenswerte verzerrt abbilden würde und es zur Unterbesteuerung und zu Mindereinnahmen für die Kantone käme, legte Kommissionssprecher Samuel Bendahan (sp, VD) dar. Die Kommissionsmehrheit sehe in diesem Bereich zwar ebenfalls Handlungsbedarf, wolle vor der Planung eines eigenen Vorstosses aber erst betroffene Kreise anhören. Eine Kommissionsminderheit Aeschi (svp, ZG) stellte sich hinter die Argumentation der Initiantin und beantragte, der Initiative Folge zu geben. Der Nationalrat sprach sich in der Frühjahrssession 2023 mit 132 zu 58 Stimmen bei 2 Enthaltungen schliesslich gegen Folgegeben aus.

In der Wintersession 2022 begann der Nationalrat die Beratung des neuen Gesetzes für eine Tonnagesteuer für Hochseeschiffe. Kommissionssprecherin Amaudruz (svp, GE) betonte, dass die Mehrheit der WAK-NR mit diesem Gesetz ein klares Signal an die Wirtschaft senden wolle und dass man davon ausgehe, dass die Einführung einer Tonnagesteuer zu höheren Steuereinnahmen und neuen Arbeitsplätzen führe. Die Tonnagesteuer diene dazu, Hochseetransportunternehmen in der Schweiz zu halten, nachdem deren Sonderregelungen zur Besteuerung mit dem STAF abgeschafft worden waren. Diese neue Regelung sei OECD-konform und werde auch in der EU angewendet. Finanzminister Maurer betonte, dass die Vorarbeiten zu dieser Vorlage aus einer Zeit stammten, in der es der Hochseeschifffahrt überaus schlecht ging, und erinnerte an die entsprechenden Bürgschaften des Bundes. Zwar gebe es verfassungsrechtliche Gründe für und wider eine Tonnagesteuer, jedoch sei es volkswirtschaftlich wichtig, die Hochseeschifffahrt in der Schweiz mit derjenigen im Ausland gleichzustellen. «Zum Standort Schweiz, einem zuverlässigen Standort mit hohem Know-how, gehören eben auch diese Schiffe», betonte der Finanzminister.

Im Nationalrat lagen ein Antrag Bertschy (glp, BE) auf Nichteintreten sowie ein Antrag Wermuth (sp, AG) auf Rückweisung des Entwurfs an den Bundesrat vor, wobei dieser die «ökologische und soziale Verantwortung der Schifffahrtsbranche» im Entwurf hätte stärken sollen. Zudem hatte auch die FK-NR in einem Mitbericht aus finanziellen Gründen den Verzicht auf das neue Gesetz gefordert. Kathrin Bertschy brachte verschiedene Gründe für ihren Nichteintretensantrag an: Einerseits halte man die Verfassungsmässigkeit der Vorlage, insbesondere den Grundsatz der Besteuerung nach wirtschaftlicher Leistungsfähigkeit und der rechtsgleichen Besteuerung, nicht für gegeben. Zwei Gutachten seien diesbezüglich zu unterschiedlichen Schlüssen gekommen, was insbesondere an ihrer unterschiedlichen Einschätzung der Frage, ob die Hochseeschifffahrt in der Schweiz ohne diese Vorlage in ihrer Existenz gefährdet sei, gelegen habe. Aufgrund der guten aktuellen wirtschaftlichen Lage der entsprechenden Branche verneine die Minderheit diese existenzielle Bedrohung, die eine Voraussetzung für die Verfassungsmässigkeit darstelle. Zudem hätten sowohl der Bundesrat als auch die FK-NR in ihrem Mitbericht erklärt, die Auswirkungen der Vorlage auf den Bundeshaushalt seien unklar. Mit diesem Entwurf könnten Rohstoffunternehmen die OECD-Mindestbesteuerung unterwandern, zumal sie den Schifffahrtsunternehmen gemäss Schätzungen von Expertinnen und Experten eine Besteuerung von 6 bis 7 Prozent erlaube. Schliesslich verlangte Bertschy, dass nur Unternehmen von der Steuer profitieren dürften, die mindestens unter EU- oder EWR-Flagge fahren, damit sie auch die entsprechenden Arbeits- und Umwelterfordernisse erfüllen müssten. Eine entsprechende Regelung sei jedoch nach der Vernehmlassung aus dem Entwurf gestrichen worden. Ähnlich argumentierte auch Cédric Wermuth, der überdies auch die Besteuerung nach Tonnage als unsinnig hervorstrich. Wenn man aber eine Tonnagesteuer wolle, müsse diese so ausgestaltet sein, dass die ökologische und soziale Verantwortung der Branche gestärkt werde.
In der Folge lehnte der Nationalrat beide Minderheitsanträge ab (mit 107 zu 83 Stimmen bei 4 Enthaltungen respektive mit 103 zu 90 Stimmen bei 1 Enthaltung), wobei SP und Grüne sowie eine Minderheit der Mitte-Fraktion beide Minderheitsanträge annahmen, während die GLP geschlossen den Rückweisungsantrag, aber nur zur Hälfte den Nichteintretensantrag unterstützte.

In der Detailberatung vertrat die Kommissionsmehrheit zwei Änderungsanträge: Einerseits wollte sie auch die Kreuzfahrtschiffe ausdrücklich der Tonnagesteuer unterstellen, obwohl der Bundesrat diese in der Botschaft bereits als Teil des Personentransports erachtet hatte. Eine Minderheit Bertschy sprach sich gegen den Einbezug der Kreuzfahrtschiffe aus, zumal Kreuzfahrten einen «unsinnigen» Tourismuszweig darstellten, den man gegenüber dem Tourismus in der Schweiz nicht einseitig subventionieren solle. Der Nationalrat folgte jedoch seiner Kommissionsmehrheit.
Als zweite Änderung verlangte die Kommission, dass nur diejenigen Schiffe zur Tonnagesteuer zugelassen werden, deren «strategische[s] und kommerzielle[s] Management [...] in der Schweiz ausgeübt wird». Damit wollte man die Problematik lösen, dass die im Vernehmlassungsentwurf vom Bundesrat vorgeschlagene Beschränkung auf in der EU und im EWR zugelassene Schiffe gegen WTO-Recht verstossen würde. Dies war folglich auch die Kritik an einem Minderheitsantrag Badran (sp, ZH), welcher ebendiese Einschränkung forderte. WTO-konform wäre gemäss den Kommissionssprechenden auch der Antrag der Minderheit Ryser (gp, SG), nur Flotten zuzulassen, die zu 60 Prozent im Schweizer Schifffahrtsregister eingetragen sind. Diese Lösung erachtete Finanzminister Maurer jedoch als zu restriktiv und als «Schmälerung der Attraktivität der Schweizer Tonnagesteuer». Die Kommissionsmehrheit setzte sich in der Folge mit ihrem Alternativvorschlag gegen die Minderheitsanträge durch.

Darüber hinaus versuchten verschiedene Minderheiten die vorgeschlagenen Regelungen zu ver- oder entschärfen. So erachtete eine Minderheit Amaudruz den Vorschlag von Bundesrat und Kommissionsmehrheit als zu einschränkend und schlug mehrere Änderungen vor: Erstens sollte die Liste der mittels Tonnagesteuer besteuerten Zwecke nicht abschliessend genannt werden, was der Nationalrat jedoch ablehnte, weil es gemäss Kommissionssprecher Müller (mitte, LU) gegen das Legalitätsprinzip verstossen würde. Zweitens sollte die Regelung für Schiffe zur Errichtung und zum Unterhalt von Offshore-Bauwerken auf alle Seeschiffe mit maritimen Dienstleistungen für die Offshore-Industrie ausgedehnt werden. Zudem wollte Amaudruz die Regelung zu den Gewinnen aus Nebentätigkeiten, die ebenfalls via Tonnagesteuer besteuert werden können, ausweiten. Der Nationalrat lehnte jedoch sämtliche Anträge ab.
Eine Minderheit Wermuth schlug hingegen vor, die weitere, 30-prozentige Ermässigung des steuerbaren Reingewinns bei Erfüllung von ökologischen Anforderungen zu streichen. Beispiele aus anderen Staaten mit deutlich restriktiveren Regelungen hätten gezeigt, dass solche Belohnungen keine Wirkung auf die ökologischen Massnahmen auf den Schiffen hätten. Auch hier setzte sich die Kommissionsmehrheit jedoch durch und behielt die Ermässigung bei.

In der Gesamtabstimmung hiess der Nationalrat den Entwurf mit 99 zu 85 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) gut, wobei die ablehnenden Stimmen von der SP-, der Grünen-, fast der gesamten GLP- und einer Minderheit der Mitte-Fraktion stammten.

Im Juni 2021 reichte Céline Amaudruz (svp, GE) zwei parlamentarische Initiativen ein, mit denen sie einen vollständigen Abzug für die von den Steuerpflichtigen getragenen Krankheits- und Unfallkosten verlangte, einerseits bei den nationalen (Pa.Iv. 21.460) und andererseits bei den kantonalen und kommunalen Steuern (Pa.Iv. 21.475). Auf Bundesebene sei ein Abzug vom Reineinkommen bisher nur möglich, wenn die Kosten mehr als 5 Prozent des Reineinkommens betragen, während die Kosten auf kantonaler Ebene einen kantonal bestimmten Selbstbehalt übersteigen müssen, was zu ganz unterschiedlichen Abzugsmöglichkeiten zwischen den Kantonen führe.
Die WAK-NR gab beiden Forderungen im April 2022 mit 15 zu 9 Stimmen Folge und verwies dabei auf die steigende Prämienlast. Im Oktober 2022 entschied sich jedoch ihre Schwesterkommission mit 6 zu 5 Stimmen knapp gegen Folgegeben, da sie die daraus resultierenden Steuerausfälle und die hohen Administrationskosten scheute.

In der Sommersession 2022 verabschiedete das Parlament die Flexibilisierung der Besteuerung von Leibrenten. Für die WAK-NR präsentierten Daniela Schneeberger (fdp, BL) und Céline Amaudruz (svp, GE) dem Nationalrat die Vorlage; Schneeberger lobte die vorliegende Lösung als «flexibel» und «angemessen», da die Besteuerung der Leibrenten bei einem Zinsanstieg ebenfalls erhöht werde. Eine Minderheit Wermuth (sp, AG) beantragte hingegen Nichteintreten, da es bei dieser Vorlage «um eine doch sehr marginale Frage» gehe, von der überdies nur vermögende Personen profitieren würden – gleichzeitig blieben Probleme, deren Lösung allen Personen zugute käme, weiterhin ungelöst. Zudem komme der Wegfall der Pauschalbesteuerung in Anbetracht der steigenden Zinsen zum falschen Zeitpunkt, da man damit ein falsches Signal sende. Dies überzeugte jedoch neben der SP-Fraktion lediglich Stefania Prezioso (egsols, GE). Folglich trat der Nationalrat mit 131 zu 37 Stimmen auf das Geschäft ein und nahm dieses in der Folge ohne weitere Diskussionen mit 148 zu 37 Stimmen an.
Die Schlussabstimmungen passierte die Vorlage mit 156 zu 37 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) und 43 zu 0 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) problemlos. Somit werden Leibrenten zukünftig nicht mehr pauschal, sondern entsprechend der Anlagemöglichkeiten besteuert.

Zu Beginn der Sommersession 2022 debattierte der Nationalrat über die Kostenbremse-Initiative der Mitte-Partei und über den bundesrätlichen indirekten Gegenvorschlag dazu. Philippe Nantermod (fdp, VS) und Thomas de Courten (svp, BL) präsentierten dem Rat die beiden Vorlagen. Die Initiative wolle den Anstieg der Prämien begrenzen und mit demjenigen der Durchschnittslöhne und der Volkswirtschaft in Einklang bringen, erläuterte Nantermod. Geschehe dies nicht, müsse der Bundesrat innerhalb von zwei Jahren verbindliche Massnahmen ergreifen. Die Initiative führe nun aber entweder zu einem «tigre de papier» – einem Papiertiger – oder zur Einführung eines Globalbudgets, also quasi eines Kostendachs. Beide Entwicklungen seien nicht wünschenswert, betonte der Kommissionssprecher. Deshalb habe sich die die Kommission mit 20 zu 4 Stimmen für eine Ablehnungsempfehlung zur Initiative ausgesprochen und zahlreiche Änderungen am Gegenvorschlag vorgenommen. Man lehne «le coeur du contre-projet du Conseil fédéral», die Aufnahme der Kostenziele, ab.
Christian Lohr (mitte, TG) bewarb in der Folge die Initiative: Die Schere zwischen Gesundheitskosten und Löhnen sei immer stärker aufgegangen, die Gesundheitskosten gehörten zu den grössten Sorgen der Schweizerinnen und Schweizer. Immer mehr Leute, aktuell rund 6 Prozent der Versicherten, könnten ihre Prämien nicht mehr bezahlen und gerieten dadurch in finanzielle Schwierigkeiten. Die Initiative verlange aber kein Globalbudget, wie immer wieder behauptet werde. Vielmehr sollten bei einem zu starken Anstieg der Kosten alle Betroffenen «gemeinsam am Problem arbeiten» und Lösungen suchen.
Bevor sich der Rat mit der Initiative befasste, stimmte er über Eintreten auf den Gegenvorschlag ab und führte dessen Detailberatung durch. Eine Minderheit Weichelt (al, ZG), die von Céline Amaudruz (svp, GE) übernommen wurde, nachdem sie Weichelt zurückziehen wollte, erachtete die Massnahmen der Massnahmenpakete Ia und Ib zur Kostendämpfung im Gesundheitswesen als vorerst genügend und beantragte, nicht auf den Gegenvorschlag einzutreten. Zudem fürchtete Amaudruz eine Rationierung der Behandlungen, mehr Bürokratie und einen Konflikt der neuen Regelungen mit der Tarifpartnerschaft. Mit 119 zu 43 Stimmen (bei 15 Enthaltungen) sprach sich der Nationalrat für Eintreten aus. Neben der mehrheitlich gegen Eintreten stimmenden SVP-Fraktion votierten auch drei Mitglieder der FDP.Liberalen-Fraktion und ein Mitglied der Grünliberalen dagegen. Enthaltungen fanden sich überdies bei Mitgliedern der Grünen und der SP.
Für die Detailberatung lagen zahlreiche Änderungsanträge der Kommissionsmehrheit gegenüber dem bundesrätlichen Vorschlag vor. So wollte die Mehrheit der SGK-NR wie von Philippe Nantermod angekündigt insbesondere auf die Kostenziele verzichten, verlangte aber auch verschiedene zusätzliche Regelungen, etwa eine Evaluation der Leistungen, die womöglich nicht wirksam oder zweckmässig sind, mehr Wettbewerb bei den Laboratorien, die Beurteilung von Tarifverträgen innert einem Jahr sowie ein Opting-Out für Ärzte – also die Möglichkeit, sich von Listen der Krankenversicherungen streichen zu lassen. Zudem soll der Bundesrat sofort überhöhte Vergütungen im Tarmed korrigieren. Eine Minderheit I Lorenz Hess (mitte, BE) versuchte, den Kommissionsvorschlag näher an die Initiative zu bringen, indem er die Kostenziele des Bundesrates im Gegenvorschlag belassen wollte. Neu sollten sie jedoch weniger ausführlich geregelt und jeweils für vier Jahre und unter vorheriger Anhörung von Versicherungen, Kantonen und Leistungserbringenden festgelegt werden. Bei Nichteinhaltung der Kostenziele sollte zudem nicht der Bundesrat aktiv werden, sondern eine neu zu schaffende «Eidgenössische Kommission für das Kosten- und Qualitätsmonitoring in der OKP» soll Empfehlungen für Massnahmen erlassen. Eine Minderheit II Wasserfallen (sp, BE) ergänzte den Vorschlag von Hess um eine Anhörung der Versicherten in Ergänzung zu den Tarifpartnern. Diese Ergänzung hiess der Rat gut und bevorzugte anschliessend das Konzept von Hess und Wasserfallen gegenüber dem Vorschlag der Kommissionsmehrheit knapp mit 94 zu 91 Stimmen (bei einer Enthaltung). Somit konnte die Mitte-Fraktion mit Unterstützung der SP und der Grünen das Konzept der Kostenziele im Gegenvorschlag verteidigen.
Neben verschiedenen stillschweigend gutgeheissenen Änderungen der Kommission, etwa bezüglich eines stärkeren Wettbewerbs zwischen den Laboratorien und der Beurteilung der Tarifverträge innert eines Jahres, waren auch zwei Minderheitsanträge erfolgreich. Eine Minderheit Prelicz-Huber (gp, ZH) wollte nicht nur überhöhte Vergütungen im Tarmed, wie es die Kommissionsmehrheit verlangte, sondern auch nicht sachgerechte und nicht betriebswirtschaftliche Vergütungen korrigieren lassen. Dem stimmte der Nationalrat gegen eine Minderheit de Courten zu, der argumentierte, dass die Überprüfung erst nach der Ersetzung von Tarmed durch Tardoc vorgenommen werden solle. Der Nationalrat folgte weiter einer Minderheit Nantermod, welche sich gegen das Opting-Out der Ärzte wehrte: Diese Massnahme weise kein Sparpotenzial auf und könne in kleinen Gemeinden mit wenigen Ärzten gar die Nutzung von alternativen Versicherungsmodellen verhindern, wurde argumentiert.
In der Gesamtabstimmung nahm der Nationalrat den Gegenvorschlag mit 104 zu 74 (bei 5 Enthaltungen) an, wobei die befürwortenden Stimmen von der Mitte-, der SP-, der Grünen- und einem Grossteil der GLP-Fraktion stammten. In der folgenden Abstimmung zur Empfehlung auf Ablehnung der Initiative stand die Mitte-Fraktion dann jedoch alleine da: Mit 156 zu 28 Stimmen sprach sich der Nationalrat für die Nein-Parole aus, lediglich die Mitglieder der Mitte-Fraktion votierten für eine Ja-Parole. Stillschweigend hiess die grosse Kammer in der Folge eine Fristverlängerung der Initiative bis November 2023 gut.

In der Sondersession im Mai 2022 behandelte der Nationalrat die neuste Mehrwertsteuerrevision, ein «Sammelsurium von Massnahmen» (Schneeberger), die grösstenteils auf eine Vereinfachung der Mehrwertsteuer abzielten. Daniela Schneeberger (fdp, BL) und Céline Amaudruz (svp, GE) stellten dem Rat die Vorlage im Namen der WAK-NR vor. Die Hauptpunkte der Revision waren in der Eintretensdebatte kaum umstritten, die Fraktionen zeigten sich aber dennoch wenig begeistert von der Revision: «Zu dieser Mehrwertsteuergesetzrevision haben Sie sich nicht mit grosser Begeisterung geäussert», merkte denn auch Finanzminister Maurer an. Er wies jedoch allfällige Kritik an der Vorlage gleich zu Beginn ans Parlament zurück: Der Bundesrat habe neben minimalen, unumstrittenen Vereinfachungen lediglich vom Parlament überwiesene Vorstösse umgesetzt.
Der Nationalrat schuf nur wenige vom bundesrätlichen Entwurf abweichende Regelungen: Unter anderem verlangte die Regierung aufgrund der Motionen Stöckli (sp, BE; Mo. 18.4194) und von Siebenthal (svp, BE; Mo. 18.4363), im Ausland bewirkte Leistungen der Reisebüros von der Mehrwertsteuer auszunehmen. Damit solle «die administrative Hürde für ausländische Reisebüros» gesenkt und der Schweizer Tourismus gefördert werden, erklärte Schneeberger. Die Kommissionsmehrheit beantragte jedoch erfolgreich die Ablehnung der neuen Regelung, um eine Benachteiligung der Schweizer Reisebüros zu verhindern. Eine Minderheit Aeschi (svp, ZG) hatte hier überdies die Leistungen von Wiederverkäufern im Tourismusbereich von der Mehrwertsteuer ausnehmen wollen, fand damit aber keine Mehrheit.
Auch bei den Bereichen, die von der Mehrwertsteuer ausgenommen werden sollen, setzte sich die Kommissionsmehrheit gegen den Bundesrat durch. Sie wollte neben den bereits betroffenen Gesundheitseinrichtungen und neu auszunehmenden Leistungen der koordinierten Versorgung (Motion Humbel: mitte, AG; Mo. 19.3892) auch Leistungen von Tageskliniken und Ambulatorien von der Mehrwertsteuer befreien. Zudem sollte auch das Anbieten von Anlagegruppen von Anlagestiftungen gemäss BVG zukünftig nicht mehr der Mehrwertsteuer unterliegen. Stillschweigend wurden beide Änderungen angenommen, erstere gegen einen Minderheitsantrag Birrer-Heimo (sp, LU).
Des Weiteren schlug die Kommissionsmehrheit vor, dass Steuerpflichtige mit steuerbaren Leistungen unter CHF 250'000 und ohne Wohn- und Geschäftssitz in der Schweiz ihre Leistungen zukünftig direkt mit der ESTV abrechnen können und nicht wie bisher eine Vertreterin oder einen Vertreter bestimmen müssen. Eine Minderheit Marti (sp, BL) sowie Bundesrat Maurer wollten den diesbezüglichen Status quo verteidigen: Diese Vertretenden dienten der Kommunikation mit den Steuerpflichtigen und seien nötig, weil amtliche Dokumente nur im Inland zugestellt werden dürfen. Allerdings folgte der Nationalrat seiner Kommissionsmehrheit.
Ansonsten wurden zwar zahlreiche Minderheitsanträge diskutiert, von denen blieb jedoch der Grossteil erfolglos. So schuf der Nationalrat zum Beispiel wie vom Bundesrat vorgeschlagen die Plattformbesteuerung der Versandhandelsplattformen, wie sie in der Motion Vonlanthen (damals noch cvp, FR; 18.3540) gefordert worden war. Da deren Zahl geringer sei als diejenige der Verkäuferinnen und Verkäufer, könnten die Lieferungen besser zugeordnet und identifiziert werden, erklärte Daniela Schneeberger für die Kommission. Diese Änderung stiess denn auch nicht auf Widerstand. Vier Minderheitsanträge Aeschi verlangten jedoch eine Präzisierung der Regelungen, um eine Ungleichbehandlung der verschiedenen Plattformen sowie der schweizerischen gegenüber den ausländischen Plattformen zu verhindern. Finanzminister Maurer empfahl diese Anträge zur Ablehnung, zumal die vom Bundesrat vorgeschlagene Regelung «sehr komplex» sei und bei Änderungen «vieles aus dem Lot» geraten könne. Die Minderheitsanträge wurden in der Folge verworfen. Ergänzend definierte der Nationalrat auf Antrag seiner Kommission den Begriff «elektronische Plattform».
Ein weiterer umstrittener Aspekt betraf die Besteuerung der Emissionsrechte. Gemäss Kommissionssprecherin Schneeberger hatte das Bundesgericht in einem Urteil entschieden, dass der Emissionshandel zu besteuern sei, um Missbrauch zu verhindern. Daher habe der Bundesrat eine «generelle Bezugsteuerpflicht [unter anderem] bei der Übertragung von Emissionsrechten» geschaffen. Diesem Vorschlag wollte die Kommissionsmehrheit folgen, während eine Minderheit Aeschi den Handel mit CO2-Emissionsrechten von der Mehrwertsteuer ausnehmen wollte: Die CO2-Zertifikate seien Lenkungsabgaben. Da mit diesen kein Mehrwert geschaffen werde, müssten sie auch nicht der Mehrwertsteuer unterstellt werden, argumentierte Thomas Burgherr (svp, AG), der zudem einen weiteren Minderheitsantrag zu dieser Frage stellte. Finanzminister Maurer wehrte sich gegen diese Einschätzung und erachtete den Kauf von Emissionszertifikaten als «klar definierte Leistung». Auch diese Minderheitsanträge fanden im Nationalrat keine Mehrheit.
Diskussionen gab es auch um die zukünftige Möglichkeit für ein Gemeinwesen, «von ihm ausgerichtete Mittel gegenüber dem Empfänger oder der Empfängerin ausdrücklich als Subvention oder anderen öffentlich-rechtlichen Beitrag» zu definieren – sofern die entsprechenden Rahmenbedingungen erfüllt sind. Dies hatte eine Motion der WAK-SR (Mo. 16.3431) gefordert. So stelle sich «immer die Frage, was eine Subvention» sei, betonte der Finanzminister. Dadurch, dass die Gemeinwesen dies zukünftig festlegen könnten, schaffe man in dieser Frage Klarheit. Dies bestritt jedoch eine Minderheit Aeschi, die bezweifelte, dass die ESTV später entsprechende Klassifizierungen akzeptieren werde. Wiederum folgte der Nationalrat der Kommissionsmehrheit.
Diskutiert wurde auch über die Frage, welche Güter zum reduzierten Satz besteuert werden sollen. Der Bundesrat hatte diesbezüglich eine Änderung bei den Artikeln der Monatshygiene beantragt, wie sie in der angenommenen Motion Maire (sp, NE; Mo. 18.4205) verlangt worden war. Eine Minderheit I Schneeberger wollte auf die Schaffung dieser zusätzlichen Ausnahme verzichten, während eine Minderheit II Gigon (gp, VD) sie um Windeln und Einlagen gegen Inkontinenz ergänzen wollte. Beide Anträge blieben erfolglos, der Nationalrat blieb beim bundesrätlichen Vorschlag. Erfolglos blieb überdies auch eine Minderheit Friedli (svp, SG) zur Unterstellung der Beherbergungsleistungen unter den reduzierten Satz anstelle des Sondersatzes.
Insgesamt war in der Beratung lediglich ein Minderheitsantrag erfolgreich, nämlich derjenige von Markus Ritter (mitte, SG) zur Beschränkung des Vorsteuerabzugs auf die vom Vorsteuerabzug berechtigten Tätigkeiten. Heute gebe es beim Erwerb von qualifizierten Beteiligungen einen Vorsteueranspruch «im Rahmen der zum Vorsteuerabzug berechtigten unternehmerischen Tätigkeiten». Auf zusätzlichen anderen Tätigkeiten sei jedoch kein solcher Abzug möglich. Durch einen Änderungsvorschlag der Kommissionsmehrheit entstünde jedoch neu auch auf Letzteren ein Vorsteueranspruch, was nicht gerechtfertigt sei. Mit 105 zu 77 Stimmen (bei 1 Enthaltung) folgte der Nationalrat Ritter in dieser sehr technischen Frage. Die SVP- und die FDP.Liberale-Fraktion hatten die Version der Kommissionsmehrheit bevorzugt.
Stillschweigend hiess die grosse Kammer unter anderem in Übereinstimmung mit einer weiteren Motion Page (Mo. 17.3657) die Ausnahme der für eine Teilnahme an kulturelle Anlässe verlangten Entgelte von der Mehrwertsteuer gut. Unbestritten war auch die Schaffung einer Mithaftung für Mitglieder der geschäftsführenden Organe bei Serien-Konkursen. Auch die jährliche Abrechnungsmöglichkeit für die Mehrwertsteuer stiess im Nationalrat nicht auf Widerstand.
In der Gesamtabstimmung hiess der Nationalrat diese thematisch breite Mehrwertsteuerrevision mit 129 zu 53 Stimmen (bei 1 Enthaltung) gut. Sowohl die ablehnenden Stimmen als auch die Enthaltung stammten von Mitgliedern der SVP-Fraktion. Zudem nahm der Nationalrat auch die Petitionen von Campax mit dem Titel «Bloody unfair - runter mit der Tampon-Steuer!» (Pet. 19.2017) und von der Jugendsession 2017 zur «Überarbeitung der Mehrwertsteuer zu Gunsten der AHV» (Pet. 18.2006) zur Kenntnis.

In der Herbstsession 2021 behandelte der Nationalrat die Motion Lombardi (cvp, TI), mit welcher der Motionär die Möglichkeit für die Kantone beibehalten wollte, auf die Buchhaltungsdaten der Krankenversicherungen zur Prämienberechnung zuzugreifen. Mit 11 zu 9 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) hatte die SGK-NR die Ablehnung der Motion empfohlen und dabei wie zuvor der Bundesrat und ihre Schwesterkommission auf die nationalen Faktoren der Prämienberechnung verwiesen, welche die Kantone nicht beurteilen könnten. Die Kommission sprach der Motion überdies eine kostendämpfende Wirkung ab. Hingegen betonte die Minderheit Wyss (sp, BS) den Zusammenhang zwischen Transparenz und Kostenbewusstsein der Versicherten und verwies auf die wichtige Rolle der Kantone bei der Finanzierung der Gesundheitskosten sowie auf die fünf entsprechenden Standesinitiativen der Kantone Freiburg, Genf, Jura, Neuenburg und Tessin. Nachdem sich der Nationalrat mit 167 zu 9 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) für die Motion ausgesprochen hatte, vermutete Kommissionssprecherin Amaudruz (svp, GE) ein Problem in der Formulierung der Bedeutung der Ja- und Nein-Stimmen. Ihr Ordnungsantrag auf Wiederholung der Abstimmung wurde mit 142 zu 2 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) gutgeheissen, am Ausgang der Abstimmung änderte die Wiederholung jedoch nichts: Mit 93 zu 79 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) nahm der Nationalrat die Motion mit Stimmen aus allen Fraktionen erneut mehrheitlich an. Durch die Zustimmung beider Räte wird der Bundesrat somit beauftragt, dafür zu sorgen, dass die Kantone auch weiterhin Zugriff auf die entsprechenden Daten haben.

In der Sommersession 2021 beschäftigte sich die grosse Kammer als Zweitrat mit dem Bundesgesetz über die Durchführung von internationalen Abkommen im Steuerbereich (StADG), das im Rat grundsätzlich unbestritten war. Der Bundesrat sah eine Totalrevision des Bundesgesetzes über die Durchführung von zwischenstaatlichen Abkommen zur Vermeidung der Doppelbesteuerung vor, welches noch aus dem Jahr 1951 datiert und für veraltet befunden wurde. Die WAK-NR hatte das Geschäft im Vorfeld der Session zur Annahme empfohlen und war den Beschlüssen des Ständerats weitgehend gefolgt. Kommissionssprecherin Amaudruz (svp, GE) erklärte, die Kommission habe nur eine kleine Änderung hinsichtlich der Ausgleichszahlungen bei der Verrechnungssteuer vorgenommen. Zudem seien zwei Minderheitsanträge Aeschi (svp, ZG) eingereicht worden. Minderheitssprecher Aeschi forderte in diesen eine Abschwächung der Strafbestimmungen in zweierlei Hinsicht. Einerseits verlangte er die Streichung des Tatbestands der Fahrlässigkeit, sodass nur vorsätzlich ungerechtfertigte Rückerstattungen der Verrechnungssteuer bestraft werden könnten, andererseits wollte er die Busse auf maximal CHF 30'000 beschränken, während im Gesetzestext eine Busse bis zum «Dreifachen des unrechtmässigen Vorteils» vorgesehen war. Da sich jedoch alle Fraktionen mit Ausnahme der SVP ausdrücklich für die Kommissionsmehrheit und gegen die Minderheitsanträge ausgesprochen hatten, schienen diese Anliegen wenig aussichtsreich.
Bundesrat Maurer stellte erfreut fest, dass zwischen Parlament und Bundesrat keine Differenzen bestünden. Der Gesamtbundesrat akzeptiere die «sprachliche Präzisierung» der Kommissionsmehrheit. Maurer bat die grosse Kammer, die Minderheitsanträge von Nationalrat Aeschi abzulehnen, weil man sonst im vorliegenden Gesetz eine andere Strafbestimmung schaffen würde als im Verrechnungssteuergesetz. Zudem würde man ausländische Straftäter gegenüber inländischen bevorzugen. Die Minderheitsanträge wurden mit 139 zu 49 beziehungsweise 140 zu 49 Stimmen klar abgelehnt. Der Gesetzesentwurf als Ganzes wurde einstimmig angenommen und ging aufgrund der vorgenommenen Präzisierung des Gesetzestexts zur Differenzbereinigung zurück an den Ständerat.

In der Herbstsession 2020 behandelte der Nationalrat das Bundesgesetz über elektronische Verfahren im Steuerbereich. Die SGK-NR hatte in ihrer Vorberatung zwei weitreichende Änderungen der Vorlage vorgenommen: Hatte der Bundesrat die elektronische Durchführung von Steuerverfahren unter anderem bei der direkten Bundessteuer noch als Möglichkeit formuliert, wollte die Kommission die Kantone zur Einführung einer solchen Möglichkeit verpflichten. Dies stellte denn auch den Grund für den Nichteintretensantrag Amaudruz (svp, GE) dar: Es sei nicht richtig, Digitalisierung zu erzwingen; die Steuerzahlenden sowie die Kantone müssten die Wahlfreiheit haben, betonte die Minderheitensprecherin. Bundesrat Maurer warb für die bundesrätliche Kann-Formulierung: Der Bundesrat nehme regelmässig an der Finanzdirektorenkonferenz statt und tausche sich mit der Konferenz der kantonalen Steuerdirektoren aus, er werde also die Kantone nicht gegen ihren Willen zu der entsprechenden Umsetzung verpflichten. Sowohl in der Eintretensabstimmung (148 zu 45 Stimmen) als auch in der Detailabstimmung (139 zu 54 Stimmen) stellte sich der Rat gegen die SVP-Fraktion und hinter die Formulierung der Kommission.
Während der bundesrätliche Vorschlag der Kommission in diesem ersten Punkt nicht weit genug ging, ging er ihr in einem weiteren Punkt hingegen zu weit, nämlich in der Frage, ob der Bundesrat die elektronische Durchführung von Verfahren, die in seiner Zuständigkeit liegen – also bei der Mehrwertsteuer, der Stempelabgabe, beim AIA, der Amtshilfe und der Verrechnungssteuer –, vorschreiben können solle. Diese Kompetenz wollte die Kommission aus der Vorlage streichen, was bei einer Minderheit Rytz (gp, BE) auf Widerstand stiess. Man solle hier nicht die Möglichkeit schaffen, dass sich einzelne Unternehmen der elektronischen Durchführung entziehen könnten, argumentierte Rytz. Der Finanzminister verteidigte die Möglichkeit des Bundesrates, die Unternehmen zur Umstellung verpflichten zu können, da sonst in zwei, drei Jahren eine solche Formulierung neu ins Gesetz eingefügt werden müsste, wenn eine solche Verpflichtung dann doch erwünscht sein sollte. Wiederum folgte der Rat dem Vorschlag der Kommissionsmehrheit und lehnte den Minderheitsantrag Rytz mit 111 zu 81 Stimmen (bei 1 Enthaltung) ab. Den Minderheitsantrag unterstützten SP, Grüne und Grünliberale.
Überdies lagen zwei weitere Minderheitsanträge vor: Eine weitere Minderheit Amaudruz forderte den Verzicht auf einheitliche Formulare, welche die Kommission wieder hinzugefügt hatte, nachdem sie der Bundesrat nach der Vernehmlassung gestrichen hatte. Mit 139 zu 53 Stimmen fand auch dieser Vorschlag ausserhalb der Reihen der SVP-Fraktion keine Zustimmung. Des Weiteren forderte eine Minderheit Aeschi (svp, ZG) den Verzicht auf die systematische Nutzung der AHV-Nummern durch die ESTV, welche neu erlaubt werden sollte. Die Gefahr des Datendiebstahls sei zu hoch, wenn die AHV-Nummer überall verwendet werde, betonte er. Finanzminister Maurer konterte hingegen, dass es gerade bei Rentenauszahlungen am sichersten sei, wenn die ESTV dieselbe Identifikationsnummer verwende wie die AHV-Ausgleichskassen. «Denken Sie an die hundert Hans Müller», forderte er. Wiederum folgte der Rat mit 139 zu 53 Stimmen der Kommissionsmehrheit. Abschliessend stimmte der Nationalrat der geänderten Vorlage mit 148 zu 45 Stimmen zu, abgelehnt wurde sie von einer Mehrheit der SVP-Fraktion.

Nachdem die Sistierung des Doppelbesteuerungsabkommens mit Saudi-Arabien Ende 2019 aufgehoben worden war, hatte die WAK-NR das inhaltlich unbestrittene Abkommen dem Nationalrat zur Annahme empfohlen.
Kommissionssprecher Lüscher (fdp, GE) betonte die wichtige diplomatische Rolle der Schweiz in der Vermittlung zwischen Saudi-Arabien, Iran und den USA und plädierte für die Stärkung dieser Bindung. Auch wenn der Mord an Kashoggi «abstossend» sei, so könne die Schweiz derartige Staaten nur durch die Fortsetzung bilateraler Beziehungen für Themen wie Menschenrechte sensibilisieren, nicht durch das «Abbrechen von Brücken». Nach dem Abschluss eines Freihandelsabkommens und der Einführung des AIA zwischen den beiden Ländern, sei es zudem naheliegend gewesen, ein DBA auszuhandeln. Eine Minderheit Pardini (sp, BE) beantragte das Eintreten und die sofortige Rückweisung an den Bundesrat mit dem Auftrag, eine Strategie für den Umgang mit Saudi-Arabien vorzulegen. Jacqueline Badran (sp, ZH) stellte gar die Neutralität der Schweiz in Frage, wenn diese mit Ländern, welche «systematisch Menschenrechte mit Füssen treten», wirtschaftliche Kooperationen eingehe. Auch Céline Amaudruz (svp, GE) sprach sich im Namen ihrer Fraktion gegen das Abkommen aus, da die Schweiz in der Regel mehr Informationen ans Ausland liefere als umgekehrt und der Informationsaustausch eine Verletzung der finanziellen Privatsphäre der betroffenen Institutionen darstelle.
Die meisten Ratsmitglieder gaben sich jedoch mit dem bundesrätlichen Bericht zur Beziehung mit Saudi-Arabien zufrieden und legten dem Abkommen keine Steine in den Weg. Mit 120 zu 66 Stimmen (bei 0 Enthaltungen) beschloss der Nationalrat, auf die Vorlage einzutreten, und verzichtete auf die geforderte Rückweisung. Nicht ganz so eindeutig präsentierte sich die Situation bei der Schlussabstimmung, bei der das DBA mit einer deutlichen Mehrheit von 119 zu 71 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) abgelehnt wurde. Grund für das überraschende Resultat sei ein Fauxpas der SVP-Fraktion gewesen, bei der eine Mehrheit «den falschen Knopf gedrückt» habe, wie Thomas Matter (svp, ZH) in seinem Ordnungsantrag zur Abstimmungswiederholung erklärte. Dieser Sinneswandel stand im Widerspruch zur Stellungnahme von Nationalrätin Amaudruz während der Debatte. Dem Ordnungsantrag wurde stattgegeben, was die SVP nutzte, um dem Abkommen bei 111 zu 78 Stimmen (bei 5 Enthaltungen) zur Annahme zu verhelfen.

Le 6 décembre 2018, le Conseil national s'est à son tour exprimé en faveur de la convention contre les doubles impositions signée entre la Suisse et la Zambie (87 voix pour, 43 contre et 43 abstentions). Céline Amaudruz (udc, GE) avait au préalable fait savoir que les représentantes et représentants du groupe parlementaire de l'Union démocratique du centre avaient l'intention de s'abstenir ou de refuser l'accord soumis au vote, craignant notamment que ce dernier n'ouvre la porte à des demandes groupées ou «fishing expeditions». Dans les faits, le groupe UDC a finalement voté en majorité contre le projet du Conseil fédéral (43 voix contre, 8 pour et 1 abstention à l'occasion du vote sur l'ensemble, 67 voix contre lors du vote final).
La convention a en définitive été adoptée par chacune des deux chambres fédérales à l'occasion du vote final du 14 décembre 2018.

Le 6 décembre 2018, le Conseil national s'est à son tour exprimé en faveur du protocole modifiant la convention contre les doubles impositions entre la Suisse et l’Équateur (130 voix pour, 48 contre et 8 abstentions). Céline Amaudruz (udc, GE) avait au préalable fait savoir que les représentants du groupe parlementaire de l'Union démocratique du centre avaient l'intention de s'abstenir ou de refuser l'accord soumis au vote, craignant notamment que ce dernier n'ouvre la porte à des demandes groupées d'informations («fishing expeditions» ou «pêche aux données»).
La convention a en définitive été adoptée par chacune des deux chambres fédérales à l'occasion du vote final du 14 décembre 2018.

Die Neue Finanzordnung 2021 soll es dem Bundesrat ermöglichen, die direkten Bundessteuern (DBST) und die Mehrwertsteuer (MWST) befristet bis zum 31. Dezember 2035 auch weiterhin erheben zu können. Die geltende Finanzordnung erlaubt ihm dies lediglich bis 2020. In der Wintersession beriet der Nationalrat als Erstrat den entsprechenden Bundesbeschluss. Aufgrund der Wichtigkeit dieser Steuern – sie machen gemeinsam mit CHF 42 Mrd. pro Jahr mehr als 60 Prozent des Bundeshaushaltes aus – war die Verlängerung an sich unbestritten. Diskutiert wurde stattdessen über die Frage, ob die Regelung wie bis anhin befristet werden soll oder nicht – und allenfalls auf wie viele Jahre. Im Vernehmlassungsentwurf hatte der Bundesrat wie bereits im Bundesbeschluss zur Neuen Finanzordnung im Jahr 2002 eine Aufhebung der Befristung vorgeschlagen. Die Kantone hatten eine solche Änderung grösstenteils befürwortet, die Verbände waren ungefähr zur Hälfte dafür, die Parteien lehnten sie jedoch mehrheitlich ab. Der Bundesrat strich entsprechend den Vorschlag aus dem Bundesbeschluss, was die Nationalräte jedoch nicht von dessen Diskussion abhielt. Die sozialdemokratische und die grüne Fraktion beantragten durch einen Antrag Birrer-Heimo (sp, LU) eine Aufhebung der Befristung mit der Begründung, dass die Erhebung dieser Steuer aufgrund ihrer Relevanz sowie mangels Alternativen nicht in Frage gestellt werden könne und daher die regelmässig wiederkehrenden Abstimmungen darüber keinen Demokratiegewinn, sondern lediglich unnötige Kosten mit sich bringen würden. Eine erneute Befristung sei zudem nicht zentral für die kritische Diskussion des Steuersystems des Bundes sowie dessen Ausgaben und Einnahmen, da eine solche kaum im Rahmen der Neuen Finanzordnung, sondern im Rahmen von Sachabstimmungen stattfinde. Auf der anderen Seite bevorzugte die SVP-Fraktion, in Form eines Antrags Amaudruz (svp, GE), eine Befristung der Steuern auf 10 anstelle von 15 Jahren, was dem Volk eine häufigere Überprüfung der Angemessenheit dieser Steuern erlauben würde. Für den bundesrätlichen Vorschlag argumentierte Leo Müller (cvp, LU), dass eine erneute Befristung auf 15 Jahre einerseits der Tatsache Rechnung trage, dass die Aufhebung der Befristung der Bundessteuern bereits 1977, 1979 sowie 1991 an der Urne abgelehnt worden war, dass sie andererseits aber das Volk nicht bereits in kürzester Zeit wieder an die Urne rufe – wie es bei einer Befristung auf 10 Jahre der Fall wäre. Diese Meinung teilte die Mehrheit des Nationalrats und nahm den Entwurf des Bundesrates mit 178 zu 9 Stimmen an. Bestätigt wurde damit auch die Streichung einer mit dem Inkrafttreten des Biersteuergesetzes vom 6. Oktober 2006 hinfällig gewordenen Übergangsbestimmung zur Erhebung der Biersteuer (Art. 196 Ziff. 15 BV). Die Vorlage geht nun an den Ständerat, abschliessend werden Volk und Stände über die Verlängerung der Erhebung der Bundessteuern entscheiden.