In jeweils vier Sitzungen bereinigten National- und Ständerat das Bundesratsgeschäft über die steuerliche Berücksichtigung der Kinderdrittbetreuungskosten. Die beiden Räte konnten sich in der Frage, ob der Kinderabzug bei den direkten Bundessteuern pro minderjährigem oder in schulischer Ausbildung stehendem Kind von CHF 6'500 auf CHF 10'000 erhöht werden soll, bis zum Ende des Differenzbereinigungsverfahrens nicht einigen: Der Nationalrat befürwortete die entsprechende Erhöhung, wobei die Zustimmung zwischen den Behandlungen von 98 zu 90 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) auf 126 zu 67 Stimmen (bei 1 Enthaltung) stieg. Die FDP-Liberale-Fraktion hatte dazwischen vom gegnerischen ins Befürworterlager des erhöhten Abzugs gewechselt. Beat Walti (fdp, ZH) erklärte, man könne zu diesem Punkt stehen, da er als Konter gegen einen Abzug von CHF 25'000 für alle Familien ohne Erwerbserfordernis ins Gesetz aufgenommen worden sei. Im Grundsatz sei es auch nicht falsch, die Familien steuerlich zu entlasten. Die SP-, die Grüne und die GLP-Fraktion lehnten die Änderungen bis zum Schluss ab. Sie komme vor allem Familien mit hohen Einkommen zugute, kritisierte zum Beispiel Prisca Birrer-Heimo (sp, LU). Zudem schränke sie den Handlungsspielraum für Massnahmen ein, die wirkungsvoller und effizienter wären, legte Kathrin Bertschy (glp, BE) das Hauptargument für die grünliberale Ablehnung dar.
Diese Argumente dominierten auch das Differenzbereinigungsverfahren im Ständerat. Kurz vor dessen erster Behandlung des Geschäfts hatte die WAK-SR gemäss ihrem Sprecher Pirmin Bischof (cvp, SO) ihre Position geändert: Da das Bundesratsgeschäft zur Abschaffung der Heiratsstrafe kurz zuvor an die Kommission zurückgewiesen worden sei, wodurch man zwar einerseits Geld spare, aber andererseits die Ehepaare vorerst nicht unterstützen könne, wolle man wenigstens die Kinderzulagen erhöhen. Der Ständerat sprach sich jedoch mit 22 zu 21 Stimmen und mit 23 zu 20 Stimmen zweimal für Minderheitsanträge auf Festhalten aus. Die folglich notwendig gewordene Einigungskonferenz empfahl die Position des Nationalrats mit 19 zu 7 Stimmen zur Annahme, eine Minderheit Birrer-Heimo sprach sich für die Abschreibung der gesamten Vorlage in dieser Form aus. Ihr Antrag war jedoch im Nationalrat wie erwartet chancenlos: Mit 124 zu 55 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) stimmte die grosse Kammer der Vorlage erneut zu. Im Ständerat stellte Paul Rechsteiner (sp, SG) einen Ordnungsantrag auf Rückweisung an die Kommission als Alternative zum Abschreibungsantrag. Die Kommission solle die «finanziellen und verteilungspolitischen Folgen auch im Quervergleich der Steuervorlagen unter Einbezug der Kantone» abklären; Finanzminister Maurer versprach eine Auslegeordnung bis zur Wintersession. Der Ständerat lehnte jedoch den Ordnungsantrag mit 23 zu 15 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) ab und stimmte schliesslich dem Antrag der Einigungskonferenz mit 21 zu 20 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) äusserst knapp zu. Somit setzte sich der Nationalrat mit seiner Version durch. Die Schlussabstimmungen waren nur noch Formsache, mit denselben Allianzen wie zuvor nahmen der Nationalrat die Vorlage mit 132 zu 62 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) und der Ständerat mit 25 zu 17 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) an. Damit war das Geschäft jedoch noch nicht vom Tisch: SP-Fraktionschef Nordmann (sp, VD) kündigte noch vor der Schlussabstimmung an, dass seine Partei ein weiteres Mal das Referendum «gegen eine verfehlte steuerpolitische Vorlage» ergreifen werde.

Einen Tag bevor der Ständerat die Bundesratsvorlage zur Anpassung der Franchisen an die Kostenentwicklung behandelte, hatte die SP bereits verkündet, dass man, falls nötig, das Referendum gegen das Gesetz ergreifen werde. Die Franchisenerhöhung sei inakzeptabel, treffe mit den chronisch Kranken und älteren Menschen die Schwächsten am stärksten und sei deshalb ein Angriff auf die Solidarität, hatte Barbara Gysi (sp, SG) erklärt.

Von dieser Referendumsdrohung liess sich der Ständerat aber tags darauf in der Frühjahrssession 2019 nicht beeindrucken. Den Minderheitsantrag Stöckli (sp, BE) auf Nichteintreten lehnte er mit 28 zu 13 Stimmen ab und nahm die Vorlage in der Folge nach einer Präzisierung bezüglich der Bruttokosten in der Gesamtabstimmung mit 26 zu 13 Stimmen (2 Enthaltungen) an. Noch in derselben Session akzeptierte der Nationalrat die Änderungen stillschweigend, sodass die beiden Räte gut eine Woche später zur Schlussabstimmung schreiten konnten.

In der Zwischenzeit hatte sich jedoch die Ausgangslage verändert: Zwei Tage vor der Schlussabstimmung hatte SVP-Fraktionschef Aeschi (svp, ZG) erklärt, die SVP-Fraktion werde die Vorlage ablehnen. Man wolle nicht einseitig die Prämienzahlenden belasten, stattdessen müsse ein Gesamtpaket geschaffen werden, in dem auch die anderen Akteure wie Krankenkassen oder Ärztinnen und Ärzte ihren Beitrag leisten sollten, erklärte er. In der Ratsdebatte ergänzte Leo Müller (cvp, LU), auch die CVP unterstütze dieses Projekt nicht und werde sich der Stimme enthalten, zumal sie sich von Anfang an für eine umfassende – und keine einseitig die Patientinnen und Patienten belastende – Revision ausgesprochen habe. Dies führte bei den anderen bürgerlichen Parteien zu Unverständnis. Lorenz Hess (bdp, BE) nervte sich, dass die Ausgangslage nun plötzlich anders sei, obwohl sich inhaltlich nichts verändert hatte. Sowohl SVP als auch CVP hatten die Vorlage in der Wintersession 2018 noch geschlossen befürwortet. Beat Walti (fdp, ZH) sprach von einem «parlamentarische[n] Trauerspiel» und von einem «durchschaubare[n] und unglaubwürdige[n] Manöver». Roger Nordmann (sp, VD) warf der SVP vor, vor den eidgenössischen Wahlen das Referendum der SP gegen das Gesetz und die Debatte zur Franchisenerhöhung verhindern zu wollen, und Balthasar Glättli (gp, ZH) warf ein, dass es bereits «wahlkämpfelet», und lobte ironisch die «Pirouetten», die die SVP drehe. Dem widersprach Thomas Aeschi heftig. Das verfehlte Gesundheitssystem sei von der SP entworfen worden und unter der Federführung der damaligen SP-Bundesrätin Ruth Dreifuss unter Jubel der FDP und CVP entstanden. Nur die SVP habe damals schon prophezeit, was passieren werde – und habe Recht behalten. Die SVP werde nicht Hand bieten für den Versuch, das verrottete System durch ein paar «Pflästerli» zu heilen.
Und so kam es, wie die Vertreterinnen und Vertreter der FDP und der BDP befürchtet hatten: Mit 101 zu 63 Stimmen lehnte eine Allianz aus SP- und Grünen-Fraktion, einer Mehrheit der SVP-Fraktion sowie einzelnen Mitgliedern der CVP-Fraktion – der Grossteil der CVP-Fraktion enthielt sich wie angekündigt der Stimme – die Anpassung der Franchisen an die Kostenentwicklung ab und versenkte die Vorlage. Dass der Ständerat – und mit ihm alle fünf SVP-Ständeräte – die Vorlage mit 27 zu 14 Stimmen annahm, war somit gegenstandslos. Auch die Medien werteten den Meinungsumschwung bei der SVP und der CVP – ähnlich wie zuvor die Parlamentarierinnen und Parlamentarier – als «wahltaktisches Manöver» (Tagesanzeiger).