Nachdem der Nationalrat bezüglich des Bundesgesetzes über die steuerliche Behandlung finanzieller Sanktionen entgegen dem ersten Entscheid des Ständerats einer steuerlichen Abzugsfähigkeit von ausländischen Bussen unter gewissen Bedingungen zugestimmt hatte, präsentierte die WAK-SR Anfang 2019 diesbezüglich einen neuen Vorschlag: Ausländische Bussen sollen nur dann abzugsfähig sein, wenn die Sanktionen gegen den schweizerischen Ordre public verstossen oder die der Sanktion zugrunde liegenden Handlungen auf gutem Glauben beruhten. Martin Schmid (fdp, GR) erklärte für die Kommission, dass man die Meinung des Nationalrats teile, dass für Zahlungen aufgrund von willkürlichen und unfairen ausländischen Gerichts- oder Verwaltungsentscheiden – zum Beispiel wenn elementare Verfahrensgrundsätze der EMRK oder des Uno-Paktes verletzt wurden – die Möglichkeit eines Abzugs von den Steuern geschaffen werden solle. Man habe daher eine «Zwischenvariante» zwischen den Versionen des Bundesrates und des Nationalrates vorgeschlagen, bei der es jedoch an den juristischen oder natürlichen Personen liege, solche Verfahrensmängel oder ein Verhalten nach gutem Glauben gemäss Artikel 3 ZGB nachzuweisen. Anita Fetz (sp, BS) reichte einen Rückweisungsantrag an die Kommission ein. Sie erklärte, dass sich Juristinnen und Juristen ausserhalb der Bundesverwaltung – im Unterschied zu ihren Kolleginnen und Kollegen innerhalb der Verwaltung – nicht einig gewesen seien, wie die Klausel bezüglich des «guten Glaubens» genau zu interpretieren sei, da sie viel Ermessensspielraum lasse. Deshalb solle die Kommission diesen Aspekt nochmals besprechen und falls nötig präzisieren. Zusätzlich wies sie darauf hin, dass diese Regelung für die Kantone einen grossen Mehraufwand mit sich bringen würde und dass diese entsprechend vorgängig angehört werden sollten. Letzteres Argument fand auch bei Finanzminister Maurer Anklang. Trotz zahlreicher Wortmeldungen, in denen sich Kommissionsmitglieder über den Rückweisungsantrag erstaunt zeigten und argumentierten, dass die offene Frage problemlos im Zweitrat diskutiert werden könnte, hiess der Ständerat den Antrag Fetz mit 21 zu 18 Stimmen (bei 1 Enthaltung) gut.

In der Herbstsession 2018 beschäftigte sich der Ständerat mit der Revision des Verrechnungssteuergesetzes, insbesondere mit den drei vom Nationalrat gegenüber der bundesrätlichen Botschaft geschaffenen Änderungen. Beim «Kernstück der Revision», wie es Kommissionssprecher Bischof (cvp, SO) ausdrückte, hatte sich die WAK-SR mit 9 zu 3 Stimmen auf die Seite des Nationalrats geschlagen: Nachmeldungen sollen nicht nur bis zum Ende der Einsprachefrist zur Veranlagung möglich sein, sondern auch, solange Veranlagungs- oder Nachsteuerverfahren noch nicht rechtskräftig abgeschlossen sind, die Veranlagung also noch hängig ist. Diese Möglichkeit gelte aber nicht endlos, erklärte Bischof dem Rat: Bereits mit der bisherigen Rechtsetzung sei eine Rahmenfrist von 3 Jahren im Regelfall vorgesehen. Finanzminister Maurer erachtete diese Änderung als problematisch: Die Steuerpflichtigen hätten die Pflicht, die Veranlagung zu prüfen, wodurch fahrlässig verursachte falsche Angaben bereits entdeckt werden sollten. Liesse man den Steuerpflichtigen aber so viel Spielraum, wie es der Nationalrat und die Kommission beabsichtigten, würden es einige Personen womöglich «darauf ankommen lassen». Dann könnten sie die Rückerstattungen der Verrechnungssteuer bei einer allfälligen Verfahrenseröffnung «in letzter Minute» noch geltend machen und dies als Fehler oder Unterlassung deklarieren. Auch eine Minderheit Levrat (sp, FR) sprach sich für die Regierungsvorlage aus. Das Argument der Befürworter der nationalrätlichen Lösung, wonach die Regelung nur für Fahrlässigkeit, nicht aber für Betrugsabsichten gelte, liess Levrat nicht gelten: Solche Betrugsabsicht könnten kaum je nachgewiesen werden, argumentierte er. Trotz dieser Einwände folgte der Ständerat der Mehrheit seiner Kommission mit 30 zu 13 Stimmen.
Ein weiterer Streitpunkt betraf das Inkrafttreten des neuen Gesetzes. Aufgrund verfassungsrechtlicher Bedenken und Unsicherheit darüber, ob eine generelle Rückwirkung bis zum 1. Januar 2014 – wie sie der Nationalrat beschlossen hatte – auch für rechtskräftig abgeschlossene Fälle gelten würde, reichte eine Minderheit um Martin Schmid (fdp, GR) einen Alternativvorschlag ein: Eine Rückwirkung soll dann möglich sein, wenn «über den Anspruch auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer noch nicht rechtskräftig entschieden worden ist.» Diesem Minderheitsantrag folgte der Ständerat mit 24 zu 18 Stimmen (bei 1 Enthaltung). Zudem nahm die kleine Kammer einen Änderungsantrag der Kommission bezüglich der Meldefrist für Gewinne aus Geldspielen an, da diesbezüglich eine Inkongruenz zum Geldspielgesetz bestanden hatte. In der Gesamtabstimmung stimmte die Ständekammer der Revision des Verrechnungssteuergesetzes mit 30 Stimmen bei 11 Enthaltungen zu.

Noch in der Herbstsession 2018 bereinigten die Räte die Verrechnungssteuerrevision. Ohne grosse Diskussionen folgte der Nationalrat der kleinen Kammer in allen restlichen Differenzen und stimmte der Vorlage stillschweigend zu. Mit 38 zu 1 Stimmen (bei 6 Enthaltungen) und 137 zu 55 Stimmen (bei 1 Enthaltung) nahmen die beiden Räte die Revision in den Schlussabstimmungen an, im Nationalrat sprachen sich die Fraktionen der SP und der Grünen geschlossen gegen die Vorlage aus.

Im Dezember 2015 befasste sich der Ständerat erstmals mit dem Bundesgesetz über die Unternehmenssteuerreform III (USR III), das der Bundesrat im Juni präsentiert hatte und mit dem er den Unternehmensstandort Schweiz zu stärken beabsichtigte. Der Vorschlag des Bundesrats verfolgte zwei Stossrichtungen: Zum einen sollten die international nicht mehr akzeptierten Steuerermässigungen von Holding-, Domizil- und gemischten Gesellschaften abgeschafft werden, zum andern plante der Bundesrat, die Kantone bei der Senkung der Gewinnsteuersätze, die formell kein Bestandteil der USR III waren, finanziell zu unterstützen. Die Stossrichtungen der Vorlage waren in ihren Grundzügen in der kleinen Kammer unbestritten. In den Detailfragen beschlossen die Ständerätinnen und Ständeräte indes einige Differenzen zum Bundesrat. Mit 26 zu 19 Stimmen folgten sie dem Antrag der vorberatenden Wirtschaftskommission (WAK-SR), die sich mit 7 zu 4 Stimmen für die Beibehaltung der Emissionsabgaben auf Eigenkapital ausgesprochen hatte. Dies sei kein zentraler Punkt der Reform. Zudem liessen sich so jährlich rund CHF 230 Mio. sparen, argumentierte Ständerat Zanetti (sp, SO) im Namen der Kommissionsmehrheit. Eine Minderheit Keller-Sutter (fdp, SG) hatte für den Vorschlag des Bundesrats Partei ergriffen – erfolglos. Auch bei der Frage, wie hoch Dividenden künftig besteuert werden sollten, schuf der Ständerat eine Differenz zur Regierung. Der Antrag der WAK-SR, dem Vorschlag des Bundesrates zu folgen und die Teilbesteuerung von Dividenden auf 70% zu vereinheitlichen, scheiterte mit 19 zu 26 Stimmen an einem Minderheitsantrag Schmid (fdp, GR), der den Kantonen in dieser Frage weiterhin die Federführung überlassen wollte. Die Erhöhung hätte dem Bund CHF 100 Mio. und den Kantonen rund CHF 330 Mio. Mehreinnahmen pro Jahr beschert. Eine Minderheit Fetz (sp, BS), die Dividenden zu 100% besteuern wollte, war in der kleinen Kammer indes chancenlos. Wenig überraschend stimmten die Standesvertreter mit 35 zu 6 Stimmen bei 4 Enthaltungen einem Kommissionsantrag, die Kantonsanteile an der direkten Bundessteuer statt nur auf 20,5 direkt auf 21,2% zu erhöhen, zu. Dadurch sollten die Kantone zusätzlichen Spielraum zur Senkung der kantonalen Gewinnsteuersätze erhalten. Dem Bund gingen dadurch rund CHF 150 Mio. jährlich verloren. Eine weitere Differenz schuf der Ständerat im Bereich des Steuerabzugs von Aufwendungen für Forschung und Entwicklung. Mit 25 zu 19 Stimmen hiess er einen Antrag seiner WAK-SR gut, die sogenannte Inputförderung auf 150% der F&E-Mittel zu begrenzen. Die Kommission wollte damit der Gefahr einer Nullbesteuerung und eines zu starken kantonalen Steuerwettbewerbs begegnen. Ohne Erfolg blieb indes der Antrag einer Minderheit Germann (svp, SH), die eine zinsbereinigte Gewinnsteuer in die Vorlage aufnehmen wollte. Die Bedenken der Kommissionsmehrheit zur internationalen Akzeptanz einer solchen Massnahme und zu den drohenden Mindereinnahmen bei Bund (CHF 270 Mio.) und Kantonen (CHF 350 Mio.) teilten in der ersten Beratungsrunde 30 der 44 abstimmenden Ständeräte. Dies passte zum Grundtenor der ersten ständerätlichen Beratungsrunde, das "Fuder nicht überladen" zu wollen.