Nachdem der Vorschlag der WAK-SR bereits ausführlich ausserhalb des Parlaments diskutiert worden war, folgte im Juni 2018 die Ständeratsdebatte zur Steuervorlage 17. Kommissionspräsident Pirmin Bischof (cvp, SO) stellte dem Rat den Kommissionsvorschlag detailliert vor und betonte, der Kompromiss sei kein Diktat, auch nicht für die Schwesterkommission, aber er stelle «im Moment die beste Lösung» dar. Um diesen Kompromiss zu erarbeiten, habe die Kommission Vertreterinnen und Vertreter verschiedenster Organisationen und Behörden angehört, darunter Delegierte der FDK, des Kantons Zürich, des Städte- und des Gemeindeverbands, von Economiesuisse oder des Gewerkschaftsbundes. Die ESTV und das BSV hätten zudem auf Verlangen der Kommission 24 Berichte erstellt. Unter anderem war ein Gutachten des Bundesamtes für Justiz zum Schluss gekommen, die Vorlage sei «verfassungsrechtlich vertretbar». Bischof betonte, dass der Kompromiss alle Eckpunkte des Vorschlags der WAK-SR umfasse und nur in seiner Gesamtheit in dieser Breite getragen werde. Würden Teile davon verändert, sei diese Unterstützung nicht mehr vollständig gegeben. Abschliessend betonte Bischof, dass die Kommission offen sei für Alternativvorschläge.
Im Ratsplenum rief die Vorlage ebenfalls gemischte Gefühle hervor. Die in «Bundesgesetz über die Steuerreform und die AHV-Finanzierung» (STAF) umgetaufte Vorlage sei eine «Sternstunde der parlamentarischen Arbeit», lobte Roberto Zanetti (sp, SO). Viele Ratsmitglieder betonten hingegen ihre Skepsis, einige wurden sogar richtig deutlich: Thomas Minder (parteilos, SH) sprach von einer «Birchermüesli-Politik», Alex Kuprecht (svp, SZ) von einem «Sündenfall» und Werner Luginbühl (bdp, BE) von einem Kauf von Mehrheiten mit Geschenken. Mehrfach wurde das Gutachten des BJ als politische Gefälligkeit anstelle einer juristischen Einschätzung bezeichnet. Finanzminister Maurer wurde nicht müde, die Wichtigkeit der SV17, respektive dem STAF, zu betonen und den Kompromiss zu loben.
Inhaltlich gab es kaum Streitpunkte, was die NZZ darauf zurückführte, dass die Vorlage ein politischer Balanceakt sei: Man könne kein Element ändern, ohne das alles auseinanderbreche. Dennoch wurden drei Änderungsanträge eingebracht. Eine Minderheit I Zanetti forderte, die minimale Dividendenbesteuerung der Kantone gemäss dem Vorschlag des Bundesrates auf 70 Prozent zu erhöhen, da die Kantone diese Regelung erarbeitet hätten und diese bevorzugen würden. Finanzminister Maurer pflichtete ihm bei und bat den Rat darum, der Minderheit I zu folgen. Gleichzeitig beantragte eine Minderheit II Föhn dem Ständerat, darauf zu verzichten, den Kantonen bezüglich Dividendenbesteuerung Vorgaben zu machen, da die Unternehmen gemäss dem Vorschlag der WAK-SR bereits genügend zur Kasse gebeten würden. Mit 25 zu 14 Stimmen (5 Enthaltungen) und 26 zu 12 Stimmen (6 Enthaltungen) setzte sich der Kommissionvorschlag gegen die zwei Minderheitsvorschläge durch. Eine Minderheit Fetz wollte erreichen, dass die Regeln zum Kapitaleinlageprinzip (KEP) auch auf Nennwertsenkungen angewendet werden und dass Gratisaktien und Gratisnennwerterhöhungen unterbunden werden. Anita Fetz (sp, BS) bat um Zustimmung zu ihrem Minderheitsantrag, damit die bei der Unternehmenssteuerreform II gemachten Fehler korrigiert werden könnten. Mit 30 zu 11 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) sprach sich der Ständerat gegen eine solche Änderung aus. Unverändert wurde der Kommissionsvorschlag somit an den Zweitrat weitergereicht.

Wie erhofft konnte der Ständerat den Erlassentwurf zur Schaffung einer gesetzlichen Grundlage für die Überwachung von Versicherten, der in Erfüllung einer Kommissionsinitiative der SGK-SR durch das Kommissionssekretariat erarbeitet worden war, in der Wintersession 2017 behandeln. Mittels der Kommissionsinitiative war der Observationsartikel aus der Revision des Allgemeinen Teils des Sozialversicherungsrechtes (ATSG) herausgenommen worden, um den Prozess zu beschleunigen. Konrad Graber (cvp, LU) ging dennoch auf die Rückmeldungen aus der Vernehmlassung des ATSG ein. So wiesen die Vernehmlassungsantworten zwei Grundstossrichtungen auf: Den Behinderten- und Arbeitnehmerorganisationen, der SP und den Grünen gingen die vorgeschlagenen Regelungen zu weit, den Kantonen, Arbeitgeberorganisationen und bürgerlichen Parteien hingegen nicht weit genug. Ein ähnliches Muster zeigte sich in der Folge auch in der Ständeratsdebatte zum Erlassentwurf. Alex Kuprecht (svp, SZ) akzentuierte den Handlungsbedarf, der durch betrügerisch erworbene Renten in Millionenhöhe entstehe. Er betonte zudem, dass die im Erlassentwurf aufgeführten Observationen nicht leichtfertig durchgeführt würden, sondern zahlreiche Verdachtsmomente dazu notwendig seien. Letzterem widersprachen Hans Stöckli (sp, BE), Paul Rechsteiner (sp, SG) und Géraldine Savary (sp, VD) vehement: So hätten sich ein Drittel aller bisherigen Observationen als falsch, unnötig oder nicht zielführend erwiesen. Im neuen Erlass habe das Kommissionssekretariat die bundesrätliche Vorlage und damit die Möglichkeiten zur Überwachung erheblich verschärft. Neu sollen auch Tonaufzeichnungen und GPS-Tracker zur Ergänzung der Überwachung verwendet werden können und die Überwachung soll auf alle von öffentlichen Orten einsehbaren Bereiche ausgeweitet werden.
Die linke Ratsseite kritisierte insbesondere, dass diese Massnahmen zur Anwendung kämen, bevor ein begründeter Verdacht auf einen Straftatbestand bestehe, also bevor die Sozialversicherer Strafanzeige erstatten könnten. Somit erlaube die Revision strengere Observationsmöglichkeiten für den zivilen Teil eines Vergehens als für den strafrechtlichen Teil, was der Verhältnismässigkeit zuwiderlaufe. Diese kritische Meinung zur Reform teilte auch eine Gruppe von vier Staatsrechtlern, welche die Reform in einem Schreiben aufgrund der vielen Blankettnormen ohne erforderliche rechtsstaatliche Sicherungen als ausserordentlich problematisch bezeichneten. Stöckli kritisierte neben dem Erlasstext auch dessen Ausarbeitung: Beim Nachrichtendienstgesetz habe man „sehr seriös und unter Einbezug aller Eventualitäten eine rechtsstaatlich korrekte Gesetzgebung vorgenommen”, während hier in kürzester Zeit Massnahmen geschaffen worden seien, die wesentlich weiter gingen als die Massnahmen zum Staatsschutz und zur Terrorismusbekämpfung. Zudem sei der bundesrätliche Vorschlag nach der Vernehmlassung verschärft worden, ohne dass es nochmals Anhörungen gegeben hätte. Rechsteiner wies überdies auf die Rechtsungleichheit hin, welche diese Änderungen in Kombination mit der zwei Tage zuvor abgelehnten Verschärfung der staatlichen Mittel gegenüber Steuerdelinquenten bewirkten.
Um diese zahlreichen Bedenken klären zu können, schlug Raphaël Comte (fdp, NE) vor, die Vorlage an die Kommission zurückzuweisen. Dies lehnten aber zahlreiche Sprecherinnen und Sprecher ab, da eine Rückweisung zu einer Verzögerung von mindestens drei Monaten führen und keinen Mehrwert bringen würde. Stattdessen könnten diese Fragen auch im Plenum geklärt werden. Folglich wurde der Antrag Comte mit 15 zu 23 Stimmen (bei 5 Enthaltungen) abgelehnt. In der Detailberatung wurde zuerst geklärt, inwiefern richterliche Bewilligungen für Observationen nötig sein sollen. Der kleinen Kammer ging der Minderheitsantrag Rechsteiner zu weit, wonach für alle Observationen neben konkreten Anhaltspunkten auf einen unrechtmässigen Leistungsbezug sowie der Aussichtslosigkeit oder der unverhältnismässigen Erschwerung von Abklärungen ohne Observationen auch eine richterliche Genehmigung vorliegen müsse. Stattdessen folgte sie dem Antrag Caroni (fdp, AR) und verlangte nur für den Einsatz von technischen Instrumenten zur Standortbestimmung eine richterliche Bewilligung. Ansonsten sollen Personen mit Direktionsfunktion beim Versicherungsträger die Berechtigung zur Anordnung von Observationen erhalten. Ein weiterer umstrittener Punkt betraf die Frage, ob Observationen ausschliesslich im öffentlich zugänglichen Raum oder in einer weiteren Fassung auch an einer von einem allgemein zugänglichen Ort frei einsehbaren Stelle erlaubt sein sollen. Stöckli sprach sich dafür aus, die bestehende Gesetzgebung im Strafprozess zu übernehmen und damit auch die Vernehmlassungskritik ernst zu nehmen, in der befürchtet worden war, dass neu auch Observationen im Privatbereich möglich werden würden. Bundesrat Berset bestätigte jedoch, dass eine weitere Fassung der Regelung die geltende Praxis kodifiziere, die überdies gemäss Kuprecht auch vom Bundesgericht gestützt worden war (BGE 8C 272/2011). Folglich entschied sich auch der Ständerat mit 33 zu 10 Stimmen für diese Fassung. Der Bundesrat solle die Anforderungen an mit Observationen beauftragte Personen definieren können, entschied der Ständerat abschliessend. In der Gesamtabstimmung zeigten sich die meisten Mitglieder des Ständerats mit den Änderungen einverstanden und nahmen die Vorlage mit 32 zu 8 Stimmen (bei einer Enthaltung) an.

Wie Bundesrat Guy Parmelin bereits im Anschluss an die Volksabstimmung vom 25. September 2016 angekündigt hatte, schickte der Bundesrat Anfang 2017 die Verordnungen zum neuen Nachrichtendienstgesetz in die Vernehmlassung. Es handelte sich dabei einerseits um die Verordnung über den Nachrichtendienst (NDV), die dort greift, wo das NDG der Präzisierung bedarf. So werden darin etwa die Zusammenarbeit des NDB mit in- und ausländischen Stellen, die Informationsbeschaffung, der Datenschutz und die Archivierung, die Kontrolle, der interne Schutz, die Sicherheitsmassnahmen sowie die Bewaffnung des NDB konkretisiert. Andererseits handelte es sich um die Verordnung über die Informations- und Speichersysteme des NDB, die technische Regelungen zum Betrieb, zum Inhalt und zur Nutzung dieser Systeme enthält. In einer separaten Vernehmlassung, die im März eröffnet wurde, holte der Bundesrat zudem Stellungnahmen zur Verordnung über die Aufsicht über die nachrichtendienstlichen Tätigkeiten (VAND) ein. Diese dritte Umsetzungsverordnung regelt administrative Fragen bezüglich der Aufsichtsbehörde (AB-ND), die Kontrolle der Funk- und Kabelaufklärung durch die Unabhängige Kontrollinstanz (UKI) sowie die Zusammenarbeit zwischen dem Bund und der Dienstaufsicht in den Kantonen. Für Kritik sorgte, dass die AB-ND administrativ dem Generalsekretariat des VBS zugeordnet werden sollte. Das entspreche nicht dem Willen des Parlaments, das während der Beratung des NDG den Bundesrat per Motion (15.3498) dazu aufgefordert hatte, Möglichkeiten für eine Aufsicht ausserhalb der Bundesverwaltung aufzuzeigen, monierte Nationalrätin Edith Graf-Litscher (sp, TG) gegenüber der Presse; nicht zuletzt habe das Versprechen einer starken und unabhängigen Aufsicht Viele dazu bewogen, dem Gesetz in der Volksabstimmung zuzustimmen. Weniger problematisch sahen dies Ständerat Alex Kuprecht (svp, SZ), Präsident der GPDel und damit der parlamentarischen Oberaufsicht über den NDB, sowie EDÖB Adrian Lobsiger, die beide die operative Selbstbestimmung der Aufsicht durch deren rein administrative Ansiedlung beim VBS – überdies mit eigenem Budget – nicht gefährdet sahen, wie sie in den Medien erklärten.
Daneben traf der Bundesrat weitere Vorbereitungen für die geplante Inkraftsetzung des neuen NDG am 1. September 2017. So hob er in der bestehenden Verordnung über den Nachrichtendienst des Bundes (V-NDB) die Vorschrift auf, dass der NDB Informationen über das Inland und solche über das Ausland in intern getrennten Organisationseinheiten beschaffen muss. Damit werde «ein letztes Überbleibsel» der einst getrennten Inlands- und Auslandsnachrichtendienste abgeschafft, wie es in der entsprechenden Medienmitteilung hiess. Die V-NDB wird mit Inkrafttreten des neuen NDG ihre Geltung zwar verlieren, doch dass die Fusion im Hinblick auf das neue NDG schon vorzeitig vollzogen werde, sei organisatorisch «sicher sinnvoll», zitierte die NZZ GPDel-Präsident Kuprecht. Gemäss Bundesrat könne der NDB nun seine Organisationsstruktur optimieren und Synergien nutzen. Zudem wählte der Bundesrat im Mai – und damit fast ein halbes Jahr später als von Verteidigungsminister Parmelin ursprünglich angekündigt – den Juristen Thomas Fritschi zum Leiter der AB-ND. Er werde die Aufsichtsbehörde ab August organisatorisch und personell aufbauen, gab die Regierung per Medienmitteilung bekannt.
In der Vernehmlassung wurden erhebliche Einwände hauptsächlich von Mitgliedern des ehemaligen Referendumskomitees vorgebracht, darunter die Forderung, die AB-ND ausserhalb der Bundesverwaltung anzusiedeln. Im Ergebnisbericht erläuterte das VBS, dass dafür eine Änderung des formellen Gesetzes vonnöten wäre, weshalb dieser und weitere Vorschläge nicht in den Entwurf übernommen wurden. Die Kantone als Hauptadressaten des Verordnungsrechts sowie die KKJPD und die KKPKS unterstützten die in den Vorentwürfen eingeschlagene Stossrichtung dagegen einhellig. Von ihnen geäusserte Anpassungswünsche, wie auch die Empfehlungen des Bundesverwaltungsgerichts und der GPDel habe der Bundesrat weitestgehend in die Entwürfe übernommen, erläuterte er per Medienmitteilung. Die Sicherheitspolitischen Kommissionen beider Räte nahmen darauf zur Kenntnis, dass die Regierung die wichtigsten in der Vernehmlassung ausgesprochenen Empfehlungen berücksichtigt habe und verzichteten auf weitere Änderungsvorschläge an den Bundesrat. Sie sprachen sich für eine schnellstmögliche Inkraftsetzung des NDG und der dazugehörigen Verordnungen aus, damit der NDB seinem Auftrag zum Schutz des Landes nachkommen könne.
Der Bundesrat verabschiedete die drei Verordnungen Mitte August und setzte sie zusammen mit dem NDG auf den 1. September 2017 in Kraft. Ab dann kann der NDB seine neuen Kompetenzen wahrnehmen und die neuen Überwachungsmittel einsetzen.
Einen Tag vor dem Inkrafttreten kündigte eine Handvoll Personen aus dem Umfeld der Digitalen Gesellschaft an, beim NDB ein Gesuch um Unterlassung der neuen Kabelaufklärung, d.h. der Durchsuchung des grenzüberschreitenden Internetverkehrs nach Stichworten, einzureichen. Wie die Aargauer Zeitung berichtete, konnten sie unter anderem den Schweizer Anwalt Edward Snowdens, Marcel Bosonnet, für ihre Sache gewinnen. Dennoch rechneten sie nicht damit, dass der NDB ihrem Begehren stattgeben werde, planten aber, anschliessend den Rechtsweg zu beschreiten, «notfalls bis zum EGMR in Strassburg», wie die Zeitung den federführenden Anwalt und Präsidenten von Grundrechte.ch Viktor Györffy zitierte. Spätestens dort würden sie recht erhalten, zeigte sich Györffy überzeugt, denn die «anlasslose Massenüberwachung», die der NDB von jetzt an praktiziere, verletze das Grundrecht auf Privatsphäre, die Unschuldsvermutung und das Verhältnismässigkeitsprinzip.

Sport-, Musik- und Kulturvereine müssen in Zukunft keine direkte Bundessteuer mehr bezahlen, wenn sie weniger als CHF 20'000 Gewinn erzielen. Dies beschloss im März 2015 der Nationalrat, der einer Änderung des Bundesgesetzes über die Gewinnbesteuerung von juristischen Personen mit ideellen Zwecken mit 126 zu 58 Stimmen zustimmte. Der Ständerat hatte die Erhöhung der entsprechenden Freigrenze von CHF 2000 auf CHF 20'000 bereits im Vorjahr einstimmig gutgeheissen. Für Vereine und Stiftungen hatte zuvor eine Steuerfreigrenze von CHF 5000 gegolten. Anders als in der kleinen Kammer gab der Vorschlag des Bundesrates, der auf eine Motion Kuprecht (svp, SZ) aus dem Jahr 2009 zurückgeht, Anlass zu Diskussionen. Eine Minderheit Caroni (fdp, AR), die in den Vorberatungen in der Kommission für Wirtschaft und Abgaben des Nationalrats (WAK-NR) nur knapp (11 zu 12 Stimmen) unterlegen war, wollte nicht auf die Vorlage eintreten. Mit der bestehenden gesetzlichen Regelung seien die Instrumente vorhanden, um Vereine mit entsprechenden Zielen zu unterstützen, so Caroni. Zudem wies die Minderheit auch auf die zu erwartenden Steuerausfälle im hohen einstelligen Millionenbereich hin. Ausserhalb von FDP und GLP vermochten die Argumente der Minderheit jedoch nur noch Teile der SP zu überzeugen, was schliesslich dazu führte, dass der Nationalrat mit 116 zu 63 Stimmen bei einer Enthaltung das Eintreten beschloss und kurze Zeit später dann auch die Gesetzesänderung guthiess.

Im Juni 2014 unterbreitete der Bundesrat dem Parlament die Botschaft zum Bundesgesetz über die Gewinnbesteuerung von juristischen Personen mit ideellen Zwecken, das auf eine Motion Kuprecht (svp, SZ) aus dem Jahr 2009 zurückgeht. Juristische Personen, die ideelle Zwecke verfolgen und deren Gewinne CHF 20'000 nicht überschreiten, sollen von der direkten Bundessteuer befreit werden, sofern diese Gewinne ausschliesslich ideellen Zwecken gewidmet sind. Darunter fällt auch die Jugend- und Nachwuchsförderung von Vereinen, die unter geltendem Recht nur dann steuerbefreit ist, wenn sie konkret das Gemeinwohl fördert. Der Ständerat stimmte dieser Ausweitung der Steuerbefreiungstatbestände im September 2014 einstimmig zu. Die Vorlage war zum Jahresende im Nationalrat noch nicht behandelt worden.

Im Vorjahr hatte der Ständerat eine Motion Kuprecht (svp, SZ) befürwortet, die Vereine von der Steuerpflicht befreien will. Vereine, die ihre Erträge und Vermögensmittel für ideelle Zwecke, namentlich die Jugend- und Nachwuchsförderung einsetzen, sollen ganz oder zu einem bestimmten Betrag steuerbefreit werden. Die vorberatende Kommission des Nationalrates folgte der Argumentation des Bundesrates, der vor allem auf Schwierigkeiten der Abgrenzung hingewiesen hatte, und lehnte die Motion ab. Der Nationalrat folgte jedoch dem Ständerat und überwies die Motion. (Zu den Parteispenden siehe auch hier)

Mit einer Motion verlangte Ständerat Kuprecht (svp, SZ) Vereine von der Steuerpflicht zu befreien. Speziell Vereine, die ihre Erträge und Vermögensmittel für ideelle Zwecke, namentlich die Jugend- und Nachwuchsförderung einsetzen, sollen ganz oder zu einem bestimmten Betrag steuerbefreit werden. Kuprecht argumentierte, dass Vereine eine wichtige Funktion für die Gesellschaft erfüllen und deshalb einer Spezialbehandlung durch die Steuerbehörde sinnvoll sei. In seiner Antwort lobte der Bundesrat denn auch die vielfältigen Funktionen von Vereinen und deren Verdienste für die Gesellschaft. Er stellte sich der Motion jedoch ablehnend gegenüber, da die Abgrenzung von Selbsthilfezwecken und ideellem Handeln in der Praxis schwer umzusetzen sei und ausserdem die Jugend- und Nachwuchsförderung bereits unter geltendem Recht steuerbefreit sei. Der Ständerat nahm jedoch die Motion an.