In der Herbstsession 2023 behandelte der Nationalrat eine parlamentarische Initiative von Balthasar Glättli (gp, ZH) mit der Forderung, Kriegsgewinne in Zusammenhang mit dem Krieg in der Ukraine mit einer sogenannten Windfall Profit Tax zu besteuern. Eine Mehrheit der WAK-NR hatte sich zuvor gegen Folgegeben ausgesprochen, wobei sie als Gründe technische Umsetzungsschwierigkeiten und unverhältnismässige Eingriffe in den Markt anfügte. Initiant Glättli meldete sich im Rat für die befürwortende Minderheit Michaud Gigon (gp, VD) zu Wort, die dem Nationalrat Folgegeben empfahl. Dabei verwies er auf das Beispiel Glencore: Das Unternehmen habe im letzten Jahr 25 Mal mehr Umsatz gemacht als in den Jahren zuvor – und sei damit nicht allein. Trotz dieses Votums sprach sich der Nationalrat mit 109 zu 75 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) gegen Folgegeben aus. Befürwortet wurde der Vorstoss von der SP- und der Grünen-Fraktion sowie von einzelnen Mitgliedern der Grünliberalen und der Mitte.

Im Juni 2023 verlangte die WAK-NR in einer Motion eine angemessene, auf dem Substanzwert basierende Bewertung von personenbezogenen Gesellschaften für die Bemessung der Vermögenssteuern. Als personenbezogene Gesellschaften definierte sie diejenigen Gesellschaften, deren «hauptsächliche Wertschöpfung vom Inhaber oder von der Inhaberin der Gesellschaft erzielt wird». Die Motion basierte auf einer parlamentarischen Initiative Amaudruz (svp, GE; Pa.Iv. 21.520), welche der Nationalrat abgelehnt hatte. In der Nationalratsdebatte in der Herbstsession 2023 legten die Kommissionssprecherinnen Schneeberger (fdp, BL) und Amaudruz die Problematik etwas ausführlicher dar: Gemäss StHG erfolge die Bewertung der Wertpapiere zum Verkehrswert, wobei jedoch die entsprechende Berechnung für die steuerpflichtige Person unklar sei. Die Lösung, welche die ESTV in einem Kreisschreiben verbreitet habe, führe nun aber bei einem tiefen Kapitalisierungsfaktor zu stossend hohen Ertragswerten. Eine Minderheit Glättli (gp, ZH) empfahl die Motion zur Ablehnung, da die Kantone bereits Spielraum hätten und diesen auch nutzten. Mit 118 zu 68 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) nahm der Nationalrat die Motion an.

Im September 2022 reichte Balthasar Glättli (gp, ZH) eine parlamentarische Initiative ein, mit der er Kriegsgewinne in Zusammenhang mit dem Krieg in der Ukraine mit einer sogenannten Windfall Profit Tax besteuern wollte. «Deutliche Übergewinne», die insbesondere in Energieproduktion und Energiehandel, Rohstoffhandel und Rüstungsproduktion zu finden seien, sollten gemäss Initiant durch eine temporäre Übergewinnsteuer auf Bundesebene abgeschöpft werden. Damit sollen die «deutlichen Mehrausgaben» der öffentlichen Hand, etwa durch mögliche Unterstützungsmassnahmen aufgrund des Anstiegs der Energiepreise oder durch eine Beteiligung der Schweiz am Wiederaufbau der Ukraine finanziert werden. Die WAK-NR beantragte mit 15 zu 10 Stimmen, der Initiative keine Folge zu geben, da eine solche Steuer die «Marktmechanismen erheblich stören würde» und technisch schwierig umzusetzen wäre. Eine Minderheit Michaud Gigon (gp, VD) verwies indes auf andere Länder mit einer solchen Steuer, auf entsprechende Forderungen beispielsweise von UNO-Generalsekretär Guterres sowie auf die Gefahr eines Reputationsschadens für den Wirtschaftsstandort Schweiz durch hohe Gewinne der entsprechenden Unternehmen.

Bereits in der Wintersession 2022 beriet das Parlament den Bundesbeschluss über eine besondere Besteuerung grosser Unternehmensgruppen fertig. Dies war nötig, damit die entsprechende Verordnung ab dem 1. Januar 2024 in Kraft treten und die Regelungen der OECD somit termingerecht umgesetzt werden können – vorausgesetzt, die Stimmbevölkerung heisst die Verfassungsänderung im Juni 2023 an der Urne gut.

Nach dem Ständerat, der sich bereits in der Herbstsession zur Vorlage geäussert hatte, setzte sich zu Beginn der Wintersession der Nationalrat mit dem Bundesbeschluss zur Änderung der Verfassung auseinander. Vertreterinnen und Vertreter der bürgerlichen Parteien unterstrichen in der Eintretensdebatte die Notwendigkeit der Vorlage, auch wenn sie teilweise als notwendiges Übel dargestellt wurde. Sie betonten, dass sich der Standortwettbewerb in den kommenden Jahren aufgrund der OECD-Mindestbesteuerung verstärken werde und die betroffenen Kantone ihre sinkende Steuerattraktivität kompensieren müssten. Dem pflichtete der Finanzminister später bei, als er betonte, dass es aufgrund dieser Vorlage zu grossen Veränderungen kommen werde – der Standortwettbewerb verlagere sich auf Bereiche, in denen «die Schweiz nicht mithalten kann». Vertreterinnen und Vertreter der links-grünen Parteien hingegen erachteten die OECD-Reform als Versuch, den in ihren Augen schädlichen internationalen Steuerwettbewerb einzuschränken. Entsprechend sollten die daraus resultierenden Einnahmen nicht erneut dafür eingesetzt werden, einzelne Kantone für Unternehmen attraktiver zu machen, womit auch die interkantonale Ungleichheit noch verstärkt würde. Eintreten war in der Folge unbestritten.

Die grosse Debatte betraf in der Folge die Frage, wie die aufgrund der Ergänzungssteuer erzielten Mehreinnahmen zwischen Bund und Kantonen verteilt werden sollen. Der Bundesrat hatte in Absprache mit den Kantonen eine Verteilung von 25 Prozent für den Bund und 75 Prozent für die Kantone vorgeschlagen, der Ständerat war seinem Antrag gefolgt. Eine Minderheit III Walti (fdp, ZH) vertrat diese Position im Nationalrat. Die WAK-NR befürwortete hingegen eine Verteilung von 50-zu-50 Prozent für Bund und Kantone, wobei eine Obergrenze von CHF 400 pro Einwohnerin und Einwohner geschaffen werden sollte. Einerseits sei die finanzielle Situation der Kantone deutlich besser als diejenige des Bundes, zudem sei ein Engagement des Bundes im Standortwettbewerb vonnöten, begründete Landolt (mitte, GL) im Namen der Kommission den höheren Bundesanteil. Schliesslich führe dieser Vorschlag in 16 Kantonen zu Mehreinnahmen gegenüber dem bundesrätlichen Vorschlag. Daneben lagen jedoch zahlreiche Minderheitsvorschläge vor. Zwei Minderheiten I Grossen (glp, BE) und II Feller (fdp, VD) befürworteten die Verteilung von 50 zu 50, lehnten aber die Pro-Kopf-Obergrenze ab. Die Minderheit I Grossen wollte die Gelder zu zwei Dritteln entsprechend der kantonalen Wirtschaftsleistung und zu einem Drittel entsprechend der Wohnbevölkerung auf die Kantone verteilen, während die Minderheit II Feller keine Ergänzungen vorsah. Extrempositionen nahmen die Minderheiten IV Martullo (svp, GR) sowie VI Glättli (gp, ZH) ein, die 100 Prozent der Gelder den Kantonen (Martullo) respektive dem Bund (Glättli) zukommen lassen wollten.
Finanzminister Maurer warnte den Rat eindringlich vor den Folgen einer Abweichung vom Kompromiss zwischen den Kantonen: Damit lasse man die «Solidarität auseinanderbrechen», betonte er und empfahl folglich die Minderheit IV Walti zur Annahme.
Dennoch setzte sich die Minderheit II Feller und somit die hälftige Verteilung zwischen Bund und Kantonen ohne Einschränkungen gegen die Alternativvorschläge durch. Angenommen wurde auch eine Minderheit V Leo Müller (mitte, LU), mit der die Verteilung der kantonalen Mehreinnahmen auf Gemeinden und Städte gemäss der Verteilung der Gewinnsteuern festgeschrieben werden sollte. Der Nationalrat schuf damit gleich zwei Differenzen zum Erstrat.
Erfolgreich war mit 161 zu 25 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) überdies ein Einzelantrag Leo Müller für eine Änderung des Vorlagentitels als dritte Differenz. Dieser sollte neu die «Umsetzung des OECD/G20-Projekts zur Besteuerung grosser Unternehmensgruppen» in den Mittelpunkt stellen, nicht wie bisher die «Besteuerung der digitalen Wirtschaft». Müller hatte zuvor auf die Notwendigkeit verwiesen, dass die Vorlage bei einer Volksabstimmung einen passenden Titel aufweist.
Schliesslich folgte der Nationalrat auch einem Antrag seiner Kommissionsmehrheit und beauftragte den Bundesrat, bis sechs Jahre nach Inkrafttreten der Verordnung zur Mindestbesteuerung das entsprechende Bundesgesetz vorzulegen. Damit schuf er eine vierte Differenz zum Ständerat. Eine Minderheit Aeschi (svp, ZG) wollte ergänzend vom Bundesrat verlangen, zusammen mit der Ausführungsgesetzgebung auch eine Anpassung der NFA zu präsentieren, da das «neue[...], NFA-ähnliche[...] Umverteilungsgefäss» zusammen mit den bestehenden NFA-Gefässen angeschaut werden müsse. Der Nationalrat entschied sich jedoch mit 143 zu 46 Stimmen für den Mehrheitsantrag.

Daneben versuchten verschiedene Minderheiten, die Vorlage um weitere Elemente zu ergänzen – blieben damit aber erfolglos. Auf bürgerlicher Seite verlangte eine Minderheit Aeschi, gleichzeitig mit der Unternehmensbesteuerung auch die natürlichen Personen zu entlasten, was die Mehrheit der Sprechenden mit Verweis darauf ablehnte, dass dieser Antrag themenfremd sei und Kosten in Milliardenhöhe verursachen würde. Auch der Nationalrat sah von dieser Ergänzung ab (141 zu 48 Stimmen).
Eine weitere Minderheit Aeschi wollte erfolglos (134 zu 55 Stimmen bei 1 Enthaltung) die Reichweite der Vorlage auf juristische Personen beschränken und damit Personengesellschaften von der Regelung ausnehmen. Dies lehnte etwa Finanzminister Maurer mit der Begründung ab, dass die OECD-Regelung auch solche Unternehmen einbeziehe.
Erfolglos blieben auch zwei Minderheiten Feller für eine Einschränkung der Bestimmungen auf «grosse multinationale Unternehmensgruppen» – der Bundesrat hatte nur von «grossen Unternehmensgruppen» gesprochen. Sollte die erste Säule der OECD-Bemühungen, die sich mit der «steuerlichen Zuteilung von Gewinnen grosser Unternehmensgruppen» (EFD) beschäftigt, ebenfalls umgesetzt werden, bräuchte es bei einer solchen Ergänzung eine neue Verfassungsänderung, begründete der Finanzminister seine ablehnende Haltung. Der zweite Minderheitsantrag Feller verlangte, dass die Veranlagung zwingend durch die Kantone gemacht werden muss – bisher enthielt die Vorlage diesbezüglich Ausnahmemöglichkeiten. Kommissionssprecher Landolt betonte, dass man diese Frage absichtlich offen lassen wolle, um sie im Rahmen des späteren Gesetzgebungsverfahrens regeln zu können. Mit 130 zu 58 Stimmen (bei 1 Enthaltung) respektive 131 zu 57 Stimmen (bei 1 Enthaltung) fanden auch diese zwei Anträge keine Mehrheit. Alle vier Minderheitsanträge wurden von der SVP-Fraktion sowie von einer Minderheit der FDP-Fraktion und einzelnen Mitgliedern der Mitte-Fraktion befürwortet.

Nicht nur von bürgerlicher, auch von links-grüner Ratsseite lagen zahlreiche erfolglose Minderheitsanträge vor.
Eine Minderheit Birrer-Heimo (sp, LU) erachtete einen Vollzug der neuen Steuer durch die ESTV als sinnvoller als einen kantonalen Vollzug mit Unterstützung durch die ESTV – zumal immer mehrere Kantone betroffen seien. Finanzminister Maurer wies auf den bereits bestehenden Kontakt zwischen Kantonen und Unternehmen hin und erachtete den Vollzug durch die Kantone daher als sinnvoller. Der Minderheitsantrag scheiterte mit 110 zu 79 Stimmen.
Genauere Vorschriften für die Verwendung der Bundesgelder verlangten zwei Minderheiten I Badran (sp, ZH) und II Ryser (gp, SG). Um den «Basar» zur Verteilung der Gelder durch die ungenaue Formulierung einer «Förderung der Standortattraktivität» zu stoppen, schlug Jacqueline Badran eine Zweckbindung zur Finanzierung von familienexterner Kinderbetreuung und Franziska Ryser eine Zweckbindung zur Finanzierung der Individualbesteuerung vor. Mit beiden Vorschlägen könne das inländische Fachkräftepotenzial besser ausgeschöpft werden, betonten sie. Martin Landolt lehnte es im Namen der Kommission jedoch ab, konkrete Massnahmen zu treffen, solange die konkreten Herausforderungen noch nicht bekannt seien. Mit 97 zu 90 Stimmen bevorzugte der Nationalrat den Vorschlag der Kommissionsmehrheit gegenüber dem Minderheitsantrag I Badran, der sich zuvor ähnlich knapp gegen den Minderheitsantrag Ryser durchgesetzt hatte.

In der Gesamtabstimmung nahm der Nationalrat den Entwurf mit 127 zu 43 Stimmen (bei 18 Enthaltungen) an. Abgelehnt wurde der Entwurf von den Mitgliedern der SVP-Fraktion, Enthaltungen fanden sich in allen Fraktionen ausser derjenigen der GLP.

Am 26. Mai 2021 brach der Bundesrat die Verhandlungen über das institutionelle Rahmenabkommen mit der EU offiziell ab. Nach dem Treffen von Bundespräsident Parmelin mit Kommissionspräsidentin von der Leyen Ende April 2021, hatte sich in dem Dossier lang wenig bewegt, bis schliesslich Radio SRF mit der Publikation eines vom Bundesrat als geheim eingestuften Dokuments, welches die Risiken und Nebenwirkungen eines gescheiterten Rahmenabkommens aufschlüsselte, für neuen Gesprächsstoff sorgte. Potenziell schwerwiegende Konsequenzen drohten in einer ganzen Palette von Themenbereichen, die von Strom und Handel über Gesundheit bis zur Filmförderung reichten. Insbesondere auf die Gefahr, dass bestehende Abkommen nicht erneuert werden, oder dass die EU die Äquivalenz der Schweizer Gesetzgebung nicht anerkennen würde, wurde hingewiesen. So könne beispielsweise eine fehlende Gleichwertigkeit beim Datenschutz zahlreiche Schweizer KMUs und deren Geschäftspraktiken bedrohen, hielt der Bericht fest. Nichtsdestotrotz fand sich im Medienecho zu jenem Zeitpunkt zumindest ein Funken Hoffnung auf einen positiven Ausgang der Verhandlungen. Der Sonntags-Blick zitierte in der Ausgabe vom 23. Mai aus einer E-Mail der EU-Chefunterhändlerin Riso, in der diese die Diskussion über die Unionsbürgerrichtlinie als «am wenigsten finalisierte» Frage bezeichnete, gleichzeitig aber eine gewisse Kompromissbereitschaft der EU ausdrückte, den Vertrag erneut durchzugehen und nach Lösungen zu suchen. Gleichentags veröffentlichte die Sonntagszeitung jedoch die Meldung, dass der Bundesrat den Abbruch der Verhandlungen über das Rahmenabkommen am 26. Mai vorsehe. Gemäss Sonntagszeitung plante der Bundesrat stattdessen einen Auffangplan, um den Konflikt mit der EU und die negativen wirtschaftlichen Folgen innen- und aussenpolitisch abzuschwächen. Unter anderem sei die Freigabe des zweiten Kohäsionsbeitrags vorgesehen, um Kooperationen wie das Forschungsprogramm Horizon weiterführen zu können. Eine weitere Möglichkeit der Bekräftigung des bilateralen Wegs – «Stabilex» genannt – beinhalte die einseitige Anpassung des Schweizer Rechts in politisch unumstrittenen Bereichen an EU-Bestimmungen, berichteten sowohl die Sonntagszeitung wie auch die NZZ.

Am 26. Mai bestätigte der der Bundesrat also diese Gerüchte und erklärte die Verhandlungen in einer Medienmitteilung für beendet. Dieser war zu entnehmen, dass der Bundesrat in zentralen Bereichen des Abkommens – Lohnschutz, Unionsbürgerrichtlinie, staatliche Beihilfen – weiterhin substanzielle Differenzen identifiziert hatte, weshalb er sich entschieden habe, das InstA nicht zu unterzeichnen und dies der EU auch so mitzuteilen. Im offiziellen Schreiben an die Europäische Kommission bot der Bundesrat die Einrichtung eines regelmässigen politischen Dialogs sowie die Prüfung von Problemen hinsichtlich der bestehenden Abkommen und die Suche nach pragmatischen Lösungen an. Er formulierte darin auch die Erwartungshaltung, dass die geltenden Abkommen «von beiden Parteien weiterhin vollumfänglich angewandt und im Falle relevanter Weiterentwicklungen des EU-Rechts aktualisiert» würden. Dabei hob er vor allem die Zusammenarbeit im Gesundheits- und Strombereich hervor. In seiner Medienmitteilung gestand der Bundesrat, dass das Nichtzustandekommen gewisse Nachteile mit sich bringe, wie zum Beispiel die Tatsache, dass keine neuen Marktzugangsabkommen abgeschlossen werden können. Er betonte jedoch, dass die Schweiz die bilaterale Zusammenarbeit mit der EU weiterführen wolle, weil man nicht nur in wirtschaftlicher Hinsicht verbunden sei, sondern auch eine europäische Wertegemeinschaft bilde und gemeinsam globale Herausforderungen angehe. Der Bundesrat versprach, den politischen Dialog mit der EU zu suchen und sich für eine rasche Deblockierung der Kohäsionsmilliarde einzusetzen. Er liess auch verlauten, dass er das EJPD damit beauftragt habe, gemeinsam mit anderen Departementen die Möglichkeit von eigenständigen Anpassungen im Schweizer Recht (Stabilex) zu prüfen, um dadurch die bilateralen Beziehungen zu stabilisieren.
Die EU-Kommission bezog gleichentags Stellung zur «einseitige[n] Entscheidung» und drückte ihr Bedauern über den Ausgang der Verhandlungen aus. Das InstA hätte eine Verbesserung des bilateralen Ansatzes ermöglicht und dessen Weiterentwicklung sichergestellt, liess die Kommission verlauten. Aus Kreisen der Kommission wurden zudem Stimmen laut, die behaupteten, die EU hätte zurzeit dringendere Probleme als die Schweiz, beispielsweise die Lage in Belarus. Der luxemburgische Aussenminister Jean Asselborn wünschte sich im Gespräch mit Le Temps eine solide Verhandlungsbasis, weil man die Situation so nicht auf sich beruhen lassen könne. Weitere prominente EU-Parlamentarier reagierten prompt auf diesen Paukenschlag. Andreas Schwab, der Vorsitzende der EU-Parlamentsdelegation für die Beziehungen zur Schweiz, sah durch den Entscheid mehr als sieben Jahre Verhandlungen «sinnlos vergeudet», wobei die offenen Fragen auch nach dem Verhandlungsabbruch weiter bestünden. Die vom Bundesrat geplante Freigabe der Kohäsionsmilliarde würde die angespannte Situation seiner Meinung nach nicht verbessern. Er warnte auch, dass sich die EU-Kommission in Zukunft noch genauer darauf achten werde, ob die Schweiz die geltenden bilateralen Verträge korrekt umsetze. Die NZZ berichtete, dass die EU auf den Schweizer Vorschlag der selektiven Rechtsangleichung verärgert reagiert habe. Neue sektorielle Marktzugangsabkommen in den Bereichen Strom oder Medizinaltechnik seien ohne übergeordneten Rahmen nicht denkbar, schliesslich habe die EU-Kommission klar gemacht, dass ein privilegierter Zugang zum Binnenmarkt gleiche Regeln und Pflichten voraussetze, so die NZZ.

«Gratulation an den Bundesrat» titelte der Blick am Tag nach der Entscheidung und sowohl SVP-Parteipräsident Chiesa (svp, TI) wie auch SGB-Präsident Maillard (sp, VD) zeigten sich erleichtert über den Abbruch, wenn auch aus unterschiedlichen Gründen. Maillard äusserte seine Zufriedenheit über den Abbruch an der Delegiertenversammlung des SGB, wo er klar machte, dass die Gewerkschaften nie eine Schwächung des Lohnschutzes hingenommen hätten. Der SGB forderte für das weitere Vorgehen die Beibehaltung der bilateralen Abkommen, mehr sozialen Schutz, Mindestlöhne und verbindliche Tarifverträge, nur dann würde man Reformen unterstützen, sagte Maillard. Chiesa sah im Abbruch indes einen «Sieg für die Selbstbestimmung, die direkte Demokratie und die Schweizer Bevölkerung». Die Reaktionen der Schweizer Parteien fielen sowohl bezüglich Inhalt als auch Intensität unterschiedlich aus. Als «das grösste Armutszeugnis, das ich von unserer Landesregierung je gesehen habe» kritisierte Jürg Grossen (glp, BE) den Bundesrat harsch für dessen Entscheid. Er sparte auch nicht mit Kritik an anderen Parteien wie der SP, die sich von den Gewerkschaften habe treiben lassen, der Mitte, deren Präsident eine schädliche Haltung vertreten habe, und der FDP, welche laut Grossen mit ihren zwei Bundesräten die Hauptverantwortung für das Scheitern trage. Die SP und die FDP bedauerten das Scheitern des InstA zwar beide, machten aber mit Ignazio Cassis respektive den Gewerkschaften unterschiedliche Akteure dafür verantwortlich. SP-Co-Präsident Wermuth (sp, AG), der sich lange optimistisch gegeben hatte und einen Kompromiss bei der Unionsbürgerrichtlinie in Betracht gezogen hatte, kritisierte den Bundesrat im Tages-Anzeiger dafür, dass er parallel zum Abbruch keinen Plan B vorlegen konnte und forderte eine Auslegeordnung, bei der auch der EWR- und EU-Beitrittsverhandlungen zur Wahl stehen. Petra Gössi (fdp, SZ) griff an gleicher Stelle hingegen die Gewerkschaften an, die «jeden Kompromiss beim Lohnschutz verhindert» hätten und forderte neben einer gemeinsamen Lösungssuche mit der EU auch ein «Fitnessprogramm», beispielsweise einen Einheitssatz bei der Mehrwertsteuer. Gössi erklärte, dass sich die FDP für den bilateralen Weg nach aktuellem Stand einsetze und weder eine Vertiefung noch einen Rückbau der Beziehungen unterstütze. Konkret fordere sie eine limitierte Dynamisierung der Bilateralen in technischen Sachbereichen, die unbestritten sind; aktive Partnerschaften mit Drittstaaten durch neue Freihandelsabkommen und einen flexibleren Arbeitsmarkt mit höheren Kontingenten für Fachkräfte aus Drittstaaten. Zufrieden zeigten sich gegenüber dem Tages-Anzeiger Mitte-Präsident Gerhard Pfister (mitte, ZG), der gemäss Blick an den Von-Wattenwyl-Gesprächen Anfang Mai bereits offen den Verhandlungsabbruch gefordert haben soll und sich über die neu herrschenden Klarheit freute, – ebenso wie Thomas Aeschi (svp, ZG), der einzig das Abkommen über die Medizinaltechnik als Problem anerkannte. Ebenjene Medtech-Branche wurde von den Medien zum «ersten Opfer» des Verhandlungsabbruchs ernannt, denn am gleichen Tag, an dem das Rahmenabkommen beerdigt wurde, trat eine neue EU-Regulierung zu Medizinprodukten in Kraft. Zwar hatte die Schweiz ihr Recht an diese neue Regulierung angepasst, doch da die EU die Erneuerung des Abkommens zur gegenseitigen Anerkennung von Produktbescheinigungen verzögerte, galten Schweizer Anbieter in der EU fortan als Drittstaatenanbieter. Daher mussten Schweizer Exportfirmen plötzlich Bevollmächtigte mit Niederlassung im EU-Raum bestimmen und deren Produkte benötigten eine spezifische Etikettierung. Insgesamt rechnete der Branchenverband Swiss Medtech mit einmaligen Zusatzkosten von CHF 110 Mio. und einem jährlichen Zusatzaufwand in Höhe von CHF 75 Mio., was einer Exportsteuer von 1.4 bis 2 Prozent gleichkäme. Laut Swiss Medtech mache diese neue Regelung die Schweiz als Hauptsitz für aussereuropäische Firmen unattraktiv.

Wie der Tages-Anzeiger berichtete, hatten europafreundliche Akteure aus Politik, Wirtschaft und Zivilgesellschaft schon im Vorfeld des Verhandlungsabbruchs unter der Leitung der Operation Libero über eine Volksinitiative zur institutionellen Einigung mit der EU beraten. Die Operation Libero verkündete, dass die Idee einer Volksinitiative nach dem Scheitern des Rahmenabkommens «überhaupt nicht vom Tisch» sei. Zwar sei es schwieriger geworden, die Unterzeichnung des Rahmenabkommens zu fordern, doch es gebe weiter Ideen, wie man die institutionellen Fragen mit der EU klären könnte. Der emeritierte Rechtsprofessor Thomas Cottier befürwortete die Lancierung einer Volksinitiative, denn es müsse endlich eine richtige europapolitische Debatte in Gang gesetzt werden. Den Plan B des Bundesrats, sich durch Stabilex einseitig an EU-Recht anzupassen, bezeichnete er als «kolossales Eigentor» und den Ausgang der Verhandlungen als «Regierungsversagen», weil die Schweiz sich damit noch stärker als bisher selbstständig an das EU-Recht anpassen werde ohne über ein Mitspracherecht zu verfügen und ohne dass dadurch der Marktzugang gesichert werde. Cédric Wermuth und SP-Nationalrat Eric Nussbaumer (sp, BL) gingen in ihren Vorschlägen noch weiter und stellten einen EU- oder EWR-Beitritt in Aussicht. Um diese Annäherung zu starten, schlug die SP ein ganzes Bündel an Massnahmen, Reformen und Gesprächsangeboten vor. Die Kohäsionsmilliarde solle nicht nur freigegeben, sondern auch substanziell erhöht werden. Darüber hinaus solle die Schweiz in den Bereichen Migration, Green New Deal, Wirtschaftsprogramm nach Covid aber auch in Steuerfragen, wie der Unternehmensbesteuerung, Kooperationsverträge mit der EU abschliessen. Mittelfristig könne man so die Beziehung zur EU wieder normalisieren, erklärte Parteipräsident Wermuth. Die Forderung des EU-Beitritts mit Opting-Out (Ausnahmebestimmungen) seines Parteikollegen Fabian Molina beurteilte Wermuth nüchtern als «kein kurzfristig realistisches Szenario», aber er hielt die Beitrittsdiskussion für nötig. Molinas Extremposition stiess bei den Grünen und den Grünliberalen zu diesem Zeitpunkt jedoch auf wenig Unterstützung. Sowohl Balthasar Glättli (gp, ZH) wie auch Jürg Grossen bevorzugten gemässigtere Alternativen wie ein neues Rahmenabkommen oder den EWR. Die Mitte und die FDP distanzierten sich hingegen in der Öffentlichkeit von Annäherungsmassnahmen, die über die Freigabe der Kohäsionsmilliarde hinausgingen. Im Parlament wurden Anfang Juni verschiedene Vorstösse eingereicht, die vom Bundesrat eine umfassende Auslegeordnung der bilateralen Beziehungen forderten oder konkrete Handlungsalternativen vorschlugen, darunter auch eine Motion von Molina zum EU-Beitritt.

Handelsabkommen seien wichtig für die Wirtschaft, deren konkreter Inhalt könne aber auch Auswirkungen auf Konsumentinnen und Konsumenten haben, die erst nach der Unterzeichnung dieser Verträge bekannt würden. Die Harmonisierung von Produktionsstandards, die mit Abkommen teilweise eingeführt würden, seien insbesondere in der Agrar- und Ernährungswirtschaft direkt spürbar, begründete Jacques Nicolet (svp, VD) seine parlamentarische Initiative, mit der er eine Stärkung der demokratischen Rolle des Parlamentes bei Handelsabkommen forderte. Das Parlament könne Abkommen lediglich annehmen oder ablehnen, sollte aber die Kompetenz haben, Ziele zu definieren oder rote Linien für die Verhandlung von Abkommen zu setzen.
Die APK-NR empfahl mit 13 zu 5 Stimmen bei 6 Enthaltungen, der Initiative keine Folge zu geben, und begründete dies in einem schriftlichen Bericht. Das Parlament habe heute schon genug Handhabe, um die Handelspolitik mitbeeinflussen zu können. Der Bundesrat müsse jeweils die APK beider Räte konsultieren, zudem sei ein Referendum jederzeit möglich. Der Konsumentenschutz sei darüber hinaus von den Handelsabkommen nicht tangiert, da ausländische Importeure an Schweizer Recht gebunden seien. Zudem wäre das Verhandlungsresultat wohl nicht mehr vorteilhaft, wenn das Parlament öffentlich Verhandlungsmandate debattiere, die vor der anderen Vertragspartei eigentlich geheim gehalten werden sollten. Die Kommissionsmehrheit könne sich freilich gut vorstellen, einst in einem zu erstellenden Aussenhandelsgesetz die Grundzüge der Schweizer Aussenhandelspolitik festzulegen. Eine Kommissionsminderheit gab zu bedenken, dass Handelsabkommen bisher als «apolitisch» betrachtet worden seien. Dies werde zusehends auch in der Öffentlichkeit kritisiert, etwa auch unter dem Aspekt von Zielinkongruenzen zwischen Wirtschafts-, Sozial- und Umweltpolitik.
In der Wintersession 2020 kam die parlamentarische Initiative aufgrund der ablehnenden Haltung der Kommission in den Rat. Nachdem Jacques Nicolet für seinen Vorstoss geworben hatte, kam es bereits zur Abstimmung: Äusserst knapp mit 86 zu 83 Stimmen bei 17 Enthaltungen wurde dem Anliegen Folge gegeben. Die Ausgangslage der Abstimmung war ziemlich kompliziert: Wer den Antrag der Kommissionsminderheit auf Folgegeben befürwortete und somit gegen den Antrag der Kommissionsmehrheit war, musste Nein stimmen; was die geschlossene Fraktion der Grünen (4 Enthaltungen), 50 Mitglieder der SVP-Fraktion (von 51), 10 Mitglieder der SP-Fraktion (von total 36 bei 12 Enthaltungen) sowie 3 Mitglieder der Mitte-Fraktion (von 30) taten. Die Fraktionen der FDP und der GLP stimmten geschlossen gegen Folge geben. Diese etwas seltsam anmutende Koalition war denn wohl auch einiger Verwirrung über die Bedeutung eines Ja bzw. eines Nein geschuldet. Balthasar Glättli (gp, ZH) stellte deshalb einen Ordnungsantrag für eine Wiederholung der Abstimmung; er selber habe sich auch vertan und man sei es sich schuldig, dass man für das stimme, was man tatsächlich wolle. Der Ordnungsantrag wurde mit 140 zu 29 Stimmen angenommen. Bei der erneuten Abstimmung resultierte mit 99 zu 80 Stimmen (7 Enthaltungen) ein deutlicheres Resultat als zuvor, da vor allem in der SP-Fraktion 18 Mitglieder vom Ja- ins Nein-Lager gewechselt und damit der parlamentarischen Initiative zum deutlicheren Erfolg verholfen hatten. Umgekehrt waren vier Mitglieder der SVP-Fraktion vom Nein- ins Ja-Lager gewechselt.