In der Wintersession 2019 behandelte der Ständerat als Erstrat den Voranschlag 2020. Hannes Germann (svp, SH) stellte die Vorlage im Namen der Kommission vor. Er bezeichnete die Budgetsituation als positiv, zumal trotz STAF und allgemein starkem Ausgabenwachstum dank der Dynamik bei der direkten Bundessteuer und den Verrechnungssteuern ein Überschuss erwartet werde. Er verwies auf die Nachmeldung des Bundesrates vom 27. September 2019, in der dieser eine Nachzahlung von Genossenschaftsbeiträgen an die Nationale Genossenschaft für die Lagerung radioaktiver Abfälle in der Höhe von CHF 158 Mio. beantragt hatte. Nach einem Überblick stellte er die Mehrheitsanträge der FK-SR kurz vor, die gegenüber der Bundesratsvorlage Mehrausgaben von CHF 122.3 Mio. mit sich bringen würden. In der Folge diskutierte der Ständerat ausschliesslich über diese Kommissionsanträge.
Die Erhöhung der Unterstützung von Organisationen im Bereich der ausserschulischen Kinder- und Jugendförderung um CHF 4 Mio. auf CHF 14 Mio. lehnte Bundesrat Maurer als Bagatellsubvention ab; die Gewährung solcher sei aber nicht Aufgabe des Bundes, erklärte er. Peter Hegglin (cvp, ZG) betonte hingegen, dass sich der Bund seit Inkrafttreten des Kinder- und Jugendförderungsgesetzes im Jahr 2013 jährlich mit CHF 10 Mio. an diesen Organisationen beteilige. Da sich die Zahl der Anspruchsgruppen seither stetig vergrössert habe, die Beträge des Bundes jedoch gleich geblieben seien, seien die Beiträge an die einzelnen Organisationen um fast 40 Prozent gesunken. Mit 27 zu 13 Stimmen folgte die kleine Kammer der Kommission in diesem Punkt.
Diskussionen gab es ansonsten nur noch bezüglich der Bildungsausgaben. Hier beabsichtigte die Kommissionsmehrheit eine Erhöhung des Finanzierungsbeitrags an die ETH (+CHF 30 Mio.), der Beiträge für die berufliche Bildung (+CHF 15 Mio.), der Grundbeiträge an die Universitäten (+CHF 20 Mio.) und die Fachhochschulen (+CHF 15 Mio.), der Ausbildungsbeiträge (+CHF 764'100), der Finanzhilfen für WeBiG (+CHF 200'300), der Beiträge für die Institutionen der Forschungsförderung (+CHF 15 Mio.) sowie der Forschungseinrichtungen von nationaler Bedeutung (+CHF 3.1 Mio.). Damit nehme man wie bereits im Voranschlag 2019 Bezug auf die BFI-Botschaft 2017-2020, wobei die darin beschlossenen Ausgaben später um 3 Prozent reduziert worden waren, um die Kostenbremse einhalten zu können, erklärte Erich Ettlin (cvp, OW) für die Kommission. Da es die Finanzlage des Jahres 2020 erlaube, wolle man hier zu den ursprünglichen Beträgen zurückkehren, nicht aber in den Finanzplanjahren, dort müsse man dies in den jeweiligen Voranschlägen neu diskutieren. Eine Minderheit Hefti (fdp, GL) beantragte, dem Bundesrat zu folgen und auf die Erhöhungen zu verzichten. Der Bund schenke dem Bildungsbereich – richtigerweise – bereits genügend Aufmerksamkeit, die entsprechenden Ausgaben würden von CHF 7.7 Mrd. (2018) auf voraussichtlich CHF 8.6 Mrd. (2023) ansteigen, argumentierte Hefti. Weitere, «giesskannenartige» Erhöhungen sollten nicht zum Gewohnheitsrecht werden. Auch Finanzminister Maurer lehnte die Erhöhung ab. Man habe damals die nicht eingetretene Teuerung überall herausgerechnet, wie es das Parlament später im Rahmen der Motion Dittli (fdp, UR; Mo. 16.3705) bestätigt habe, einzig den Bildungsbereich nehme das Parlament immer wieder von dieser Änderung aus. Dennoch sprach sich der Ständerat deutlich für die verschiedenen Erhöhungen aus.
Den übrigen Anträgen der Kommission folgte der Rat ohne grössere Diskussionen: Für die finanzielle Unterstützung von Selbsthilfeprojekten bezüglich der Opfer von fürsorgerischen Zwangsmassnahmen beantragte die Kommission eine Budgeterhöhung von CHF 150'000 auf CHF 2 Mio. sowie eine Fortsetzung in den Finanzplanjahren. Da im Parlament noch verschiedene Vorstösse für eine Fristverlängerung zur Gesuchseinreichung für die Opfer von fürsorgerischen Zwangsmassnahmen hängig seien und der Bundesrat Empfehlungen einer unabhängigen Expertenkommission «Administrative Versorgung» prüfe, solle dieser Betrag als Spielraum für solche Projekte geschaffen werden, erklärte Christian Levrat (sp, FR) für die Kommission. Mit 27 zu 13 Stimmen sprach sich der Ständerat für diese Erhöhung aus. Im Sportbereich erhöhte er einstimmig die Kredite für Sportverbände und andere Organisationen (+CHF 10 Mio.), für nationale Sportanlagen (+CHF 5 Mio.) und für Wertberichtigungen im Transferbereich (+CHF 5 Mio.) in Voranschlag und Finanzplan, um den «Zeitraum bis zum frühestens für 2022 vorgesehenen Inkrafttreten des nächsten Nationalen Sportanlagenkonzepts zu überbrücken», wie Hannes Germann zuvor für die Kommission erklärt hatte. Den Kredit für Schweiz Tourismus erhöhte der Rat zur Umsetzung des vom Parlament gefassten Beschlusses zur Wirtschaftsförderung um CHF 2.375 Mio. Einstimmig nahm der Ständerat in der Folge den Bundesbeschluss Ia über den Voranschlag für das Jahr 2020 an.
Einen Änderungsantrag stellte die Kommission noch für den Bundesbeschluss Ib über die Planungsgrössen im Voranschlag für das Jahr 2020: Hier beabsichtigte sie, die Aufstockung bei den Institutionen der Forschungsförderung dem Schweizerischen Nationalfonds zukommen zu lassen, während die Minderheit Hefti diese Vorschrift genauso ablehnte wie die Erhöhung selbst. Einstimmig nahm der Ständerat die Änderung an. Der Bundesbeschluss II über den Finanzplan für die Jahre 2021-2023 bedarf keiner Gesamtabstimmung, hingegen stimmte der Ständerat dem Bundesbeschluss III über die Entnahmen aus dem Bahninfrastrukturfonds für das Jahr 2020 sowie dem Bundesbeschluss IV über die Entnahmen aus dem Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds für das Jahr 2020 einstimmig zu.

Im April 2019 veröffentlichte der Bundesrat die Staatsrechnung 2018. Wie immer seit dem Jahr 2009 schrieb der Bund schwarze Zahlen – im Schnitt beträgt der jährliche Haushaltsüberschuss seit 2009 CHF 2.8 Mrd. Das Finanzierungsergebnis 2018 ergab einen Überschuss in der Höhe von CHF 3.029 Mrd.; prognostiziert worden war ein Überschuss von CHF 295 Mio. Wie bereits im Vorjahr war der hohe Überschuss auf die hohen ordentlichen Einnahmen zurückzuführen; diese übertrafen die veranschlagten Einnahmen um CHF 2.2 Mrd. und kamen insgesamt auf CHF 73.5 Mrd. zu liegen. Auch dieses Jahr wurden vor allem Mehreinnahmen bei der Verrechnungssteuer (+CHF 1.6 Mrd.) und bei der direkten Bundessteuer (+CHF 0.9 Mrd.) verzeichnet. Hinzu kamen ausserordentliche Einnahmen in der Höhe von CHF 90 Mio., die von der Rückzahlung der unrechtmässig erhaltenen Subventionen der Postauto AG stammten. Die ordentlichen Ausgaben beliefen sich auf CHF 70.6 Mrd. und unterschritten den Voranschlag um CHF 450 Mio.; ungefähr CHF 300 Mio. weniger wurden bei der Sicherheit, etwa CHF 400 Mio. weniger bei der sozialen Wohlfahrt ausgegeben. Einige Bereiche verzeichneten jedoch auch höhere Ausgaben als geplant.
Erstmals seit 1997 fielen die Bruttoschulden unter CHF 100 Mrd.; sie wurden um CHF 5.8 Mrd. auf CHF 99.4 Mrd. reduziert. Die Erfolgsrechnung schloss mit einem Ertragsüberschuss von CHF 5.7 Mrd., die Investitionsrechnung mit einem Minus von CHF 9.7 Mrd. Begründet wurde Letzteres durch den Ausgabenanstieg um 30.1 Prozent auf Ausgaben in der Höhe von 10.9 Mrd., die der Bundesrat insbesondere durch die erstmaligen Einlagen im Netzzuschlagsfonds (CHF 1.3 Mrd) und im Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds (CHF 1.1 Mrd.) erklärte. Im Rahmen der Staatsrechnung 2018 publizierte der Bundesrat auch die im letzten Jahr geforderten Korrekturen an der Staatsrechnung 2017.
Die Medien schwankten in ihrer Beurteilung des Ergebnisses wie schon im Jahr zuvor zwischen Freude über den Überschuss und Kritik an der Differenz zum Voranschlag. Der Tagesanzeiger sprach von einem «Rekordergebnis» und zitierte Philipp Müller (fdp, AG), der die Überschüsse als «Konjunkturpuffer» befürwortete. Er liess aber auch Erich Ettlin (cvp, OW) und Mattea Meyer (sp, ZH) mit eher bis sehr kritischen Stimmen zu Wort kommen. Letztere vermutete eine Systematik hinter den pessimistischen Schätzungen und kritisierte insbesondere die Schuldenbremse.

Kaum zu Diskussion, jedoch zu ausführlichen Berichten der Kommissionssprecherinnen und -sprecher kam es im Ständerat, der die Staatsrechnung, die Rechnung des Bahninfrastrukturfonds sowie die Rechnung des Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds für das Jahr 2018 in der Sommersession 2019 einstimmig annahm. Im Nationalrat wurde zwar etwas länger über die Staatsrechnung diskutiert – einmal mehr warnten die Bürgerlichen, darunter auch Finanzminister Maurer, vor kritischeren Aussichten für die Zukunft und mahnten folglich zu Sparsamkeit, während die Linken eben genau dieses Vorgehen des Mahnens, Sparens und Überschüsse-Schreibens kritisierten. Dennoch nahm auch der Nationalrat alle drei Rechnungen einstimmig an.

Die steuerliche Berücksichtigung der Kinderdrittbetreuungskosten und vor allem ihre vom Nationalrat geänderte Form sorgten im Ständerat in der Sommersession 2019 für ausführliche Diskussionen. Bereits in den Kommissionen waren Anträge auf Sistieren und Rückweisung an den Bundesrat abgelehnt worden und auch in der Plenumsdebatte stand ein Rückweisungsantrag Zanetti (sp, SO) im Raum. Durch eine Rückweisung an den Bundesrat könne dieser die Vorlage insofern ändern, als der Abzug nicht mehr bei der Bemessungsgrundlage, sondern beim Steuerbetrag vorgenommen werde, erklärte Zanetti. Dadurch profitierten zwar nicht alle Eltern, aber doch ein grösserer Teil des Mittelstandes als bei der bisherigen Regelung. Dieser Vorschlag traf im Rat nicht auf offene Ohren. Für die Kommission legte Andrea Caroni (fdp, AR) drei Argumente gegen eine solche Regelung dar: Sie sei unpraktikabel; man solle beim steuerbaren Einkommen ansetzen, da dieses durch die Zuschüsse für Kinderbetreuung steige; und ein Abzug auf dem steuerbaren Einkommen könne für Leute mittleren Einkommens interessanter sein, weil davon auch die Kita-Tarife betroffen seien. Erich Ettlin (cvp, OW) wies darauf hin, dass man sich für einen Abzug auf dem Steuerbetrag, bei dem die persönliche Situation berücksichtigt werde, oder für einen fixen Tarif entscheiden müsse, beides gehe nicht. Gemäss Finanzminister Maurer stelle ein Abzug beim Steuerbetrag überdies einen Paradigmenwechsel bei den Steuern dar, der zuerst in die Vernehmlassung geschickt werden müsse. Mit 30 zu 12 Stimmen sprach sich der Rat in der Folge gegen den Rückweisungsantrag aus.
Umstritten blieb die Vorlage auch in der Detailberatung: Hier lag ein Antrag Föhn (svp, SZ) vor, der bezüglich des Kinderabzugs dem Nationalrat folgen und diesen von CHF 6500 auf CHF 10'000 erhöhen wollte. Wie bereits im Erstrat wies Bundesrat Maurer vor allem auf die Ausfälle bei der direkten Bundessteuer in der Höhe von CHF 350 Mio. hin, die eine solche Regelung mit sich bringen würde. Kommissionssprecher Caroni erklärte, dass eine solche Erhöhung keine Erwerbsanreize mit sich bringe und damit die Zielsetzung der Vorlage verfehle. Peter Föhn entgegnete, dass Abzüge aufgrund von Betreuungskosten diskriminierend seien für Eltern, die ihre Kinder selbst betreuten. «Immer und immer wieder rühmen wir die Vorteile des sogenannten traditionellen Familienbildes», betonte er, gleichzeitig schaffe man aber Anreize dafür, dass beide Eltern arbeiteten «und die Kleinen sollen dann das Nachsehen haben». Mit dieser Regelung solle man «Familien mit kleinen und mittleren Einkommen» entgegenkommen. Damit widersprach er dem vorgängigen Hinweis von Roberto Zanetti, wonach Familien erst ab einem steuerbaren Einkommen von CHF 170'000 von der Vorlage profitieren würden. In der Folge sprach sich die Mehrheit des Ständerats mit 25 zu 19 Stimmen für die bundesrätliche Version aus und lehnte eine Erhöhung des allgemeinen Kinderabzugs ab. In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat die Vorlage mit 35 zu 5 Stimmen an.

In der Frühjahrssession 2019 diskutierte der Ständerat als Zweitrat die Motion Grin (svp, VD) «Erhöhung der Pauschalabzüge bei der direkten Bundessteuer zum Ausgleich der Explosion der Krankenkassenprämien» sowie eine weitere Motion Lehmann (cvp, BS; Mo. 15.4027) zum Abzug der Krankenkassenprämien von den Steuern. Die Mehrheit der WAK-SR hatte zuvor Annahme der Motion Grin beantragt, da die Krankenkassenprämien als «Teil der unvermeidlichen Lebenshaltungskosten» stark angewachsen, die entsprechenden Abzüge aber bisher nicht angepasst worden seien. Eine Minderheit Zanetti (sp, SO) beantragte die Ablehnung der Motion, da sie zu grossen Steuerausfällen führen würde; Letztere bezifferten Zanetti und Kommissionssprecher Baumann (cvp, UR) auf CHF 465 Mio. Zudem würden Personen mit höheren Einkommen überproportional von den Abzügen profitieren, was – wie Zanetti in der Plenardebatte erläuterte – dem Prinzip der Besteuerung nach wirtschaftlicher Leistungsfähigkeit zuwider laufe. Dies löste eine hitzige Debatte im Rat aus. Erich Ettlin (cvp, OW) zum Beispiel konterte, dass eine Besteuerung nach wirtschaftlicher Leistungsfähigkeit aus Fairnesgründen eben nicht nur eine progressive Besteuerung der Einkommen, sondern auch progressive Abzüge beinhalten müsse. Anita Fetz (sp, BS) betonte jedoch, dass das Grundproblem bei den Krankenkassenprämien die Finanzierung durch Kopfsteuern sei – dass man dort eben eine Flat Rate Tax und keine Progression habe. Dadurch sei vor allem der Mittelstand benachteiligt, der keine Prämienverbilligungen erhalte. Finanzminister Maurer verwies indes auf die Ineffizienz der in der Motion vorgeschlagenen Massnahme: Personen mit hohen Einkommen würden dadurch nur minimal entlastet, hingegen kosteten die Abzüge den Staat fast eine halbe Million Franken. Dennoch sprach sich der Rat mit 30 zu 13 Stimmen für die Motion Grin aus und lehnte die Motion Lehmann, wie auch von der Kommission beantragt, ab (vgl. hier).

Nachdem der Vorschlag der WAK-SR bereits ausführlich ausserhalb des Parlaments diskutiert worden war, folgte im Juni 2018 die Ständeratsdebatte zur Steuervorlage 17. Kommissionspräsident Pirmin Bischof (cvp, SO) stellte dem Rat den Kommissionsvorschlag detailliert vor und betonte, der Kompromiss sei kein Diktat, auch nicht für die Schwesterkommission, aber er stelle «im Moment die beste Lösung» dar. Um diesen Kompromiss zu erarbeiten, habe die Kommission Vertreterinnen und Vertreter verschiedenster Organisationen und Behörden angehört, darunter Delegierte der FDK, des Kantons Zürich, des Städte- und des Gemeindeverbands, von Economiesuisse oder des Gewerkschaftsbundes. Die ESTV und das BSV hätten zudem auf Verlangen der Kommission 24 Berichte erstellt. Unter anderem war ein Gutachten des Bundesamtes für Justiz zum Schluss gekommen, die Vorlage sei «verfassungsrechtlich vertretbar». Bischof betonte, dass der Kompromiss alle Eckpunkte des Vorschlags der WAK-SR umfasse und nur in seiner Gesamtheit in dieser Breite getragen werde. Würden Teile davon verändert, sei diese Unterstützung nicht mehr vollständig gegeben. Abschliessend betonte Bischof, dass die Kommission offen sei für Alternativvorschläge.
Im Ratsplenum rief die Vorlage ebenfalls gemischte Gefühle hervor. Die in «Bundesgesetz über die Steuerreform und die AHV-Finanzierung» (STAF) umgetaufte Vorlage sei eine «Sternstunde der parlamentarischen Arbeit», lobte Roberto Zanetti (sp, SO). Viele Ratsmitglieder betonten hingegen ihre Skepsis, einige wurden sogar richtig deutlich: Thomas Minder (parteilos, SH) sprach von einer «Birchermüesli-Politik», Alex Kuprecht (svp, SZ) von einem «Sündenfall» und Werner Luginbühl (bdp, BE) von einem Kauf von Mehrheiten mit Geschenken. Mehrfach wurde das Gutachten des BJ als politische Gefälligkeit anstelle einer juristischen Einschätzung bezeichnet. Finanzminister Maurer wurde nicht müde, die Wichtigkeit der SV17, respektive dem STAF, zu betonen und den Kompromiss zu loben.
Inhaltlich gab es kaum Streitpunkte, was die NZZ darauf zurückführte, dass die Vorlage ein politischer Balanceakt sei: Man könne kein Element ändern, ohne das alles auseinanderbreche. Dennoch wurden drei Änderungsanträge eingebracht. Eine Minderheit I Zanetti forderte, die minimale Dividendenbesteuerung der Kantone gemäss dem Vorschlag des Bundesrates auf 70 Prozent zu erhöhen, da die Kantone diese Regelung erarbeitet hätten und diese bevorzugen würden. Finanzminister Maurer pflichtete ihm bei und bat den Rat darum, der Minderheit I zu folgen. Gleichzeitig beantragte eine Minderheit II Föhn dem Ständerat, darauf zu verzichten, den Kantonen bezüglich Dividendenbesteuerung Vorgaben zu machen, da die Unternehmen gemäss dem Vorschlag der WAK-SR bereits genügend zur Kasse gebeten würden. Mit 25 zu 14 Stimmen (5 Enthaltungen) und 26 zu 12 Stimmen (6 Enthaltungen) setzte sich der Kommissionvorschlag gegen die zwei Minderheitsvorschläge durch. Eine Minderheit Fetz wollte erreichen, dass die Regeln zum Kapitaleinlageprinzip (KEP) auch auf Nennwertsenkungen angewendet werden und dass Gratisaktien und Gratisnennwerterhöhungen unterbunden werden. Anita Fetz (sp, BS) bat um Zustimmung zu ihrem Minderheitsantrag, damit die bei der Unternehmenssteuerreform II gemachten Fehler korrigiert werden könnten. Mit 30 zu 11 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) sprach sich der Ständerat gegen eine solche Änderung aus. Unverändert wurde der Kommissionsvorschlag somit an den Zweitrat weitergereicht.

Im November 2016 legte der Bundesrat eine Botschaft zum Bundesgesetz über die steuerliche Behandlung finanzieller Sanktionen vor, welche die Motion Luginbühl (bdp, BE) umsetzte. Der Motionär hatte verlangt, dass Bussen mit Strafzweck steuerlich nicht abziehbar, also nicht zum geschäftsmässig begründeten Aufwand gehören sollten. Der Bundesrat ergänzte diese Regelung in seiner Botschaft um die Nichtabzugsfähigkeit von Bestechungszahlungen an Private – eine solche Regelung für Zahlungen an Amtsträger war bereits in Kraft – sowie um Aufwendungen zur Ermöglichung von Straftaten oder um Gegenleistungen für die Begehung von Straftaten, sofern diese Zahlungen nach schweizerischem Recht strafbar sind. Bezüglich letzteren Straftaten erwähnte der Bundesrat in der Botschaft zum Beispiel Terrorismusfinanzierung oder die Miete von für strafbare Tätigkeiten verwendeten Räumen. Diese Aspekte waren bisher nicht ausdrücklich geregelt gewesen. Gewinnabschöpfende Sanktionen ohne Strafzweck sollten auch weiterhin abzugsfähig bleiben.

In der Frühjahrssession 2018 behandelte der Ständerat die Vorlage als Erstrat. Dabei schlug die WAK-SR mit einem Änderungsantrag vor, die vom Bundesrat vorgeschlagene Regelung abzuschwächen: Vom Ausland verhängte Bussen sollen weiterhin steuerlich abzugsfähig bleiben. Gegen diese „Subventionierungsvorlage für kriminelle Unternehmen“, wie es Christian Levrat (sp, FR) nannte, wehrte sich eine Kommissionsminderheit heftig. Levrat kritisierte, dass die Vorlage ursprünglich zum Ziel hatte, Rechtssicherheit zu schaffen und die Abzugsfähigkeit von Bussen zu unterbinden. Da das Bundesgericht in der Zwischenzeit in einem Urteil die Forderungen des Motionärs bestätigt hatte (2C_916/2014, 2C_917/2014), sei die Vorlage eigentlich gar nicht mehr nötig. Die WAK-SR bediene sich dieser jetzt aber, um das Gegenteil zu erreichen, nämlich eine Abschwächung des geltenden Rechts. Es könne nicht sein, dass der Bund zum Beispiel einen Fünftel der US-Bussen gegen die Schweizer Banken übernehmen müsse. Auch der Motionär liess kein gutes Haar am Antrag der Kommissionsmehrheit, der „die Zielrichtung des ursprünglichen Auftrages“ untergrabe. Dadurch würden Unternehmen geradezu eingeladen, Gesetze zu brechen, was im Extremfall als Wettbewerbsnachteil für gesetzestreue Unternehmen verstanden werden könne.
Ruedi Noser (fdp, ZH) bezeichnete die Argumentation der Minderheit als populistisch. Man dürfe nicht nur die internationalen Grosskonzerne vor Augen haben, sondern müsse auch an die KMU denken, die durch eine solche Busse Konkurs gehen können. In der Schweiz gelte das Prinzip der Besteuerung nach Leistungsfähigkeit. Wenn ein Unternehmen also kein Geld mehr habe, könne es auch nicht besteuert werden. Das sei nur fair, zumal der Fiskus auch auf illegal entstandenen Gewinnen Steuern erhebe. Zudem komme es bei den „täglichen Arbeiten des Unternehmers“ im Ausland zu unrechtmässigen oder unverhältnismässigen Bussen, daher müsse man jeweils die Umstände der Bussen mitberücksichtigen. In der Folge entbrannten heftige Diskussionen um die Frage, inwiefern der Ordre-public-Vorbehalt – gemäss welchem Bestimmungen ausländischen Rechts nicht angewendet werden können, wenn das Ergebnis gegen das Rechtsgefühl des schweizerischen Rechts verstösst – die Unternehmen bei Annahme der Vorlage vor unrechtmässigen oder unverhältnismässigen Bussen schützen würde.
Finanzminister Maurer fasste die Situation des Ständerates zusammen: Entweder man akzeptiere, dass möglicherweise unrechtmässige Bussen nicht abgezogen werden könnten oder dass Bussen mit strafrechtlichem Hintergrund weiter abzugsfähig seien. Anfänglich seien jedoch in der Kommissionsberatung während sechs Stunden acht weitere Varianten diskutiert worden, die Kommissionsmehrheit habe sich aber am Schluss für die „Alles-oder-nichts“-Variante, wie es Roberto Zanetti (sp, SO) bezeichnete, entschieden. Mehrfach äusserten die Ständerätinnen und Ständeräte jedoch die Hoffnung, die Schwesterkommission könne allenfalls später eine bessere Lösung präsentieren.
Nach ausführlicher Debatte wurde Eintreten ohne Gegenantrag beschlossen. Da die Detailberatung bereits im Rahmen der Eintretensdebatte vorweggenommen worden war, ging der Rat gleich zu den Detailabstimmungen über. Umstritten waren dabei nur die Abzugsmöglichkeiten für Bussen aus dem Ausland, wobei sich die Minderheit mit 28 zu 12 Stimmen bei einer Enthaltung durchsetzte. In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat den bundesrätlichen Vorschlag mit 30 zu 6 Stimmen bei fünf Enthaltungen an; Bussen aus dem Ausland sollen folglich genauso wenig abzugsfähig sein wie Bussen aus der Schweiz.

Noch in der Wintersession bereinigte auch der Ständerat die zwei Kommissionsmotionen (Mo. 17.3706 sowie 17.3665) zum Verzicht auf die Revision des Steuerstrafrechts. Dabei erklärte Pirmin Bischof (cvp, SO) offen, dass die verfahrene Situation der Volksinitiative „Ja zum Schutz der Privatsphäre”, die vom Nationalrat zweimal zur Annahme und vom Ständerat zweimal zur Ablehnung empfohlen worden war, Grund für diese Motionen sei. So sei die Initiative gemäss den Initianten aufgrund dieser angestrebten Revision des Steuerstrafrechts eingereicht worden. Entsprechend gebe es Signale des Initiativkomitees, wonach dieses bei einem Verzicht auf diese Vorlage seine Initiative zurückziehen würde. Roberto Zanetti (sp, SO) ergänzte die bereits in der Nationalratsdebatte geäusserten Argumente gegen den Verzicht auf die Revision um den Hinweis, dass 21 Kantone in der Vernehmlassung die Notwendigkeit einer Revision bejaht hätten. Auch wenn die veraltete Vorlage somit abgeschrieben werden würde, seien die formaltechnische Optimierung und die Bekämpfung von Steuervergehen „weiterhin auf dem Tisch”. Stillschweigend nahm der Ständerat im Anschluss die beiden Motionen an. Somit verzichtete das Parlament schliesslich nach langen Diskussionen auf eine Revision des Steuerstrafrechts. Die Andeutungen und Ankündigungen, wonach ein solcher Verzicht die Initianten der „Matter-Initiative” beeinflussen könnte, erwiesen sich kurz darauf als richtig: Im Januar 2018 zogen die Initianten ihre Initiative mit der Begründung zurück, durch den Verzicht auf die Revision des Steuerstrafrechts ihr Hauptziel auf Gesetzesebene erreicht zu haben.

Der Ständerat lehnte im Dezember 2017 die Motion Ettlin betreffend die übermässige administrative Belastung bei Geschäftsfahrzeuginhabern (15.4259) ab und nahm in der gleichen Debatte eine Motion seiner KVF-SR an, welche unter demselben Titel das Gleiche erreichen wollte, jedoch etwas anders formuliert war. Konkret hielt der Vorschlag der KVF-SR fest, dass mit der pauschalen Abgeltung der Privatnutzung von Geschäftsfahrzeugen ein Gewinnungskostenabzug für den Arbeitsweg auszuschliessen sei. Die Pauschale von 9.6 Prozent des Fahrzeugkaufpreises könne jedoch massvoll erhöht werden. Der Ständerat nahm diesen Vorschlag seiner Kommission mit 28 zu 12 Stimmen (keine Enthaltungen) an.

Im Februar 2017 behandelte der Nationalrat die Motion Ettlin (cvp, OW). Der Motionär hatte in der im Rahmen von FABI in Kraft getretenen Beschränkung des Fahrkostenabzugs eine übermässige administrative Belastung bei Geschäftsfahrzeuginhabern ausgemacht, die er mittels Motion aufheben wollte. Der Ständerat hatte die Motion im September 2016 angenommen. Die nationalrätliche Kommission für Wirtschaft und Abgaben (WAK-NR) beantragte ihrem Rat, eine abgeänderte Fassung der Motion anzunehmen. Diese Fassung sah vor, dass der Bundesrat gesetzliche Änderungen vorschlagen würde, damit auf Verwaltungsstufe ein Einkommensteil für die Nutzung des Geschäftsfahrzeugs für den Arbeitsweg mit den 9,6 Prozent des Fahrzeugkaufpreises für die private Nutzung des Geschäftsfahrzeugs mitabgegolten werden kann. Die vorgeschlagene Lösung soll erreichen, dass der administrative Aufwand für KMU und die steuerliche Belastung für Inhaber eines Geschäftsfahrzeugs entscheidend kleiner würde. Eine Kommissionsminderheit Birrer-Heimo (sp, LU) beantragte dem Rat die Ablehnung der Motion und berief sich dabei auf den Volkswillen, der in der Abstimmung über FABI eine Begrenzung des Pendlerabzugs für alle Steuerpflichtigen gleichermassen zum Ausdruck gebracht habe. Wie schon in der Debatte im Ständerat versuchte auch Finanzminister Maurer, den Rat zur Ablehnung der Motion zu bewegen. Mit 121 Stimmen aus den bürgerlichen Fraktionen gegen 57 Stimmen von SP, Grünen und GLP (bei 6 Enthaltungen) nahm der Rat jedoch die Fassung seiner WAK an.

Eine im Dezember 2015 von Ständerat Erich Ettlin (cvp, OW) eingereichte Motion richtete sich gegen eine übermässige administrative Belastung bei Geschäftsfahrzeuginhabern. Im Rahmen der FABI war 2014 der steuerliche Fahrkostenabzug auf CHF 3000 plafoniert worden. Um den Fahrkostenabzug war in der FABI-Debatte heftig gekämpft worden, doch mit der Annahme der FABI-Vorlage durch das Stimmvolk im Februar 2014 galt ein maximaler Fahrkostenabzug von CHF 3000. Im Sinne einer Gleichbehandlung aller Steuerpflichtigen plante die Eidgenössische Steuerverwaltung eine Praxisänderung, die den maximalen Fahrkostenabzug auch für Inhaber von Geschäftsfahrzeugen berücksichtigt. Weil zwischen Arbeitsweg und Aussendienst unterschieden wird, steigt gemäss Ettlin der administrative Aufwand für Arbeitgeber und -nehmer übermässig an. Weil die Fahrkosten, die CHF 3000 übersteigen, den Arbeitnehmern mit Geschäftsfahrzeug neu als Einkommen angerechnet werden, droht diesen zudem eine höhere Steuerrechnung. Motion Ettlin fordert den Bundesrat auf, die Steuerverwaltung anzuweisen, diese Praxis nicht umzusetzen. Am 3. März 2016 nahm sich der Ständerat der Motion an. Ein Ordnungsantrag von Claude Hêche (sp, JU) wollte die Motion an die Kommission für Wirtschaft und Abgaben zurückweisen. Der Ordnungsantrag Hêche wurde bei 21 zu 21 Stimmen mit dem Stichentscheid des Präsidenten Comte (fdp, NE) angenommen.
Am 27. September 2016 kam die kleine Kammer auf das Geschäft zurück. Die Kommission empfahl dem Rat mit 6 zu 5 Stimmen die Ablehnung der Motion mit der Begründung, die Gleichbehandlung der Steuerpflichtigen sei mit der neuen Praxis gewährleistet und der Aufwand zu bewältigen. Bundesrat Maurer stiess ins selbe Horn und betonte, es sei ausgiebig nach der einfachsten Lösung gesucht worden und die Annahme der Motion führe kaum zu einer weniger aufwändigen Praxis. Trotzdem folgte der Rat der Minderheit Wicki (fdp, NW) und nahm die Motion bei 3 Enthaltungen mit 19 zu 18 Stimmen an.

Noch bevor sich die Räte ein zweites Mal mit dem Bundesgesetz über die Unternehmenssteuerreform III (USR III) auseinandersetzen konnten, ereignete sich Wegweisendes: Die Wirtschaftskommission des Ständerats (WAK-SR) präsentierte im April 2016 einen Kompromissvorschlag. Dieser sah im Kern eine USR III mit der vom Nationalrat unterstützen zinsbereinigten Gewinnsteuer, den vom Ständerat propagierten Kantonsanteilen an der direkten Bundessteuer von 21,2% und einer Teilbesteuerung der Dividenden von mindestens 60% vor. Die Steuererleichterungen für Schifffahrtsunternehmen (Tonnage-Tax), die der Nationalrat in die Vorlage aufgenommen hatte, wollte die WAK-SR indes ausklammern und zu einem späteren Zeitpunkt separat weiterverfolgen. Da bei der Frage der Teilbesteuerung von Dividenden - beide Räte hatten sich für die Beibehaltung des geltenden Rechts ausgesprochen - keine Differenz bestand, musste, bevor der Kompromissvorschlag in den Ständerat geschickt werden konnte, die Wirtschaftskommission des Nationalrats (WAK-NR) in diesem Punkt einen Rückkommensantrag gutheissen. Dies tat sie aber nicht. Mit 15 zu 10 Stimmen sprach sie sich gegen eine Harmonisierung bei der Teilbesteuerung von Dividenden aus. Die USR III solle den Kantonen, so die WAK-NR, möglichst offen lassen, wie sie auf die Abschaffung der kantonalen Steuerstati reagieren möchten. Die WAK-SR zeigte sich enttäuscht über die fehlende Kompromissbereitschaft. Ständerat Zanetti (sp, SO) sprach im Namen der Kommission gar von einem Affront. Fortan waren die Beratungen von taktischen Entscheidungen und verhärteten Fronten geprägt. So lehnte der Ständerat die Einführung der zinsbereinigten Gewinnsteuer auf überdurchschnittlich hohem Eigenkapital mit 26 zu 19 Stimmen ab. Die Tonnage-Tax klammerte er mit 31 zu 14 Stimmen aus der USR III aus und überführte sie in eine eigene Vorlage, die er zur weiteren Prüfung an den Bundesrat zurückwies. Bei den Kantonsanteilen an der direkten Bundessteuer hielt der Ständerat mit 29 zu 13 Stimmen an der Differenz fest. Kurze Zeit später tat dies auch der Nationalrat, der sich überdies erneut mit 129 zu 56 Stimmen bei 3 Enthaltungen für die zinsbereinigte Gewinnsteuer aussprach. Dafür folgte die grosse Kammer dem Ständerat bei der Tonnage-Tax, die damit definitiv nicht mehr Teil der Vorlage war, und lenkte überdies bei der Inputförderung ein, indem sie die maximalen Abzüge für Forschung und Entwicklung auf 150% der tatsächlichen Kosten beschränkte. Ein Antrag einer Minderheit Jans (sp, BS), die auf die Teilbesteuerung von Dividenden zurückkommen wollte, wurde mit 54 zu 127 Stimmen abgelehnt. In der dritten Beratungsrunde gipfelten die strategischen Ränkespiele in einem Vorschlag der ständerätlichen Wirtschaftskommission, Kantonen, die Dividenden zu mindestens 60% besteuern, die Einführung einer zinsbereinigten Gewinnsteuer zu erlauben. Der Antrag der WAK-SR sorgte dann auch für heftige Reaktionen. Ruedi Noser (fdp, ZH), der gegen eine Anpassung der Dividenbesteuerung war, sah den Anstand in Bezug auf den Umgang der Kommissionen geritzt, da man den abgewiesenen Rückkommensantrag so einfach umgehe. Christian Levrat (sp, FR), der gegen die Einführung einer zinsbereinigten Gewinnsteuer Stellung bezogen hatte, sprach seinerseits von einem Verstoss gegen das Parlamentsgesetz. Am Ende war die WAK-SR dann doch erfolgreich. Ihr Antrag wurde mit 22 zu 20 Stimmen bei 2 Enthaltungen angenommen. Und auch im Nationalrat vermochte das Gewinnsteuer-Teilbesteuerungs-Paket zu überzeugen und wurde mit 122 zu 64 Stimmen bei 4 Enthaltungen angenommen. Die SP und die Grünen hatten es geschlossen abgelehnt. Zudem hatten sich 11 Vertreter der SVP dagegen ausgesprochen. Auch bei den Kantonsanteilen an der direkten Bundessteuer kam der Nationalrat dem Ständerat entgegen und stimmte einer Erhöhung auf 21,2% mit 140 zu 49 Stimmen bei einer Enthaltung zu. Damit waren alle Differenzen bereinigt und die Vorlage bereit für die Schlussabstimmung.

Im Dezember 2015 befasste sich der Ständerat erstmals mit dem Bundesgesetz über die Unternehmenssteuerreform III (USR III), das der Bundesrat im Juni präsentiert hatte und mit dem er den Unternehmensstandort Schweiz zu stärken beabsichtigte. Der Vorschlag des Bundesrats verfolgte zwei Stossrichtungen: Zum einen sollten die international nicht mehr akzeptierten Steuerermässigungen von Holding-, Domizil- und gemischten Gesellschaften abgeschafft werden, zum andern plante der Bundesrat, die Kantone bei der Senkung der Gewinnsteuersätze, die formell kein Bestandteil der USR III waren, finanziell zu unterstützen. Die Stossrichtungen der Vorlage waren in ihren Grundzügen in der kleinen Kammer unbestritten. In den Detailfragen beschlossen die Ständerätinnen und Ständeräte indes einige Differenzen zum Bundesrat. Mit 26 zu 19 Stimmen folgten sie dem Antrag der vorberatenden Wirtschaftskommission (WAK-SR), die sich mit 7 zu 4 Stimmen für die Beibehaltung der Emissionsabgaben auf Eigenkapital ausgesprochen hatte. Dies sei kein zentraler Punkt der Reform. Zudem liessen sich so jährlich rund CHF 230 Mio. sparen, argumentierte Ständerat Zanetti (sp, SO) im Namen der Kommissionsmehrheit. Eine Minderheit Keller-Sutter (fdp, SG) hatte für den Vorschlag des Bundesrats Partei ergriffen – erfolglos. Auch bei der Frage, wie hoch Dividenden künftig besteuert werden sollten, schuf der Ständerat eine Differenz zur Regierung. Der Antrag der WAK-SR, dem Vorschlag des Bundesrates zu folgen und die Teilbesteuerung von Dividenden auf 70% zu vereinheitlichen, scheiterte mit 19 zu 26 Stimmen an einem Minderheitsantrag Schmid (fdp, GR), der den Kantonen in dieser Frage weiterhin die Federführung überlassen wollte. Die Erhöhung hätte dem Bund CHF 100 Mio. und den Kantonen rund CHF 330 Mio. Mehreinnahmen pro Jahr beschert. Eine Minderheit Fetz (sp, BS), die Dividenden zu 100% besteuern wollte, war in der kleinen Kammer indes chancenlos. Wenig überraschend stimmten die Standesvertreter mit 35 zu 6 Stimmen bei 4 Enthaltungen einem Kommissionsantrag, die Kantonsanteile an der direkten Bundessteuer statt nur auf 20,5 direkt auf 21,2% zu erhöhen, zu. Dadurch sollten die Kantone zusätzlichen Spielraum zur Senkung der kantonalen Gewinnsteuersätze erhalten. Dem Bund gingen dadurch rund CHF 150 Mio. jährlich verloren. Eine weitere Differenz schuf der Ständerat im Bereich des Steuerabzugs von Aufwendungen für Forschung und Entwicklung. Mit 25 zu 19 Stimmen hiess er einen Antrag seiner WAK-SR gut, die sogenannte Inputförderung auf 150% der F&E-Mittel zu begrenzen. Die Kommission wollte damit der Gefahr einer Nullbesteuerung und eines zu starken kantonalen Steuerwettbewerbs begegnen. Ohne Erfolg blieb indes der Antrag einer Minderheit Germann (svp, SH), die eine zinsbereinigte Gewinnsteuer in die Vorlage aufnehmen wollte. Die Bedenken der Kommissionsmehrheit zur internationalen Akzeptanz einer solchen Massnahme und zu den drohenden Mindereinnahmen bei Bund (CHF 270 Mio.) und Kantonen (CHF 350 Mio.) teilten in der ersten Beratungsrunde 30 der 44 abstimmenden Ständeräte. Dies passte zum Grundtenor der ersten ständerätlichen Beratungsrunde, das "Fuder nicht überladen" zu wollen.

Im März 2015 befasste sich der Ständerat mit der Volksinitiative "Für Ehe und Familie - gegen die Heiratsstrafe". Die vorberatende Kommission für Wirtschaft und Abgaben (WAK-SR) beantragte nach dem Stichentscheid ihres Kommissionspräsidenten Zanetti (sp, SO), der Volksinitiative den direkten Gegenentwurf des Nationalrates gegenüberzustellen und vertrat damit die Ansicht des Nationalrats, dass eine Annahme der Volksinitiative zu neuen Problemen führen würde, indem einerseits ein Wechsel zur Individualbesteuerung verhindert und andererseits die Möglichkeit der Eheschliessung für gleichgeschlechtliche Partner ausgeschlossen würde. Der Ständerat folgte dem Vorschlag der Kommissionsmehrheit mit 24 zu 19 Stimmen bei 1 Enthaltung, womit das Geschäft bereit war für die Schlussabstimmung.

Stillschweigend folgte der Ständerat im Sommer 2014 seiner einstimmigen WAK und schrieb mit Folgegeben zum Bundesratsbericht «Ökologische Steuerreform» die Motion Studer (evp, AG; Mo. 06.3190) ab. Kommissionssprecher Roberto Zanetti (sp/ps, SO) legte dem Rat die Meinung des Bundesrates und der Kommission dar, wonach bei zentralen Fehlanreizen bereits Massnahmen in Angriff genommen worden seien und weitere Anpassungen besser in spezifischen Revisionen angegangen werden sollten. Stillschweigend und diskussionslos folgte im Herbst 2014 auch die grosse Kammer diesem Votum und schrieb die Motion ab.