Nachdem der Vorschlag der WAK-SR bereits ausführlich ausserhalb des Parlaments diskutiert worden war, folgte im Juni 2018 die Ständeratsdebatte zur Steuervorlage 17. Kommissionspräsident Pirmin Bischof (cvp, SO) stellte dem Rat den Kommissionsvorschlag detailliert vor und betonte, der Kompromiss sei kein Diktat, auch nicht für die Schwesterkommission, aber er stelle «im Moment die beste Lösung» dar. Um diesen Kompromiss zu erarbeiten, habe die Kommission Vertreterinnen und Vertreter verschiedenster Organisationen und Behörden angehört, darunter Delegierte der FDK, des Kantons Zürich, des Städte- und des Gemeindeverbands, von Economiesuisse oder des Gewerkschaftsbundes. Die ESTV und das BSV hätten zudem auf Verlangen der Kommission 24 Berichte erstellt. Unter anderem war ein Gutachten des Bundesamtes für Justiz zum Schluss gekommen, die Vorlage sei «verfassungsrechtlich vertretbar». Bischof betonte, dass der Kompromiss alle Eckpunkte des Vorschlags der WAK-SR umfasse und nur in seiner Gesamtheit in dieser Breite getragen werde. Würden Teile davon verändert, sei diese Unterstützung nicht mehr vollständig gegeben. Abschliessend betonte Bischof, dass die Kommission offen sei für Alternativvorschläge.
Im Ratsplenum rief die Vorlage ebenfalls gemischte Gefühle hervor. Die in «Bundesgesetz über die Steuerreform und die AHV-Finanzierung» (STAF) umgetaufte Vorlage sei eine «Sternstunde der parlamentarischen Arbeit», lobte Roberto Zanetti (sp, SO). Viele Ratsmitglieder betonten hingegen ihre Skepsis, einige wurden sogar richtig deutlich: Thomas Minder (parteilos, SH) sprach von einer «Birchermüesli-Politik», Alex Kuprecht (svp, SZ) von einem «Sündenfall» und Werner Luginbühl (bdp, BE) von einem Kauf von Mehrheiten mit Geschenken. Mehrfach wurde das Gutachten des BJ als politische Gefälligkeit anstelle einer juristischen Einschätzung bezeichnet. Finanzminister Maurer wurde nicht müde, die Wichtigkeit der SV17, respektive dem STAF, zu betonen und den Kompromiss zu loben.
Inhaltlich gab es kaum Streitpunkte, was die NZZ darauf zurückführte, dass die Vorlage ein politischer Balanceakt sei: Man könne kein Element ändern, ohne das alles auseinanderbreche. Dennoch wurden drei Änderungsanträge eingebracht. Eine Minderheit I Zanetti forderte, die minimale Dividendenbesteuerung der Kantone gemäss dem Vorschlag des Bundesrates auf 70 Prozent zu erhöhen, da die Kantone diese Regelung erarbeitet hätten und diese bevorzugen würden. Finanzminister Maurer pflichtete ihm bei und bat den Rat darum, der Minderheit I zu folgen. Gleichzeitig beantragte eine Minderheit II Föhn dem Ständerat, darauf zu verzichten, den Kantonen bezüglich Dividendenbesteuerung Vorgaben zu machen, da die Unternehmen gemäss dem Vorschlag der WAK-SR bereits genügend zur Kasse gebeten würden. Mit 25 zu 14 Stimmen (5 Enthaltungen) und 26 zu 12 Stimmen (6 Enthaltungen) setzte sich der Kommissionvorschlag gegen die zwei Minderheitsvorschläge durch. Eine Minderheit Fetz wollte erreichen, dass die Regeln zum Kapitaleinlageprinzip (KEP) auch auf Nennwertsenkungen angewendet werden und dass Gratisaktien und Gratisnennwerterhöhungen unterbunden werden. Anita Fetz (sp, BS) bat um Zustimmung zu ihrem Minderheitsantrag, damit die bei der Unternehmenssteuerreform II gemachten Fehler korrigiert werden könnten. Mit 30 zu 11 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) sprach sich der Ständerat gegen eine solche Änderung aus. Unverändert wurde der Kommissionsvorschlag somit an den Zweitrat weitergereicht.

In der Herbstsession 2016 befasste sich der Ständerat erstmals mit der Revision der Quellenbesteuerung des Erwerbseinkommens, mit der der Bundesrat die Ungleichbehandlungen zwischen quellenbesteuerten und ordentlich besteuerten Personen beseitigen will. Die kleine Kammer stimmte der Regierung in den zentralen Punkten zu. In Zukunft soll entsprechend allen ansässigen Quellensteuerpflichtigen die nachträgliche ordentliche Veranlagung offenstehen. Zudem sollen auch die sogenannten Quasi-Ansässigen, die ihren Wohnsitz nicht in der Schweiz haben, aber über 90% ihres weltweiten Einkommens in der Schweiz erwirtschaften, nachträglich eine Veranlagung im ordentlichen Verfahren beantragen können. In Übereinstimmung mit dem Nationalrat kippte die kleine Kammer den bundesrätlichen Vorschlag einer Solidarhaftungsklausel, nach der Mitglieder der Verwaltung und Geschäftsführung für die Entrichtung der Quellensteuer gehaftet hätten, definitiv aus der Revision. Der Ständerat stimmte aber nicht in allen Punkten mit der grossen Kammer überein. Mit 31 zu 9 Stimmen sprach er sich für die vom Bundesrat vorgeschlagenen Bezugsprovisionen von 1% des gesamten Quellensteuerbetrags aus. Der Nationalrat wollte den Kantonen einen Spielraum bis 2% lassen. Zudem setzte sich die Mehrheit der vorberatenden Kommission für Wirtschaft und Abgaben (WAK-SR) beim Thema der pauschalen Quellensteuerabzüge von ausländischen Künstlern gegen eine Minderheit Fetz (sp, BS) durch. Letztere wollte dem Nationalrat folgen und den Künstlern erlauben, 50% der Bruttoeinkünfte als Gewinnungskosten pauschal abziehen zu können. Der Bundesrat hatte einen Abzug von 20% vorgeschlagen. Der Ständerat sprach sich nun mit 25 zu 15 Stimmen für einen Kompromiss und einen Abzug von 35% der Bruttoeinkünfte aus. Der Ball liegt nun wieder beim Nationalrat.

Im Dezember 2015 befasste sich der Ständerat erstmals mit dem Bundesgesetz über die Unternehmenssteuerreform III (USR III), das der Bundesrat im Juni präsentiert hatte und mit dem er den Unternehmensstandort Schweiz zu stärken beabsichtigte. Der Vorschlag des Bundesrats verfolgte zwei Stossrichtungen: Zum einen sollten die international nicht mehr akzeptierten Steuerermässigungen von Holding-, Domizil- und gemischten Gesellschaften abgeschafft werden, zum andern plante der Bundesrat, die Kantone bei der Senkung der Gewinnsteuersätze, die formell kein Bestandteil der USR III waren, finanziell zu unterstützen. Die Stossrichtungen der Vorlage waren in ihren Grundzügen in der kleinen Kammer unbestritten. In den Detailfragen beschlossen die Ständerätinnen und Ständeräte indes einige Differenzen zum Bundesrat. Mit 26 zu 19 Stimmen folgten sie dem Antrag der vorberatenden Wirtschaftskommission (WAK-SR), die sich mit 7 zu 4 Stimmen für die Beibehaltung der Emissionsabgaben auf Eigenkapital ausgesprochen hatte. Dies sei kein zentraler Punkt der Reform. Zudem liessen sich so jährlich rund CHF 230 Mio. sparen, argumentierte Ständerat Zanetti (sp, SO) im Namen der Kommissionsmehrheit. Eine Minderheit Keller-Sutter (fdp, SG) hatte für den Vorschlag des Bundesrats Partei ergriffen – erfolglos. Auch bei der Frage, wie hoch Dividenden künftig besteuert werden sollten, schuf der Ständerat eine Differenz zur Regierung. Der Antrag der WAK-SR, dem Vorschlag des Bundesrates zu folgen und die Teilbesteuerung von Dividenden auf 70% zu vereinheitlichen, scheiterte mit 19 zu 26 Stimmen an einem Minderheitsantrag Schmid (fdp, GR), der den Kantonen in dieser Frage weiterhin die Federführung überlassen wollte. Die Erhöhung hätte dem Bund CHF 100 Mio. und den Kantonen rund CHF 330 Mio. Mehreinnahmen pro Jahr beschert. Eine Minderheit Fetz (sp, BS), die Dividenden zu 100% besteuern wollte, war in der kleinen Kammer indes chancenlos. Wenig überraschend stimmten die Standesvertreter mit 35 zu 6 Stimmen bei 4 Enthaltungen einem Kommissionsantrag, die Kantonsanteile an der direkten Bundessteuer statt nur auf 20,5 direkt auf 21,2% zu erhöhen, zu. Dadurch sollten die Kantone zusätzlichen Spielraum zur Senkung der kantonalen Gewinnsteuersätze erhalten. Dem Bund gingen dadurch rund CHF 150 Mio. jährlich verloren. Eine weitere Differenz schuf der Ständerat im Bereich des Steuerabzugs von Aufwendungen für Forschung und Entwicklung. Mit 25 zu 19 Stimmen hiess er einen Antrag seiner WAK-SR gut, die sogenannte Inputförderung auf 150% der F&E-Mittel zu begrenzen. Die Kommission wollte damit der Gefahr einer Nullbesteuerung und eines zu starken kantonalen Steuerwettbewerbs begegnen. Ohne Erfolg blieb indes der Antrag einer Minderheit Germann (svp, SH), die eine zinsbereinigte Gewinnsteuer in die Vorlage aufnehmen wollte. Die Bedenken der Kommissionsmehrheit zur internationalen Akzeptanz einer solchen Massnahme und zu den drohenden Mindereinnahmen bei Bund (CHF 270 Mio.) und Kantonen (CHF 350 Mio.) teilten in der ersten Beratungsrunde 30 der 44 abstimmenden Ständeräte. Dies passte zum Grundtenor der ersten ständerätlichen Beratungsrunde, das "Fuder nicht überladen" zu wollen.

Der Ständerat behandelte zwei im Vorjahr vom Nationalrat überwiesene Motionen zur Senkung des Gewinnsteuersatzes für Unternehmen. Die Motion der FDP-Fraktion war recht offen formuliert, und schrieb insbesondere den Umfang und den zeitlichen Horizont der Senkung nicht vor, schlug aber eine Flexibilisierung bei der Besteuerung unterschiedlicher Ertragsarten vor. Diese Motion, die in erster Linie die Standortattraktivität der Schweizer Wirtschaft für ausländische Unternehmen fördern will, nahm die kleine Kammer gegen einen Ablehnungsantrag Fetz (sp, BS) mit 32 zu 10 Stimmen an, allerdings in einer abgeänderten Form, welche die Flexibilisierung ausschloss, da dieses so genannte Box-Modell, welches heute von den Niederlanden praktiziert wird, auch in der EU nicht unbestritten ist. Gegen den Widerstand der SP, die fand, gerade die Flexibilisierung hätte eine innovative Entwicklung ermöglicht, stimmte der Nationalrat der definitiven Überweisung in der modifizierten Form mit 95 zu 61 Stimmen zu. Die Motion der SVP-Fraktion (Mo. 07.3269), die genaue Vorgaben zur Senkung (von heute 8,5% auf neu 5,0%) vorsah, was allein beim Bund zu jährlichen Steuerausfällen von 3,8 Mia Fr. führen würde und auch beträchtliche Auswirkungen auf die Kantone hätte, lehnte der Ständerat mit 33 zu 7 Stimmen ab.

Gegen die Stimmen der Linken lehnte das Parlament die Volksinitiative „für eine Kapitalgewinnsteuer“ ab (der Nationalrat mit 120:65, der Ständerat mit 35:6 Stimmen). Die bürgerliche Mehrheit räumte zwar ein, dass das Begehren dem Anliegen der Steuergerechtigkeit entspreche, betonte aber, dass die direkte Bundessteuer mit ihrer starken Progression bereits den Charakter einer Reichtumssteuer habe. Die Kapitalgewinnsteuer stelle eine isolierte Einzelmassnahme dar, die nicht in das bestehende Steuersystem integriert sei und die alle sieben Kantone, welche eine solche Steuer kannten, aus Gründen der Konkurrenzfähigkeit wieder abgeschafft hätten. Mit 96:78 Stimmen verwarf der Nationalrat einen Antrag Fetz (sp, BS), das Geschäft an die WAK zurückzuweisen mit dem Auftrag, konkrete Massnahmen zur Schliessung der Steuerlücken auf Kapitalgewinnen auszuarbeiten, um dem Volk einen indirekten Gegenvorschlag zur Initiative vorlegen zu können. Bundesrat Villiger wies darauf hin, dass es an Zeit fehle, in dieser komplexen Materie rasch zu Ergebnissen zu kommen, insbesondere, da noch kein Konsens bestehe.