Bereits in der Wintersession 2022 beriet das Parlament den Bundesbeschluss über eine besondere Besteuerung grosser Unternehmensgruppen fertig. Dies war nötig, damit die entsprechende Verordnung ab dem 1. Januar 2024 in Kraft treten und die Regelungen der OECD somit termingerecht umgesetzt werden können – vorausgesetzt, die Stimmbevölkerung heisst die Verfassungsänderung im Juni 2023 an der Urne gut.

Nach dem Ständerat, der sich bereits in der Herbstsession zur Vorlage geäussert hatte, setzte sich zu Beginn der Wintersession der Nationalrat mit dem Bundesbeschluss zur Änderung der Verfassung auseinander. Vertreterinnen und Vertreter der bürgerlichen Parteien unterstrichen in der Eintretensdebatte die Notwendigkeit der Vorlage, auch wenn sie teilweise als notwendiges Übel dargestellt wurde. Sie betonten, dass sich der Standortwettbewerb in den kommenden Jahren aufgrund der OECD-Mindestbesteuerung verstärken werde und die betroffenen Kantone ihre sinkende Steuerattraktivität kompensieren müssten. Dem pflichtete der Finanzminister später bei, als er betonte, dass es aufgrund dieser Vorlage zu grossen Veränderungen kommen werde – der Standortwettbewerb verlagere sich auf Bereiche, in denen «die Schweiz nicht mithalten kann». Vertreterinnen und Vertreter der links-grünen Parteien hingegen erachteten die OECD-Reform als Versuch, den in ihren Augen schädlichen internationalen Steuerwettbewerb einzuschränken. Entsprechend sollten die daraus resultierenden Einnahmen nicht erneut dafür eingesetzt werden, einzelne Kantone für Unternehmen attraktiver zu machen, womit auch die interkantonale Ungleichheit noch verstärkt würde. Eintreten war in der Folge unbestritten.

Die grosse Debatte betraf in der Folge die Frage, wie die aufgrund der Ergänzungssteuer erzielten Mehreinnahmen zwischen Bund und Kantonen verteilt werden sollen. Der Bundesrat hatte in Absprache mit den Kantonen eine Verteilung von 25 Prozent für den Bund und 75 Prozent für die Kantone vorgeschlagen, der Ständerat war seinem Antrag gefolgt. Eine Minderheit III Walti (fdp, ZH) vertrat diese Position im Nationalrat. Die WAK-NR befürwortete hingegen eine Verteilung von 50-zu-50 Prozent für Bund und Kantone, wobei eine Obergrenze von CHF 400 pro Einwohnerin und Einwohner geschaffen werden sollte. Einerseits sei die finanzielle Situation der Kantone deutlich besser als diejenige des Bundes, zudem sei ein Engagement des Bundes im Standortwettbewerb vonnöten, begründete Landolt (mitte, GL) im Namen der Kommission den höheren Bundesanteil. Schliesslich führe dieser Vorschlag in 16 Kantonen zu Mehreinnahmen gegenüber dem bundesrätlichen Vorschlag. Daneben lagen jedoch zahlreiche Minderheitsvorschläge vor. Zwei Minderheiten I Grossen (glp, BE) und II Feller (fdp, VD) befürworteten die Verteilung von 50 zu 50, lehnten aber die Pro-Kopf-Obergrenze ab. Die Minderheit I Grossen wollte die Gelder zu zwei Dritteln entsprechend der kantonalen Wirtschaftsleistung und zu einem Drittel entsprechend der Wohnbevölkerung auf die Kantone verteilen, während die Minderheit II Feller keine Ergänzungen vorsah. Extrempositionen nahmen die Minderheiten IV Martullo (svp, GR) sowie VI Glättli (gp, ZH) ein, die 100 Prozent der Gelder den Kantonen (Martullo) respektive dem Bund (Glättli) zukommen lassen wollten.
Finanzminister Maurer warnte den Rat eindringlich vor den Folgen einer Abweichung vom Kompromiss zwischen den Kantonen: Damit lasse man die «Solidarität auseinanderbrechen», betonte er und empfahl folglich die Minderheit IV Walti zur Annahme.
Dennoch setzte sich die Minderheit II Feller und somit die hälftige Verteilung zwischen Bund und Kantonen ohne Einschränkungen gegen die Alternativvorschläge durch. Angenommen wurde auch eine Minderheit V Leo Müller (mitte, LU), mit der die Verteilung der kantonalen Mehreinnahmen auf Gemeinden und Städte gemäss der Verteilung der Gewinnsteuern festgeschrieben werden sollte. Der Nationalrat schuf damit gleich zwei Differenzen zum Erstrat.
Erfolgreich war mit 161 zu 25 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) überdies ein Einzelantrag Leo Müller für eine Änderung des Vorlagentitels als dritte Differenz. Dieser sollte neu die «Umsetzung des OECD/G20-Projekts zur Besteuerung grosser Unternehmensgruppen» in den Mittelpunkt stellen, nicht wie bisher die «Besteuerung der digitalen Wirtschaft». Müller hatte zuvor auf die Notwendigkeit verwiesen, dass die Vorlage bei einer Volksabstimmung einen passenden Titel aufweist.
Schliesslich folgte der Nationalrat auch einem Antrag seiner Kommissionsmehrheit und beauftragte den Bundesrat, bis sechs Jahre nach Inkrafttreten der Verordnung zur Mindestbesteuerung das entsprechende Bundesgesetz vorzulegen. Damit schuf er eine vierte Differenz zum Ständerat. Eine Minderheit Aeschi (svp, ZG) wollte ergänzend vom Bundesrat verlangen, zusammen mit der Ausführungsgesetzgebung auch eine Anpassung der NFA zu präsentieren, da das «neue[...], NFA-ähnliche[...] Umverteilungsgefäss» zusammen mit den bestehenden NFA-Gefässen angeschaut werden müsse. Der Nationalrat entschied sich jedoch mit 143 zu 46 Stimmen für den Mehrheitsantrag.

Daneben versuchten verschiedene Minderheiten, die Vorlage um weitere Elemente zu ergänzen – blieben damit aber erfolglos. Auf bürgerlicher Seite verlangte eine Minderheit Aeschi, gleichzeitig mit der Unternehmensbesteuerung auch die natürlichen Personen zu entlasten, was die Mehrheit der Sprechenden mit Verweis darauf ablehnte, dass dieser Antrag themenfremd sei und Kosten in Milliardenhöhe verursachen würde. Auch der Nationalrat sah von dieser Ergänzung ab (141 zu 48 Stimmen).
Eine weitere Minderheit Aeschi wollte erfolglos (134 zu 55 Stimmen bei 1 Enthaltung) die Reichweite der Vorlage auf juristische Personen beschränken und damit Personengesellschaften von der Regelung ausnehmen. Dies lehnte etwa Finanzminister Maurer mit der Begründung ab, dass die OECD-Regelung auch solche Unternehmen einbeziehe.
Erfolglos blieben auch zwei Minderheiten Feller für eine Einschränkung der Bestimmungen auf «grosse multinationale Unternehmensgruppen» – der Bundesrat hatte nur von «grossen Unternehmensgruppen» gesprochen. Sollte die erste Säule der OECD-Bemühungen, die sich mit der «steuerlichen Zuteilung von Gewinnen grosser Unternehmensgruppen» (EFD) beschäftigt, ebenfalls umgesetzt werden, bräuchte es bei einer solchen Ergänzung eine neue Verfassungsänderung, begründete der Finanzminister seine ablehnende Haltung. Der zweite Minderheitsantrag Feller verlangte, dass die Veranlagung zwingend durch die Kantone gemacht werden muss – bisher enthielt die Vorlage diesbezüglich Ausnahmemöglichkeiten. Kommissionssprecher Landolt betonte, dass man diese Frage absichtlich offen lassen wolle, um sie im Rahmen des späteren Gesetzgebungsverfahrens regeln zu können. Mit 130 zu 58 Stimmen (bei 1 Enthaltung) respektive 131 zu 57 Stimmen (bei 1 Enthaltung) fanden auch diese zwei Anträge keine Mehrheit. Alle vier Minderheitsanträge wurden von der SVP-Fraktion sowie von einer Minderheit der FDP-Fraktion und einzelnen Mitgliedern der Mitte-Fraktion befürwortet.

Nicht nur von bürgerlicher, auch von links-grüner Ratsseite lagen zahlreiche erfolglose Minderheitsanträge vor.
Eine Minderheit Birrer-Heimo (sp, LU) erachtete einen Vollzug der neuen Steuer durch die ESTV als sinnvoller als einen kantonalen Vollzug mit Unterstützung durch die ESTV – zumal immer mehrere Kantone betroffen seien. Finanzminister Maurer wies auf den bereits bestehenden Kontakt zwischen Kantonen und Unternehmen hin und erachtete den Vollzug durch die Kantone daher als sinnvoller. Der Minderheitsantrag scheiterte mit 110 zu 79 Stimmen.
Genauere Vorschriften für die Verwendung der Bundesgelder verlangten zwei Minderheiten I Badran (sp, ZH) und II Ryser (gp, SG). Um den «Basar» zur Verteilung der Gelder durch die ungenaue Formulierung einer «Förderung der Standortattraktivität» zu stoppen, schlug Jacqueline Badran eine Zweckbindung zur Finanzierung von familienexterner Kinderbetreuung und Franziska Ryser eine Zweckbindung zur Finanzierung der Individualbesteuerung vor. Mit beiden Vorschlägen könne das inländische Fachkräftepotenzial besser ausgeschöpft werden, betonten sie. Martin Landolt lehnte es im Namen der Kommission jedoch ab, konkrete Massnahmen zu treffen, solange die konkreten Herausforderungen noch nicht bekannt seien. Mit 97 zu 90 Stimmen bevorzugte der Nationalrat den Vorschlag der Kommissionsmehrheit gegenüber dem Minderheitsantrag I Badran, der sich zuvor ähnlich knapp gegen den Minderheitsantrag Ryser durchgesetzt hatte.

In der Gesamtabstimmung nahm der Nationalrat den Entwurf mit 127 zu 43 Stimmen (bei 18 Enthaltungen) an. Abgelehnt wurde der Entwurf von den Mitgliedern der SVP-Fraktion, Enthaltungen fanden sich in allen Fraktionen ausser derjenigen der GLP.

Im Juni 2019 präsentierte die fünfköpfige Subkommission «Verrechnungssteuer» unter Leitung von Leo Müller (cvp, LU) erste Eckwerte ihres Vorschlags zum Wechsel vom Schuldner- zum Zahlstellenprinzip bei der Verrechnungssteuer. Mit 4 zu 1 Stimmen schlug sie vor, dass der Systemwechsel in- und ausländische sowie direkte und indirekte Zinsanlagen betreffen solle, nicht aber inländische juristische Personen, kollektive Kapitalanlagen sowie ausländische Anleger. Die Verrechnungssteuer solle bei 35 Prozent bleiben und ihre Erhebung möglichst laufend, die Ablieferung an die ESTV maximal vierteljährlich stattfinden. Die Ablieferung solle durch die Zahlstellen erfolgen, die dafür haftbar seien, aber gegenüber ihren Kunden über einen Regressanspruch verfügen und angemessen entschädigt werden sollten.
Die Subkommission veröffentlichte die Eckwerte ihres Vorschlags unter Zustimmung der WAK-NR, damit sich der Bundesrat, der an einem ähnlichen Projekt arbeitete, daran orientieren konnte. Die Kommission verwies jedoch darauf, dass sie diese Eckwerte noch nicht diskutiert habe und diese für sie entsprechend nicht bindend seien.

In der Herbstsession 2018 setzte sich der Nationalrat mit dem Bundesgesetz über die steuerliche Behandlung finanzieller Sanktionen auseinander. Die Mehrheit der WAK-NR hatte zuvor einige Änderungen zur ständerätlichen Version beantragt. Besonders umstritten war in der Eintretensdebatte die Frage der Nichtabzugsfähigkeit von Aufwendungen zur Ermöglichung von Straftaten, zum Beispiel Terrorismusfinanzierung oder die Miete von für strafbare Tätigkeiten verwendeten Räumen. Hierbei befürwortete die Kommission eine Beibehaltung des Status Quo, da derartige Aufwendungen in der Praxis kaum identifiziert werden könnten. Deshalb solle die Klärung dieser Frage dem Bundesgericht überlassen werden, erklärte Kommissionssprecher Feller (fdp, VD). Eine Minderheit Müller Leo (cvp, LU) beantragte eine Zustimmung zur ständerätlichen Version und damit die ausdrückliche Regelung der Frage innerhalb des Gesetzes. Minderheitssprecher Müller betonte, dass es nicht sein könne, dass Terrorismusfinanzierung womöglich von den Steuern abgezogen werden könne. Dies schien den gesamten Nationalrat zu überzeugen, mit 182 Stimmen folgte er einstimmig der Minderheit und bereinigte die Differenz.
Des Weiteren beabsichtigte die Kommission, Schadenersatzzahlungen und vergleichbare Leistungen generell abzugsfähig zu machen, es sei denn, es liegt ein gerichtlich festgestelltes vorsätzliches Verhalten vor. Fahrlässige oder grobfahrlässige Zahlungen sollen folglich von den Steuern abgezogen werden können. Damit würden gemäss Minderheitssprecher Müller jedoch mehr Abzüge zugelassen als in der aktuellen Rechtspraxis. Der Rat stimmte dem Kommissionsantrag mit 94 zu 88 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) zu.
Auch eine Unterscheidung zwischen inländischen und ausländischen Strafen, welche neben Müller auch Finanzminister Maurer deutlich kritisierte, nahm der Rat mit 94 zu 88 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) an. Demnach sollen nach dem Willen des Nationalrats ausländische Bussen weiterhin abgezogen werden können, wenn sie gegen den schweizerischen Ordre public verstossen, wenn eine entsprechende in der Schweiz begangene Handlung nicht strafbar wäre oder wenn die Busse das Höchstmass der Sanktion nach schweizerischem Recht übersteigt – in letzterem Fall wäre die Differenz zwischen Schweizer Höchstmass und tatsächlicher Busse abziehbar.
Mit 129 zu 47 Stimmen (bei 9 Enthaltungen) nahm der Nationalrat die Vorlage in der Gesamtabstimmung an.

Zwischen der Ständeratsdebatte zum AHV-Steuer-Deal, wie die Steuervorlage 17 trotz neuem Namen (STAF) hauptsächlich genannt wurde, und deren Behandlung im Nationalrat geriet die Vorlage von verschiedenen Seiten weiter unter Druck.
Kritisch zeigten sich zum Beispiel die Städte, denen durch die Änderungen der WAK-SR am bundesrätlichen Vorschlag Mindereinnahmen drohten: CHF 315 Mio. sollen ihnen durch den Verzicht auf eine Erhöhung der minimalen Dividendenbesteuerung, wie sie der Vorschlag des Bundesrates noch beinhaltet hatte, verloren gehen. Dies müsse mit Bundeskompensationen ausgeglichen werden, zudem solle die Gemeindeklausel strenger formuliert werden, schlugen verschiedene Städtevertreterinnen und -vertreter vor.
Auch Hans-Ulrich Bigler (fdp, ZH) zeigte sich als Vertreter des Gewerbeverbands gegenüber dem AHV-Steuer-Deal kritisch. Er schlug vor, die zusätzlichen Gelder für die AHV nicht durch Lohnerhöhungen, sondern durch eine Mehrwertsteuererhöhung um 0.3 Prozent zu erzielen. Dies sei gerechter, weil so auch Pensionierte ihren Beitrag an die Gesundung der AHV leisten müssten und die Kosten dafür nicht ausschliesslich von Arbeitstätigen und Unternehmen getragen würden. Dieser Vorschlag stiess jedoch auf vielseitige Kritik: Einerseits sah SP-Vizepräsident Beat Jans (sp, BS) darin eine Gefährdung des fragilen Kompromisses, den die WAK-SR ausgehandelt hatte. Andererseits betonte CVP-Nationalrat Markus Ritter (cvp, SG), dass die von der Unternehmenssteuerreform stark profitierenden Unternehmen zumindest die Hälfte der Kosten der AHV-Zusatzfinanzierung übernehmen sollten. In der FK-NR fand Biglers Vorschlag jedoch Anklang; in ihrem Mitbericht von Ende Juni 2018 an die WAK-NR zog die Finanzkommission mit 13 zu 9 Stimmen (2 Enthaltungen) eine Gegenfinanzierung des AHV-Zuschusses über eine Mehrwertsteuererhöhung einer Erhöhung der Lohnprozente vor.
Einen weiteren Vorschlag für die Finanzierung des AHV-Zuschusses präsentierte die SGK-NR in ihrem Mitbericht anfangs Juli: Äusserst knapp, mit 13 zu 12 Stimmen, schlug sie vor, neben der Zusatzfinanzierung durch das vollständige Demographieprozent – dem seit 1999 zusätzlich erhobenen Mehrwertsteuerprozent – auch auf Leistungsseite zu handeln: In vier Schritten sollte das Rentenalter der Frauen ab 2020 auf 65 Jahre angehoben werden. Der Bundesbeitrag an die AHV sollte anfänglich auf 21.5 Prozent erhöht, anschliessend bis 2030 auf 20.5 Prozent reduziert werden. Die zusätzlichen Gelder für die AHV würden durch die Bundeskasse – geäufnet durch die dynamischen Effekte der Steuervorlage – gesprochen.
Am heftigsten kritisierten Exponenten der SVP den AHV-Steuer-Deal. Entsprechend zahlreich waren auch die von ihnen vor der Behandlung durch die WAK-NR eingereichten Änderungsvorschläge. Fraktionspräsident Thomas Aeschi (svp, ZG) wurde nicht müde zu betonen, dass der «Kuhhandel» chancenlos sei. Statt der Erhöhung der Lohnprozente sollte die AHV-Zusatzfinanzierung über die Streichung der Kohäsionsmilliarde, eine Reduktion der Ausgaben für die Entwicklungshilfe und durch strengere Vorgaben für die Unterstützung von Asylbewerbern, anerkannten Flüchtlingen und Sans-Papiers sichergestellt werden. Ferner schlug Nationalrat Aeschi eine Erhöhung der Abzüge zum Beispiel für Krankenkassenprämien und Zinserträge auf Sparkonten bei der direkten Bundessteuer vor. Dies blieb jedoch nicht der einzige Vorschlag des SVP-Fraktionspräsidenten. Unter anderem schlug er zudem vor, die bereits sehr umfassende Vorlage noch zu vergrössern: Da die Reform der Unternehmenssteuern direkt mit dem Finanzausgleich (NFA) verbunden ist, soll die Steuervorlage 17 um den Kompromiss der Finanzdirektoren zur NFA ergänzt werden.
Gleich mehrere Seiten brachten schliesslich eine bereits häufiger geäusserte Forderung wieder ins Spiel: Die FK-NR, die SGK-NR sowie Grünen-Präsidentin Regula Rytz (gp, BE) reichten Anträge auf Aufteilung des AHV-Steuer-Deals in zwei miteinander verknüpfte Entwürfe ein. Diese sollten nur gemeinsam in Kraft treten können, jedoch würde falls nötig über beide getrennt abgestimmt. So könne die bisherige «demokratiepolitisch fragwürdige» Vorgehensweise korrigiert werden, erklärte Rytz.

Die WAK-NR hatte folglich in ihren darauffolgenden Sitzungen unzählige Anträge zu behandeln, ihr Urteil fiel jedoch zu beinahe allen negativ aus. Mitte August lehnte sie den Antrag der FK-NR zur Zusatzfinanzierung der AHV über eine Mehrwertsteuererhöhung deutlich ab, weil dadurch eine Verfassungsänderung und somit ein obligatorisches Referendum nötig würden. Sie entschied sich überdies unter anderem gegen Anträge auf Streichung der sozialen Kompensation, auf Erhöhung der Teilbesteuerung der Dividenden oder auf eine Verschärfung des Gemeindeartikels. Auch eine Aufteilung des Vorschlags befürwortete sie nicht, da sie eine einzige Vorlage für transparenter hielt als zwei separate Vorlagen. Das «Volk sei in der Lage, die Reform als Ganzes zu beurteilen», erklärte sie in ihrer Medienmitteilung. Anfang September entschied sich die WAK-NR zusätzlich gegen Änderungsvorschläge beim Steuerteil der Vorlage: Sie wollte keine Änderungen an der Patentbox oder am Abzug für Forschung und Entwicklung; und auch eine Zulassung des Abzugs für Eigenfinanzierung für alle oder zumindest für weitere Kantone hiess sie nicht gut. Einzig bezüglich des Kapitaleinlageprinzips (KEP) entschied sie, dass Kapitalreserven von seit Annahme der USTR II zugezogenen Unternehmen von der Rückzahlungs- und Teilliquidationsregel zu befreien seien. Folglich unterstützte die WAK-NR den Vorschlag ihrer Schwesterkommission weitgehend. Dies überraschte zahlreiche Medien insofern, als aufgrund der Mehrheit der SVP und der FDP in der Kommission die Zukunft des AHV-Steuer-Deals vor der abschliessenden Kommissionssitzung als höchst ungewiss gegolten hatte.
Nach diesem Entscheid der WAK-NR gab sich die SVP-Fraktion jedoch noch nicht geschlagen. In ihrer kurz darauf stattgefundenen Fraktionssitzung bemühten sich die SVP-Parlamentarierinnen und -Parlamentarier darum, die Fronten zu schliessen. Hatten sich einige Mitglieder der SVP-Fraktion, allen voran Magdalena Martullo-Blocher (svp, GR), anfangs noch für den AHV-Steuer-Deal ausgesprochen, liess nun auch sie verlauten, sie hätte die von der WAK-NR abgelehnten Änderungen bevorzugt. Fraktionspräsident Aeschi erklärte, dass die SVP-Fraktion einen Rückweisungsantrag an den Bundesrat stellen werde, wobei dieser einen neuen Vorschlag ausarbeiten solle, den Aeschi bereits skizzierte: Nach einer siebenjährigen Übergangsfrist sollten die Steuerprivilegien abgeschafft werden. Die Kantone könnten dann nach eigenem Ermessen die bisher geplanten Steuererleichterungen einführen und erhielten dazu wiederum einen höheren Anteil an den Bundessteuern. Dieser Vorschlag der SVP stiess auf breite Kritik. Nationalrat Leo Müller (cvp, LU) zum Beispiel bezeichnete ihn als «utopisch» und als «Provokation» für die Linke, da die Vorlage beinahe identisch sei mit der abgelehnten USR III.

Kurz vor der Behandlung der Vorlage im Nationalrat war die Ausgangslage somit noch immer sehr unübersichtlich. Wie die Medien beschrieben, verliefen die Spaltungen nicht mehr wie bei der USR III zwischen Linken und Bürgerlichen, sondern innerhalb der Blöcke und Parteien. So sei noch immer nicht klar, wie geeint die SVP gegen die Vorlage sei. Bei der FDP würden sich vor allem die Jungliberalen – so wie generell beinahe alle Jungparteien – gegen den Deal aussprechen, bei der SP lehne der linke Flügel die Steuererleichterungen ab, genauso wie die Grünen. Die BDP und die GLP missbilligten die Verknüpfung von AHV und Steuerreform und weder Wirtschaftsverbände noch Gewerkschaften konnten sich im Vorfeld der Parlamentsdebatte auf eine gemeinsame Linie einigen. Mit Spannung wurde folglich die Nationalratsdebatte in der Herbstsession 2018 erwartet.

Im Mai 2018 behandelte der Nationalrat die Revision des Verrechnungssteuergesetzes als Erstrat. Für die WAK-NR erörterte Leo Müller (cvp, LU) insbesondere die Änderungen – respektive die unterlassenen Änderungen – in der vom Bundesrat vorgeschlagenen Version im Vergleich zur Vernehmlassungsversion: Der Bundesrat habe zwei Nebenpunkte ergänzt, ein Meldeverfahren für Naturalgewinne, die der Verrechnungssteuer unterliegen, sowie die Aufhebung von obsoleten Bestimmungen zu den Arbeitsbeschaffungsreserven. Nicht aufgenommen habe er hingegen die in der Vernehmlassung vielfach geforderte Möglichkeit, die Nachdeklaration zu einem späteren Zeitpunkt als vor Einsprachefrist für die Einkommenssteuerveranlagung vorzunehmen, sowie eine grosszügigere Ausgestaltung der Übergangsregelung. Folglich beantragte die Kommission mehrheitlich, die Frist auf die Dauer des Veranlagungs-, Revisions- oder Nachsteuerverfahrens auszudehnen sowie rückwirkend auf alle seit dem 1. Januar 2014 abgehandelten, noch nicht rechtskräftig abgeschlossenen Fälle zu beziehen. Schliesslich solle die Gesetzesänderung nicht wie vom Bundesrat gewünscht auf den 1. Januar 2020, sondern – sofern bis zum 31. Januar 2019 kein Referendum zustande kommt – rückwirkend auf den 1. Januar 2019 in Kraft treten. Für die linke Ratshälfte erinnerten Ada Marra (sp, VD) und Regula Rytz (gp, BE) daran, dass nicht klar sei, wer von dieser Revision betroffen sei und welche finanziellen Auswirkungen sie mit sich bringen würde. Ursprünglich habe die Verrechnungssteuer einen Ansporn sowie eine Garantie für die Ehrlichkeit der Steuerzahler dargestellt, dieser Sicherungszweck sei durch weitere Lockerungen des Gesetzes jedoch gefährdet. Finanzminister Maurer kritisierte insbesondere die Rückwirkungsklausel, die aus Sicht des Bundesrates nicht mit der Bundesverfassung konform sei. Zudem sei die Formulierung unklar: Sei das Übergangsrecht nur auf Fälle anzuwenden, die noch nicht rechtskräftig sind, oder wären auch bereits rechtskräftige Fälle betroffen? Bezüglich Letzterem musste auch Leo Müller eingestehen, dass dies in der Kommission zu wenig klar ausdiskutiert worden sei. Er verwies jedoch auf den Ständerat, der diese Frage nach Annahme der Regelung im Erstrat noch klären könne.
Die grosse Kammer beantragte Eintreten ohne Gegenantrag. In der Detailberatung waren die Fronten klar: Mit 131 zu 54 Stimmen verlängerte der Nationalrat die Frist für Nachdeklarationen, mit 129 zu 52 Stimmen hiess er die Rückwirkungsklausel trotz Unklarheiten gut und mit 129 zu 48 Stimmen sprach er sich für eine frühere, ebenfalls rückwirkende Inkraftsetzung auf Anfang 2019 aus. Erfolglos wehrten sich die SP- und die Grünen-Fraktion sowie der Genfer FDP-Nationalrat Benoît Genecand (fdp, GE) gegen die drei Anträge. Genecand enthielt sich in der Gesamtabstimmung der Stimme, so dass die Vorlage mit 134 zu 48 Stimmen bei 1 Enthaltung dem Zweitrat übergeben wurde.

Im September 2017 reichten die WAK-NR (Mo. 17.3706) sowie die WAK-SR (Mo. 17.3665) zwei gleich lautende Motionen zum Verzicht auf die Revision des Steuerstrafrechts ein, welche der Bundesrat zur Annahme empfahl. Ursprung der nun unliebsam gewordenen Revision war eine vom Parlament 2010 angenommene Motion Schweiger (fdp, ZG), welche zum Beispiel Rechtsunsicherheiten eliminieren, verschiedene Steuerarten vereinheitlichen oder eine Überbestrafung vermeiden wollte. Die als Antwort auf diese Motion ausgearbeitete Gesetzesrevision war jedoch in der Vernehmlassung grandios gescheitert, wie es Bundesrat Maurer ausdrückte. Die Revision hätte gemäss dem Finanzminister die Grenzen bezüglich Schutz der Privatsphäre und Schutz des Bankkundengeheimnisses so stark verschoben, dass die Vorlage nicht mehr mehrheitsfähig war. Daher hatte der Bundesrat die Revision im November 2015 zurückgestellt. Als Reaktion unter anderem auf diese Vorlage wurde jedoch die Volksinitiative „Ja zum Schutz der Privatsphäre“ eingereicht, welche das inländische Bankkundengeheimnis in der Verfassung verankern wollte. Während sich der Nationalrat für einen Gegenvorschlag zur Initiative aussprach, lehnte der Ständerat einen solchen aber ab. Stattdessen reichte die WAK-SR obige Kommissionsmotion zum Verzicht auf die Revision ein. Der Nationalrat zog nach und beschloss zudem, die Behandlung der Volksinitiative und des Gegenvorschlags bis nach der Wintersession 2017 – also bis nach der Behandlung der zwei Kommissionsmotionen – zu sistieren.

In Anbetracht dieser Vorgeschichte stand die Diskussion der Kommissionsmotionen im Nationalrat im Zeichen der Signalwirkung auf die Initianten der sogenannten „Matter-Initiative”. Etwas kryptisch erklärte zum Beispiel Leo Müller (cvp, LU), dass eine Annahme der zwei Motionen und die Signale des Bundesrates, das Steuerstrafrecht nicht mehr zu traktandieren, dafür sorgen könnten, dass „die Initianten über das weitere Vorgehen und über das Schicksal dieser Initiative entscheiden“ und die Initiative mit anderen Worten zurückziehen würden. Dieses „vorauseilende Geschenk“ an die Initianten kritisierte aber nicht nur Susanne Leutenegger Oberholzer (sp, BL) und mit ihr die linke Ratshälfte. Deutliche Kritik äusserte auch Martin Landolt (bdp, GL), der die Motionen als „aktive Sterbehilfe“ für die Volksinitiative bezeichnete. Es sei nicht Aufgabe von Parlament und Bundesrat, den Initianten den Rückzug zu erleichtern. Die Annahme der Motion stelle einen Verzicht auf die Chancen, welche eine Revision durchaus haben könnte, dar, was Landolt unter anderem als Arbeitsverweigerung bezeichnete. Auf Nachfrage betonte Bundesrat Maurer zudem, dass es keine Absprachen zwischen ihm, den Initianten und den Urhebern des Gegenvorschlags gäbe. Vielmehr brachte er einen anderen, formelleren Aspekt für den Verzicht auf die Revision ins Spiel. So könne man im schweizerischen demokratischen Prozess nicht einfach eine Vorlage aus dem Jahr 2013 nach fünf Jahren wieder hervornehmen, da sich das Umfeld stark verändert habe. Dazu bedürfe es mindestens einer neuen Vernehmlassung, zudem müsse die Verrechnungssteuerreform in Betracht gezogen werden. Im Sinne einer Frontbereinigung oder „einer Beruhigung der Wogen, die mit einer Volksinitiative hochgegangen sind“ sollen die Motionen angenommen werden, empfahl Maurer weiter. Mit 120 zu 64 Stimmen (bei einer Enthaltung) nahm eine aus den SVP-, FDP- und CVP-Fraktionen bestehende Mehrheit des Nationalrats die beiden Motionen an.

Die Neue Finanzordnung 2021 soll es dem Bundesrat ermöglichen, die direkten Bundessteuern (DBST) und die Mehrwertsteuer (MWST) befristet bis zum 31. Dezember 2035 auch weiterhin erheben zu können. Die geltende Finanzordnung erlaubt ihm dies lediglich bis 2020. In der Wintersession beriet der Nationalrat als Erstrat den entsprechenden Bundesbeschluss. Aufgrund der Wichtigkeit dieser Steuern – sie machen gemeinsam mit CHF 42 Mrd. pro Jahr mehr als 60 Prozent des Bundeshaushaltes aus – war die Verlängerung an sich unbestritten. Diskutiert wurde stattdessen über die Frage, ob die Regelung wie bis anhin befristet werden soll oder nicht – und allenfalls auf wie viele Jahre. Im Vernehmlassungsentwurf hatte der Bundesrat wie bereits im Bundesbeschluss zur Neuen Finanzordnung im Jahr 2002 eine Aufhebung der Befristung vorgeschlagen. Die Kantone hatten eine solche Änderung grösstenteils befürwortet, die Verbände waren ungefähr zur Hälfte dafür, die Parteien lehnten sie jedoch mehrheitlich ab. Der Bundesrat strich entsprechend den Vorschlag aus dem Bundesbeschluss, was die Nationalräte jedoch nicht von dessen Diskussion abhielt. Die sozialdemokratische und die grüne Fraktion beantragten durch einen Antrag Birrer-Heimo (sp, LU) eine Aufhebung der Befristung mit der Begründung, dass die Erhebung dieser Steuer aufgrund ihrer Relevanz sowie mangels Alternativen nicht in Frage gestellt werden könne und daher die regelmässig wiederkehrenden Abstimmungen darüber keinen Demokratiegewinn, sondern lediglich unnötige Kosten mit sich bringen würden. Eine erneute Befristung sei zudem nicht zentral für die kritische Diskussion des Steuersystems des Bundes sowie dessen Ausgaben und Einnahmen, da eine solche kaum im Rahmen der Neuen Finanzordnung, sondern im Rahmen von Sachabstimmungen stattfinde. Auf der anderen Seite bevorzugte die SVP-Fraktion, in Form eines Antrags Amaudruz (svp, GE), eine Befristung der Steuern auf 10 anstelle von 15 Jahren, was dem Volk eine häufigere Überprüfung der Angemessenheit dieser Steuern erlauben würde. Für den bundesrätlichen Vorschlag argumentierte Leo Müller (cvp, LU), dass eine erneute Befristung auf 15 Jahre einerseits der Tatsache Rechnung trage, dass die Aufhebung der Befristung der Bundessteuern bereits 1977, 1979 sowie 1991 an der Urne abgelehnt worden war, dass sie andererseits aber das Volk nicht bereits in kürzester Zeit wieder an die Urne rufe – wie es bei einer Befristung auf 10 Jahre der Fall wäre. Diese Meinung teilte die Mehrheit des Nationalrats und nahm den Entwurf des Bundesrates mit 178 zu 9 Stimmen an. Bestätigt wurde damit auch die Streichung einer mit dem Inkrafttreten des Biersteuergesetzes vom 6. Oktober 2006 hinfällig gewordenen Übergangsbestimmung zur Erhebung der Biersteuer (Art. 196 Ziff. 15 BV). Die Vorlage geht nun an den Ständerat, abschliessend werden Volk und Stände über die Verlängerung der Erhebung der Bundessteuern entscheiden.

Der Nationalrat sah sich bezüglich der Motion Bischof zur Beseitigung der sogenannten Heiratsstrafe vor einer komplizierten Situation. Noch im März 2016 hatte er sich im Rahmen der Motion „Individualbesteuerung auch in der Schweiz. Endlich vorwärtsmachen“ für die Individualbesteuerung ausgesprochen, jetzt empfahl ihm seine WAK-NR knapp mit 12 zu 11 Stimmen bei 1 Enthaltung die Annahme einer Motion zur Abschaffung der Heiratsstrafe durch gemeinschaftliche Besteuerung. In der Zwischenzeit hatte der Bundesrat zudem entschieden, bis Ende März 2017 eine Botschaft zur Beseitigung der Heiratsstrafe nach dem Modell „Mehrfachtarif mit alternativer Steuerberechnung“ zu erarbeiten und erachtete die Annahme der Motion Bischof daher als weiteres Hindernis auf dem Weg zur Lösung dieses seit 32 Jahren bestehenden Problems. Im Namen der Minderheit der Kommission beanstandete Kathrin Bertschy (glp, BE) zudem, dass die Motion lediglich eine der beiden im Begriff der Heiratsstrafe enthaltenen Problematiken löse. So verhindere sie zwar, dass Verheiratete unter bestimmten Konstellationen mehr Steuern zahlen als Nichtverheiratete, sie schaffe aber keine positiven Arbeitsanreize für Zweitverdienende und bevorzuge daher ein Ehemodell gegenüber anderen. Der einzige Weg, beide Problematiken anzugehen, stelle die Individualbesteuerung dar. Leo Müller (cvp, LU) sah hingegen in der Annahme der Motion eine Möglichkeit, deren Anliegen in die Überlegungen des Bundesrates einfliessen zu lassen, zumal sich in der WAK-NR eine Mehrheit für eine gemeinschaftliche Besteuerung von Ehepaaren und eingetragenen Partnerschaften finden liess. Der Entscheid des Nationalrats fiel in der Folge ähnlich knapp aus wie derjenige der Kommission: Mit 96 zu 89 Stimmen nahm die grosse Kammer die Motion an.

Während die Beratungen über den bundesrätlichen Vorschlag zum Bundesgesetz über die Unternehmenssteuerreform III (USR III) im Ständerat kurz vor Jahreswechsel relativ zügig vorangekommen waren, erstreckte sich die erste Lesung im Nationalrat anlässlich der Frühjahrssession 2016 über zwei Tage. Zwar stellte sich auch die grosse Kammer hinter die Stossrichtung des vorgeschlagenen Reformpakets, das steuer- und finanzpolitische Massnahmen vereinte und zum Ziel hatte, den Unternehmensstandort Schweiz attraktiv zu halten, gleichzeitig schuf sie etliche Differenzen zur Regierung und zum Ständerat. Ein erstes Mal bezogen die Parteien jedoch Position, ohne dass sich eine Differenz ergab. Die SP wollte die Vorlage an die zuständige Wirtschaftskommission (WAK-NR) zurückweisen lassen und erst wieder behandeln, wenn die Mehrbelastungen für den Bund noch maximal CHF 500 Mio. betragen. Der Rückweisungsantrag war mit 43 zu 135 Stimmen bei 7 Enthaltungen, die allesamt auf Grüne entfielen, chancenlos. Eine erste Differenz schuf die grosse Kammer, indem sie mit 138 zu 52 Stimmen dem Antrag ihrer Wirtschaftskommission folgte und eine Art Pauschalbesteuerung für Frachtschiffe, die Tonnage-Tax, in die Vorlage aufnahm. Finanzminister Maurer versuchte vergebens darauf hinzuweisen, dass die Verfassungsmässigkeit dieser Art der Besteuerung umstritten sei und es sich dabei eigentlich um einen neuen Tatbestand handle, der weder genauer geprüft noch Teil der Vernehmlassungsvorlage gewesen sei. Unterstützung erhielt Maurer nur von der SP und den Grünen. Gleiches traf bei der Frage über die von der WAK-NR vorgeschlagene Einführung einer zinsbereinigten Gewinnsteuer zu, die von den Kantonen in der Vernehmlassung kritisiert und im Ständerat deutlich abgelehnt worden war. Die Befürworter argumentierten, dass die vom Bundesrat vorgeschlagene Version der USR III, die im Kern die Abschaffung der international nicht mehr akzeptierten Steuerermässigungen von Holding-, Domizil- und gemischten Gesellschaften beinhaltete, für ebendiese Unternehmen zu wenig attraktiv sei und es deshalb eine zinsbereinigte Gewinnsteuer brauche. Der Nationalrat nahm den Antrag der Kommission mit 127 zu 59 Stimmen bei 7 Enthaltungen an. Hingegen verweigerte die grosse Kammer der Wirtschaftskommission die Gefolgschaft beim Thema der Emissionsabgaben auf Eigenkapital. Die WAK-NR hatte die Bestimmungen über die Stempelsteuer aus der Vorlage gestrichen und in einen separaten Entwurf überführt. Der Nationalrat nahm daraufhin mit 137 zu 52 Stimmen bei 2 Enthaltungen einen Antrag Müller (cvp, LU) an und wies die neue Vorlage an die Kommission zurück. Die vom Bundesrat geforderte Abschaffung der Emissionsabgaben war damit vorerst vom Tisch. Hingegen folgte der Nationalrat dem Vorschlag der Regierung, den Kantonsanteil an der direkten Bundessteuer von 17 auf 20,5% zu erhöhen. Der Ständerat hatte diesen auf 21,2% erhöhen wollen. Eine "kleine" Differenz bestand zwischen den Räten zudem bei der Ausgestaltung der neu eingeführten Steuerermässigungen. Während der Ständerat für die reduzierte Besteuerung der Erträge aus Patenten (Patentbox) und die Möglichkeit, Kosten für Forschung und Entwicklung zu mehr als 100% abziehen zu können (Inputförderung), separate Obergrenzen festlegen wollte, fasste der Nationalrat die Patentbox und die Inputförderung mit den Instrumenten des Zinsabzugs auf Eigenkapital und der steuerfreien Aufdeckung stiller Reserven zusammen und sah für das gesamte Bündel eine maximale steuerliche Ermässigung von 80% vor. Damit ging die Vorlage, die auf diese Weise zu CHF 1,2 Mrd. Mindereinnahmen pro Jahr geführt hätte, zurück an den Ständerat. Dessen Version hätte den Bund nach der ersten Lesung rund CHF 100 Mio. weniger gekostet.