Eine neue Kostenschätzung der ESTV zum Informatikprogramm FISCAL-IT ergab einen zusätzlichen Mittelbedarf von CHF 26 Mio. Die Gründe dafür sind vielfältig: Zum einen werden zur Umsetzung des Projekts aufgrund des technologischen Fortschritts heute andere Technologien verwendet, als zum Zeitpunkt der ursprünglichen Kostenschätzung im Jahr 2012 angenommen worden war. Die durch die Verwendung neuer Technologien entstehenden Innovationskosten müssen vollumfänglich durch das FISCAL-IT-Projekt getragen werden. Des Weiteren ist der Aufwand für die Integration einzelner Applikationen in den Betrieb beim BIT höher als vermutet. Schliesslich wurden neue Teilprojekte – zum Beispiel aufgrund der Teilrevision des Mehrwertsteuergesetzes und den Revisionen des RTVG oder des Bundesgesetzes über den internationalen automatischen Informationsaustausch in Steuersachen – hinzugefügt, was die Komplexität von FISCAL-IT zusätzlich erhöht hat. Diese Verzögerungen bringen allesamt Mehrkosten bei Planung, Steuerung und Controlling mit sich. Entsprechend beantragte der Bundesrat im Rahmen des Nachtrags I zum Voranschlag 2017 einen Nachtragskredit in der Höhe von CHF 18 Mio. Bundesrat Maurer begründete diesen damit, dass beim Projektbeginn zu optimistisch gerechnet worden sei, dass neue Teilprojekte hinzugekommen seien und es in einigen Projekten zu Verzögerungen gekommen sei. Er betonte aber auch, dass bei Vollendung des Projekts bis zu 100 Stellen gespart werden können.
Dieser Nachtragskredit führte zu einigen Diskussionen im Parlament. Während ihn der Ständerat immer wieder guthiess, lehnte ihn der Nationalrat in allen Etappen des Differenzbereinigungsverfahrens ab. In der Einigungskonferenz setzte sich zwar der Ständerat durch, der Nationalrat lehnte jedoch den Vorschlag der Einigungskonferenz und mit ihm die beiden noch offenen Punkte des Nachtrags I ab. Bereits zuvor hatte Finanzminister Maurer angetönt, dass er bei einer Ablehnung dieselbe Forderung zum FISCAL-IT-Projekt im Nachtrag II noch einmal stellen werde.