In der Herbstsession 2018 behandelte der Nationalrat den AHV-Steuer-Deal. Die Eintretensdebatte drehte sich vor allem um die Frage, welche Gruppen von der Vorlage respektive ihrer Ablehnung profitieren würden: Sind es die Reichen, der Mittelstand, die «Büezer», Alte oder Junge? Eingangs wurden ein Minderheitsantrag Bertschy (glp, BE) auf Nichteintreten sowie ein Antrag Matter (svp, ZH) auf Rückweisung an die Kommission behandelt. Kathrin Bertschy begründete ihren Antrag damit, dass die Grünliberale Fraktion zwar für die Beratung der Steuervorlage 17 sei – diese sei ausgewogener als frühere Vorlagen und müsse der Bevölkerung entsprechend erklärt werden –, aber die Finanzspritze an die AHV ablehne. Damit werde die Steuervorlage schlechtgemacht und eine Reform der AHV aufgeschoben. Thomas Matter erklärte, dass die SVP-Fraktion die Vorlage mit dem Auftrag, eine schlankere Version ohne AHV-Zustupf auszuarbeiten, an die Kommission zurückweisen wolle. Die Verknüpfung sei ein «Affront gegenüber dem Souverän», da dieser durch die Verknüpfung der Vorlagen seinen Willen nicht klar äussern könne. Nicht begeistert zeigte sich Finanzminister Maurer vom Antrag Matter. Die Idee einer «schlanken» Vorlage sei bereits mehrfach eingebracht und abgelehnt worden, unter anderem 2014 von den Kantonen sowie im Rahmen der USR III von den Kommissionen. Da die nächste Vorlage nicht besser werde, solle man dem Kompromiss, der einen sozialen Ausgleich als Lehre aus der Ablehnung der USR III beinhalte, zustimmen. Eintreten wurde klar mit 188 zu 8 Stimmen (bei 1 Enthaltung) gutgeheissen; der Antrag Matter stiess mit 119 Stimmen zu 63 Stimmen (bei 15 Enthaltungen) ausserhalb der SVP kaum auf Zustimmung.
Der Nationalrat beriet den AHV-Steuer-Deal aufgeteilt in vier Blöcke, schuf dabei aber bei 37 Minderheitsanträgen nur gerade zwei Differenzen zum Ständerat. Einerseits entschied er sich mit 110 zu 83 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) für den Minderheitsantrag Leutenegger Oberholzer (sp, BL). Demnach sollen die Kantone neu die Auswirkungen der Vorlage auf die Gemeinden nicht nur berücksichtigen müssen, wie es der Ständerat beschlossen hatte, sondern «angemessen abgelten». Gemäss der Minderheitensprecherin sei dies keine «semantische Variation der Formulierung, sondern [...] ein verbindlicher Auftrag», der nötig sei, da die Gemeinden die Revision mittragen müssten. Andererseits beschloss die grosse Kammer bezüglich des Kapitaleinlageprinzips (KEP), die Ausnahme für Zuzüge zeitlich zu verlängern. Der Ständerat hatte entschieden, dass die neuen Regelungen für Zuzüge seit dem Inkrafttreten der USTR II keine Geltung haben sollten, der Nationalrat nahm nun auch die Zuzüge ab dem Abstimmungsdatum zur USTR II von den Regelungen aus. Zudem beschloss er, dass sich die Ausnahme für Zuzüge nicht auf Teilliquidationen erstrecken soll.
Ansonsten stimmte der Nationalrat dem Erstrat in allen Belangen zu, wobei die meisten Minderheitsanträge deutlich scheiterten. Bezüglich der Zusatzfinanzierung der AHV wurden etwa Anträge zur Höhe des Bundesbeitrags an die AHV sowie zur Erhöhung des Frauenrentenalters auf 65 gestellt. Im Rahmen der Gegenfinanzierung der Unternehmenssteuerreform wurden alternative Mindestwerte für die Dividendenbesteuerung beim Bund (zwischen 50 und 90 Prozent) sowie in den Kantonen (zwischen 0 und 90 Prozent) diskutiert, die jedoch im Rat keine Mehrheit fanden. Zu den eigentlichen Massnahmen der Unternehmenssteuerreform lehnte der Rat verschiedene Minderheitsanträge für eine Verschärfung der Abzugsmöglichkeiten respektive für eine Verlängerung der Übergangsfristen ab.
Knapp wurde es einzig bei der Forderung einer Minderheit Rytz (gp, BE) nach einer formellen Trennung des AHV- und Unternehmenssteuerteils der Vorlage unter Beibehaltung der inhaltlichen Verknüpfung. Dadurch sollten zu beiden Teilen getrennte Referenden stattfinden können, die Inkraftsetzung der beiden Vorlagen sollte jedoch weiterhin verknüpft bleiben – sie sollten also weiterhin gemeinsam oder gar nicht in Kraft treten können. Dies lehnte der Nationalrat mit 101 zu 93 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) ab. Für eine formelle Trennung sprachen sich die SVP, GLP und BDP einstimmig, sowie die Grünen teilweise aus. Dadurch wurden auch zwei Anträge Grossen (glp, BE) und Moser (glp, ZH) auf Nichteintreten auf die AHV-Vorlage sowie auf vollständige rechtliche Trennung der beiden Vorlagen obsolet.
Mit 114 zu 68 Stimmen (bei 13 Enthaltungen) sprach sich der Nationalrat schliesslich deutlich für den AHV-Steuer-Deal aus. Dagegen stimmten die GLP-Fraktion, Mehrheiten der SVP- und der Grünen-Fraktion sowie einzelne Mitglieder der FDP-Fraktion.

Zwischen der Ständeratsdebatte zum AHV-Steuer-Deal, wie die Steuervorlage 17 trotz neuem Namen (STAF) hauptsächlich genannt wurde, und deren Behandlung im Nationalrat geriet die Vorlage von verschiedenen Seiten weiter unter Druck.
Kritisch zeigten sich zum Beispiel die Städte, denen durch die Änderungen der WAK-SR am bundesrätlichen Vorschlag Mindereinnahmen drohten: CHF 315 Mio. sollen ihnen durch den Verzicht auf eine Erhöhung der minimalen Dividendenbesteuerung, wie sie der Vorschlag des Bundesrates noch beinhaltet hatte, verloren gehen. Dies müsse mit Bundeskompensationen ausgeglichen werden, zudem solle die Gemeindeklausel strenger formuliert werden, schlugen verschiedene Städtevertreterinnen und -vertreter vor.
Auch Hans-Ulrich Bigler (fdp, ZH) zeigte sich als Vertreter des Gewerbeverbands gegenüber dem AHV-Steuer-Deal kritisch. Er schlug vor, die zusätzlichen Gelder für die AHV nicht durch Lohnerhöhungen, sondern durch eine Mehrwertsteuererhöhung um 0.3 Prozent zu erzielen. Dies sei gerechter, weil so auch Pensionierte ihren Beitrag an die Gesundung der AHV leisten müssten und die Kosten dafür nicht ausschliesslich von Arbeitstätigen und Unternehmen getragen würden. Dieser Vorschlag stiess jedoch auf vielseitige Kritik: Einerseits sah SP-Vizepräsident Beat Jans (sp, BS) darin eine Gefährdung des fragilen Kompromisses, den die WAK-SR ausgehandelt hatte. Andererseits betonte CVP-Nationalrat Markus Ritter (cvp, SG), dass die von der Unternehmenssteuerreform stark profitierenden Unternehmen zumindest die Hälfte der Kosten der AHV-Zusatzfinanzierung übernehmen sollten. In der FK-NR fand Biglers Vorschlag jedoch Anklang; in ihrem Mitbericht von Ende Juni 2018 an die WAK-NR zog die Finanzkommission mit 13 zu 9 Stimmen (2 Enthaltungen) eine Gegenfinanzierung des AHV-Zuschusses über eine Mehrwertsteuererhöhung einer Erhöhung der Lohnprozente vor.
Einen weiteren Vorschlag für die Finanzierung des AHV-Zuschusses präsentierte die SGK-NR in ihrem Mitbericht anfangs Juli: Äusserst knapp, mit 13 zu 12 Stimmen, schlug sie vor, neben der Zusatzfinanzierung durch das vollständige Demographieprozent – dem seit 1999 zusätzlich erhobenen Mehrwertsteuerprozent – auch auf Leistungsseite zu handeln: In vier Schritten sollte das Rentenalter der Frauen ab 2020 auf 65 Jahre angehoben werden. Der Bundesbeitrag an die AHV sollte anfänglich auf 21.5 Prozent erhöht, anschliessend bis 2030 auf 20.5 Prozent reduziert werden. Die zusätzlichen Gelder für die AHV würden durch die Bundeskasse – geäufnet durch die dynamischen Effekte der Steuervorlage – gesprochen.
Am heftigsten kritisierten Exponenten der SVP den AHV-Steuer-Deal. Entsprechend zahlreich waren auch die von ihnen vor der Behandlung durch die WAK-NR eingereichten Änderungsvorschläge. Fraktionspräsident Thomas Aeschi (svp, ZG) wurde nicht müde zu betonen, dass der «Kuhhandel» chancenlos sei. Statt der Erhöhung der Lohnprozente sollte die AHV-Zusatzfinanzierung über die Streichung der Kohäsionsmilliarde, eine Reduktion der Ausgaben für die Entwicklungshilfe und durch strengere Vorgaben für die Unterstützung von Asylbewerbern, anerkannten Flüchtlingen und Sans-Papiers sichergestellt werden. Ferner schlug Nationalrat Aeschi eine Erhöhung der Abzüge zum Beispiel für Krankenkassenprämien und Zinserträge auf Sparkonten bei der direkten Bundessteuer vor. Dies blieb jedoch nicht der einzige Vorschlag des SVP-Fraktionspräsidenten. Unter anderem schlug er zudem vor, die bereits sehr umfassende Vorlage noch zu vergrössern: Da die Reform der Unternehmenssteuern direkt mit dem Finanzausgleich (NFA) verbunden ist, soll die Steuervorlage 17 um den Kompromiss der Finanzdirektoren zur NFA ergänzt werden.
Gleich mehrere Seiten brachten schliesslich eine bereits häufiger geäusserte Forderung wieder ins Spiel: Die FK-NR, die SGK-NR sowie Grünen-Präsidentin Regula Rytz (gp, BE) reichten Anträge auf Aufteilung des AHV-Steuer-Deals in zwei miteinander verknüpfte Entwürfe ein. Diese sollten nur gemeinsam in Kraft treten können, jedoch würde falls nötig über beide getrennt abgestimmt. So könne die bisherige «demokratiepolitisch fragwürdige» Vorgehensweise korrigiert werden, erklärte Rytz.

Die WAK-NR hatte folglich in ihren darauffolgenden Sitzungen unzählige Anträge zu behandeln, ihr Urteil fiel jedoch zu beinahe allen negativ aus. Mitte August lehnte sie den Antrag der FK-NR zur Zusatzfinanzierung der AHV über eine Mehrwertsteuererhöhung deutlich ab, weil dadurch eine Verfassungsänderung und somit ein obligatorisches Referendum nötig würden. Sie entschied sich überdies unter anderem gegen Anträge auf Streichung der sozialen Kompensation, auf Erhöhung der Teilbesteuerung der Dividenden oder auf eine Verschärfung des Gemeindeartikels. Auch eine Aufteilung des Vorschlags befürwortete sie nicht, da sie eine einzige Vorlage für transparenter hielt als zwei separate Vorlagen. Das «Volk sei in der Lage, die Reform als Ganzes zu beurteilen», erklärte sie in ihrer Medienmitteilung. Anfang September entschied sich die WAK-NR zusätzlich gegen Änderungsvorschläge beim Steuerteil der Vorlage: Sie wollte keine Änderungen an der Patentbox oder am Abzug für Forschung und Entwicklung; und auch eine Zulassung des Abzugs für Eigenfinanzierung für alle oder zumindest für weitere Kantone hiess sie nicht gut. Einzig bezüglich des Kapitaleinlageprinzips (KEP) entschied sie, dass Kapitalreserven von seit Annahme der USTR II zugezogenen Unternehmen von der Rückzahlungs- und Teilliquidationsregel zu befreien seien. Folglich unterstützte die WAK-NR den Vorschlag ihrer Schwesterkommission weitgehend. Dies überraschte zahlreiche Medien insofern, als aufgrund der Mehrheit der SVP und der FDP in der Kommission die Zukunft des AHV-Steuer-Deals vor der abschliessenden Kommissionssitzung als höchst ungewiss gegolten hatte.
Nach diesem Entscheid der WAK-NR gab sich die SVP-Fraktion jedoch noch nicht geschlagen. In ihrer kurz darauf stattgefundenen Fraktionssitzung bemühten sich die SVP-Parlamentarierinnen und -Parlamentarier darum, die Fronten zu schliessen. Hatten sich einige Mitglieder der SVP-Fraktion, allen voran Magdalena Martullo-Blocher (svp, GR), anfangs noch für den AHV-Steuer-Deal ausgesprochen, liess nun auch sie verlauten, sie hätte die von der WAK-NR abgelehnten Änderungen bevorzugt. Fraktionspräsident Aeschi erklärte, dass die SVP-Fraktion einen Rückweisungsantrag an den Bundesrat stellen werde, wobei dieser einen neuen Vorschlag ausarbeiten solle, den Aeschi bereits skizzierte: Nach einer siebenjährigen Übergangsfrist sollten die Steuerprivilegien abgeschafft werden. Die Kantone könnten dann nach eigenem Ermessen die bisher geplanten Steuererleichterungen einführen und erhielten dazu wiederum einen höheren Anteil an den Bundessteuern. Dieser Vorschlag der SVP stiess auf breite Kritik. Nationalrat Leo Müller (cvp, LU) zum Beispiel bezeichnete ihn als «utopisch» und als «Provokation» für die Linke, da die Vorlage beinahe identisch sei mit der abgelehnten USR III.

Kurz vor der Behandlung der Vorlage im Nationalrat war die Ausgangslage somit noch immer sehr unübersichtlich. Wie die Medien beschrieben, verliefen die Spaltungen nicht mehr wie bei der USR III zwischen Linken und Bürgerlichen, sondern innerhalb der Blöcke und Parteien. So sei noch immer nicht klar, wie geeint die SVP gegen die Vorlage sei. Bei der FDP würden sich vor allem die Jungliberalen – so wie generell beinahe alle Jungparteien – gegen den Deal aussprechen, bei der SP lehne der linke Flügel die Steuererleichterungen ab, genauso wie die Grünen. Die BDP und die GLP missbilligten die Verknüpfung von AHV und Steuerreform und weder Wirtschaftsverbände noch Gewerkschaften konnten sich im Vorfeld der Parlamentsdebatte auf eine gemeinsame Linie einigen. Mit Spannung wurde folglich die Nationalratsdebatte in der Herbstsession 2018 erwartet.

Im Mai 2018 behandelte der Nationalrat die Revision des Verrechnungssteuergesetzes als Erstrat. Für die WAK-NR erörterte Leo Müller (cvp, LU) insbesondere die Änderungen – respektive die unterlassenen Änderungen – in der vom Bundesrat vorgeschlagenen Version im Vergleich zur Vernehmlassungsversion: Der Bundesrat habe zwei Nebenpunkte ergänzt, ein Meldeverfahren für Naturalgewinne, die der Verrechnungssteuer unterliegen, sowie die Aufhebung von obsoleten Bestimmungen zu den Arbeitsbeschaffungsreserven. Nicht aufgenommen habe er hingegen die in der Vernehmlassung vielfach geforderte Möglichkeit, die Nachdeklaration zu einem späteren Zeitpunkt als vor Einsprachefrist für die Einkommenssteuerveranlagung vorzunehmen, sowie eine grosszügigere Ausgestaltung der Übergangsregelung. Folglich beantragte die Kommission mehrheitlich, die Frist auf die Dauer des Veranlagungs-, Revisions- oder Nachsteuerverfahrens auszudehnen sowie rückwirkend auf alle seit dem 1. Januar 2014 abgehandelten, noch nicht rechtskräftig abgeschlossenen Fälle zu beziehen. Schliesslich solle die Gesetzesänderung nicht wie vom Bundesrat gewünscht auf den 1. Januar 2020, sondern – sofern bis zum 31. Januar 2019 kein Referendum zustande kommt – rückwirkend auf den 1. Januar 2019 in Kraft treten. Für die linke Ratshälfte erinnerten Ada Marra (sp, VD) und Regula Rytz (gp, BE) daran, dass nicht klar sei, wer von dieser Revision betroffen sei und welche finanziellen Auswirkungen sie mit sich bringen würde. Ursprünglich habe die Verrechnungssteuer einen Ansporn sowie eine Garantie für die Ehrlichkeit der Steuerzahler dargestellt, dieser Sicherungszweck sei durch weitere Lockerungen des Gesetzes jedoch gefährdet. Finanzminister Maurer kritisierte insbesondere die Rückwirkungsklausel, die aus Sicht des Bundesrates nicht mit der Bundesverfassung konform sei. Zudem sei die Formulierung unklar: Sei das Übergangsrecht nur auf Fälle anzuwenden, die noch nicht rechtskräftig sind, oder wären auch bereits rechtskräftige Fälle betroffen? Bezüglich Letzterem musste auch Leo Müller eingestehen, dass dies in der Kommission zu wenig klar ausdiskutiert worden sei. Er verwies jedoch auf den Ständerat, der diese Frage nach Annahme der Regelung im Erstrat noch klären könne.
Die grosse Kammer beantragte Eintreten ohne Gegenantrag. In der Detailberatung waren die Fronten klar: Mit 131 zu 54 Stimmen verlängerte der Nationalrat die Frist für Nachdeklarationen, mit 129 zu 52 Stimmen hiess er die Rückwirkungsklausel trotz Unklarheiten gut und mit 129 zu 48 Stimmen sprach er sich für eine frühere, ebenfalls rückwirkende Inkraftsetzung auf Anfang 2019 aus. Erfolglos wehrten sich die SP- und die Grünen-Fraktion sowie der Genfer FDP-Nationalrat Benoît Genecand (fdp, GE) gegen die drei Anträge. Genecand enthielt sich in der Gesamtabstimmung der Stimme, so dass die Vorlage mit 134 zu 48 Stimmen bei 1 Enthaltung dem Zweitrat übergeben wurde.