In der Herbstsession 2020 behandelte der Nationalrat die Volksinitiative «Löhne entlasten, Kapital gerecht besteuern», die sogenannte 99-Prozent-Initiative. Neben dem Mehrheitsantrag der WAK-NR auf Annahme der bundesrätlichen Botschaft und somit auf Empfehlung zur Ablehnung der Initiative lagen dem Rat zwei Minderheitsanträge Bendahan (sp, VD) und Wermuth (sp, AG) vor. Die Minderheit Bendahan präsentierte dem Rat einen direkten Gegenentwurf: Anstatt Kapitaleinkommen über einem Grenzbetrag zu 150 Prozent zu besteuern, wie es die Initiative vorschlug, sollte das höhere Kapitaleinkommen gemäss Gegenentwurf gleich wie das Arbeitseinkommen zu 100 Prozent besteuert werden. Die Initiative wolle das Kapital höher besteuern, so wie zuvor die Löhne höher besteuert worden seien; wer also die Initiative für extrem halte, weil sie eine Einkommensart bevorzuge, müsse eigentlich für den Gegenentwurf stimmen. Mit diesem würden Lohn und Kapital gleich behandelt, argumentierte Bendahan. Die Minderheit Wermuth hingegen beantragte dem Rat, die Initiative zur Annahme zu empfehlen. Die zwei Minderheitensprecher stellten vor allem eine Frage in den Mittelpunkt ihrer Reden: Wieso soll Einkommen aus Erwerbsarbeit zu 100 Prozent und Einkommen aus Kapital zu einem reduzierten Prozentsatz besteuert werden? Wert und Reichtum würden «genau an einem Ort produziert werden, und das ist die menschliche Arbeit», betonte Wermuth. Da das Steuersystem dies aber nicht abbilde, nehme der «Unterschied zwischen unten und oben» auch in der Schweiz zu.
Kommissionssprecherin Schneeberger (fdp, BL) und Kommissionssprecher Regazzi (cvp, TI) nahmen den Grossteil der Kritik an der Initiative, welche in der Folge von den bürgerlichen Mitgliedern im Rat geäussert wurde, eingangs bereits vorweg. Sie kritisierten, dass der Initiativtext sehr breit formuliert sei und viel Interpretationsspielraum lasse. So werde zum Beispiel nicht klar, welche Einkommensteile zu den Kapitaleinkommen gezählt würden; denkbar sei gemäss Initiativtext, dass neben den Kapitalgewinnen auch Erträge aus beweglichem und unbeweglichem Vermögen, wie Eigenmietwerte oder Renten aus der Vorsorge, betroffen wären, auch wenn die Initiantinnen und Initianten in ihren Erklärungen von einem engeren Begriff ausgingen. Die Initiative bringe der Schweiz überdies einen komparativen Nachteil im Steuerwettbewerb und bringe eine massive zusätzliche Steuerbelastung für Unternehmen, vor allem für KMU, mit sich. In der Folge könnten die Unternehmen auch weniger investieren. Diese Wirkung würde sich vermutlich aufgrund der Corona-Krise noch verstärken. Insgesamt würden vor allem die Beschäftigten mit kleinen und mittleren Einkommen, also diejenigen Personen, die mit der Initiative besser gestellt werden sollten, durch Kündigungen oder Konkurse die Hauptlast der negativen Folgen der Initiative tragen. Mit 17 zu 8 Stimmen lehne die Kommission die Initiative daher ab.
Es folgte eine lange Debatte mit 56 Wortmeldungen und zahlreichen Nachfragen. Besonders umstritten war die Frage, ob die Schere zwischen Arm und Reich in den letzten Jahren zu- oder abgenommen habe. Grünen-Sprecherin Ryser (gp, SG) argumentierte, dass zwar die Markteinkommen in der Schweiz weltweit am gleichmässigsten verteilt seien, dass aber eben die Vermögensanteile sehr einseitig verteilt seien: 1 Prozent der Bevölkerung halte 40 Prozent der Vermögensanteile. Und diese Ungleichheit nehme seit den 1970er Jahren zu. Dem entgegnete FDP.Liberalen-Sprecherin Gössi (fdp, SZ), dass dies nur gelte, solange die steuerbefreiten Vermögen, insbesondere das Kapital der zweiten und dritten Säule der Altersvorsorge, nicht berücksichtigt würden. Nehme man diese hinzu, werde der Unterschied zwischen Arm und Reich über die Zeit nicht grösser.
Insbesondere Grünen-Sprecherin Ryser brachte überdies einige Argumente zur Entkräftung der Kritik an der Initiative vor. Der Grossteil der sozialen Sicherheit und somit der Umverteilung geschehe über die Sozialversicherungen und diese würden durch Lohnbeiträge finanziert, nicht durch Steuern auf Kapital, betonte sie. Zudem würden den KMU durch die Initiative keine Mittel entzogen, da die natürlichen Personen, nicht die KMU, zusätzlich besteuert würden. Wenn deren Besitzerinnen oder Besitzer die Kosten auf die Unternehmen abwälzten, sei das deren Entscheidung. Nachfolgeregelungen bei KMU seien aber weiterhin problemlos möglich. Schliesslich sei die Befürchtung, dass durch die Initiative vermögenshaltende Privatpersonen ins Ausland abwanderten, ein Totschlagargument, das die Politik handlungsunfähig mache.
Während sich die meisten bürgerlichen Sprecherinnen und Sprecher deutlich gegen die Vorlage aussprachen, fanden Kathrin Bertschy (glp, BE) und Michel Matter (glp, GE) für die Grünliberalen auch wohlgesinnte Worte für die Initiative. Auch sie sähen Verbesserungspotenzial im Steuersystem bezüglich der hohen Belastung der Arbeitseinkommen, der Verteilung der Einkommen und Vermögen sowie der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit. Die Initiative wolle aber nicht primär die Besteuerung des Erwerbseinkommens reduzieren, sondern beinhalte vor allem Steuerermässigungen von Personen mit tiefen oder mittleren Arbeitseinkommen oder Transferzahlungen an diese. Entsprechend könne die GLP die Initiative nicht unterstützen.
Zum Schluss legte Finanzminister Maurer die Position des Bundesrates dar und stimmte in seiner Argumentation weitgehend mit derjenigen der Kommissionssprechenden überein. Ergänzend hielt er aber fest, dass die Initiative zudem zu einer weiteren Verlagerung der Steuerzahlenden von den armen zu den reichen Kantonen führe und damit den Zusammenhalt der Schweiz gefährde. Zudem bezahle ein Prozent der Steuerzahlenden bereits mehr als 40 Prozent der direkten Bundessteuer; eine noch höhere Besteuerung würde den «Bogen überspannen». Umverteilung finde somit bereits heute statt, genauso wie auch die Besteuerung von Kapital und Gewinn etwa im Eigenmietwert, der Grundstückgewinnsteuer sowie der Vermögenssteuer bereits enthalten sei. Die Schweiz habe ein ausgewogenes Steuersystem, das «weder auf die eine noch auf die andere Seite überlastet» werden solle.
Nach den ausführlichen Diskussionen schritt der Rat schliesslich zu den Abstimmungen: Mit 123 zu 62 Stimmen sprach sich die Ratsmehrheit zuerst gegen die Minderheit Bendahan und somit gegen den Gegenvorschlag und anschliessend auch gegen die Minderheit Wermuth auf Empfehlung zur Annahme der Initiative aus. Die Stimmen der Minderheiten stammten von den geschlossen stimmenden SP- und Grünen-Fraktionen.

Die aufgrund des Auslaufens der Möglichkeit zur Selbstanzeige obsolet gewordenen Gesetzesartikel zur straflosen Selbstanzeige im DBG und im StHG seien abzuschaffen, verlangte Margret Kiener Nellen (sp, BE) mit einer parlamentarischen Initiative. Damit würde auch die Ungerechtigkeit gegenüber den ehrlichen Steuerzahlenden aufgehoben, die durch Steueramnestien schlechter «wegkämen» als unehrliche Bürgerinnen und Bürger, erklärte sie. Diese Meinung teilte eine Mehrheit der WAK-NR nicht und empfahl mit 19 zu 5 Stimmen, der Initiative keine Folge zu geben. Zwar seien die Regelungen für Personen mit Schwarzgeldkonten im Ausland aufgrund des AIA nicht mehr nötig, sie seien jedoch «durchaus zweckdienlich» bei Personen, die Schwarzgeld auf Schweizer Konten besitzen, erklärte die Kommissionsmehrheit. Dadurch könne Steuersubstrat zurückgewonnen werden, das sonst nicht abgeliefert würde. Zudem müssten die Steuerpflichtigen Nachsteuern und Verzugszinsen für die letzten 10 Jahre bezahlen, betonte die Kommissionsmehrheit.
In der Sommersession 2019 behandelte der Nationalrat die Initiative. Für die Kommission erläuterte Daniela Schneeberger (fdp, BL) die bisherige Praxis: Seit Anfang 2010 könnten sich juristische oder natürliche Personen wegen Steuerhinterziehung und zum Zweck der Steuerhinterziehung begangenen Delikten selbst anzeigen und würden für diese nicht verfolgt. Hingegen würden Nachsteuern inklusive Verzugszinsen für die letzten zehn Jahre fällig. Sie betonte, dass aufgrund dieser Nachsteuern und Verzugszinsen durch die Selbstanzeige «keinerlei Besserstellung gegenüber den übrigen Steuerpflichtigen» erfolge. Es ginge dabei insbesondere um Personen, die etwas vergessen hätten zu deklarieren, oder um Konten, die bei Erbfällen aufgetaucht seien, nicht um «Schwerverbrecher». Mit 118 zu 51 Stimmen lehnte der Nationalrat die parlamentarische Initiative gegen den Willen der geschlossen stimmenden Grünen- und SP-Fraktionen sowie der EVP-Vertretenden ab.

In der Herbstsession 2018 folgte der Ständerat seiner WAK-SR und lehnte die Motion Schneeberger (fdp, BL) zur Verwirkung der Rückerstattung bei der Verrechnungssteuer stillschweigend ab. Im Rahmen der Revision des Verrechnungssteuergesetzes sei die Motion bereits umgesetzt worden, hatte Kommissionssprecher Bischof (cvp, SO) dem Rat zuvor erklärt.

In der Schweiz ansässigen, natürlichen Personen soll in Zukunft ihre Verrechnungssteuer auch rückerstattet werden, wenn sie die mit der Verrechnungssteuer belasteten Einkünfte oder Vermögen nicht oder falsch deklariert haben. Voraussetzung ist jedoch, dass die entsprechenden Gelder nachträglich deklariert werden. Dies beantragte Daniela Schneeberger (fdp, BL) in einer im September 2016 eingereichten Motion. Damit soll die Entwicklung der Verrechnungssteuer von einer Sicherungssteuer hin zu einer Strafsteuer korrigiert werden. Zuletzt hatte die Eidgenössische Steuerverwaltung die Praxis bezüglich der Rückerstattung der Verrechnungssteuer verschärft, indem diese verwirkt wird, wenn die Deklaration der entsprechenden Einkünfte erst durch Intervention der Steuerbehörden erfolgt. Die Motionärin argumentierte, dass mit der Steuererklärung überforderte Steuerpflichtige nicht mit einer Strafe von 35 Prozent belegt werden sollen, wenn die Erträge im Veranlagungsverfahren korrekt besteuert werden. Der Bundesrat erklärte sein Verständnis für das Anliegen, bestand aber darauf, dass die Rückerstattungsberechtigung nur dann gelte, wenn die Deklaration spätestens bis zur Rechtskraft der ordentlichen Veranlagung eingehe. Da dies aus der Motion nicht explizit hervorgehe, beantragte er die Motion zur Ablehnung und beauftragte stattdessen das EFD, eine Vernehmlassungsvorlage auszuarbeiten, welche Artikel 23 VStG um einen Rückerstattungsanspruch bei einer Deklaration auf Nachfrage der Steuerbehörde ergänzen soll. Gemäss dem bundesrätlichen Vorschlag soll aber eine Rückerstattung nur bei einer noch nicht rechtskräftigen Veranlagung möglich sein.

In der Behandlung der Motion im Nationalrat verwies Schneeberger insbesondere auf die Dringlichkeit der Vorlage und erklärte, dass eine Annahme der Motion trotz der Bundesratsvorlage notwendig sei, um dem Bundesrat aufzuzeigen, „wohin das Parlament möchte”. Eine Ablehnung würde hingegen ein falsches Signal senden. Finanzminister Maurer versprach hingegen, dass der Bundesrat in den nächsten Wochen eine entsprechende Botschaft verabschieden werde. Wenn die Büros das Geschäft rasch zuwiesen, könne die Revision bereits im April von den Kommissionen behandelt und damit noch im Jahr 2018 abgeschlossen und in Kraft gesetzt werden. Entsprechend sei eine Annahme der Motion nicht nötig. Zudem betonte Maurer erneut die Differenz des Bundesratsvorschlags zur Motion bezüglich der zeitlichen Beschränkung der Nachdeklaration. Dennoch nahm der Nationalrat die Motion mit 133 zu 61 Stimmen an, wobei sich die SP-, die Grünen- und die GLP-Fraktion geschlossen gegen die Motion aussprachen.

In der Herbstsession behandelte auch der Nationalrat die Standesinitiative zur Vereinfachung des Steuersystems bei den direkten Steuern, die vom Kanton Basel-Landschaft eingereicht worden war. Im Namen einer Minderheit der WAK-NR erklärte Daniela Schneeberger (fdp, BL), dass die Initiative nicht als ausformulierter Entwurf, sondern als Aufforderung aufzufassen sei, dieses Thema endlich anzugehen. Entsprechend bat sie die Räte, die Standesinitiative anzunehmen, auch wenn einzelne Forderungen der Initiative vielen in der WAK-NR zu weit gingen. Prisca Birrer-Heimo (sp, LU) pflichtete ihrer Vorrednerin bei, dass das Schweizer Steuersystem zu vereinfachen sei. Da jedoch bezüglich der konkreten Umsetzung keine Einigkeit bestehe, Folgegeben der Initiative einen grossen administrativen Aufwand mit sich bringen würde und bei der Wohneigentumsbesteuerung bereits konkrete Beschlüsse gefasst worden seien, beantragte Birrer-Heimo die Ablehnung der Initiative. Diesem Votum folgte die Mehrheit des Nationalrats und sprach sich mit 136 zu 44 Stimmen (0 Enthaltungen) gegen Folgegeben aus. Mit diesem Nein ist die Standesinitiative und damit ein weiterer Versuch der Vereinfachung des Steuersystems vom Tisch.

Im Juni 2017 eröffnete der Bundesrat die Vernehmlassung zu einer Revision des Verrechnungssteuergesetzes (VStG). Neu soll die Eidgenössische Steuerverwaltung bei der Rückerstattung der Verrechnungssteuer kulanter sein können. Konkret sollen natürliche, in der Schweiz ansässige Personen die Rückerstattung ihrer Verrechnungssteuer auch dann fordern können, wenn sie vor der Rechtskräftigkeit der ordentlichen Veranlagung nichtdeklarierte Beträge nachdeklarieren oder die Steuerbehörden ein Versäumnis entdecken. Damit würde die Verschärfung der Praxis aufgrund zweier Bundesgerichtsurteile rückgängig gemacht. Die Bundesratsvorlage nahm das Anliegen einer Motion Schneeberger (fdp, BL) auf, die der Bundesrat aufgrund einer zu wenig expliziten Formulierung der zeitlichen Begrenzung der Rückforderungsmöglichkeiten zur Ablehnung empfohlen hatte.

In der Vernehmlassung stiess die Vorlage mehrheitlich auf Zustimmung, gegen einzelne Bestimmungen gab es jedoch durchaus Einwände von allen Seiten. Insbesondere eine Ergänzung im erläuternden Bericht, wonach die Rückerstattung nur bei Vorliegen eines Strafurteils verwirkt werden könne, stiess vor allem bei den Kantonen auf Kritik. Sie betonten, dass ein Abwarten von Strafurteilen zu jahrzehntelangen Verzögerungen führen könne und daher nicht praktikabel sei. Zudem befürchteten sie, dass die kantonalen Behörden dadurch im Zweifelsfall auf ein Strafverfahren verzichten und eine Rückerstattung gewähren würden. Dadurch müssten sie aber womöglich die entsprechenden Kosten selber übernehmen, falls die ESTV anschliessend der Ansicht sei, dass ein Strafverfahren hätte durchgeführt werden müssen. Stattdessen sollen die kantonalen Verrechnungssteuerämter die Berechtigung erhalten, zu prüfen, ob eine Nicht- oder Falschdeklaration fahrlässig oder vorsätzlich erfolgte. Umstritten war auch die eigentliche Raison d’être des betreffenden Artikels, nämlich die Ablauffrist für entsprechende Anträge: Sollen Nachdeklarationen bis zum Ablauf der Frist für Einsprachen gegen die Veranlagung möglich sein, wie es der bundesrätliche Vorschlag vorsah, oder zum Beispiel bis zum Ende der dreijährigen Antragsfrist für Rückerstattungen, wie es die CVP vorschlug? Uneinig waren sich die Vernehmlassungsteilnehmenden auch bezüglich der Frage, ob die entsprechende Regelung rückwirkend und somit auch für die zahlreichen aus diesem Grund zurückgestellten Fälle gelten soll. Einige Kantone sowie die Finanzdirektorenkonferenz lehnten die Rückwirkungsklausel ab, da sie zu rechtsungleichen Ergebnissen führen würde.
Die SP und einzelne Kantone wiesen zudem darauf hin, dass sich die Deklarationsmoral seit der Verschärfung der Praxis verbessert hatte, sich mit der aktuellen Änderung aber vermutlich wieder verschlechtern werde. Die SP gab an, sie unterstütze die Änderung unter Vorbehalt und bei einer strikten Auslegung der Fahrlässigkeit. Kritischer zeigte sich der Städteverband, der die Verwirkungsvorschrift nicht aufweichen wollte. Die Verwirkung solle als Regelfall beibehalten werden und der entsprechende Artikel bestehen bleiben. Stattdessen sollen die Ausnahmen in einem zweiten Absatz erläutert werden. Auch der SGB bestand darauf, dass keine Anreize zur Falsch- oder Nichtdeklaration geschaffen werden, damit die Verrechnungssteuer auch zukünftig ihren Zweck als Sicherungssteuer erfülle.