Das Differenzbereinigungsverfahren zum Voranschlag 2020 dauerte deutlich kürzer als in den Vorjahren: In nur zwei Sitzungen bereinigte das Parlament das Budget für das Jahr 2020. Dies war gemäss Hannes Germann (svp, SH) auch die Absicht der FK-SR, die möglichst viele Differenzen bereinigt habe, um «mit dem neu zusammengesetzten Rat [...] nicht, wie sonst üblich, bis in die Einigungskonferenz gehen [zu] müssen». Am 10. Dezember 2019 beriet der Ständerat die vom Nationalrat geschaffenen 24 Differenzen und folgte dabei stillschweigend den Anträgen seiner Kommission. Er stimmte der Erhöhung des Globalbudgets der Berufungskammer des Bundesstrafgerichts im Voranschlagsjahr und den Finanzplanjahren, des Fedpol und des BWL sowie der Reduktion der Betriebsausgaben der Bundesasylzentren und der Sozialhilfe für Asylbewerbende und Flüchtlinge diskussionslos zu. Die Erhöhung des Budgets des Fedpol knüpfte er an eine Verstärkung der Bekämpfung der Pädokriminalität, die zwei zusätzlichen Kredite für das Bundesamt für Landwirtschaft machte er von der Bekämpfung der drohenden Unterfinanzierung des Aufbaus des Kompetenzzentrums Boden sowie als Finanzhilfen für das Forschungsinstitut für biologischen Landbau (FiBL) fest. Auch im Bereich der Bildung sprachen sich Kommission und Ständerat für den nationalrätlichen Vorschlag aus, der eine geringere Erhöhung vorsah als ihr eigener Vorschlag. Die Medien betonten in der Folge jedoch vor allem den Anstieg der Bildungsausgaben um CHF 101 Mio. gegenüber der Version des Bundesrates. Auch bei den Sollwerten und Planungsgrössen willigte der Ständerat grösstenteils ein, «wenn auch da und dort mit etwas Befremden oder Staunen», wie der Kommissionssprecher betonte. Man wolle deswegen nicht eine Einigungskonferenz riskieren und pflichte hier «aus verfahrensökonomischer Vernunft» bei, betonte der Kommissionssprecher.
Damit blieben zwei Differenzen zum Nationalrat übrig: Einerseits bestand die kleine Kammer auf der Erhöhung der finanziellen Unterstützung von Selbsthilfeprojekten für das Jahr 2020 und für die Finanzplanjahre, andererseits reduzierte sie die Finanzierung für die Institutionen der Forschungsförderung um CHF 1.1 Mio., da diese im Konzept des Nationalrats aufgrund der zwei angenommenen Minderheiten doppelt enthalten seien. Der Ständerat beharrte zudem auf der Forderung, die Aufstockung des entsprechenden Budgets um CHF 15 Mio. dem SNF zukommen zu lassen. Als Kompromiss schlug er aber vor, die vom Nationalrat beschlossene Förderung der Akademien der Wissenschaften Schweiz in der Höhe von CHF 1.1 Mio. ebenfalls in den Rahmenbedingungen der Kreditvergabe festzuschreiben.
Stillschweigend stimmte der Nationalrat der Version des Ständerates in diesen Fragen zwei Tage später zu und bereinigte damit den Voranschlag 2020. Dieser budgetiert nun bei Einnahmen von CHF 75.666 Mrd. und Ausgaben von CHF 75.323 Mrd. einen Überschuss von CHF 344 Mio. anstelle des vom Bundesrat geplanten Überschusses von CHF 435 Mio.

In der Wintersession 2019 behandelte der Ständerat als Erstrat den Voranschlag 2020. Hannes Germann (svp, SH) stellte die Vorlage im Namen der Kommission vor. Er bezeichnete die Budgetsituation als positiv, zumal trotz STAF und allgemein starkem Ausgabenwachstum dank der Dynamik bei der direkten Bundessteuer und den Verrechnungssteuern ein Überschuss erwartet werde. Er verwies auf die Nachmeldung des Bundesrates vom 27. September 2019, in der dieser eine Nachzahlung von Genossenschaftsbeiträgen an die Nationale Genossenschaft für die Lagerung radioaktiver Abfälle in der Höhe von CHF 158 Mio. beantragt hatte. Nach einem Überblick stellte er die Mehrheitsanträge der FK-SR kurz vor, die gegenüber der Bundesratsvorlage Mehrausgaben von CHF 122.3 Mio. mit sich bringen würden. In der Folge diskutierte der Ständerat ausschliesslich über diese Kommissionsanträge.
Die Erhöhung der Unterstützung von Organisationen im Bereich der ausserschulischen Kinder- und Jugendförderung um CHF 4 Mio. auf CHF 14 Mio. lehnte Bundesrat Maurer als Bagatellsubvention ab; die Gewährung solcher sei aber nicht Aufgabe des Bundes, erklärte er. Peter Hegglin (cvp, ZG) betonte hingegen, dass sich der Bund seit Inkrafttreten des Kinder- und Jugendförderungsgesetzes im Jahr 2013 jährlich mit CHF 10 Mio. an diesen Organisationen beteilige. Da sich die Zahl der Anspruchsgruppen seither stetig vergrössert habe, die Beträge des Bundes jedoch gleich geblieben seien, seien die Beiträge an die einzelnen Organisationen um fast 40 Prozent gesunken. Mit 27 zu 13 Stimmen folgte die kleine Kammer der Kommission in diesem Punkt.
Diskussionen gab es ansonsten nur noch bezüglich der Bildungsausgaben. Hier beabsichtigte die Kommissionsmehrheit eine Erhöhung des Finanzierungsbeitrags an die ETH (+CHF 30 Mio.), der Beiträge für die berufliche Bildung (+CHF 15 Mio.), der Grundbeiträge an die Universitäten (+CHF 20 Mio.) und die Fachhochschulen (+CHF 15 Mio.), der Ausbildungsbeiträge (+CHF 764'100), der Finanzhilfen für WeBiG (+CHF 200'300), der Beiträge für die Institutionen der Forschungsförderung (+CHF 15 Mio.) sowie der Forschungseinrichtungen von nationaler Bedeutung (+CHF 3.1 Mio.). Damit nehme man wie bereits im Voranschlag 2019 Bezug auf die BFI-Botschaft 2017-2020, wobei die darin beschlossenen Ausgaben später um 3 Prozent reduziert worden waren, um die Kostenbremse einhalten zu können, erklärte Erich Ettlin (cvp, OW) für die Kommission. Da es die Finanzlage des Jahres 2020 erlaube, wolle man hier zu den ursprünglichen Beträgen zurückkehren, nicht aber in den Finanzplanjahren, dort müsse man dies in den jeweiligen Voranschlägen neu diskutieren. Eine Minderheit Hefti (fdp, GL) beantragte, dem Bundesrat zu folgen und auf die Erhöhungen zu verzichten. Der Bund schenke dem Bildungsbereich – richtigerweise – bereits genügend Aufmerksamkeit, die entsprechenden Ausgaben würden von CHF 7.7 Mrd. (2018) auf voraussichtlich CHF 8.6 Mrd. (2023) ansteigen, argumentierte Hefti. Weitere, «giesskannenartige» Erhöhungen sollten nicht zum Gewohnheitsrecht werden. Auch Finanzminister Maurer lehnte die Erhöhung ab. Man habe damals die nicht eingetretene Teuerung überall herausgerechnet, wie es das Parlament später im Rahmen der Motion Dittli (fdp, UR; Mo. 16.3705) bestätigt habe, einzig den Bildungsbereich nehme das Parlament immer wieder von dieser Änderung aus. Dennoch sprach sich der Ständerat deutlich für die verschiedenen Erhöhungen aus.
Den übrigen Anträgen der Kommission folgte der Rat ohne grössere Diskussionen: Für die finanzielle Unterstützung von Selbsthilfeprojekten bezüglich der Opfer von fürsorgerischen Zwangsmassnahmen beantragte die Kommission eine Budgeterhöhung von CHF 150'000 auf CHF 2 Mio. sowie eine Fortsetzung in den Finanzplanjahren. Da im Parlament noch verschiedene Vorstösse für eine Fristverlängerung zur Gesuchseinreichung für die Opfer von fürsorgerischen Zwangsmassnahmen hängig seien und der Bundesrat Empfehlungen einer unabhängigen Expertenkommission «Administrative Versorgung» prüfe, solle dieser Betrag als Spielraum für solche Projekte geschaffen werden, erklärte Christian Levrat (sp, FR) für die Kommission. Mit 27 zu 13 Stimmen sprach sich der Ständerat für diese Erhöhung aus. Im Sportbereich erhöhte er einstimmig die Kredite für Sportverbände und andere Organisationen (+CHF 10 Mio.), für nationale Sportanlagen (+CHF 5 Mio.) und für Wertberichtigungen im Transferbereich (+CHF 5 Mio.) in Voranschlag und Finanzplan, um den «Zeitraum bis zum frühestens für 2022 vorgesehenen Inkrafttreten des nächsten Nationalen Sportanlagenkonzepts zu überbrücken», wie Hannes Germann zuvor für die Kommission erklärt hatte. Den Kredit für Schweiz Tourismus erhöhte der Rat zur Umsetzung des vom Parlament gefassten Beschlusses zur Wirtschaftsförderung um CHF 2.375 Mio. Einstimmig nahm der Ständerat in der Folge den Bundesbeschluss Ia über den Voranschlag für das Jahr 2020 an.
Einen Änderungsantrag stellte die Kommission noch für den Bundesbeschluss Ib über die Planungsgrössen im Voranschlag für das Jahr 2020: Hier beabsichtigte sie, die Aufstockung bei den Institutionen der Forschungsförderung dem Schweizerischen Nationalfonds zukommen zu lassen, während die Minderheit Hefti diese Vorschrift genauso ablehnte wie die Erhöhung selbst. Einstimmig nahm der Ständerat die Änderung an. Der Bundesbeschluss II über den Finanzplan für die Jahre 2021-2023 bedarf keiner Gesamtabstimmung, hingegen stimmte der Ständerat dem Bundesbeschluss III über die Entnahmen aus dem Bahninfrastrukturfonds für das Jahr 2020 sowie dem Bundesbeschluss IV über die Entnahmen aus dem Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds für das Jahr 2020 einstimmig zu.

Die steuerliche Berücksichtigung der Kinderdrittbetreuungskosten und vor allem ihre vom Nationalrat geänderte Form sorgten im Ständerat in der Sommersession 2019 für ausführliche Diskussionen. Bereits in den Kommissionen waren Anträge auf Sistieren und Rückweisung an den Bundesrat abgelehnt worden und auch in der Plenumsdebatte stand ein Rückweisungsantrag Zanetti (sp, SO) im Raum. Durch eine Rückweisung an den Bundesrat könne dieser die Vorlage insofern ändern, als der Abzug nicht mehr bei der Bemessungsgrundlage, sondern beim Steuerbetrag vorgenommen werde, erklärte Zanetti. Dadurch profitierten zwar nicht alle Eltern, aber doch ein grösserer Teil des Mittelstandes als bei der bisherigen Regelung. Dieser Vorschlag traf im Rat nicht auf offene Ohren. Für die Kommission legte Andrea Caroni (fdp, AR) drei Argumente gegen eine solche Regelung dar: Sie sei unpraktikabel; man solle beim steuerbaren Einkommen ansetzen, da dieses durch die Zuschüsse für Kinderbetreuung steige; und ein Abzug auf dem steuerbaren Einkommen könne für Leute mittleren Einkommens interessanter sein, weil davon auch die Kita-Tarife betroffen seien. Erich Ettlin (cvp, OW) wies darauf hin, dass man sich für einen Abzug auf dem Steuerbetrag, bei dem die persönliche Situation berücksichtigt werde, oder für einen fixen Tarif entscheiden müsse, beides gehe nicht. Gemäss Finanzminister Maurer stelle ein Abzug beim Steuerbetrag überdies einen Paradigmenwechsel bei den Steuern dar, der zuerst in die Vernehmlassung geschickt werden müsse. Mit 30 zu 12 Stimmen sprach sich der Rat in der Folge gegen den Rückweisungsantrag aus.
Umstritten blieb die Vorlage auch in der Detailberatung: Hier lag ein Antrag Föhn (svp, SZ) vor, der bezüglich des Kinderabzugs dem Nationalrat folgen und diesen von CHF 6500 auf CHF 10'000 erhöhen wollte. Wie bereits im Erstrat wies Bundesrat Maurer vor allem auf die Ausfälle bei der direkten Bundessteuer in der Höhe von CHF 350 Mio. hin, die eine solche Regelung mit sich bringen würde. Kommissionssprecher Caroni erklärte, dass eine solche Erhöhung keine Erwerbsanreize mit sich bringe und damit die Zielsetzung der Vorlage verfehle. Peter Föhn entgegnete, dass Abzüge aufgrund von Betreuungskosten diskriminierend seien für Eltern, die ihre Kinder selbst betreuten. «Immer und immer wieder rühmen wir die Vorteile des sogenannten traditionellen Familienbildes», betonte er, gleichzeitig schaffe man aber Anreize dafür, dass beide Eltern arbeiteten «und die Kleinen sollen dann das Nachsehen haben». Mit dieser Regelung solle man «Familien mit kleinen und mittleren Einkommen» entgegenkommen. Damit widersprach er dem vorgängigen Hinweis von Roberto Zanetti, wonach Familien erst ab einem steuerbaren Einkommen von CHF 170'000 von der Vorlage profitieren würden. In der Folge sprach sich die Mehrheit des Ständerats mit 25 zu 19 Stimmen für die bundesrätliche Version aus und lehnte eine Erhöhung des allgemeinen Kinderabzugs ab. In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat die Vorlage mit 35 zu 5 Stimmen an.

In der Frühjahrssession 2019 diskutierte der Ständerat als Zweitrat die Motion Grin (svp, VD) «Erhöhung der Pauschalabzüge bei der direkten Bundessteuer zum Ausgleich der Explosion der Krankenkassenprämien» sowie eine weitere Motion Lehmann (cvp, BS; Mo. 15.4027) zum Abzug der Krankenkassenprämien von den Steuern. Die Mehrheit der WAK-SR hatte zuvor Annahme der Motion Grin beantragt, da die Krankenkassenprämien als «Teil der unvermeidlichen Lebenshaltungskosten» stark angewachsen, die entsprechenden Abzüge aber bisher nicht angepasst worden seien. Eine Minderheit Zanetti (sp, SO) beantragte die Ablehnung der Motion, da sie zu grossen Steuerausfällen führen würde; Letztere bezifferten Zanetti und Kommissionssprecher Baumann (cvp, UR) auf CHF 465 Mio. Zudem würden Personen mit höheren Einkommen überproportional von den Abzügen profitieren, was – wie Zanetti in der Plenardebatte erläuterte – dem Prinzip der Besteuerung nach wirtschaftlicher Leistungsfähigkeit zuwider laufe. Dies löste eine hitzige Debatte im Rat aus. Erich Ettlin (cvp, OW) zum Beispiel konterte, dass eine Besteuerung nach wirtschaftlicher Leistungsfähigkeit aus Fairnesgründen eben nicht nur eine progressive Besteuerung der Einkommen, sondern auch progressive Abzüge beinhalten müsse. Anita Fetz (sp, BS) betonte jedoch, dass das Grundproblem bei den Krankenkassenprämien die Finanzierung durch Kopfsteuern sei – dass man dort eben eine Flat Rate Tax und keine Progression habe. Dadurch sei vor allem der Mittelstand benachteiligt, der keine Prämienverbilligungen erhalte. Finanzminister Maurer verwies indes auf die Ineffizienz der in der Motion vorgeschlagenen Massnahme: Personen mit hohen Einkommen würden dadurch nur minimal entlastet, hingegen kosteten die Abzüge den Staat fast eine halbe Million Franken. Dennoch sprach sich der Rat mit 30 zu 13 Stimmen für die Motion Grin aus und lehnte die Motion Lehmann, wie auch von der Kommission beantragt, ab (vgl. hier).

Nachdem der Vorschlag der WAK-SR bereits ausführlich ausserhalb des Parlaments diskutiert worden war, folgte im Juni 2018 die Ständeratsdebatte zur Steuervorlage 17. Kommissionspräsident Pirmin Bischof (cvp, SO) stellte dem Rat den Kommissionsvorschlag detailliert vor und betonte, der Kompromiss sei kein Diktat, auch nicht für die Schwesterkommission, aber er stelle «im Moment die beste Lösung» dar. Um diesen Kompromiss zu erarbeiten, habe die Kommission Vertreterinnen und Vertreter verschiedenster Organisationen und Behörden angehört, darunter Delegierte der FDK, des Kantons Zürich, des Städte- und des Gemeindeverbands, von Economiesuisse oder des Gewerkschaftsbundes. Die ESTV und das BSV hätten zudem auf Verlangen der Kommission 24 Berichte erstellt. Unter anderem war ein Gutachten des Bundesamtes für Justiz zum Schluss gekommen, die Vorlage sei «verfassungsrechtlich vertretbar». Bischof betonte, dass der Kompromiss alle Eckpunkte des Vorschlags der WAK-SR umfasse und nur in seiner Gesamtheit in dieser Breite getragen werde. Würden Teile davon verändert, sei diese Unterstützung nicht mehr vollständig gegeben. Abschliessend betonte Bischof, dass die Kommission offen sei für Alternativvorschläge.
Im Ratsplenum rief die Vorlage ebenfalls gemischte Gefühle hervor. Die in «Bundesgesetz über die Steuerreform und die AHV-Finanzierung» (STAF) umgetaufte Vorlage sei eine «Sternstunde der parlamentarischen Arbeit», lobte Roberto Zanetti (sp, SO). Viele Ratsmitglieder betonten hingegen ihre Skepsis, einige wurden sogar richtig deutlich: Thomas Minder (parteilos, SH) sprach von einer «Birchermüesli-Politik», Alex Kuprecht (svp, SZ) von einem «Sündenfall» und Werner Luginbühl (bdp, BE) von einem Kauf von Mehrheiten mit Geschenken. Mehrfach wurde das Gutachten des BJ als politische Gefälligkeit anstelle einer juristischen Einschätzung bezeichnet. Finanzminister Maurer wurde nicht müde, die Wichtigkeit der SV17, respektive dem STAF, zu betonen und den Kompromiss zu loben.
Inhaltlich gab es kaum Streitpunkte, was die NZZ darauf zurückführte, dass die Vorlage ein politischer Balanceakt sei: Man könne kein Element ändern, ohne das alles auseinanderbreche. Dennoch wurden drei Änderungsanträge eingebracht. Eine Minderheit I Zanetti forderte, die minimale Dividendenbesteuerung der Kantone gemäss dem Vorschlag des Bundesrates auf 70 Prozent zu erhöhen, da die Kantone diese Regelung erarbeitet hätten und diese bevorzugen würden. Finanzminister Maurer pflichtete ihm bei und bat den Rat darum, der Minderheit I zu folgen. Gleichzeitig beantragte eine Minderheit II Föhn dem Ständerat, darauf zu verzichten, den Kantonen bezüglich Dividendenbesteuerung Vorgaben zu machen, da die Unternehmen gemäss dem Vorschlag der WAK-SR bereits genügend zur Kasse gebeten würden. Mit 25 zu 14 Stimmen (5 Enthaltungen) und 26 zu 12 Stimmen (6 Enthaltungen) setzte sich der Kommissionvorschlag gegen die zwei Minderheitsvorschläge durch. Eine Minderheit Fetz wollte erreichen, dass die Regeln zum Kapitaleinlageprinzip (KEP) auch auf Nennwertsenkungen angewendet werden und dass Gratisaktien und Gratisnennwerterhöhungen unterbunden werden. Anita Fetz (sp, BS) bat um Zustimmung zu ihrem Minderheitsantrag, damit die bei der Unternehmenssteuerreform II gemachten Fehler korrigiert werden könnten. Mit 30 zu 11 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) sprach sich der Ständerat gegen eine solche Änderung aus. Unverändert wurde der Kommissionsvorschlag somit an den Zweitrat weitergereicht.

Von einem «halben Wunder» (Christian Levrat, sp, FR) über eine «Schnapsidee» (Michael Hermann im Tages-Anzeiger) bis hin zu einem «Affront gegen die direkte Demokratie» (Michael Schönenberger in der NZZ) reichten die Beurteilungen des Coups der WAK-SR. Diese hatte in der Pressekonferenz nach ihrer ersten Sitzung zur Steuervorlage 17 alle überrascht, indem sie sich einstimmig für einen eigenen, neuen Vorschlag zur SV17 ausgesprochen hatte: Als soziale Ausgleichsmassnahme soll nicht mehr wie vom Bundesrat vorgeschlagen der Mindestansatz für das Kindergeld erhöht, sondern mehr Geld für die AHV zur Verfügung gestellt werden. Pro Franken, der durch die Steuererleichterungen für Unternehmen weniger an Steuereinnahmen generiert wird, soll ein Franken in die AHV fliessen. Da die WAK-SR mit Kosten von CHF 2.1 Mrd. rechnet, soll entsprechend derselbe Betrag der AHV zu Gute kommen, was diese finanziell bis 2024 oder 2025 absichern soll. Dazu sollen zukünftig das ganze Demografieprozent der Mehrwertsteuer in die AHV fliessen (CHF 520 Mio.) und der Bundesbeitrag an die AHV von 19.55 auf 20.2 Prozent (CHF 300 Mio.) sowie die Lohnbeiträge von Arbeitgebern und Arbeitnehmern um je 0.15 Prozentpunkte erhöht werden (CHF 1.2 Mrd.). Dies war jedoch nicht die einzige Neuerung der Kommission: Bei der Gegenfinanzierung reduzierte sie die minimale kantonale Dividendensteuer von 70 auf 50 Prozent, was ungefähr CHF 300 Mio. kostet. Damit soll ein Referendum des SGV oder von Swiss Family Business verhindert werden. Stattdessen soll das Kapitaleinlageprinzip (KEP) mit einer Rückzahlungsregel und einer Teilliquidationsregel eingeschränkt werden: Zukünftig sollen Reserven aus Kapitaleinlagen höchstens in dem Umfang steuerfrei ausgeschüttet werden können, in dem auch steuerbare Dividendenzahlungen vorgenommen werden (Rückzahlungsregel). Beim Rückkauf eigener Aktien müssen solche Reserven zudem im gleichen Umfang reduziert werden wie die Gewinnreserven (Teilliquidationsregel). Diese Regelung gilt jedoch nur für in der Schweiz kotierte Firmen, nicht aber für Kapitaleinlagereserven, die innerhalb eines Konzerns zurückbezahlt werden oder die im Rahmen eines Zuzugs in die Schweiz nach Inkrafttreten der Unternehmenssteuerreform II entstanden sind. Dies soll Bund und Kantonen Mehreinnahmen von CHF 150 Mio. generieren. Auch die sogenannte Lex Zürich soll nun doch eingeführt werden, wobei die zinsbereinigte Gewinnsteuer in «Abzug für Eigenfinanzierung» umbenannt wird und nur Hochsteuerkantonen, in denen die effektive Steuerbelastung für Unternehmen auf allen drei Ebenen über 18.03 Prozent liegt – konkret also nur dem Kanton Zürich –, zur Verfügung stehen soll.

Entstanden war der Kompromiss der Kommission gemäss «NZZ am Sonntag» und Tages-Anzeiger durch Verhandlungen der «Schattenregierung aus dem Stöckli», wie es die «NZZ am Sonntag» formulierte: Der Luzerner CVP-Ständerat Konrad Graber soll die Initiative ergriffen und Ständeratspräsidentin und Kontaktfrau zum Arbeitgeberverband Karin Keller-Sutter (fdp, SG), SP-Präsident Christian Levrat, Kommissionspräsident Pirmin Bischof (cvp, SO), Ruedi Noser (fdp, ZH) als Kontakt zu Economiesuisse sowie Gewerkschaftspräsident Paul Rechsteiner (sp, SG) ins Boot geholt haben. Sie alle seien sich der Relevanz der SV17 und der sozialpolitischen Kompensation bewusst gewesen, hätten aber die Erhöhung der Kinderzulagen für ein untaugliches Instrument gehalten und sich vor einem Referendum – sei es von bürgerlicher Seite aufgrund der Erhöhung der Dividendenbesteuerung und der Kinderzulagen oder von linker Seite wegen der geplanten Steuerrabatte – gefürchtet. In der Kommission sei man sich daher einig gewesen, dass man einen Kompromiss finden müsse, der von allen grossen Parteien und Organisationen mitgetragen werde. Trotz grosser inhaltlicher Unterschiede hätten sich alle dreizehn Mitglieder der WAK-SR einstimmig für das vorgeschlagene Konzept ausgesprochen.

Die bürgerlichen Parteien und Verbände zeigten sich von diesem Kompromiss nicht begeistert. Die SVP, die GLP, Economiesuisse und der Arbeitgeberverband beanstandeten die Vermischung des Finanz- und Gesundheitsdossiers und sprachen sich gegen sachfremde Verknüpfungen aus. Diese würden es den Bürgern verunmöglichen, sich frei für oder gegen die verschiedenen Elemente des Deals zu entscheiden. Eine «Verknüpfung sachfremder Themen grenzt an Nötigung des Stimmvolks», betonte Jürg Grossen (glp, BE). In den Medien und im Parlament war man sich zudem nicht sicher, ob eine solche Verknüpfung verfassungsrechtlich zulässig sei; verschiedene Parlamentarierinnen und Parlamentarier betonten, dass eine entsprechende Volksinitiative wohl wegen fehlender Einheit der Materie für ungültig erklärt werden würde. Die WAK-SR hatte diesbezüglich ein schriftliches Gutachten beim Bundesamt für Justiz (BJ) eingeholt, welches den Kompromiss für «vertretbar» hielt. Zwar gelte das Gebot der Einheit der Materie auch bei Gesetzesvorlagen, solle dort aber «nicht mit derselben Strenge gehandhabt werden [...] wie bei Teilrevisionen der Verfassung», erklärte das BJ. Das Gesetzgebungsverfahren sei strukturell einer Totalrevision, bei der die Einheit der Materie nicht relevant sei, näher als eine Volksinitiative. Dem Gesetzgeber stehe daher bei der Kompromissfindung ein vergleichsweise grosser Gestaltungsspielraum zu. Des Weiteren kritisierten Exponenten der SVP, FDP und des Gewerbeverbandes insbesondere die Finanzspritze an die AHV ohne Erhöhung des Frauenrentenalters. Es bedürfe dringend auch Massnahmen auf Leistungsseite, war mehrfach zu vernehmen, zumal die Linke aufgrund dieser Zusatzfinanzierung später womöglich nicht mehr für eine umfassende AHV-Reform gewonnen werden könne, da man ihr nichts mehr anzubieten habe. Der Arbeitgeberverband, einer der vehementesten Kritiker des Kompromisses, schlug daher vor, das Rentenalter der Männer auf 66, das der Frauen auf 65 Jahre zu erhöhen. Auch die Jungparteien der Grünen, der SVP, der FDP, der CVP und der BDP erklärten ihre Ablehnung des Vorschlags; die jungen Grünliberalen drohten sogar damit, allenfalls das Referendum zu ergreifen. Die Jungparteien kritisierten vor allem die starke Umverteilung von Jung zu Alt, durch welche die Jungen einmal mehr die ganze Last der Revision der Altersvorsorge tragen müssten. Das strukturelle Problem der AHV werde durch finanzielle Zuschüsse auf Kosten der Jungen überdeckt, aber nicht gelöst, erklärte zum Beispiel der Präsident der Jungfreisinnigen, Andri Silberschmidt.

Gemischt waren auch die Rückmeldungen von linker Seite: Die SP nannte den Vorschlag «akzeptabel». Der SGB sprach sich für den Kompromiss aus, TravailSuisse gab sich zwar erst kritisch, liess aber durchblicken, den Kompromiss wohl auch mitzutragen. SP-Präsident Christian Levrat betonte, dass dieser Vorschlag zum sozialen Ausgleich beitrage: Dadurch dass die Summe der Lohnbeiträge bis zu einem jährlichen Bruttolohn von CHF 130‘000 höher sei als die Summe der erhaltenen AHV-Renten, finanzierten 7 Prozent der Grossverdiener faktisch die AHV-Reform. Personen mit tiefen oder mittleren Löhnen würden also davon profitieren. Diese Argumentation überzeugte die Grünen, Teile der SP und verschiedene entwicklungspolitische NGOs jedoch nicht. Sie erklärten, die Vorlage nicht unterstützen zu wollen, da diese zu enormen Steuerausfällen führe, den internationalen Steuerwettbewerb weiter anheize und gegenüber ärmeren Staaten unfair sei. Zudem handle es sich bei dem AHV-Zuschuss nicht um eine Kompensation, wie viele Befürworter des Vorschlags loben würden, da einmal mehr die Arbeitnehmenden die entstehenden Kosten übernehmen müssten und nicht die Unternehmen.

Neben den Parteien und Verbänden äusserte auch ein Teil der Kantone Kritik am Kompromissvorschlag. Mit der Wiederaufnahme der zinsbereinigten Gewinnsteuer war die WAK-SR einer Forderung von Kanton und Stadt Zürich nachgekommen. «Wir mussten Zürich, dem Wirtschaftsmotor der Schweiz, in diesem Punkt entgegenkommen», erklärte Christian Levrat. Da das Instrument stark umstritten ist, sah man es aber nur für Hochsteuerkantone vor, obwohl es elf weitere Kantone ebenfalls gerne angewendet hätten. Diese Regelung verstosse gegen das Gebot der Gleichbehandlung und verhindere einen fairen Steuerwettbewerb, befand Cornelia Stamm Hurter (SH, svp), Finanzdirektorin des Kantons Schaffhausen – der zu eben diesen elf Kantonen gehört. Auch Hannes Germann (svp, SH) kritisierte die Lex Zürich und nannte sie einen «Sündenfall». Finanzminister Maurer hingegen verteidigte den Vorschlag der WAK-SR: «Es macht keinen Sinn, die beste Kuh nicht zu füttern – würde ich jetzt als alter Bauer sagen». Der Steuerabzug könne aber nicht für alle Kantone eingeführt werden, weil der Widerstand dagegen zu gross sei. WAK-SR-Präsident Pirmin Bischof ergänzte, dass auch andere Kantone den Abzug für Eigenfinanzierung einführen könnten; sie müssten dazu einfach ihre Gewinnsteuern erhöhen.

Trotz kritischer Stimmen aus dem ganzen politischen Spektrum blieben Referendumsdrohungen und Fundamentalopposition gegen den Kompromissvorschlag mehrheitlich aus. Selbst der Arbeitgeberverband wollte sich als einer der stärksten Kritiker des Vorschlags nicht festlegen, ob er bei Annahme der Vorlage durch das Parlament wirklich das Referendum ergreifen würde. Die zurückhaltenden Reaktionen der meisten Akteure würden verdeutlichen, dass sich alle bewusst seien, dass sehr viel auf dem Spiel stehe, war die einhellige Meinung in den Medien. Schliesslich habe die Vorlage wegen des grossen Zeitdrucks gute Erfolgsaussichten: Das «Parlament hat gar keine Gelegenheit, den Deal zu zerreden», erklärte die «Schweiz am Wochenende».

Als Reaktion auf die Vernehmlassung wurde in den Medien anfänglich insbesondere der sogenannte «Plan C», der Vorschlag der CVP zur Aufteilung der Reform, diskutiert. Eva Herzog (BS, sp) erklärte als Vizepräsidentin der FDK, dass die Kantone eine Aufteilung der Reform nicht goutieren würden. Da nicht alle von ihnen die Gewinnsteuern beliebig senken könnten, seien spezifische Steuerinstrumente wie die Patentbox und die zinsbereinigte Gewinnsteuer vonnöten. Ausführlich debattiert wurde auch die Problematik des Zeitdrucks. Im Dezember 2017 war bekannt geworden, dass die EU die Schweiz auf die sogenannte «graue Liste» der steuerlich nicht konformen Drittstaaten gesetzt hatte. Würden die verpönten Privilegien nicht bis Ende 2018 abgeschafft, wozu sich die Schweiz 2014 verpflichtet hatte – jedoch ohne einen zeitlichen Rahmen zu nennen –, seien Sanktionen durch die EU-Mitgliedstaaten möglich. Ebenfalls verstärkt wurde der Zeitdruck durch den internationalen Trend zur Senkung der Unternehmenssteuern – besonders prominent in den Medien behandelt wurde der Entscheid der USA, die Konzerngewinnsteuern per 1. Januar 2018 von 35 auf 20 Prozent zu senken. Die Schweiz müsse somit bezüglich Unternehmenssteuern möglichst rasch Rechts- und Planungssicherheit schaffen, erklärte zum Beispiel Eva Herzog. Dem pflichtete auch Finanzminister Maurer bei: Falls möglich sei die SV17 in nur zwei Sessionen vom Parlament zu verabschieden. Man müsse zudem darum besorgt sein, dass kein Referendum gegen das Gesetz ergriffen werde. Dadurch könnten erste Massnahmen anfangs 2019, der Hauptteil des Gesetzes anfangs 2020 in Kraft treten.
Inhaltlich wurde in den Medien insbesondere über die Massnahmen zur sozialen Kompensation diskutiert. Die Vernehmlassungsteilnehmenden hatten sich mit der Erhöhung der minimalen Kinderzulagen nicht zufrieden gezeigt. Der Vorschlag sei sachfremd und habe auch mit Sozialpolitik nichts zu tun, war zum Beispiel in der NZZ zu lesen. Als Alternative hatten TravailSuisse und Centre Patronal in der Vernehmlassung die Einführung eines Vaterschaftsurlaubs – wie ihn ihre Initiative vorsieht – vorgeschlagen. Ein Vaterschaftsurlaub von 20 Tagen, bezahlt über die Erwerbsersatzordnung, in die Arbeitgeber und Arbeitnehmer je 0.0275 Lohnprozente zusätzlich zu bezahlen hätten, würde gemäss Adrian Wüthrich (BE, sp), Präsident der TravailSuisse, einen regelrechten «Referendumsblocker» darstellen. Der Vorschlag fand in den Medien jedoch kaum Anklang: Jean-François Rime (svp, FR) zum Beispiel betonte als Präsident des Gewerbeverbandes, dass durch eine solche Regelung die SV17 den KMU nur noch mehr Nachteile bringen würde. Auch die SP zeigte sich mit dem Vorschlag nicht zufrieden: Man unterstütze zwar einen Vaterschaftsurlaub, dieser müsse jedoch nicht in Kombination mit der Steuervorlage 17 eingeführt werden, erklärte SP-Vizepräsident Beat Jans (sp, BS). Auch Pirmin Bischof (cvp, SO) schlug eine alternative Massnahme zur sozialen Kompensation vor: Der Bund solle den Kantonen Geld für soziale Massnahmen bezahlen, die Kantone sollen aber selbst entschieden können, für welche sozialen Zwecke sie dieses Geld einsetzten.
Die grössten Chancen schrieben die Medien gemeinhin einer Korrektur des Kapitaleinlageprinzips (KEP) zu: In der Unternehmenssteuerreform II war eine Möglichkeit für Unternehmen geschaffen worden, Kapitaleinlagen an die Aktionäre zurückzuzahlen, ohne dass diese verrechnungs- oder einkommenssteuerpflichtig sind – was faktisch eine steuerfreie Auszahlung von Dividenden bedeutet. Dadurch entstehen dem Bund, wie eine Schätzung der ESTV zeigte, Steuerausfälle zwischen CHF 400 Mio. und CHF 600 Mio. pro Jahr, wobei Neuzuzüge nicht berücksichtigt sind. Werden diese eingerechnet, geht die ESTV trotz mangelnder Daten davon aus, dass die Steuerausfälle durch eine Steigerung des BIP und der Steuereinnahmen kompensiert werden können. Eine Korrektur des KEP sei im Parlament nicht chancenlos, erklärte zum Beispiel der Tages-Anzeiger, zumal Pirmin Bischof 2011 mit seiner Motion (Mo. 11.3462), die ebenfalls eine Einschränkung des KEP gefordert hatte, nur knapp gescheitert war. Sollte es dadurch gelingen, die SP ins Boot zu holen und von der Ergreifung eines Referendums abzubringen, wäre das womöglich für die Bürgerlichen ein gangbarer Weg, war mehrfach zu lesen. Beat Jans zumindest nannte die Korrektur des KEP «eine der wichtigsten Massnahmen» zur Findung eines Kompromisses bei der Steuervorlage 17. Andererseits befürchtete zum Beispiel Hannes Germann (svp, SH), dass eine solche Regelung grosse Verunsicherung bei den Unternehmen, insbesondere bei denjenigen, die unter anderem aufgrund der bestehenden Regelung zum KEP in die Schweiz gekommen waren, auslösen würde.
Thematisiert wurden in den Medien schliesslich auch Auswirkungen auf die NFA: Um Verzerrungen in der NFA durch Änderungen der Unternehmenssteuern zu verhindern, muss das Gewicht der Unternehmenssteuern im Finanzausgleich reduziert werden. Dies soll in der NFA zu Verschiebungen in zwei- bis dreistelliger Millionenhöhe führen, wovon gemäss Berechnungen des Tages-Anzeigers mit Zahlen der Finanzverwaltung vor allem Geberkantone profitierten. Die Nehmerkantone würden demnach deutlich weniger erhalten als bisher, teilweise seien ihre Verluste in der NFA sogar grösser als die zusätzlichen Einnahmen durch die Erhöhung des Kantonsanteils. Um diese Problematik abzuschwächen, enthält die SV17 einen Ergänzungsbeitrag für ressourcenschwache Kantone in der Höhe von CHF 180 Mio., der aus dem auslaufenden Härteausgleich finanziert wird und die Situation der betroffenen Kantone während sieben Jahren verbessert.

Im März 2018 präsentierte der Bundesrat schliesslich seine Botschaft zur Steuervorlage 17. Dabei nahm er nur eine gewichtige Änderung gegenüber der Vernehmlassungsvorlage vor: Er steigerte den Kantonsanteil an den direkten Steuern von 20.5 Prozent auf 21.2 Prozent, wie es unter anderem die Kantone in der Vernehmlassung deutlich gefordert hatten. Überrascht zeigten sich die Medien vor allem darüber, dass der Bundesrat trotz breiter Forderungen auf eine Einführung der zinsbereinigten Gewinnsteuer verzichtete. Die Version der Steuervorlage 17, die der Bundesrat dem Parlament zur Beratung vorlegte, beinhaltete somit als Ausgleich zur Abschaffung der Steuerprivilegien für Statusgesellschaften eine Steigerung des Kantonsanteils an den direkten Bundessteuern von 17 auf 21.2 Prozent, was den Kantonen CHF 990 Mio. pro Jahr einbringt und es ihnen erlauben soll, ihre Gewinnsteuern zu senken. Ressourcenschwache Kantone erhalten im Rahmen der NFA zudem während sieben Jahren zusätzlich CHF 180 Mio. Die Kantone führen obligatorisch Patentboxen für in der Schweiz patentierte Erfindungen sowie fakultativ einen Steuerabzug von maximal 50 Prozent auf in der Schweiz getätigte Forschung und Entwicklung ein. Im Vergleich zur Unternehmenssteuerreform III wird auf die stark umstrittene zinsbereinigte Gewinnsteuer verzichtet. Die Steuerabzüge dürfen zusammen nicht mehr als 70 Prozent des steuerbaren Gewinns ausmachen (USR III: 80%). Ebenfalls im Unterschied zur USR III wird eine Gegenfinanzierung durch die Unternehmen eingeführt: Die Dividendenbesteuerung wird beim Bund auf 70 Prozent (Status Quo: 60%) und bei den Kantonen auf mindestens 70 Prozent erhöht (Status Quo: zwischen 35% und 70%). Zudem werden als sozialpolitische Kompensation die Mindestvorgaben für die Kinder- und Ausbildungszulage um CHF 30 auf CHF 230 respektive CHF 280 erhöht. Im Unterschied zum abgelehnten Vorschlag der USR III enthält die Steuervorlage 17 somit deutlich weniger neue Steuerprivilegien sowie eine Erhöhung der Dividendenbesteuerung und der minimalen Kinderzulagen. Infolgedessen weist diese Version der SV17 eine gewisse Ähnlichkeit mit dem kurz nach Ablehnung der USR III als «Plan B» bezeichneten Szenario auf.
Die Voto-Analyse zur USR III hatte gezeigt, dass die Stimmbürger sich insbesondere auch vor den unsicheren Konsequenzen der Vorlage gefürchtet hatten. Aus diesem Grund hatte Bundesrat Maurer die Kantone im Rahmen der SV17 beauftragt, ihm ihre Reformpläne mitzuteilen, so dass diese bei der Berechnung der finanziellen Auswirkungen ebenfalls berücksichtigt werden können. Ausser den Kantonen Obwalden, Luzern und Appenzell-Ausserrhoden, die schon über tiefe bis rekordtiefe Gewinnsteuern verfügen, gaben alle Kantone an, eine Reduktion ihrer Gewinnsteuern zu planen. In 17 Kantonen sollen die Gewinnsteuern sogar unter 14 Prozent gesenkt werden, wodurch diese gemäss Tages-Anzeiger weltweit zu den steuergünstigsten Standorten gehören würden. Durchschnittlich planen die Kantone, ihre Gewinnsteuern von 19.6 auf 14.5 Prozent zu senken. Dies bringe gemäss Berechnungen, welche die ESTV als Grundlage für die bundesrätliche Botschaft vorgenommen hatte, jährliche statische Kosten von CHF 1.8 Mrd. mit sich: CHF 700 Mio. auf Bundes- und CHF 1.1 Mrd. auf Kantonsebene. Diese Schätzung ergänzte die ESTV durch dynamische Elemente wie steigende Investitionsvolumen der Unternehmen durch die tieferen Steuern, Standortverlagerungen verschiedener Unternehmen in die Schweiz oder die Umleitung von Gewinnen in die Schweiz und erstellte 40 Szenarien zur Entwicklung der Einnahmen von Bund, Kantonen und Gemeinden. Im schlechtesten Szenario wird der Bund auch langfristig Verluste von CHF 1 Mrd. pro Jahr einfahren. Im mittleren Szenario, das Finanzminister Maurer präsentierte, werden durch die SV17 langfristig Mehreinnahmen von CHF 1.4 Mrd. pro Jahr generiert, im besten Szenario sogar Mehreinnahmen von CHF 6 Mrd. Ab wann genau diese positiven Effekte eintreten, ist unsicher; kurz- und mittelfristig rechnet die ESTV im mittleren Szenario jedoch mit Mindereinnahmen in der Höhe von CHF 2.5 Mrd. jährlich.
Diese Schätzungen wurden von mehreren Seiten kritisiert, da sie neben Annahmen zu den Reaktionen der Unternehmen auch auf Annahmen zu Gewinnsteuersätzen und Steuerprivilegien im Ausland beruhen. Zudem gehe die Studie gemäss Gewerkschaftsbund davon aus, dass die staatliche Bildung irrelevant sei oder nicht von der Steuerreform beeinflusst werde. Sie berücksichtige den kantonalen Steuerwettbewerb nicht und überschätze die Kosten einer Ablehnung der SV17 – diese werden von der Studie im mittleren Szenario auf CHF 9 Mrd. geschätzt. Finanzminister Maurer nannte die Studie «wissenschaftlich erhärtet», aus Zeitgründen sei sie jedoch nicht von Externen überprüft worden. Was die Studie gemäss SGB jedoch gut aufzeige, sei, dass die Steuerbelastung für bisher «normal» besteuerte Unternehmen – für inlandorientierte KMU, wie es die NZZ erklärte – deutlich sinke, während sie für die bisher steuerprivilegierten Firmen – für internationale Grosskonzerne – steige.

Im November 2016 legte der Bundesrat eine Botschaft zum Bundesgesetz über die steuerliche Behandlung finanzieller Sanktionen vor, welche die Motion Luginbühl (bdp, BE) umsetzte. Der Motionär hatte verlangt, dass Bussen mit Strafzweck steuerlich nicht abziehbar, also nicht zum geschäftsmässig begründeten Aufwand gehören sollten. Der Bundesrat ergänzte diese Regelung in seiner Botschaft um die Nichtabzugsfähigkeit von Bestechungszahlungen an Private – eine solche Regelung für Zahlungen an Amtsträger war bereits in Kraft – sowie um Aufwendungen zur Ermöglichung von Straftaten oder um Gegenleistungen für die Begehung von Straftaten, sofern diese Zahlungen nach schweizerischem Recht strafbar sind. Bezüglich letzteren Straftaten erwähnte der Bundesrat in der Botschaft zum Beispiel Terrorismusfinanzierung oder die Miete von für strafbare Tätigkeiten verwendeten Räumen. Diese Aspekte waren bisher nicht ausdrücklich geregelt gewesen. Gewinnabschöpfende Sanktionen ohne Strafzweck sollten auch weiterhin abzugsfähig bleiben.

In der Frühjahrssession 2018 behandelte der Ständerat die Vorlage als Erstrat. Dabei schlug die WAK-SR mit einem Änderungsantrag vor, die vom Bundesrat vorgeschlagene Regelung abzuschwächen: Vom Ausland verhängte Bussen sollen weiterhin steuerlich abzugsfähig bleiben. Gegen diese „Subventionierungsvorlage für kriminelle Unternehmen“, wie es Christian Levrat (sp, FR) nannte, wehrte sich eine Kommissionsminderheit heftig. Levrat kritisierte, dass die Vorlage ursprünglich zum Ziel hatte, Rechtssicherheit zu schaffen und die Abzugsfähigkeit von Bussen zu unterbinden. Da das Bundesgericht in der Zwischenzeit in einem Urteil die Forderungen des Motionärs bestätigt hatte (2C_916/2014, 2C_917/2014), sei die Vorlage eigentlich gar nicht mehr nötig. Die WAK-SR bediene sich dieser jetzt aber, um das Gegenteil zu erreichen, nämlich eine Abschwächung des geltenden Rechts. Es könne nicht sein, dass der Bund zum Beispiel einen Fünftel der US-Bussen gegen die Schweizer Banken übernehmen müsse. Auch der Motionär liess kein gutes Haar am Antrag der Kommissionsmehrheit, der „die Zielrichtung des ursprünglichen Auftrages“ untergrabe. Dadurch würden Unternehmen geradezu eingeladen, Gesetze zu brechen, was im Extremfall als Wettbewerbsnachteil für gesetzestreue Unternehmen verstanden werden könne.
Ruedi Noser (fdp, ZH) bezeichnete die Argumentation der Minderheit als populistisch. Man dürfe nicht nur die internationalen Grosskonzerne vor Augen haben, sondern müsse auch an die KMU denken, die durch eine solche Busse Konkurs gehen können. In der Schweiz gelte das Prinzip der Besteuerung nach Leistungsfähigkeit. Wenn ein Unternehmen also kein Geld mehr habe, könne es auch nicht besteuert werden. Das sei nur fair, zumal der Fiskus auch auf illegal entstandenen Gewinnen Steuern erhebe. Zudem komme es bei den „täglichen Arbeiten des Unternehmers“ im Ausland zu unrechtmässigen oder unverhältnismässigen Bussen, daher müsse man jeweils die Umstände der Bussen mitberücksichtigen. In der Folge entbrannten heftige Diskussionen um die Frage, inwiefern der Ordre-public-Vorbehalt – gemäss welchem Bestimmungen ausländischen Rechts nicht angewendet werden können, wenn das Ergebnis gegen das Rechtsgefühl des schweizerischen Rechts verstösst – die Unternehmen bei Annahme der Vorlage vor unrechtmässigen oder unverhältnismässigen Bussen schützen würde.
Finanzminister Maurer fasste die Situation des Ständerates zusammen: Entweder man akzeptiere, dass möglicherweise unrechtmässige Bussen nicht abgezogen werden könnten oder dass Bussen mit strafrechtlichem Hintergrund weiter abzugsfähig seien. Anfänglich seien jedoch in der Kommissionsberatung während sechs Stunden acht weitere Varianten diskutiert worden, die Kommissionsmehrheit habe sich aber am Schluss für die „Alles-oder-nichts“-Variante, wie es Roberto Zanetti (sp, SO) bezeichnete, entschieden. Mehrfach äusserten die Ständerätinnen und Ständeräte jedoch die Hoffnung, die Schwesterkommission könne allenfalls später eine bessere Lösung präsentieren.
Nach ausführlicher Debatte wurde Eintreten ohne Gegenantrag beschlossen. Da die Detailberatung bereits im Rahmen der Eintretensdebatte vorweggenommen worden war, ging der Rat gleich zu den Detailabstimmungen über. Umstritten waren dabei nur die Abzugsmöglichkeiten für Bussen aus dem Ausland, wobei sich die Minderheit mit 28 zu 12 Stimmen bei einer Enthaltung durchsetzte. In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat den bundesrätlichen Vorschlag mit 30 zu 6 Stimmen bei fünf Enthaltungen an; Bussen aus dem Ausland sollen folglich genauso wenig abzugsfähig sein wie Bussen aus der Schweiz.

Noch in der Wintersession bereinigte auch der Ständerat die zwei Kommissionsmotionen (Mo. 17.3706 sowie 17.3665) zum Verzicht auf die Revision des Steuerstrafrechts. Dabei erklärte Pirmin Bischof (cvp, SO) offen, dass die verfahrene Situation der Volksinitiative „Ja zum Schutz der Privatsphäre”, die vom Nationalrat zweimal zur Annahme und vom Ständerat zweimal zur Ablehnung empfohlen worden war, Grund für diese Motionen sei. So sei die Initiative gemäss den Initianten aufgrund dieser angestrebten Revision des Steuerstrafrechts eingereicht worden. Entsprechend gebe es Signale des Initiativkomitees, wonach dieses bei einem Verzicht auf diese Vorlage seine Initiative zurückziehen würde. Roberto Zanetti (sp, SO) ergänzte die bereits in der Nationalratsdebatte geäusserten Argumente gegen den Verzicht auf die Revision um den Hinweis, dass 21 Kantone in der Vernehmlassung die Notwendigkeit einer Revision bejaht hätten. Auch wenn die veraltete Vorlage somit abgeschrieben werden würde, seien die formaltechnische Optimierung und die Bekämpfung von Steuervergehen „weiterhin auf dem Tisch”. Stillschweigend nahm der Ständerat im Anschluss die beiden Motionen an. Somit verzichtete das Parlament schliesslich nach langen Diskussionen auf eine Revision des Steuerstrafrechts. Die Andeutungen und Ankündigungen, wonach ein solcher Verzicht die Initianten der „Matter-Initiative” beeinflussen könnte, erwiesen sich kurz darauf als richtig: Im Januar 2018 zogen die Initianten ihre Initiative mit der Begründung zurück, durch den Verzicht auf die Revision des Steuerstrafrechts ihr Hauptziel auf Gesetzesebene erreicht zu haben.

Noch bevor sich die Räte ein zweites Mal mit dem Bundesgesetz über die Unternehmenssteuerreform III (USR III) auseinandersetzen konnten, ereignete sich Wegweisendes: Die Wirtschaftskommission des Ständerats (WAK-SR) präsentierte im April 2016 einen Kompromissvorschlag. Dieser sah im Kern eine USR III mit der vom Nationalrat unterstützen zinsbereinigten Gewinnsteuer, den vom Ständerat propagierten Kantonsanteilen an der direkten Bundessteuer von 21,2% und einer Teilbesteuerung der Dividenden von mindestens 60% vor. Die Steuererleichterungen für Schifffahrtsunternehmen (Tonnage-Tax), die der Nationalrat in die Vorlage aufgenommen hatte, wollte die WAK-SR indes ausklammern und zu einem späteren Zeitpunkt separat weiterverfolgen. Da bei der Frage der Teilbesteuerung von Dividenden - beide Räte hatten sich für die Beibehaltung des geltenden Rechts ausgesprochen - keine Differenz bestand, musste, bevor der Kompromissvorschlag in den Ständerat geschickt werden konnte, die Wirtschaftskommission des Nationalrats (WAK-NR) in diesem Punkt einen Rückkommensantrag gutheissen. Dies tat sie aber nicht. Mit 15 zu 10 Stimmen sprach sie sich gegen eine Harmonisierung bei der Teilbesteuerung von Dividenden aus. Die USR III solle den Kantonen, so die WAK-NR, möglichst offen lassen, wie sie auf die Abschaffung der kantonalen Steuerstati reagieren möchten. Die WAK-SR zeigte sich enttäuscht über die fehlende Kompromissbereitschaft. Ständerat Zanetti (sp, SO) sprach im Namen der Kommission gar von einem Affront. Fortan waren die Beratungen von taktischen Entscheidungen und verhärteten Fronten geprägt. So lehnte der Ständerat die Einführung der zinsbereinigten Gewinnsteuer auf überdurchschnittlich hohem Eigenkapital mit 26 zu 19 Stimmen ab. Die Tonnage-Tax klammerte er mit 31 zu 14 Stimmen aus der USR III aus und überführte sie in eine eigene Vorlage, die er zur weiteren Prüfung an den Bundesrat zurückwies. Bei den Kantonsanteilen an der direkten Bundessteuer hielt der Ständerat mit 29 zu 13 Stimmen an der Differenz fest. Kurze Zeit später tat dies auch der Nationalrat, der sich überdies erneut mit 129 zu 56 Stimmen bei 3 Enthaltungen für die zinsbereinigte Gewinnsteuer aussprach. Dafür folgte die grosse Kammer dem Ständerat bei der Tonnage-Tax, die damit definitiv nicht mehr Teil der Vorlage war, und lenkte überdies bei der Inputförderung ein, indem sie die maximalen Abzüge für Forschung und Entwicklung auf 150% der tatsächlichen Kosten beschränkte. Ein Antrag einer Minderheit Jans (sp, BS), die auf die Teilbesteuerung von Dividenden zurückkommen wollte, wurde mit 54 zu 127 Stimmen abgelehnt. In der dritten Beratungsrunde gipfelten die strategischen Ränkespiele in einem Vorschlag der ständerätlichen Wirtschaftskommission, Kantonen, die Dividenden zu mindestens 60% besteuern, die Einführung einer zinsbereinigten Gewinnsteuer zu erlauben. Der Antrag der WAK-SR sorgte dann auch für heftige Reaktionen. Ruedi Noser (fdp, ZH), der gegen eine Anpassung der Dividenbesteuerung war, sah den Anstand in Bezug auf den Umgang der Kommissionen geritzt, da man den abgewiesenen Rückkommensantrag so einfach umgehe. Christian Levrat (sp, FR), der gegen die Einführung einer zinsbereinigten Gewinnsteuer Stellung bezogen hatte, sprach seinerseits von einem Verstoss gegen das Parlamentsgesetz. Am Ende war die WAK-SR dann doch erfolgreich. Ihr Antrag wurde mit 22 zu 20 Stimmen bei 2 Enthaltungen angenommen. Und auch im Nationalrat vermochte das Gewinnsteuer-Teilbesteuerungs-Paket zu überzeugen und wurde mit 122 zu 64 Stimmen bei 4 Enthaltungen angenommen. Die SP und die Grünen hatten es geschlossen abgelehnt. Zudem hatten sich 11 Vertreter der SVP dagegen ausgesprochen. Auch bei den Kantonsanteilen an der direkten Bundessteuer kam der Nationalrat dem Ständerat entgegen und stimmte einer Erhöhung auf 21,2% mit 140 zu 49 Stimmen bei einer Enthaltung zu. Damit waren alle Differenzen bereinigt und die Vorlage bereit für die Schlussabstimmung.

Im Dezember 2015 befasste sich der Ständerat erstmals mit dem Bundesgesetz über die Unternehmenssteuerreform III (USR III), das der Bundesrat im Juni präsentiert hatte und mit dem er den Unternehmensstandort Schweiz zu stärken beabsichtigte. Der Vorschlag des Bundesrats verfolgte zwei Stossrichtungen: Zum einen sollten die international nicht mehr akzeptierten Steuerermässigungen von Holding-, Domizil- und gemischten Gesellschaften abgeschafft werden, zum andern plante der Bundesrat, die Kantone bei der Senkung der Gewinnsteuersätze, die formell kein Bestandteil der USR III waren, finanziell zu unterstützen. Die Stossrichtungen der Vorlage waren in ihren Grundzügen in der kleinen Kammer unbestritten. In den Detailfragen beschlossen die Ständerätinnen und Ständeräte indes einige Differenzen zum Bundesrat. Mit 26 zu 19 Stimmen folgten sie dem Antrag der vorberatenden Wirtschaftskommission (WAK-SR), die sich mit 7 zu 4 Stimmen für die Beibehaltung der Emissionsabgaben auf Eigenkapital ausgesprochen hatte. Dies sei kein zentraler Punkt der Reform. Zudem liessen sich so jährlich rund CHF 230 Mio. sparen, argumentierte Ständerat Zanetti (sp, SO) im Namen der Kommissionsmehrheit. Eine Minderheit Keller-Sutter (fdp, SG) hatte für den Vorschlag des Bundesrats Partei ergriffen – erfolglos. Auch bei der Frage, wie hoch Dividenden künftig besteuert werden sollten, schuf der Ständerat eine Differenz zur Regierung. Der Antrag der WAK-SR, dem Vorschlag des Bundesrates zu folgen und die Teilbesteuerung von Dividenden auf 70% zu vereinheitlichen, scheiterte mit 19 zu 26 Stimmen an einem Minderheitsantrag Schmid (fdp, GR), der den Kantonen in dieser Frage weiterhin die Federführung überlassen wollte. Die Erhöhung hätte dem Bund CHF 100 Mio. und den Kantonen rund CHF 330 Mio. Mehreinnahmen pro Jahr beschert. Eine Minderheit Fetz (sp, BS), die Dividenden zu 100% besteuern wollte, war in der kleinen Kammer indes chancenlos. Wenig überraschend stimmten die Standesvertreter mit 35 zu 6 Stimmen bei 4 Enthaltungen einem Kommissionsantrag, die Kantonsanteile an der direkten Bundessteuer statt nur auf 20,5 direkt auf 21,2% zu erhöhen, zu. Dadurch sollten die Kantone zusätzlichen Spielraum zur Senkung der kantonalen Gewinnsteuersätze erhalten. Dem Bund gingen dadurch rund CHF 150 Mio. jährlich verloren. Eine weitere Differenz schuf der Ständerat im Bereich des Steuerabzugs von Aufwendungen für Forschung und Entwicklung. Mit 25 zu 19 Stimmen hiess er einen Antrag seiner WAK-SR gut, die sogenannte Inputförderung auf 150% der F&E-Mittel zu begrenzen. Die Kommission wollte damit der Gefahr einer Nullbesteuerung und eines zu starken kantonalen Steuerwettbewerbs begegnen. Ohne Erfolg blieb indes der Antrag einer Minderheit Germann (svp, SH), die eine zinsbereinigte Gewinnsteuer in die Vorlage aufnehmen wollte. Die Bedenken der Kommissionsmehrheit zur internationalen Akzeptanz einer solchen Massnahme und zu den drohenden Mindereinnahmen bei Bund (CHF 270 Mio.) und Kantonen (CHF 350 Mio.) teilten in der ersten Beratungsrunde 30 der 44 abstimmenden Ständeräte. Dies passte zum Grundtenor der ersten ständerätlichen Beratungsrunde, das "Fuder nicht überladen" zu wollen.

Mitte Mai legte der Bundesrat den Bericht zur Erfüllung der beiden gleichlautenden Postulate Germann (svp, SH) und Fluri (fdp, SO) (Po. 13.3820) vor. Beide Vorstösse verlangten eine Evaluation der Wirkung des Städte- und Gemeindeartikels (Artikel 50 BV). Die beiden Parlamentarier vertraten dabei auch die Interessen des Schweizerischen Städteverbandes bzw. des Schweizerischen Gemeindeverbandes, die Kurt Fluri bzw. Hannes Germann präsidierten. Insgesamt beurteilte die Regierung den Artikel 50 BV, der die Gemeindeautonomie sichert und den Bund zu Rücksichtnahme auf die unterste föderale Ebene verpflichtet, als behutsame und erfolgreiche Neuerung. Gemeinden seien gestärkt und Städte vermehrt in den Fokus der Bundespolitik gerückt worden, ohne dass dies auf Kosten der ländlichen Gemeinden gegangen wäre. Der Bericht machte allerdings auch Mängel und Verbesserungspotenzial aus. Die spezifischen Anliegen aller Gemeinden, und insbesondere der Städte, der Agglomerationen und der Berggebiete müssten bei Rechtsetzung und Vollzug noch stärker berücksichtigt werden. Dies solle in Zukunft bei der Vorbereitung von Erlassen (via Vernehmlassungsverfahren), bei der Koordination in der Raumordnungspolitik aber auch bei den statistischen Grundlagen geschehen. Zu beschliessende Massnahmen sollen künftig auch auf ihre Miliztauglichkeit sowie auf für Gemeinden unterschiedliche raumrelevante Auswirkungen überprüft werden.
In einem Beitrag in der NZZ kommentierte Kurt Fluri den Bericht des Bundesrates. Er ging mit der Regierung zwar einig, dass der Artikel wichtige Neuerung gebracht habe. Allerdings seien die vorgeschlagenen Verbesserungen nur sehr bescheiden. Insbesondere in der Finanz- und Steuerpolitik, die sehr starke und unmittelbare Auswirkungen auf die Gemeinden entfalte, blieben die Anliegen der Gemeinden unberücksichtigt. Fluri verwies auf die Unternehmenssteuerreform III – ein Geschäft, das 2014 bereits die neu geschaffene Konferenz der städtischen Finanzdirektoren und den Schweizer Städteverband umgetrieben hatte. Wenige Wochen nach dem NZZ-Beitrag forderte der Städte- zusammen mit dem Gemeindeverband in einem an alle Parlamentarierinnen und Parlamentarier gerichteten Brief Entschädigungen für die drohenden Einnahmeeinbussen durch ebendiese Steuerreform. Entweder seien die Kantone zu verpflichten, die Ausgleichszahlungen, die sie vom Bund erhalten, zumindest teilweise an die Gemeinden weiterzuleiten, oder aber Kantonen und Gemeinden sei die Mehrwertsteuer zu erlassen. Es sei nicht länger zulässig, dass Bund und Kantone immer mehr Kosten auf die Gemeinden abwälzten, ohne entsprechende Entschädigungen bereitzustellen. Die Forderung nach mehr Einfluss der Gemeinden auf die nationale Politik wird also zunehmend lauter.

Im März 2015 befasste sich der Ständerat mit der Volksinitiative "Für Ehe und Familie - gegen die Heiratsstrafe". Die vorberatende Kommission für Wirtschaft und Abgaben (WAK-SR) beantragte nach dem Stichentscheid ihres Kommissionspräsidenten Zanetti (sp, SO), der Volksinitiative den direkten Gegenentwurf des Nationalrates gegenüberzustellen und vertrat damit die Ansicht des Nationalrats, dass eine Annahme der Volksinitiative zu neuen Problemen führen würde, indem einerseits ein Wechsel zur Individualbesteuerung verhindert und andererseits die Möglichkeit der Eheschliessung für gleichgeschlechtliche Partner ausgeschlossen würde. Der Ständerat folgte dem Vorschlag der Kommissionsmehrheit mit 24 zu 19 Stimmen bei 1 Enthaltung, womit das Geschäft bereit war für die Schlussabstimmung.

Stillschweigend folgte der Ständerat im Sommer 2014 seiner einstimmigen WAK und schrieb mit Folgegeben zum Bundesratsbericht «Ökologische Steuerreform» die Motion Studer (evp, AG; Mo. 06.3190) ab. Kommissionssprecher Roberto Zanetti (sp/ps, SO) legte dem Rat die Meinung des Bundesrates und der Kommission dar, wonach bei zentralen Fehlanreizen bereits Massnahmen in Angriff genommen worden seien und weitere Anpassungen besser in spezifischen Revisionen angegangen werden sollten. Stillschweigend und diskussionslos folgte im Herbst 2014 auch die grosse Kammer diesem Votum und schrieb die Motion ab.

Die Anpassungen im Steueramtshilfegesetz wurden 2014 vom Ständerat (Zweitrat) behandelt. Die grosse Kammer hatte das Geschäft bereits 2013 diskutiert und mit wenigen Anpassungen gutgeheissen. Die Vorlage wollte, in Erfüllung einer Empfehlung des Global Forum, die Vorinformation von beschwerdeberechtigten Personen in Sachen Amtshilfe einschränken. Diese sollte nach nationalrätlicher Version in Ausnahmefällen nicht vorgenommen werden dürfen. Im Speziellen sollten die betroffenen Personen nicht vorinformiert werden, wenn der Zweck der Amtshilfe und deren Erfolg kumulativ gefährdet war. In dieser Präzisierung hatte der Nationalrat eine Differenz zum Bundesrat geschaffen, der eine „oder“-Regelung vorgeschlagen hatte. Im Ständerat war Eintreten unbestritten. Ebenso wurden vergleichsweise weniger weitreichende Änderungsvorschläge des Bundesrats (betreffend Kompetenz zur Festlegung des Inhalts einer Gruppenanfrage) und des Nationalrats (Präzisierung der Definition von Gruppenersuchen) ohne Gegenantrag bestätigt. Zu reden gab einzig die Bestimmung betreffend der nötigen Bedingungen zur Ausnahme von der Vorinformation. Nach bundesrätlichem Vorschlag sollte von der Vorinformation abgesehen werden, wenn entweder der Zweck oder der Erfolg der Amtshilfe durch die Vorinformation gefährdet waren. Wie der Nationalrat wollte die Kleine Kammer jedoch an der etwas restriktiveren Formulierung („und“) festhalten. Bundesrätin Widmer-Schlumpf plädierte auch im Ständerat für den „oder“-Wortlaut. Materiell mache es zwar keinen Unterschied, wie die Regelung formuliert sei. Der „oder“-Wortlaut sei aber zu bevorzugen, weil er dem internationalen Standard entspreche und deshalb sicherstellen würde, dass die schweizerischen Regelungen als OECD-konform beurteilt würden. Der Ständerat folgte dieser Argumentation nicht und bestätigte die nationalrätliche Version mit Stichentscheid des Präsidenten. Darauf nahmen die Kantonsvertreter die Vorlage in der Gesamtabstimmung mit 34 zu 1 Stimmen bei einer Enthaltung an. In der Schlussabstimmung passierte das Geschäft einzig gegen den Willen der SVP mit 137 zu 56 Stimmen bei 3 Enthaltungen im Nationalrat und mit 39 zu 3 Stimmen im Ständerat. Mit der Annahme der Gesetzesrevision schufen die eidgenössischen Räte die Voraussetzungen zum Übertritt in Phase 2 des Peer-Review des Global Forum (wenngleich mit Einschränkungen, weil der verabschiedete Text nicht exakt den internationalen Standards entsprach). Zum Übertritt in Phase 2 des Peer-Review musste mindestens eine der drei Empfehlungen des Global Forum von 2011 (Einschränkung der Vorinformation in Amtshilfesachen, Vergrösserung der Anzahl Doppelbesteuerungsabkommen nach OECD-Standard und Identifikation des Halters von Inhaberaktien) erfüllt sein. Für das Bestehen der Phase 2 mussten alle drei Empfehlungen umgesetzt werden.