Zu Beginn der Herbstsession 2018 nahm sich der Nationalrat erneut der Organisation der Bahninfrastruktur an. Es galt, die letzten verbliebenen Differenzen zum Ständerat zu diskutieren. Die KVF-NR hatte ihrem Rat in zwei Punkten (bei einer redaktionellen Korrektur im Behindertengleichstellungsgesetz und bei der Regelung der Entschädigung für Verspätungen) die Zustimmung zum Ständerat empfohlen, bei fünf Detailfragen im Eisenbahngesetz beantragte sie jedoch festhalten oder schlug neue Formulierungen vor. Eine Minderheit Grossen (glp, BE) wollte bezüglich der Fernbus-Angebote eine liberalere Lösung, als Ständerat und KVF-NR vorgesehen hatten. Insbesondere aus der SVP erhielt die Minderheit Unterstützung, aber auch Bundesrätin Leuthard warb für «ein wenig Konkurrenz», was dem öffentlichen Verkehr sicher gut tue, und bat um Annahme des Minderheitenantrags. Mit 100 zu 89 Stimmen (keine Enthaltungen) nahm die Volkskammer jedoch den Mehrheitsantrag an, dessen Formulierung Nationalrat Burkart (fdp, AG) für die Kommission als «Kompromiss zwischen der liberalen Lösung des Nationalrates und der einschränkenden Lösung des Ständerates» bezeichnete. Auch bei den übrigen Punkten folgte der Rat der Kommissionsmehrheit, so dass die Vorlage erneut an den Ständerat ging.

Ende Mai 2018 debattierte der Ständerat ausgiebig über die Organisation der Bahninfrastruktur. Während er in vielen Fragen dem Bundesrat und dem Nationalrat folgte, schuf er doch auch Differenzen: Hatte der Nationalrat bezüglich der Regulierung des Fernbus-Verkehrs entgegen des Antrags seiner Verkehrskommission auf schärfere Bestimmungen verzichtet, so folgte die kleine Kammer ihrer Kommission und erhöhte die Restriktionen für Fernbusanbieter. Bundesrätin Leuthard hielt fest, der Kommissionsantrag beinhalte «schon extrem viel Heimatschutz» und etwas Konkurrenz schade dem öffentlichen Verkehr bestimmt nicht – der Rat folgte trotzdem seiner Kommission. Weiter wollte der Ständerat die Regelung der Entschädigung von Passagieren bei Verspätungen dem Bundesrat überlassen und kippte die detaillierte Regelung aus der Vorlage. Die kleine Kammer nahm die Vorlage schliesslich einstimmig an.

Ende Februar debattierte der Nationalrat über die Organisation der Bahninfrastruktur. Die meisten Änderungen, welche die KVF-NR dem Rat beantragt hatte, nahm dieser an. Eine Minderheit Giezendanner (svp, AG) setzte sich jedoch gegen den Kommissionsantrag zur Konkurrenz-Klausel für Fernbusse durch, welcher mit Stichentscheid des Kommissionspräsidenten zustande gekommen war. Nationalrat Giezendanner sah im Kommissionsantrag, welcher Fernbusse nur zulassen wollte, wenn sie keine wesentliche Konkurrenzierung zu bestehenden Angeboten des öffentlichen Verkehrs darstellten, eine Rückkehr zur Planwirtschaft. Die Kommissionsminderheit wollte dagegen einen geregelten Wettbewerb zulassen. Bundesrätin Leuthard gab Giezendanner in dieser Frage Recht und der Rat folgte der Minderheit mit 122 gegen 69 Stimmen (2 Enthaltungen). In der Gesamtabstimmung zur Vorlage nahm die grosse Kammer die Organisation der Bahninfrastruktur mit 178 gegen 1 Stimme (bei 16 Enthaltungen) an.

Die Organisation der Bahninfrastruktur wurde im Juni 2017 im Ständerat behandelt. Nachdem der Nationalrat die Rückweisung der Vorlage an den Bundesrat beschlossen hatte, drehten sich die Voten in der kleinen Kammer nicht um inhaltliche Fragen, sondern darum, ob der Rückweisung zugestimmt werden soll oder nicht. Sprecher aus allen Parteien stellten klar, dass alle strittigen Punkte in der Detailberatung geklärt werden könnten. Bundesrätin Leuthard bat den Rat, seine Aufgabe wahrzunehmen – eine Rückweisung bringe eigentlich nur Mehraufwand; inhaltlich würden sich die Räte früher oder später trotzdem um diese Vorlage kümmern müssen. Ohne Opposition lehnte der Ständerat die Rückweisung schliesslich ab und gab das Geschäft damit zurück an den Nationalrat.